BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg933859
Length=2704
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G32810.1 | Symbols: BGAL9 | beta galactosidase 9 | chr2:1391... 4385 0.0
> AT2G32810.1 | Symbols: BGAL9 | beta galactosidase 9 | chr2:13919127-13925350
REVERSE LENGTH=2972
Length=2972
Score = 4385 bits (2374), Expect = 0.0
Identities = 2600/2710 (96%), Gaps = 11/2710 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTTGATGAGC-TTTACTTCAATGGCAGAGTCAATTCGAA-TTATTTCGCTTCAATGGCA 58
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 5 CTTTGATGAGCTTTTACTTCAATGGCAGAGTCAATTCGAACTT-TTTCGCTTCAATGGCG 63
Query 59 GATACTGTCACTGATCATCGCTTTACTTGTGTATTTTCCGA-TCGTCTCGGGAAGTTTCT 117
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||||| ||
Sbjct 64 GATACTGTCACTGATCATCGCTTTACTTGTGTACTTTCCGATTC-TGTCGGGAAGTTACT 122
Query 118 TTAAACCGTTCAATGTGAGCTACGACCACCGGGCTCTAATCATCGCCGGCAAGAGGCGCA 177
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 TTAAACCGTTCAATGTGAGCTACGATCACCGGGCTTTAATCATCGCCGGCAAGAGGCGCA 182
Query 178 TGCTCGTCTCCGCTGGAATTCACTACCCTCGCGCTACTCCTGAAATGTGGTCTGATCTAA 237
|||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 183 TGCTCGTCTCAGCTGGAATTCACTACCCTCGAGCCACTCCTGAGATGTGGTCTGATCTCA 242
Query 238 TCGAAAAGAGTAAAGAAGGTGGAGCTGATGTGATTCAAACTTATGTGTTTTGGAGCGGCC 297
||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 243 TCGCAAAGAGTAAAGAAGGTGGAGCTGATGTGGTTCAAACTTATGTGTTTTGGAATGGGC 302
Query 298 ACGAGCCTGTAAAGGGTCAGTATAACTTTGAAGGAAGATACGACCTTGTCAAATTTGTGA 357
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 303 ACGAGCCTGTAAAGGGTCAGTATAACTTTGAAGGAAGATATGACCTTGTCAAATTTGTGA 362
Query 358 AGCTTATTGGTTCAAGTGGTCTTTATCTCCATCTACGCATAGGTCCTTATGTTTGTGCTG 417
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 AGCTTATTGGATCAAGTGGTCTTTATCTCCATCTACGGATAGGTCCTTATGTTTGTGCTG 422
Query 418 AGTGGAACTTTGGGGGGTTCCCAGTGTGGTTGCGTGATATTCCTGGCATTCAGTTTCGAA 477
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 423 AGTGGAACTTTGGGGGGTTCCCAGTGTGGCTGCGGGATATTCCTGGCATTGAGTTTCGAA 482
Query 478 CAGATAATGAGCCTTTTAAGAAGGAGATGCAGAAGTTTGTAACGAAGATTGTTGATTTGA 537
|||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 483 CAGATAATGAACCTTTTAAGAAAGAGATGCAAAAGTTTGTAACAAAGATTGTGGATTTGA 542
Query 538 TGCGAGAAGCAAAGCTCTTCTGTTGGCAAGGAGGTCCCATAATCATGCTGCAGATCGAGA 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 TGCGAGAAGCAAAGCTCTTCTGTTGGCAAGGAGGTCCCATAATCATGCTGCAGATCGAGA 602
Query 598 ATGAATATGGGGATGTTGAAAAATCGTATGGGCAGAAGGGAAAGGATTACGTCAAATGGG 657
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 ATGAATATGGGGATGTTGAAAAATCTTACGGGCAGAAGGGAAAGGATTACGTCAAATGGG 662
Query 658 CAGCTAGCATGGCGCTAGGGCTTGGTGCTGGTGTTCCATGGGTTATGTGCAAGCAAACGG 717
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 663 CAGCTAGCATGGCTCTAGGGCTTGGTGCTGGAGTTCCGTGGGTTATGTGCAAACAAACGG 722
Query 718 ATGCTCCAGAGAATATTATTGATGCATGCAATGGATACTATTGTGATGGTTTTAAACCAA 777
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 ACGCTCCAGAGAATATTATTGATGCATGCAATGGATACTATTGTGATGGTTTTAAACCAA 782
Query 778 ATTCGCAGACGAAACCAATACTTTGGACAGAGGATTGGGATGGATGGTACACGAAGTGGG 837
|||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 ATTCGCGGACGAAGCCAGTACTTTGGACAGAGGATTGGGATGGATGGTACACGAAGTGGG 842
