BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg933875
Length=2068
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G32950.1 | Symbols: COP1, ATCOP1, DET340, FUS1, EMB168 | Tra... 3522 0.0
> AT2G32950.1 | Symbols: COP1, ATCOP1, DET340, FUS1, EMB168 | Transducin/WD40
repeat-like superfamily protein | chr2:13977933-13983535
FORWARD LENGTH=2348
Length=2348
Score = 3522 bits (1907), Expect = 0.0
Identities = 2005/2053 (98%), Gaps = 3/2053 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 18 AAAATGGAGGAGATTTCGACGGATCCGCTTGTTCCAGCGGTGAAACCTGACCCGAGGACA 77
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 65 AAAATGGAAGAGATTTCGACGGATCCGGTTGTTCCAGCGGTGAAACCTGACCCGAGAACA 124
Query 78 TCTTCAGTTGGTGAAGGTGCTAATCGTAATGAAAATGATGACGGTGG-AGACGGTGGTTC 136
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| || || ||| |||||
Sbjct 125 TCTTCAGTTGGTGAAGGTGCTAATCGTCATGAAAATGACGACGGAGGAAG-CGGCGGTTC 183
Query 137 TGAGATTGGAGCACCGGATCTGGATAAAGACTTGCTTTGTCCGATTTGTATGCAGATTAT 196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 184 TGAGATTGGAGCACCGGATCTGGATAAAGACTTGCTTTGTCCGATTTGTATGCAGATTAT 243
Query 197 TAAAGATGCTTTCCTCACGGCTTGTGGTCATAGTTTCTGCTATATGTGTATCATCACACA 256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 244 TAAAGATGCTTTCCTCACGGCTTGTGGTCATAGTTTCTGCTATATGTGTATCATCACACA 303
Query 257 CCTTAGGAACAAGAGTGATTGTCCCTGTTGTAGCCAACACCTCACCAACAATCAGCTTTA 316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 304 TCTTAGGAACAAGAGTGATTGTCCCTGTTGTAGCCAACACCTCACCAATAATCAGCTTTA 363
Query 317 TCCTAATTTCTTGCTCGATAAGCTATTGAAGAAAACTTCAGCTCGGCATGTGTCAAAAAC 376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 364 CCCTAATTTCTTGCTCGATAAGCTATTGAAGAAAACTTCAGCTCGGCATGTGTCAAAAAC 423
Query 377 TGCATCGCCCTTGGATCAATTTCGGGAAGCACTTCAAAGGGGTTGTGATGTGTCAATTAA 436
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 424 TGCATCGCCCTTGGATCAGTTTCGGGAAGCACTACAAAGGGGTTGTGATGTGTCAATTAA 483
Query 437 GGAGGTTGATAATCTTCTTTCACTTCTTGCGGAAAGGAAGAGAAAAATGGAACAGGAAGA 496
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 484 GGAGGTTGATAATCTTCTGACACTTCTTGCGGAAAGGAAGAGAAAAATGGAACAGGAAGA 543
Query 497 AGCTGAGAGGAACATGCAGATTCTGTTGGACTTTTTGCATTGTCTAAGGAAGCAAAAAGT 556
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 544 AGCTGAGAGGAACATGCAGATACTTTTGGACTTTTTGCATTGTCTAAGGAAGCAAAAAGT 603
Query 557 TGATGAACTAAATGAGGTGCAAACTGATCTCCAGTATATCAAAGAGGATATAAATGCTGT 616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 604 TGATGAACTAAATGAGGTGCAAACTGATCTCCAGTATATTAAAGAAGATATAAATGCCGT 663
Query 617 TGAGAGACATAGAATAGATTTATACCGGGCTAGGGACAGATATTCTGTGAAGTTGCGGAT 676
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 664 TGAGAGACATAGAATAGATTTATACCGAGCTAGGGACAGATATTCTGTAAAGTTGCGGAT 723
Query 677 GCTCGGAGATGATCCAAGCACAAGAAATGCATGGCCACATGAGAAGAACCAGAGTGGTTT 736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 724 GCTCGGAGATGATCCAAGCACAAGAAATGCATGGCCACATGAGAAGAACCAGATTGGTTT 783
Query 737 CAACTCCAATTCTCTGAGCATAAGAGGAGGAAATTTTTTAGGCAATTATCAAAACAAAAA 796
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 784 CAACTCCAATTCTCTCAGCATAAGAGGAGGAAATTTTGTAGGCAATTATCAAAACAAAAA 843
