BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg933310
Length=2509
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G28520.1 | Symbols: VHA-A1 | vacuolar proton ATPase A1 | chr... 4287 0.0
> AT2G28520.1 | Symbols: VHA-A1 | vacuolar proton ATPase A1 | chr2:12209896-12215895
FORWARD LENGTH=2947
Length=2947
Score = 4287 bits (2321), Expect = 0.0
Identities = 2446/2508 (98%), Gaps = 1/2508 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 CAAGGAA-GAAGAAGAAAAATGGAGGAGTTCTTAGATAAGTTACCGCAGATGGATCTGAT 61
||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 112 CAAGGAAGGAAGAGGAAAAATGGAGGAATTCTTAGATAAGTTGCCGCAGATGGATCTGAT 171
Query 62 GCGTTCGGAGAAGATGACGCTTGTTCAGCTTATCATCCCTGTTGAATCCGCTCATCGTTC 121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 172 GCGTTCGGAGAAGATGACGCTTGTTCAGCTTATCATCCCTGTTGAATCCGCTCATCGTTC 231
Query 122 CATCACTTATCTCGGCGAACTCGGACTCTTGCAGTTTCGCGACTTAAATGCTGATAAAAG 181
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 232 CATCACTTATCTCGGCGAGCTCGGACTCTTGCAGTTTCGCGACTTAAATGCTGATAAGAG 291
Query 182 TCCATTTCAACGGACATTTGCTAATCAGGTAAAACGATGTGGTGAGATGTCAAGAAAGCT 241
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 TCCCTTTCAACGGACATTTGCAAATCAGGTAAAACGATGTGGTGAGATGTCAAGAAAGCT 351
Query 242 GCGGTTTTTTAAAGATCAAATTGATAAAGCTGGTCTAAGATGTTCACCACGCCATGAAAT 301
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 352 GCGGTTTTTTAAAGATCAAATTGACAAAGCTGGTCTAAGATGTTCACCACGCCTTGAAAT 411
Query 302 AGAACCAGATATTGAACTTGGAGATTTAGAGAGACAACTTGCTGATCACGAGCATGAAGT 361
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 412 AGAACCAGATATTGCACTTGGAGATTTAGAGAGACAACTTGCTGATCACGAGCATGAAGT 471
Query 362 ACTGGAAATGAATTCAAACAGTGAAAAGCTTCGGCAGACATATAACGAACTTCTTGAATT 421
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 472 ACTTGAAATGAATTCAAACAGTGAAAAGCTTCGGCAGACATATAACGAACTTCTAGAATT 531
Query 422 CAAGATAGTTCTTGAAAAGGCAAGTGGTTTCCTTGTCTCAAGTAATGCTCATGCAATTGG 481
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 532 CAAGATAGTTCTTGAAAAGGCAAGTGGTTTCCTTGTCTCAAGTAATACTCATGCAATTGG 591
Query 482 AGAAGAAACAGAACTACATGAAAGCACCTACTCGAATAATGGTTTTATTGAGACTGCCTC 541
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 592 AGAAGAAATTGAACTACATGAAAGCACCTACTCGAATAACGGTTTTATTGAGACTGCCTC 651
Query 542 TTTACTTGAGCAGGAAATGAATCCTGGACCCTCCAATCAATCAGGATTGAGATTTATTAG 601
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 TTTACTTGAGCAGGAAATGAATCCTGGACACTCTAATCAATCAGGATTGAGATTTATTAG 711
Query 602 TGGAATCATCAACAAAGACAAACTTCTTAGGTTTGAAAGAATGTTGTTTCGTGCAACAAG 661
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 712 TGGAATCATCAACAAAGACAAACTTCTTAAGTTTGAAAGAATGTTGTTTCGTGCAACACG 771
Query 662 AGGCAATATGCTTTTCAACCAAACAACCTCTGATGAGGAAATCATGGATCCTTCAACATC 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 AGGCAATATGCTTTTCAACCAAACAACCTCTGATGAGGAAATCATGGATCCTTCAACATC 831
Query 722 AGAAATGGTAGAGAAAGTTGTATTTGTGGTATTCTTTTCTGGGGAGCAAGCAAGGACAAA 781
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 832 AGAAATGGTGGAGAAAGTTGTATTTGTGGTATTCTTCTCTGGGGAGCAAGCAAGAACAAA 891
