BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg933874
Length=2674
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G32940.1 | Symbols: AGO6 | Argonaute family protein | chr2:1... 4292 0.0
> AT2G32940.1 | Symbols: AGO6 | Argonaute family protein | chr2:13971997-13977476
REVERSE LENGTH=2997
Length=2997
Score = 4292 bits (2324), Expect = 0.0
Identities = 2570/2687 (96%), Gaps = 23/2687 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GATTATTTTCCCCTGCAAGGATGGAGAAATCTTCATCTCTGCCACTGTCACCCATAAGTA 60
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GATTATTTTCCCCTGGAAGGATGGAGACATCTTCATCTCTGCCACTGTCACCCATAAGTA 179
Query 61 TAGAACCAGAAAAGCCCAGCCATCGAGATTATGACATCACAACTAGACGTGGGGTTGGAA 120
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TAGAACCAGAACAGCCCAGCCATCGAGATTATGACATCACAACTAGACGTGGGGTTGGAA 239
Query 121 CCACAGGCAACCCAATAGAATTGTGCACCAATCACTTTAATGTTTCTGTGAGACAGCCGG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CCACAGGCAACCCAATAGAATTGTGCACCAATCACTTTAATGTTTCTGTGAGACAGCCGG 299
Query 181 ATGTAGTATTTTACCAGTACACTGTTAGTATCACCACAGAAAATGGTGATGCTGTCGATG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 300 ATGTAGTATTTTACCAGTACACTGTTAGTATCACCACAGAAAACGGTGATGCTGTTGATG 359
Query 241 GGAAAGGAATAAGCAGAAAGCTTATGGACCAACTATTCAAGACTTACTCTTCTGACCTTG 300
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 360 GGACAGGAATAAGCAGAAAGCTTATGGACCAACTATTCAAGACTTACTCTTCTGATCTTG 419
Query 301 ATGGTAAAAGGTTGGCATATGATGGAGAGAAGACTTTATATACTGTTGGTCCTCTGCCAC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 420 ATGGTAAAAGGTTGGCATATGATGGAGAGAAGACTTTATATACTGTTGGTCCTCTACCAC 479
Query 361 AGAAC-AACTTTGACTTTCAAGTCATCTTGGAAGGTTCATTTTCAAAACGTGATTGTAGT 419
||||| || |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 480 AGAACGAA-TTTGACTTTCTAGTCATCGTGGAAGGGTCATTTTCAAAACGTGATTGTGGT 538
Query 420 GTCTCTGATGGTGGTAGTCCTTCCGGTACTTGCAAGAGATCAAAACGTTCTTTCTTGCCA 479
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 GTCTCTGATGGTGGTAGTTCTTCCGGTACTTGCAAGCGATCAAAACGTTCTTTCTTGCCA 598
Query 480 AGAAGTTACAAGGTTCAGATACACTT-TGCTGCAAAAATACCGCTGAAGACTATTCTTGT 538
||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 599 AGAAGTTACAAGGTTCAGATACA-TTATGCTGCAGAAATACCGTTGAAGACTGTTCTTGG 657
Query 539 CACTCAGAGAGGAGCTTATACAGCAGATAAGAGTGCTCAGGATGCACTTAGAGTGCTTGA 598
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CACTCAGAGAGGAGCTTATACACCAGATAAGAGTGCTCAGGATGCACTTAGAGTGCTTGA 717
Query 599 CATTGTACTGAGGCAGCAAGCAGCTGAAAGGGGATGCCTTTTGGTCAGGCAGGCTTTTTT 658
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 718 CATTGTACTGAGGCAGCAAGCAGCTGAAAGGGGATGCCTTTTGGTCAGACAGGCATTTTT 777
Query 659 CCATAGCGATGGCCACCCCATGGAAGTTGGAGGAGGTGTAAAAGGTATTCGAGGTTTCCA 718
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||
Sbjct 778 CCATAGCGATGGGCACCCCATGAAAGTTGGAGGAGGTGTTATAGGTATTCGAGGTTTACA 837
Query 719 TTCGAGCTTTCGTCCAACCCATGGAGGACTCTCGCTTAACATTGATGTGTCAACAACAAT 778
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TTCGAGCTTTCGTCCAACTCATGGAGGACTCTCGCTTAACATTGATGTGTCAACAACAAT 897
Query 779 AATCTTAGAACCGGGTCCAGTTATTGAATTCCTGAAAGCCAATCAGAGTGTTGAGACACC 838
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 GATCTTAGAACCTGGTCCAGTTATTGAATTCCTGAAAGCCAATCAGAGTGTTGAGACACC 957
