BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg933675
Length=2981
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G31320.1 | Symbols: PARP2, ATPARP2 | poly(ADP-ribose) polyme... 4915 0.0
> AT2G31320.1 | Symbols: PARP2, ATPARP2 | poly(ADP-ribose) polymerase
2 | chr2:13353821-13359728 REVERSE LENGTH=3327
Length=3327
Score = 4915 bits (2661), Expect = 0.0
Identities = 2885/2992 (96%), Gaps = 20/2992 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 TCTCTTACCGGAGAAATGGCGAGCCCTCATAAGCCGTGGAGGGCGGAGTATGCCAAGTCG 65
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 136 TCTCTTACCGGAGAAATGGCAAGCCCACATAAGCCGTGGAGGGCGGAGTATGCAAAGTCG 195
Query 66 TCGAGGTCTTCATGCAAAACTTGCAAGTCCGTCATCAACAAGGAGAACTTTCGTCTTGGA 125
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 196 TCGAGGTCTTCATGTAAAACTTGCAAGTCCGTCATTAACAAGGAGAACTTTCGTCTTGGA 255
Query 126 AAGTTGGTTCAATCTACTCACTTCGATGGCATCATGCCCATGTGGAACCATGCTTCTTGT 185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 256 AAGTTGGTTCAATCTACTCACTTCGATGGCATCATGCCCATGTGGAACCATGCTTCTTGT 315
Query 186 ATACTGAATAAGACGAAGCAGATAAAATCAGTTGATGATGTTGAAGGCATAGAATCACTA 245
||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 ATACTAAAGAAGACGAAGCAGATAAAATCAGTTGATGATGTTGAAGGCATAGAATCACTT 375
Query 246 CGTTGGGAAGATCAGCAAAAGATTAGAAAATATGTCGAATCTGGAGCA-GG-G--A-A-T 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |
Sbjct 376 CGTTGGGAAGATCAGCAAAAGATTAGAAAATATGTCGAATCTGGAGCAGGGAGTAACACA 435
Query 300 AG--C-A-CA-A-GCACAAGCACGAGCAGTACCGCTAATAATGCCAAACTAGAATATGGG 353
|| | | || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 436 AGCACAAGCACAGGCACAAGCACGAGCAGTACCGCTAATAATGCCAAACTAGAATATGGG 495
Query 354 ATTGAAGTGTCACAAACTTCTCGTGCCGGTTGCAGAAAGTGTAGCGAAAAGATCTTGAAA 413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 496 ATTGAAGTGTCACAAACTTCTCGTGCCGGTTGCAGAAAGTGTAGCGAAAAGATCTTGAAA 555
Query 414 GGAGAGGTACGTATATTCTCTAAGCCTGAAGGCCCGGGTAACAAGGGTTTGATGTGGCAT 473
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 556 GGAGAGGTACGTATATTCTCCAAGCCTGAAGGCCCGGGTAACAAAGGTTTGATGTGGCAT 615
Query 474 CACGCAAAATGTTTCCTTGAAATGTCTTCCTCTACTGAACTGGAAAGTTTGTCTGGATGG 533
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 616 CACGCTAAATGTTTCCTTGAAATGTCTTCCTCTACTGAACTGGAAAGTTTGTCTGGATGG 675
Query 534 AGAAGTATACCAGACGCAGACCAAGAAGTTCTTCTTCCCTTAGTGAAGAAAGCTCTGCCG 593
||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 676 AGAAGTATACCAGACTCAGACCAAGAAGCTCTTCTTCCCTTAGTGAAGAAAGCTCTGCCG 735
Query 594 GTAGCCAAAACTGAGACAGCAGAAGCACGTCAAACAAATTCAAGAGCAGGCACAAAACGA 653
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 736 GCAGCCAAAACTGAGACAGCAGAAGCACGTCAAACAAATTCAAGAGCAGGCACAAAACGA 795