Query 838 GTGGAAGTTTGCCTCACCGACCTGCTGAAGATCTTGCATTTGCAGTTGCAAGATTTTATC 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 GTGGAAGTTTGCCTCACCGACCTGCTGAAGATCTTGCATTTGCAGTTGCAAGATTTTATC 902
Query 898 AGCGTGGAGGAAGCTTTCAGAATTATTATATGTATTTTGGTGGAACAAACTTTGGTCGAA 957
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 AGCGTGGAGGAAGCTTTCAAAATTATTATATGTATTTTGGTGGAACAAACTTTGGTCGAA 962
Query 958 CTTCTGGTGGTCCTTTCTATATTACAAGCTATGATTATGATGCTCCTCTTGATGAATATG 1017
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 CTTCTGGTGGTCCTTTCTACATTACAAGCTATGATTATGATGCTCCTCTTGATGAATATG 1022
Query 1018 GTCTGAGGAGCGAGCCAAAATGGGGGCATCTAAAGGACCTTCATGCTGCCATAAAACTTT 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 GTCTGAGGAGCGAGCCAAAATGGGGGCATCTAAAGGACCTTCATGCTGCCATAAAACTTT 1082
Query 1078 GTGAACCTGCCCTTGTCGCGGCGGATGCACCTCAATATAGAAAACTGGGATCAAATCAGG 1137
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1083 GTGAACCTGCTCTTGTCGCGGCGGATGCACCTCAATATAGAAAATTGGGATCAAAGCAGG 1142
Query 1138 AGGCACACATTTATCGTGGAGATGGTGAGACTGGAGGAAAGGTGTGTGCTGCATTTCTCG 1197
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1143 AGGCACACATTTATCATGGAGATGGTGAGACTGGAGGAAAGGTGTGCGCTGCATTTCTCG 1202
Query 1198 CAAACATTGATGAGCATAAATCTGCACATGTGAAATTTAATGGCCAGTCATATACTTTAC 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 CAAACATTGATGAGCATAAATCTGCACATGTGAAATTTAATGGCCAGTCATATACTTTAC 1262
Query 1258 CACCTTGGTCAGTGAGTATATTGCCAGACTGTCGACATGTGGCCTTCAGCACTGCCAAGG 1317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1263 CACCTTGGTCAGTGAGTATATTGCCAGACTGTCGACATGTGGCCTTCAACACTGCCAAGG 1322
Query 1318 TAGGAGCACAAACTTCTGTTAAAACGGTGGAGTATGCAAGGCCATCTTTAGGTAGTAAGT 1377
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1323 TAGGAGCACAAACTTCTGTTAAAACGGTTGAGTCTGCAAGGCCATCTTTAGGTAGTATGT 1382
Query 1378 CTATACTGCAAAAAGTCGTGAGGCAGGATAATGTTTCTTATATCTCTAAATCATGGATGG 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1383 CTATACTGCAAAAAGTCGTGAGGCAGGATAATGTTTCTTATATCTCAAAATCATGGATGG 1442
Query 1438 CTCTGAAAGAACCTATTGGCATATGGGGTGAAAACAATTTCACTTTCCAAGGATTATTGG 1497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 CTCTGAAAGAACCTATTGGCATATGGGGTGAAAACAATTTCACTTTCCAAGGATTATTGG 1502
Query 1498 AGCATTTGAATGTTACAAAAGACCGGTCTGATTACCTGTGGCATAAGACAAGAATAA-CT 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1503 AGCATTTGAATGTTACAAAAGACCGGTCTGATTACCTGTGGCATAAGACAAGAATAAGC- 1561
Query 1557 GTATCTGAAGATGATATCTCGTTCTGGAAGAAAAACGGAGCTAA-TCCAACAGTGTCAAT 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||| ||
Sbjct 1562 GTATCTGAAGATGATATCTCGTTCTGGAAGAAAAATGGACCTAACTC-AACAGTGTCGAT 1620
Query 1616 TGATAGCATGAGGGATGTGTTGCGTGTGTTTGTTAACAAACAACTCTCAGGCAGTGTTGT 1675
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1621 TGATAGCATGAGGGATGTGTTACGTGTGTTTGTTAACAAACAACTCGCAGGCAGTATTGT 1680
Query 1676 TGGTCACTGGGTGAAGGTAGTGCAGCCTGTACGTTTTATGCAGGGAAACAATGATTTACT 1735
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 TGGTCACTGGGTGAAGGCAGTGCAGCCTGTACGATTTATACAGGGAAACAATGATTTACT 1740
Query 1736 TCTGTTGACTCAAACAGTTGGTTTACAGAATTATGGTGCTTTCTTGGAGAAGGATGGAGC 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TCTGTTGACTCAAACAGTTGGTTTACAGAATTATGGTGCTTTCTTGGAGAAGGATGGAGC 1800