Query 839 ACGACAAATCGACTGGGTTAAGGCTGCGAAAATGCTTAAACATATGAGGGTAAAGGCAAC 898
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 958 ACGGCAAATCGACTGGATTAAGGCTGCGAAAATGCTTAAACATATGAGGGTTAAGGCAAC 1017
Query 899 ACACCGTAACATGGAATTTAAAATTATAGGTCTAAG-TCAGAAACCGTGCAATCAGCAAC 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 ACACCGTAACATGGAATTTAAAATTATAGGTCTAAGTTC-GAAACCGTGCAATCAGCAAC 1076
Query 958 TGTTTTCGATGAAGATTAAAGATGGTGAACGTGAAGG-ACAGACTAGAGATATTACAGTG 1016
||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || | |||||| ||||| |||
Sbjct 1077 TGTTTTCAATGAAGATTAAAGATGGTGAACGTG-AGGTACCTATTAGAGAGATTACTGTG 1135
Query 1017 TATGACTATTTCAAGCAAACTTACACAGAACCTATTTCTTCTGCGTACTTGCCATGCCTT 1076
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1136 TATGACTATTTCAAGCAAACCTACACAGAGCCTATTTCTTCTGCGTACTTTCCATGCCTT 1195
Query 1077 GATGTTGGCAAGCCAAATCGCCCCAACTATCTTCCACTGGAGTTTTGTAATCTTGTATCT 1136
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 GATGTTGGCAAGCCAGATCGGCCCAACTATCTTCCACTGGAGTTTTGTAATCTTGTATCT 1255
Query 1137 CTGCAACGTTATACAAAAGCATTGTCCGGAAGGCAAAGAGCTCTACTTGTTGAAAAATCA 1196
|||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||| | |||||||||||| |||
Sbjct 1256 CTGCAACGTTATACAAAACCATTGTCAGGGAGGCAAAGAGTTTTACTTGTTGAAAGTTCA 1315
Query 1197 AGACAAAAACCTCTTGAGAGAATTAAGACACTCAATGATGCAATGCATACCTACTGCTTT 1256
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1316 AGACAAAAACCTCTAGAGAGAATTAAAACACTCAATGATGCAATGCATACCTACTGCTAT 1375
Query 1257 GACAAGGACCCATTTTTGGCTGGATGTGGGATCTCCATTGAAAAACAAATGACTCAAGTT 1316
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1376 GACAAGGACCCATTTTTGGCTGGATGTGGCATCTCCATTGAAAAAGAAATGACTCAAGTT 1435
Query 1317 GAAGGCCGGGTTCTCAAGCCCCCAATGCTGAAGTTTGGCAAGAATGAAGATTTTGAACCT 1376
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1436 GAAGGCCGTGTTCTCAAGCCCCCAATGCTGAAGTTTGGCAAGAATGAAGATTTTCAACCT 1495
Query 1377 TGCAACGGACGGTGGAACTTTAACAACAAGATGCTTCTGGAGCCAAAAGCTATTAAAAAC 1436
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| |
Sbjct 1496 TGCAACGGACGGTGGAACTTTAACAACAAGATGCTTCTAGAACCAAGAGCTATTAAAAGC 1555
Query 1437 TGGGCTATTGTCAACTTTTCTTTTCCATGCGACAGTAGTCACATTTCCCGTGAGCTTATA 1496
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 TGGGCTATCGTCAACTTTTCTTTTCCATGCGACAGTAGTCACATTTCCCGTGAGCTTATA 1615
Query 1497 AGCTGTGGCATGAGGAAAGGCATTGAAATTGATCGACCTTTTGCACTAGTTGAAGAGGAT 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 AGCTGTGGCATGAGGAAAGGCATTGAAATTGATCGACCTTTTGCACTAGTTGAAGAGGAT 1675
Query 1557 CCACAGTATAAAAAAGCAGCTCCTGTTGAAAGGGTAGAAAAGATGATTGCAAAGATGAAG 1616
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 1676 CCACAGTACAAAAAAGCAGGTCCTGTTGAAAGGGTAGAAAAAATGATTGCAACGATGAAG 1735
Query 1617 CTAAAATTTCCAGATCCTCCTCATTTTATCCTCTGTGTCCTGCCAGAACGGAAAACTTCT 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TTAAAATTTCCAGATCCTCCTCATTTTATCCTCTGTATTCTGCCAGAACGGAAAACTTCT 1795
Query 1677 GATATCTATGGTCCCTGGAAGAAGATATGCCTCACTGAAGAAGGGATCCACACACAATGC 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 GATATCTATGGTCCCTGGAAGAAGATATGCCTCACTGAAGAAGGGATCCACACACAATGC 1855
Query 1737 ATCTGCCCTGTCAAGATCAGTGACCAATATCTCACCAATGTACTTCTGAAGATTAATTCA 1796