Query 654 AAAAATGATTCTGGTGATAACGAGAAGTCGAAACTAGCAAAAACTAGTTTTGACATGTCT 713
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 796 AAAAATGATTCTGTTGATAACGAGAAGTCGAAACTAGCAAAAAGTAGTTTTGACATGTCT 855
Query 714 ACAAGTGGTGCTTTACAACCCTGTAGCAAAGAAAGGGAAATGGAGGCCCAAACTAAAGAA 773
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 856 ACAAGTGGTGCTTTACAACCTTGTAGCAAAGAAAAGGAAATGGAGGCCCAAACTAAGGAA 915
Query 774 TTGTGGGATCTGAAGGATGATCTGAAAAAATATGTGAA-ATCAGCTGAGTTGCGGGAAAT 832
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 916 TTGTGGGACCTGAAGGATGATCTGAAAAAATATGT-AACATCAGCTGAGTTGCGGGAAAT 974
Query 833 GCTTGAAGTAAATGAACAAAGTACACGAGGATCTGAACTTGATCTGCGTGATAAATGTGC 892
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 GCTTGAAGTAAATGAACAAAGTACAAGAGGATCTGAACTTGATCTGCGTGATAAATGTGC 1034
Query 893 TGATGGCATGATGTTTGGCCCTCTCGCTCTCTGCCCAATTTGCTCTGGGCATCTTTCTTT 952
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 TGATGGCATGATGTTTGGCCCACTCGCTCTCTGCCCAATGTGCTCTGGGCATCTTTCTTT 1094
Query 953 CTCCGGAGGACTTTACCGATGCCATGGATACATCTCGGAATGGAGCAAATGTTCTCATTC 1012
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095 CTCCGGAGGACTTTACCGATGCCATGGATACATCTCAGAATGGAGCAAATGTTCTCATTC 1154
Query 1013 CACTTTGGATCCAGACCGCATCAAAGAGAAGTGGAAAATCCCTGGCGAAACAGAAAATCA 1072
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1155 CACTTTGGATCCAGACCGCATCAAAGGGAAGTGGAAAATCCCTGACGAAACAGAAAATCA 1214
Query 1073 GTTCCTTCTGAAGTGGAATAAGTCTCAAAATAGTGTGAAGCCAAAACGTATTCTGCACCC 1132
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1215 ATTCCTTCTGAAGTGGAATAAGTCTCAAAAGAGTGTGAAGCCAAAACGTATTCTGCGTCC 1274
Query 1133 TGTATCGTCTGGTGAGACGTCTCAGGGTCAAGGTTCTAAAGATGCAACTGACTCCTCAAG 1192
||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275 TGTATTGTCTGGCGAGACATCTCAGGGTCAAGGTTCTAAAGATGCAACTGACTCCTCAAG 1334
Query 1193 GAGTGAAAAGCTGGCAGATCTTAAAGTTTCAATTACTGGAGTTACTAAGGAAAGGCAAGC 1252
|||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1335 GAGTGAAAGGCTAGCAGATCTTAAAGTTTCAATTGCTGGAAATACTAAGGAAAGGCAACC 1394
Query 1253 ATGGAAGAAGAGAATTGAGGAAGCTGGTGGTGAGTTTCATGCTAATGTTAAAAAAGGTAC 1312
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1395 ATGGAAGAAGAGAATTGAGGAAGCTGGTGCAGAGTTTCATGCTAATGTTAAAAAAGGTAC 1454
Query 1313 AAGCTGTTTGGTTGTTTGTGGACTGACAGATATCCGAGATGCTGAAATGAGAAAAGCAAG 1372
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1455 AAGCTGTTTGGTTGTTTGTGGACTGACAGATATCAGAGACGCTGAAATGAGAAAGGCAAG 1514
Query 1373 GAGGATGAAAGTGGCAATCGTGAGAGAGGATTATTTGGTTGACTGTTTTAAAAAGCAGAG 1432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1515 GAGGATGAAAGTGGCAATCGTGAGAGAGGATTATTTGGTTGATTGTTTTAAAAAACAGAG 1574
Query 1433 GAAACTTCCATTTGACAAGTTCAAAATTGAAGACACTAGTGAGAGCCTGGTCACTGTTAA 1492
