BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg933368
Length=1448
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
ATCG01280.1 | Symbols: YCF2.2 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA ty... 2523 0.0
ATCG00860.1 | Symbols: YCF2.1 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA ty... 2523 0.0
AT3G32895.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:1343... 124 2e-27
> ATCG01280.1 | Symbols: YCF2.2 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA
type, core | chrC:145291-152175 REVERSE LENGTH=6885
Length=6885
Score = 2523 bits (1366), Expect = 0.0
Identities = 1409/1430 (99%), Gaps = 2/1430 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGAAAGGACATCAATTAAAATCCTGGATTTTTGAATTGAGAGAAATAGTGAGAGAGATC 80
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Sbjct 1 ATGAAAGGACATCAATTCAAATCCTGGATTTTCGAATTGAGAGAAATAGTGAGAGAGATC 60
Query 81 AAGAATTCTCACTATTTCTTAGATTCATGGACCCAATTCAATTCAGTGGGATCTTTCCTT 140
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Sbjct 61 AAGAATGCTCACTATTTCTTAGATTCATGGACCCAATTCAATTCAGTGGGATCTTTCATT 120
Query 141 CATAtttttttCCAGCAAGAACGTTTTAGAAAACTCTTGGACCCTCGAATTTTTAGTATC 200
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Sbjct 121 CATATTTTTTTCCACCAAGAACGTTTTAGAAAACTCTTGGACCCTCGGATTTTTAGTATC 180
Query 201 CTACTTTTGCGCAATTCACAGGGTTCAACAAGCAATCGATATTTCACGATCAAGGGTGTA 260
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Sbjct 181 CTACTTTTGCGCAATTCACAGGGTTCAACAAGCAATCGATATTTCACGATCAAGGGTGTA 240
Query 261 GTACTATTTGTAGTAGCGGCCCTTCTATATCGTATTAACAATCGAAATATGGTCGAAAGC 320
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Query 321 AAAAATCTCTATTTGAAAGGGCTTCTTCCTATACCTATGAATTCCATTGGACCCAGAAAT 380
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Sbjct 301 AAAAATCTCTATTTGAAAGGGCTTCTTCCTATACCTATGAATTCCATTGGACCCAGAAAT 360
Query 381 GATACATCGGAAGAATCTTTTGGGTCTTGCAATATCAATAGGTTGATTGTTTCGCTCCCG 440
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Query 441 TATCTTACAAAAGGAAAAAAGATCTCTGAGAGTTGTTTCCGGGATCCGAAAGAGAGTACT 500
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Sbjct 421 TATCTTACAAAAGGAAAAAAGATCTCTGAGAGCTGTTTCCGGGATCCGAAAGAGAGTACT 480
Query 501 TGGGTTCTCCCAATAACTCAAAAGTGTATCATGCCTGAATCTAACTGGAGTTCGCGGTGG 560
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Sbjct 481 TGGGTTCTCCCAATAACTCAAAAGTGTATCATGCCTGAATCTAACTGGAGTTCGCGGTGG 540
Query 561 TGGAGGAACTGGATCGGAAAAAAGAGGGATTTTTGTTGTAAGATATCTAATGAAACCGTC 620
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Sbjct 541 TGGAGGAACTGGATCGGAAAAAAGAGGGGTTTTTGTTGTAAGATATCTAATGAAACCGTC 600
Query 621 ACTGGAATTGATATCTCATTTAAAGAGAAAGATATCAAATATCTGGAGTTTCTTTTTGTA 680
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Sbjct 601 GCTGGAATTGATATCTCATTTAAAGAGAAAGATATCAAATATCTGGAGTTTCTTTTTGTA 660
Query 681 TATTATATGGATGATCCGATCCGCAAGGGCCATGATTGGGAATTGTTTGATCGTCTTTCT 740
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Sbjct 661 TATTATATGGATGATCCGATCCGCAAGGGCCATGATTGGGAATTGTTTGATCGTCTTTCT 720
Query 741 CCGAGTAAGAGGCGAAACATAATCAACTTGAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTTAGTG 800
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Sbjct 721 CCGAGTAAGAGGCGAAACATAATCAACTTGAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTTAGTG 780