Query 1796 CGGGTTTAGAGGCAAGGCAAAGCTTACTGGATTCAAGAATGGAGATATGGACCTGGCAAA 1855
||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||
Sbjct 1801 CGGTTTTAGAGGCAAAGCTAAGCTTACTGGATTCAAGAATGGAGATTTAGACCTGTCAAA 1860
Query 1856 ATCTTCATGGACCTATCAGGTGGGATTGAAGGGCGAGGCTGAGAAAATATATACTGTTGA 1915
||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1861 ATCGTCATGGACGTATCAGGTGGGATTGAAGGGCGAGGCTGATAAAATATATACTGTTGA 1920
Query 1916 ACACAATGAAAAAGCAGAGTGGAGTACTTTGGAGACTGACGCTTCACCTTCGATCTTTAT 1975
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1921 ACACAATGAAAAAGCTGAGTGGAGTACTTTGGAGACCGATGCTTCACCTTCGATCTTCAT 1980
Query 1976 GTGGTACAAGACATACTTTGACACCCCAGCCGGAACAGATCCTGTTGTTCTTGATCTGGA 2035
|||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1981 GTGGTACAAGACATACTTTGACCCCCCGGCCGGAACAGATCCTGTTGTTCTTAATCTGGA 2040
Query 2036 AAGTATGGGAAAGGGACAAGCTTGGGTCAATGGACACCATATTGGAAGGTATTGGAATAT 2095
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 AAGTATGGGAAGGGGGCAAGCTTGGGTCAATGGACAACATATTGGAAGGTATTGGAATAT 2100
Query 2096 CATTTCCCATAAGGATGGATGTGAAAGAACCTGTGATTATCGTGGAGCCTACAATTCAGA 2155
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 CATTTCCCAAAAGGATGGATGTGACAGAACCTGTGATTATCGTGGAGCCTACAATTCAGA 2160
Query 2156 TAAGTGCACAACAAATTGTGGAAAGCCTACACAAACCAGGTACCATGTACCACGTTCGTG 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2161 TAAGTGCACAACAAATTGTGGAAAGCCTACACAAACCAGGTACCATGTACCGCGTTCGTG 2220
Query 2216 GTTAAAGCCGTCCAGTAATCTACTTGTGCTCTTTGAAGAGACTGGGGGAAACCCATTTAA 2275
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GTTAAAGCCGTCAAGTAATCTACTTGTGCTCTTTGAAGAGACTGGGGGAAACCCATTTAA 2280
Query 2276 TATATCGGTTAAGACAGTTACTGCTGGGATTCTGTGCGGTCAAGTCTCGGAATCGCATTA 2335
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 GATATCGGTTAAGACAGTTACTGCTGGGATTCTGTGCGGTCAAGTCTCGGAATCGCATTA 2340
Query 2336 TCCACCTCTGCGGAAATGGTCCACACCAGATTACATAAACGGAACGATGTCGATAAACAG 2395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2341 TCCACCTCTGCGGAAATGGTCCACACCAGATTACATAAACGGAACAATGTCGATAAACAG 2400
Query 2396 TGTGGCACCAGAAGTGCATCTGCATTGTGAAGATGGGCATGTAATATCCTCCATAGAATT 2455
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2401 TGTGGCACCAGAAGTGCATCTGCATTGTGAAGATGGACATGTCATATCCTCCATAGAATT 2460
Query 2456 TGCTAGCTATGGGACTCCAAGAGGTAGTTGTGACAGGTTTTCTATCGGGAAATGTCATGC 2515
||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 TGCTAGCTATGGGACTCCAAGAGGTAGCTGCGACGGGTTTTCTATCGGGAAATGTCATGC 2520
Query 2516 ATCCAACTCATTATCAATCGTCTCTGAGGCTTGTAAAGGACGCACCAGTTGCTTCATCGA 2575
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 2521 ATCCAACTCATTATCAATCGTCTCTGAGGCTTGTAAAGGACGCAACAGCTGCTTCATCGA 2580
Query 2576 AGTGTCAAATATTGCTTTTCGCAGTGACCCATGTAGCGGAACTTTAAAGACGTTAGCGGT 2635
|| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2581 GGTATCAAATACTGCTTTTATCAGTGACCCATGTAGCGGAACTTTAAAGACTTTAGCGGT 2640
Query 2636 TATGGCACGATGTTCCCCGTCTCAAAACACGAGTGACCTCAGTTTTTAGACACT-GGAAA 2694
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2641 TATGTCACGATGTTCCCCGTCTCAAAACATGAGTGACCTCAGTTTTTAGACACCAGGAA- 2699
Query 2695 GCGGCTCAGA 2704
||||||||||
Sbjct 2700 GCGGCTCAGA 2709
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134296906411
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5