BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg933784
Length=1765
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G32230.1 | Symbols: PRORP1 | proteinaceous RNase P 1 | chr2:... 2889 0.0
> AT2G32230.1 | Symbols: PRORP1 | proteinaceous RNase P 1 | chr2:13679529-13682236
REVERSE LENGTH=1942
Length=1942
Score = 2889 bits (1564), Expect = 0.0
Identities = 1701/1768 (96%), Gaps = 6/1768 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTCTTCAAC-AGCTTGAGAGCAAAGTTATGCTGCGTTTAACTTGTTTTACTCCTTGTTTT 59
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 118 TTCTTCAACAAGCTTGAGAGCAAAGTTATGCTGCGTTTAACTTGTTTTACACCTTCTTTT 177
Query 60 TCTCGGGCGTGTTTTCCTTTATTTGCAATGATGCTCAAAGTCCCATCTGTTCATCTCCAC 119
||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 TCTCGAGCGTGTTGTCCTTTATTTGCAATGATGCTCAAAGTCCCATCTGTTCATCTCCAC 237
Query 120 CATCCTAGATTTTCTCCATTTCGTTCCTACCATACTTCCTTACTTGTGAAAGGCACCCGA 179
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 238 CATCCTAGATTTTCTCCATTTCGTTTCTACCATACTTCCTTACTTGTGAAAGGCACCAGA 297
Query 180 GATAGACGACTCATTCTTCTTGAGCGTAGCAGACATCTATGTACAATGCCCCTCGCTGCT 239
|||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 298 GATAGACGTCTTATTCTTGTTGAGCGTAGCAGACATCTATGTACATTGCCTCTCGCTGCT 357
Query 240 GCTAAACAATCAGCAGCTTCTCCTTCTGAAAACTTATCGAGGAAAGCGAAGAAGAAAGCT 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 GCTAAACAATCAGCAGCTTCTCCTTCTGAAAACTTATCGAGGAAAGCGAAGAAGAAAGCT 417
Query 300 ATTCAACAGTCTCCTGAAGCATTGCTGAAACAAAAGCTAGATATGTGCTCTAAGAAAGGT 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 ATTCAACAGTCTCCTGAAGCATTGCTGAAACAAAAGCTAGATATGTGCTCTAAGAAAGGT 477
Query 360 GATGTCTTGGAAGCTCTTCGCTTGTATGATGAGGCAAGACGCAATGGCGTGCAGCTCAGC 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 478 GATGTCTTGGAAGCTCTTCGCTTGTATGATGAGGCAAGACGCAATGGCGTGCAGCTTAGC 537
Query 420 CAGTACCATTATAATGTATTGCTTTATGTATGCTCGTTGGCTGAGGCAGCAACTGAGTCT 479
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 538 CAGTACCATTATAATGTGTTGCTTTATGTATGCTCGTTGGCTGAGGCAGCAACAGAGTCG 597
Query 480 TCTCCAAACCCAGGGCTTAGTAGGGGTTTTGATATATTTAAGCAGATGATTGTTGACAAA 539
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 598 TCTCCAAATCCAGGGCTTAGTAGGGGTTTTGATATTTTTAAGCAGATGATTGTTGATAAA 657
Query 540 GTTGTTCCCAATGAAGCTACATTTACAAACGGGGCTAGACTCGCAGTTGCAAAGGATGAC 599
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GTTGTTCCCAATGAAGCTACATTTACAAACGGTGCTAGACTCGCAGTTGCAAAGGATGAC 717
Query 600 CCGGAAATGGCTTTTGATATGGTGAAACAGATGAAAGCCTTTGGTATTCAACCAAGGTTG 659
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 CCGGAAATGGCTTTCGATATGGTGAAACAGATGAAAGCCTTTGGTATTCAACCAAGGTTG 777
Query 660 AGATCATATGGACCAGCCCTTTTTGGTTTCTGTAG-AAAGGGTGATGCAGACAAAGCTTA 718
||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 778 AGATCCTATGGACCTGCCCTTTTTGGTTTCTGTAGGAAAGG-TGATGCAGACAAAGCTTA 836
Query 719 TGAAGTCGATGCGCATATGGTTGAATCAGAGGTAGTCCCTGAAGAACCTGAGCTTGCTGC 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TGAAGTCGATGCGCATATGGTTGAATCAGAGGTAGTCCCTGAAGAACCTGAGCTTGCTGC 896
Query 779 TCTTTTGAAAGTTAGTATGGATACAAAGAACGCAGACAAGGTCTATAAGACGCTGCAGCG 838
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 897 TCTTTTGAAAGTTAGTATGGATACAAAGAACGCAGACAAGGTCTATAAGACGTTGCAGCG 956