Query 782 AATATTGAAAATATGTGAAGCATTTGGTGCAAATTGCTATCCTGTCCCCGAGGATACAAC 841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 AATATTGAAAATATGTGAAGCATTTGGTGCAAATTGCTATCCTGTCCCCGAGGATACAAC 951
Query 842 AAAGCAGAGGCAGCTTACTAGAGAAGTTTTATCCCGACTCTCTGATCTGGAAGCCACATT 901
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 TAAGCAGAGGCAGCTTACTAGAGAAGTTTTATCCCGACTCTCTGATCTGGAAGCCACATT 1011
Query 902 AGATGCTGGAACCCGCCATCGGAATAATGCCCTTAATTCGGTTGGCTATAGCTTGACTAA 961
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1012 AGATGCTGGAACTCGCCATCGGAATAATGCCCTTAATTCTGTTGGCTATAGCTTAACTAA 1071
Query 962 CTGGATGACCACGGTTCGGAGAGAAAAAGCTGTTTATGATACTCTGAATATGCTAAATTT 1021
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 CTGGATCACCACGGTTCGGAGAGAAAAAGCTGTTTATGATACTCTGAATATGCTAAATTT 1131
Query 1022 TGATGTAACCAAGAAATGCCTTGTTGGCGAAGGTTGGTGCCCCACATTTGCTAAGACCCA 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 TGATGTAACCAAGAAATGCCTTGTTGGCGAAGGTTGGTGCCCCACATTTGCTAAGACCCA 1191
Query 1082 GATTCATGAGGTCCTGCAGCGAGCCACTTTCGACAGCAATTCACAGGTGGGCGTTATATT 1141
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 GATTCATGAGGTCCTGCAGCGAGCAACTTTCGACAGCAGTTCACAGGTGGGCGTTATATT 1251
Query 1142 TCATGTAATGCAAGCAGTAGAATCACCTCCCACCTATTTCAGAACGAACAAACTTACAAA 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 TCATGTAATGCAAGCAGTAGAATCACCTCCCACCTATTTCAGAACGAACAAACTTACAAA 1311
Query 1202 TGCCTTCCAGGAGATTATTGATGCTTACGGTGTTGCGAGATATCAAGAGGCAAACCCTGC 1261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 TGCCTTCCAGGAGATTATTGATGCTTACGGTGTTGCGAGATATCAAGAGGCAAACCCTGC 1371
Query 1262 AGTTTATTCAGTTGTCACATATCCCTTTTTGTTTGCTGTTATGTTTGGTGATTGGGGTCA 1321
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 TGTTTATTCAGTTGTCACATATCCCTTTTTGTTTGCTGTTATGTTTGGTGATTGGGGTCA 1431
Query 1322 TGGTCTATGCTTGCTGCTAGGAGCGTTGTATCTTCTTGCTCGTGAAAGAAAGCTGAGTAC 1381
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1432 TGGTCTATGCTTGCTGCTAGGAGCGTTGTATCTTCTTGCTCGTGAAAGAAAGTTGAGTAC 1491
Query 1382 GCAGAAACTTGGAAGCTTTATGGAGATGCTTTTTGGAGGCCGCTATGTAATCCTACTAAT 1441
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1492 GCAGAAACTTGGAAGCTTTATGGAGATGCTTTTTGGAGGCCGCTATGTAATCTTACTAAT 1551
Query 1442 GGCACTTTTTTCAATATATTGTGGGCTTATCTACAATGAGTTCTTCTCTGTTCCTTTCCA 1501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 GGCACTTTTTTCAATATATTGTGGGCTTATCTACAATGAGTTCTTCTCTGTTCCTTTCCA 1611
Query 1502 TATCTTCGGTGGTTCAGCTTACAAATGCAGAGATACTACTTGTAGTGATGCTTACACGGT 1561
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1612 CATCTTTGGTGGTTCAGCTTACAAATGCAGAGATACAACTTGTAGCGATGCTTACACGGT 1671
Query 1562 TGGTTTAGTCAAGTACCGTGATCCATACCCGTTTGGCGTAGATCCTAGTTGGCGTGGAAG 1621
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1672 TGGTTTAATCAAGTACCGTGATCCATACCCTTTTGGCGTAGATCCTAGTTGGCGTGGCAG 1731
Query 1622 TCGTACAGAACTGCCTTACCTAAACTCTCTTAAGATGAAGATGTCTATTCTGCTGGGAAT 1681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 TCGTACAGAACTGCCTTACCTAAACTCTCTTAAGATGAAGATGTCTATTCTGCTGGGAAT 1791