Query 801 AAAGACTGGATTTGTTATTTCATGTTTGCTTTTCGTGAAAAAATACCAATTGAATTGGAG 860
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Sbjct 781 AAAGACTGGATTTGTTATCTCATGTTTGCTTTTCGTGAAAAAATACCAATTGAAGTGGAG 840
Query 861 GGTTTCTTCAAACAACAACGAGCTGGGTCAACTATTCAATCAAATGATATTGAGCATGTT 920
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Sbjct 841 GGTTTCTGCAAACAACAAGGAGCTGGGTCAACTATTCAATCAAATGATATTGAGCATGTT 900
Query 921 TCTCATCTCTTCTCGAGAAACAAGTGGACTATTTCTTTGCAAAATTGTGCTCAATTTCAT 980
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Sbjct 901 TCCCATCTCTTCTCGAGAAACAAGTGGGCTATTTCTTTGCAAAATTGTGCTCAATTTCAT 960
Query 981 ATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAATCCGCACGAATCGGAt 1040
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Query 1041 ttttttAGGAAATTATCGAGAGAGAATTGGATTTGGTTAGACAATGTGTGGTTGGTAAAC 1100
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Sbjct 1021 TTTTTTAGGAAAATATCGAGAGAGAATTGGATTTGGTTAGACAATGTGTGGTTGGTAAAC 1080
Query 1101 AAGGATAGATTTTTTAGCAAGGTACGAAACGTATCGTCAAATATTCAATATGATTCTACA 1160
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Query 1161 AGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAACGGATCTTCTGATCAATTC 1220
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Sbjct 1141 AGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAACGGATCTTCTGATCAATTC 1200
Query 1221 ATAGATCCTTTCGATTCCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACTATCACACATTGATC 1280
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Sbjct 1201 ATAGATCCTTTCGATTCCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACTATCACACATTGATC 1260
Query 1281 AATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGATTCTTTTGGATCCTTCCTTTATT 1340
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Sbjct 1261 AATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGATTCTTTTGGATCCTTCCTTTATT 1320
Query 1341 CAAACGGAAGGAAGAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATACCTTTCTGGATATTCC 1400
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Sbjct 1321 CAAACGGAAGGAAGAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATACCTTTCTGGCTATTCC 1380
Query 1401 TCAATGCCCC--CTACTCACGGAACGTGAGAAGCGAATGAATAATCATCT 1448
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Sbjct 1381 TCAATGCCCCGGCTATTCACGGAACGTGAGAAGCGAATGAATAATCATCT 1430
> ATCG00860.1 | Symbols: YCF2.1 | Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA
type, core | chrC:86474-93358 FORWARD LENGTH=6885
Length=6885
Score = 2523 bits (1366), Expect = 0.0
Identities = 1409/1430 (99%), Gaps = 2/1430 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGAAAGGACATCAATTAAAATCCTGGATTTTTGAATTGAGAGAAATAGTGAGAGAGATC 80
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Sbjct 1 ATGAAAGGACATCAATTCAAATCCTGGATTTTCGAATTGAGAGAAATAGTGAGAGAGATC 60
Query 81 AAGAATTCTCACTATTTCTTAGATTCATGGACCCAATTCAATTCAGTGGGATCTTTCCTT 140
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Sbjct 61 AAGAATGCTCACTATTTCTTAGATTCATGGACCCAATTCAATTCAGTGGGATCTTTCATT 120
Query 141 CATAtttttttCCAGCAAGAACGTTTTAGAAAACTCTTGGACCCTCGAATTTTTAGTATC 200
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Sbjct 121 CATATTTTTTTCCACCAAGAACGTTTTAGAAAACTCTTGGACCCTCGGATTTTTAGTATC 180
Query 201 CTACTTTTGCGCAATTCACAGGGTTCAACAAGCAATCGATATTTCACGATCAAGGGTGTA 260