Query 839 GTTGAGAGATTTGGTGAGACAGGTTTCTAAATCGACTTTTGATATGATTGAGGAGTGGTT 898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 ATTGAGAGATTTGGTGAGACAGGTTTCTAAATCGACTTTTGATATGATTGAGGAGTGGTT 1016
Query 899 TAAATCTGAAGCAGCTACAAAAGCTGGAGTTAAGAAATGGGATGTGAAGAAAATAAGGGA 958
||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TAAATCTGAAGTAGCTACAAAAACTGGAGTGAAGAAATGGGATGTGAAGAAAATAAGGGA 1076
Query 959 TGCGGTTGTGAGTGGTGGTGGTGGGTGGCATGGACAGGGATGGCTTGGGACTGGCAAATG 1018
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1077 TGCGGTTGTGAGTGGTGGTGGTGGGTGGCATGGACAAGGATGGCTGGGGACTGGCAAATG 1136
Query 1019 GAATGTGAAAAGAACAGAGATGGATGAGAATGGTGTGTGTAAATGTTGCAAAGAGAAGCT 1078
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GAATGTGAAAAGAACAGAGATGGATGAGAATGGTGTATGTAAATGTTGCAAAGAGAAGCT 1196
Query 1079 TGTTTGTATTGATATCAATCCGGTTGAGACAGAAACCTTTGCTGCATCGTTGACCCGATT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 TGTTTGTATTGATATCAATCCGGTTGAGACAGAAACCTTTGCTGCATCGTTGACCCGATT 1256
Query 1139 GGCCTGTGAAAGAGAAGTCAAAGCTAATTTTAATCAGTTTCAGGAATGGCTGGAAAGACA 1198
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 GGCATGTGAAAGAGAAGTCAAGGCTAATTTTAATCAGTTTCAGGAATGGCTGGAAAGACA 1316
Query 1199 TGGACCGTTTGATGCAGTCATTGATGGAGCCAACATGGGTTTAGTCAACCAGCGCAGTTT 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 TGGACCGTTTGATGCAGTCATTGATGGAGCCAACATGGGCTTAGTCAACCAGCGCAGTTT 1376
Query 1259 CAGCTTTTTCCAGCTTAACAATACTGTCCAAAGATGTCAACAAATAAGCCCGTCGAAAAG 1318
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 CAGCTTCTTCCAGCTTAACAACACTGTCCAAAGATGCCAACAAATAAGCCCGTCGAAAAG 1436
Query 1319 GTTACCACTTGTGATCCTGCACAAGAGTCGTGTAAATGGAGGTCCAGCAACTTACCCTAA 1378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1437 GTTACCACTTGTGATCCTGCACAAGAGTCGTGTAAATGGAGGTCCAGCTACATACCCTAA 1496
Query 1379 AAACAGAGCCTTGCTAGAGAAATGGAAAAATGCCGGTGCTCTCTACGCTACTCCTCCTGG 1438
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1497 AAACAGAGCCTTGCTAGAGAAATGGAAAAACGCTGGTGCTCTCTATGCTACCCCTCCTGG 1556
Query 1439 CTCAAACGATGATTGGTATTGGCTTTACGCTGCAGTAACTTGCAAGTGTTTATTGGTGAC 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| || || ||
Sbjct 1557 CTCAAACGATGATTGGTATTGGCTTTACGCTGCGGTAAGTTGCAAATGTTTGTTAGTAAC 1616
Query 1499 AAACGATGAGATGAGAGACCACCTCTTTCAATTACTAGGAAATAGTTTCTTCCCAAGGTG 1558
||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AAACGATGAGATGAGAGACCATCTCTTCCAGTTACTTGGAAATAGTTTCTTCCCAAGGTG 1676
Query 1559 GAAAGAGAAGCATCAGGTTCGGATCTCTGT-ATCAAGAGAAGATGGACTCACACTTCATA 1617
|||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1677 GAAAGAGAAGCATCAGGTTCGGATCTCTGTCA-CTAGAGAAGATGGACTCAAACTTAATA 1735
Query 1618 TGCCACCTCCATACTCCATTGTTATACAGGAGTCTGAAGATGGAACATGGCATGCCCCAA 1677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 1736 TGCCACCTCCATACTCCATTGTTATACAGGAGTCTGAAGATGGAACCTGGCATGTACCAA 1795
Query 1678 TGAGCGTAGAAGATGATCTCCAAACATCAAGGCAATGGTTATGCGCAAAAAGATCCAAAA 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TGAGCGTAGAAGATGATCTCCAAACATCAAGGCAATGGTTATGCGCAAAAAGATCCAAAA 1855
Query 1738 CACCTTGAAATTTTTCATTCTCTTGTTG 1765
||||||||| ||||| | || |||||||
Sbjct 1856 CACCTTGAATTTTTTTAATC-CTTGTTG 1882
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87298747755
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5