Query 1682 TGCTCAGATGAATCTGGGACTAATATTAAGTTTCTTTAATGCTCGCTTTTTCGGCTCTTC 1741
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1792 TGCTCAGATGAATCTGGGACTAATATTAAGTTTCTTTAATGCCCGCTTTTTCGGCTCATC 1851
Query 1742 ATTGGACATAAGGTATCAGTTTATACCTCAGATGATATTTCTGAACAGCCTATTCGGTTA 1801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1852 ATTGGACATAAGGTATCAGTTTATACCTCAGATGATATTTCTGAACAGCTTATTTGGTTA 1911
Query 1802 TCTTTCACTGCTCATCATCATCAAGTGGTGCACTGGATCTCAAGCAGACTTGTATCATGT 1861
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 CCTTTCACTGCTCATCATCATCAAGTGGTGCACTGGATCTCAAGCAGACTTGTATCATGT 1971
Query 1862 AATGATCTACATGTTTCTGAGTCCCACCGAAGAACTTGGAGAAAATGAGTTGTTCTGGGG 1921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1972 AATGATCTACATGTTTCTGAGTCCCACCGAAGAACTTGGAGAAAACGAGTTGTTCTGGGG 2031
Query 1922 CCAGCGTCCGCTTCAGATTATGTTATTGCTTCTGGCATTCATCGCTGTCCCATGGATGCT 1981
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 CCAGCGTCCACTTCAGATTGTGTTATTGCTTCTGGCATTCATCGCTGTCCCATGGATGCT 2091
Query 1982 TTTTCCGAAACCTTTTGCCCTCAGGAAAATTCACATGGAGAGGTTTCAAGGTCGCACTTA 2041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2092 TTTTCCGAAACCTTTTGCCCTCAGGAAAATTCACATGGAGAGGTTTCAAGGTCGCACGTA 2151
Query 2042 CGGGGTTCTCGGTACTTCTGAGGTGGATCTCGATGTAGAACCAGACTCCGCTAGAGGAGG 2101
||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2152 CGGGGTTCTTGTTTCTTCTGAGGTGGATCTTGATGTAGAACCAGACTCCGCAAGAGGAGG 2211
Query 2102 AGGCCATCACGAAGAAGAGTTTAACTTCAGCGAGATTTTTGTACATCAATTGATTCACTC 2161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 AGGCCATCACGAAGAAGAGTTTAACTTCAGCGAGATTTTTGTACATCAATTGATTCACTC 2271
Query 2162 CATAGAATTTGTTCTAGGTTCAGTTTCTAACACAGCATCTTACCTTCGTCTTTGGGCTCT 2221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 CATAGAATTTGTTCTAGGTTCAGTTTCTAACACAGCATCTTACCTTCGTCTTTGGGCTCT 2331
Query 2222 TAGTTTGGCTCATTCGGAATTGTCGACAGTCTTCTATGAGAAAGTTCTTCTTCTTGCCTG 2281
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2332 TAGTTTGGCTCATTCGGAATTGTCAACAGTCTTCTATGAGAAAGTTCTTCTTCTTGCCTG 2391
Query 2282 GGGGTACGAAAACATTTTGATCCGGTTAATTGGAGTAGCGGTGTTTGCGTTTGCAACAGC 2341
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2392 GGGGTATGAAAACATTTTGATCCGGTTAATCGGAGTAGCGGTGTTTGCGTTTGCAACGGC 2451
Query 2342 GTTTATACTTCTGATGATGGAAACACTAAGTGCATTTCTCCATGCTCTGCGTCTTCACTG 2401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452 GTTTATACTTCTGATGATGGAAACACTAAGTGCATTTCTCCATGCTCTGCGTCTTCACTG 2511
Query 2402 GGTAGAATTCATGGGGAAGTTCTTCAATGGAGATGGTTACAAGTTCAAGCCATTCTCTTT 2461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2512 GGTAGAATTCATGGGGAAGTTCTTCAATGGAGATGGTTACAAGTTCAAGCCTTTCTCTTT 2571
Query 2462 CGCTTTAATCTCAGATGACGATGAATAAAAACCGTAAAATCCTCAGCC 2509
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2572 CGCTTTAATCTGAGATGACGATGAATAAACACCGTAAAATCCTCAGCC 2619
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124514352526
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5