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1575 GAAACTTCCATTTGACAAGTACAAAATTGAAGACACTAGTGAGAGCCTTGTCACTGTTAA 1634
Query 1493 AGTAAAAGGACGAAGCGCTGTGCATGAAGCGTCTGGCCTCCAAGAGCACTGTCACATTCT 1552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1635 AGTAAAAGGACGAAGCGCTGTGCATGAAGCGTCTGGCCTCCAAGAGCACTGTCACATTCT 1694
Query 1553 TGAAGATGGGAACAGTATCTATAACACAACTCTGAGCATGTCTGATCTTTCTACCGGTAT 1612
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1695 TGAAGATGGGAACAGTATCTATAACACAACTCTGAGCATGTCTGATCTCTCTACCGGTAT 1754
Query 1613 CAATAGTTATTACATACTCCAGATAATCCAAGAAGATAAAGGTTCAGATTGCTACGTATT 1672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1755 CAATAGTTATTACATACTCCAGATAATCCAAGAAGATAAAGGTTCAGATTGTTACGTATT 1814
Query 1673 TCGTAAATGGGGCCGAGTTGGAAATGAAAAGATTGGTGGTAACAAAGTAGAAGAAATGTC 1732
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1815 TCGTAAATGGGGCCGAGTTGGAAATGAAAAGATTGGTGGTAACAAAGTGGAGGAAATGTC 1874
Query 1733 AAAGTCTGATGCGGTTCACGAATTCAAACGTCTATTTCTTGAAAAGACCGGAAACACATG 1792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1875 AAAGTCTGATGCGGTTCACGAATTCAAACGTCTATTTCTTGAAAAAACCGGAAACACATG 1934
Query 1793 GGAATCTTGGGAACAAAAAACGAATTTCCAGAAACAACCTGGAAAATTTCTCCCGTTGGA 1852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1935 GGAATCTTGGGAACAAAAAACGAATTTCCAGAAACAACCTGGAAAATTTCTCCCGTTGGA 1994
Query 1853 CATTGATTATGGAGTTAATAAGCAAGTAGCCAAAAAAGAGCCATGTCATG-CCAGTAGCA 1911
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||
Sbjct 1995 CATTGATTATGGAGTTAATAAGCAAGTAGCCAAAAAAGAGCCATTTCA-GACCAGTAGCA 2053
Query 1912 ACCTTGCTCC-TCCATTAATAGAATTGATGAAGATGCTTTTTGATGTGGAAACTTACAGA 1970
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2054 ACCTTGCTCCATC-ATTAATAGAATTGATGAAGATGCTTTTTGATGTGGAAACTTACAGA 2112
Query 1971 TCTGCAATGATGGAGTTCGAGATAAATATGTCAGAGATGCCACTTGGGAAACTCAGCAAA 2030
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2113 TCTGCAATGATGGAGTTCGAGATAAATATGTCAGAGATGCCACTTGGGAAGCTCAGCAAA 2172
Query 2031 CATAATATACAGAAGGGTTTTGAGGCATTGACGGAGATACAGAAGCTATTGACTGAAAGC 2090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2173 CATAATATACAGAAGGGTTTTGAGGCATTGACGGAGATACAGAGGCTATTGACTGAAAGC 2232
Query 2091 GACCCCCAGCCTTCTATCAAAGAAAGCTTGCTTGTTGATGCTAGTAATAGATTTTTTACC 2150
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2233 GACCCCCAGCCTACTATGAAAGAAAGCTTGCTTGTTGATGCTAGTAACAGATTTTTTACC 2292
Query 2151 ATGATCCCTTCTATTCATCCTCATATTATCCGAGATGAAGAGGACTTTAAGTCAAAGGTG 2210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2293 ATGATCCCTTCTATTCATCCTCATATTATCCGAGATGAAGATGACTTTAAGTCAAAGGTG 2352
Query 2211 AAAATGCTCGAGGCTCTGCAGGATATCGAATTAGCTTCAAGATTAGTTGGCTTTGATGTT 2270