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Query 261 GTACTATTTGTAGTAGCGGCCCTTCTATATCGTATTAACAATCGAAATATGGTCGAAAGC 320
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Query 381 GATACATCGGAAGAATCTTTTGGGTCTTGCAATATCAATAGGTTGATTGTTTCGCTCCCG 440
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Sbjct 361 GATACATCGGAAGAATCTTTTGGGTCTTGCAATATCAATAGGTTGATTGTTTCGCTCCTG 420
Query 441 TATCTTACAAAAGGAAAAAAGATCTCTGAGAGTTGTTTCCGGGATCCGAAAGAGAGTACT 500
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Query 561 TGGAGGAACTGGATCGGAAAAAAGAGGGATTTTTGTTGTAAGATATCTAATGAAACCGTC 620
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Query 621 ACTGGAATTGATATCTCATTTAAAGAGAAAGATATCAAATATCTGGAGTTTCTTTTTGTA 680
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Query 741 CCGAGTAAGAGGCGAAACATAATCAACTTGAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTTAGTG 800
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Sbjct 721 CCGAGTAAGAGGCGAAACATAATCAACTTGAATTCGGGACAGCTATTCGAAATCTTAGTG 780
Query 801 AAAGACTGGATTTGTTATTTCATGTTTGCTTTTCGTGAAAAAATACCAATTGAATTGGAG 860
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Sbjct 901 TCCCATCTCTTCTCGAGAAACAAGTGGGCTATTTCTTTGCAAAATTGTGCTCAATTTCAT 960
Query 981 ATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAATCCGCACGAATCGGAt 1040
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Query 1041 ttttttAGGAAATTATCGAGAGAGAATTGGATTTGGTTAGACAATGTGTGGTTGGTAAAC 1100
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Query 1161 AGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAACGGATCTTCTGATCAATTC 1220
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Sbjct 1141 AGATCTAGTTTCGTTCAAGTAACGGATTCTAGCCAATTGAACGGATCTTCTGATCAATTC 1200
Query 1221 ATAGATCCTTTCGATTCCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACTATCACACATTGATC 1280
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Sbjct 1201 ATAGATCCTTTCGATTCCATTAGTAATGAGGATTCGGAATATCACTATCACACATTGATC 1260
Query 1281 AATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGATTCTTTTGGATCCTTCCTTTATT 1340
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Sbjct 1261 AATCAAAGAGAGATTCAACAACTAAAAGAAAGATCGATTCTTTTGGATCCTTCCTTTATT 1320
Query 1341 CAAACGGAAGGAAGAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATACCTTTCTGGATATTCC 1400
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Sbjct 1321 CAAACGGAAGGAAGAGAGATAGAATCAGACCGATTCCCTAAATACCTTTCTGGCTATTCC 1380
Query 1401 TCAATGCCCC--CTACTCACGGAACGTGAGAAGCGAATGAATAATCATCT 1448
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Sbjct 1381 TCAATGCCCCGGCTATTCACGGAACGTGAGAAGCGAATGAATAATCATCT 1430
> AT3G32895.1 | Symbols: | transposable element gene | chr3:13431016-13435542
FORWARD LENGTH=4527
Length=4527
Score = 124 bits (67), Expect = 2e-27
Identities = 86/95 (91%), Gaps = 1/95 (1%)
Strand=Plus/Minus
Query 966 TGTGCTCAATTTCATATGTGGCAATTCCACCAAGATCTCTTCGTTAGTTGGGGGAAGAAT 1025
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Sbjct 3093 TGT-CTGAATTTCATATGTGGCAATTCCACCAAGATATCTTCGTTAGTTGGGGCAAGAAT 3035
Query 1026 CCGCACGAATCGGAtttttttAGGAAATTATCGAG 1060
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Sbjct 3034 CCGCACTAATCAGATTTTTTTGGGAAAATATTGAG 3000
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71385174990
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5