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1856 ATCTGCCCAATCAAGATCAGTGACCAATATCTCACCAATGTACTTCTGAAGATAAATTCG 1915
Query 1797 AAGCTTGGAGGCATCAATTCTTTGTTGGGAATAGAGTACTCTTACAACATTCCATTGATA 1856
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 AAGCTTGGAGGCATCAATTCTCTGTTGGGAATAGAGTACTCTTACAACATTCCATTGATA 1975
Query 1857 AACAAAATTCCCACCTTGATTTTGGGTATGGATGTATCTCATGGGTCTCCAGGTCGGGCA 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1976 AACAAAATTCCCACCTTGATTTTGGGTATGGATGTATCTCATGGGCCTCCAGGTCGGGCA 2035
Query 1917 GATGTTCCTTCAGTAGCAGCGGTTGTTGGTTCAAAATGCTGGCCCTTAATCTCAAGGTAT 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 GATGTTCCTTCAGTAGCAGCGGTTGTTGGTTCAAAATGCTGGCCCTTAATCTCAAGGTAT 2095
Query 1977 AGGGCAGCTGTAAGAACTCAGTCACCACGTCTGGAGATGATTGATTCGCTCTTCCAACCT 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 AGGGCAGCTGTAAGAACTCAGTCACCACGTCTGGAGATGATTGATTCGCTCTTCCAACCT 2155
Query 2037 ATCGAGAACACTGAGAAAGGAGATAACGGTATCATGAACGAATTATTTGTAGAGTTCTAC 2096
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 ATCGAGAACACTGAGAAAGGAGATAACGGTATCATGAACGAATTATTTGTAGAGTTCTAT 2215
Query 2097 CGGACAAGCAGGGCACGGAAGCCTAAGCAGATTATCATTTTCAGGGATGGTGTGAGTGAA 2156
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 CGGACAAGCAGGGCACGGAAACCTAAGCAGATTATCATTTTCAGGGATGGTGTGAGTGAA 2275
Query 2157 TCACAGTTCAACCAAGTCTTGAACATCGAGGTGGACCAAATTATAAAGGCGTATCAACGT 2216
||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 TCACAGTTCGAGCAAGTCTTGAAGATCGAAGTGGACCAAATTATAAAGGCGTATCAACGT 2335
Query 2217 CTTGGTGAATCTGATGTGCCAAAATTCACTGTCATTGTGGCTCAGAAGAACCACCACACC 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 CTTGGTGAATCTGATGTGCCAAAATTCACTGTCATTGTGGCTCAGAAGAACCACCACACC 2395
Query 2277 AAGTTGTTTAAAGCTAAGGGTCCTGAAAATGTTCCTGCAGGAACTGTTGTGGACACCAAG 2336
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2396 AAGTTGTTTCAAGCTAAGGGTCCTGAAAATGTTCCTGCAGGAACTGTCGTGGACACCAAG 2455
Query 2337 ATCGTACACCCGACAAACTACGATTTTTACATGTGTGCTCATGCAGGAATAATAGGAACT 2396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2456 ATCGTACACCCGACAAACTACGATTTTTACATGTGTGCTCATGCAGGAAAAATAGGAACT 2515
Query 2397 TCAAGACCGGCTCATTACCATGTATTACTTGATGAGATTGGTTTCTCCCCCGATGACTTG 2456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 TCAAGACCGGCTCATTACCATGTATTACTTGATGAGATTGGTTTCTCCCCCGATGACTTG 2575
Query 2457 CAGAATCTCATCCATTCTCTCTCCTATGTCAACCAACGTAGCACAACTGCAACTTCGATT 2516
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 CAGAATCTCATCCATTCTCTCTCCTATGTCAACCAACGTAGCACAACTGCAACTTCGATC 2635
Query 2517 GTGGCTCCAGTGCGATACGCTCATCTTGCAGCAGCTCAATTTGC----T--A-A--GTTT 2567
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | | | ||||
Sbjct 2636 GTGGCTCCAGTACGATACGCTCATCTTGCAGCAGCTCAAGTTGCGCAATTCACAAAGTTT 2695
Query 2568 GAAGATGTATCGGAGGACGGGAAAGTTCCAGAGCTTCCACGTCTGCACGAGAATGTGGAA 2627
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2696 GAAGGTATATCGGAGGACGGGAAAGTTCCAGAGCTTCCACGTCTGCACGAGAATGTCGAA 2755
Query 2628 ACCAACATGTTCTTCTGCTTCTGCTGAGTACATATGAGTAGTTATGC 2674
||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2756 GGCAACATGTTCTTCTGCT---G---AGTACATATAAGTAGTTCTGC 2796
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132791898121
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5