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2353 AAAATGCTCGAGGCTCTGCAGGATATCGAAATAGCTTCAAGAATAGTTGGCTTTGATGTT 2412
Query 2271 GATAGCACCGAATCGCTTGATGATAAGTATAAGAAGCTGCATTGTGATATTTCACCACTT 2330
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2413 GATAGCACCGAATCTCTTGATGATAAGTATAAGAAGCTGCATTGCGATATCTCACCACTT 2472
Query 2331 CCTCATGATAGCGAAGATTATCGATTAATCGAGAAGTATCTTAACACAACTCATGCCCCA 2390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2473 CCTCATGATAGCGAAGATTATCGATTAATCGAGAAGTATCTTAACACAACTCATGCCCCA 2532
Query 2391 ACACATACAGAATGGAGTCTTGAACTAGAGGAAGTTTTTGCTCTTGAAAGAGAAGGAGAG 2450
|| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2533 ACGCATACAGAGTGGAGTCTTGAGCTAGAGGAAGTTTTTGCTCTTGAAAGAGAAGGAGAG 2592
Query 2451 TTTGATAAATATGCTCCCCACAGGGACAAACTTGGCAATAAGATGCTCCTATGGCATGGT 2510
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2593 TTTGATAAATATGCTCCCCACAGAGAAAAACTTGGCAATAAGATGCTCCTATGGCATGGT 2652
Query 2511 TCTCGATTGACGAATTTTGTTGGAATATTGAACCAAGGACTGAGAATTGCACCTCCAGAA 2570
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2653 TCTCGATTAACGAATTTTGTTGGAATATTGAACCAAGGACTGAGAATTGCACCTCCAGAA 2712
Query 2571 GCTCCTGCTACTGGTTACATGTTTGGAAAGGGGATATACTTCGCTGACCTTGTCAGTAAA 2630
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2713 GCTCCTGCTACTGGTTACATGTTTGGAAAAGGGATATACTTTGCTGACCTTGTCAGTAAA 2772
Query 2631 AGTGCTCAGTACTGCTACACTTGTAAGAAAAATCCGGTGGGTCTAATGCTTCTGAGTGAA 2690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2773 AGTGCTCAGTACTGCTACACTTGTAAGAAAAATCCGGTGGGTCTAATGCTTCTGAGTGAA 2832
Query 2691 GTTGCATTGGGAGAAATACATGAGCTAACAAAAGCAAAGTATATGGATAAACCTCCGAAA 2750
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2833 GTTGCATTGGGAGAAATACATGAGCTAACAAAAGCTAAGTATATGGATAAACCTCCGAGA 2892
Query 2751 GGGAAACACTCGACTAAAGGGCTTGGCAAGAAAGTGCCTCAAGATTCAGAGTTTGCCAAG 2810
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2893 GGGAAACACTCGACCAAAGGGCTCGGCAAGAAAGTGCCTCAAGATTCCGAGTTTGCCAAG 2952
Query 2811 TGGAGAGGTGATGTGACTGT-CCCTTGTGGAAAACCTGTTGCATCGACGGTCAAGGCTTC 2869
|||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||
Sbjct 2953 TGGAGAGGTGATGTGACTGTTCCCT-GTGGAAAACCTGTTTCATCAAAGGTCAAGGCTTC 3011
Query 2870 TGAGCTTATGTACAACGAGTATATTGTCTACAACACAGCCCAGGTGAAGTTGCAGTTCTT 2929
||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3012 TGAGCTTATGTACAATGAGTATATCGTCTACGATACAGCCCAGGTGAAGTTGCAGTTCTT 3071
Query 2930 GTTGAAAGTAAGGTTTAAGCACAAGAGATGAGCTTGAACCAAACAAGAAGAC 2981
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3072 GTTGAAAGTAAGGTTTAAGCACAAGAGATGAGCCTGAACCAAACAAGAAGAC 3123
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 148193149622
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5