Query 797 GGTAGAGGGGAAGGCACAAGGAAGCTCTCATGGGCTACCAAAGAAGGATGCGCTGAGTGG 856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 844 GGTAGAGGGGAAGGCACAAGGAAGCTCTCATGGGCTACCAAAGAAGGATGCGCTGAGTGG 903
Query 857 GTCAGATTCGCAAAGTTTGAATCAATCAACTGTCTCAATGGCTAGAAAGAAACGGATCCA 916
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 904 GTCAGATTCGCAAAGTTTGAATCAGTCAACTGTCTCAATGGCTAGAAAGAAACGGATTCA 963
Query 917 TGCTCAGTTCAATGATCTACAAGAATGTTACCTCCAAAAGCGGCGTCAGTTGGTAGACCA 976
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 964 TGCTCAGTTCAATGATTTACAAGAATGTTACCTCCAAAAGCGGCGTCAGTTGGCAGACCA 1023
Query 977 ACCAAATAGTAAACAAGAAAATGATAAGAGTGTAGTACGGAGGGAAGGCTATAGCAACGG 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 ACCAAATAGTAAACAAGAAAATGATAAGAGTGTAGTACGGAGGGAAGGCTATAGCAACGG 1083
Query 1037 CCTTGCAGATTTTCAATCTGTGTTGACTACCTTCACTCGCTACAGTCGTCTAAGAGTTAT 1096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 CCTTGCAGATTTTCAATCTGTGTTGACTACCTTCACTCGCTACAGTCGTCTAAGAGTTAT 1143
Query 1097 AGCAGAAATCCGGCATGGGGACATATTTCATTCAGCCAACATTGTATCAAGCATAGAGTT 1156
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144 AGCAGAAATCCGGCATGGGGATATATTTCATTCAGCCAACATTGTATCAAGCATAGAGTT 1203
Query 1157 TGATCGTGATGATGAGCTGTTTGCCACTGCTGGTGTTTCTAGATGTATAAAGGTTTTTGA 1216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 TGATCGTGATGATGAGCTGTTTGCCACTGCTGGTGTTTCTAGATGTATAAAGGTTTTTGA 1263
Query 1217 CTTCTCTTCGGTTGTAAATGAACCAGCAGATATGCAGTGTCCGATTGTGGAGATGTCAAC 1276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264 CTTCTCTTCGGTTGTAAATGAACCAGCAGATATGCAGTGTCCGATTGTGGAGATGTCAAC 1323
Query 1277 TCGGTCTAAACTTAGTTGCTTGAGTTGGAATAAGCATGAGAAAAATCACATAGCAAGCAG 1336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1324 TCGGTCTAAACTTAGTTGCTTGAGTTGGAATAAGCATGAAAAAAATCACATAGCAAGCAG 1383
Query 1337 TGATTATGAAGGAATAGTAACAGTGTGGGATGTAACTACTAGGCAGAGTCTTATGGAGTA 1396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1384 TGATTATGAAGGAATAGTAACAGTGTGGGATGTAACTACTAGGCAGAGTCTTATGGAGTA 1443
Query 1397 TGAAGAGCACGAAAAACGTGCCTGGAGTGTTGACTTTTCACGAACAGAACCATCAATGCT 1456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 TGAAGAGCACGAAAAACGTGCCTGGAGTGTTGACTTTTCACGAACAGAACCATCAATGCT 1503
Query 1457 TGTATCTGGTAGTGACGATTGCAAGGTTAAAGTTTGGTGCACAAGGCAGGAAGCAAGTGT 1516
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1504 TGTATCTGGTAGTGACGACTGCAAGGTTAAAGTTTGGTGCACGAGGCAGGAAGCAAGTGT 1563
Query 1517 GCTTAATATTGATATGAAAGCAAACATATGTTGTGTCAAGTACAATCCTGGCTCAAGCAA 1576
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1564 GATTAATATTGATATGAAAGCAAACATATGTTGTGTCAAGTACAATCCTGGCTCAAGCAA 1623
Query 1577 CTACATTGCGGTCGGATCAGCTGATCATCACATCCATTATTACGATCTAAGAAATATAAG 1636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1624 CTACATTGCGGTCGGATCAGCTGATCATCACATCCATTATTACGATCTAAGAAACATAAG 1683
Query 1637 CCAACCACTTCATGTCTTCAGTGGACACAAGAAAGCAGTTTCCTATGTTAAATTTTTGTC 1696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684 CCAACCACTTCATGTCTTCAGTGGACACAAGAAAGCAGTTTCCTATGTTAAATTTTTGTC 1743
Query 1697 CAACAACGAGCTCGCTTCTGCGTCCACAGATAGCACACTACGCTTATGGGATGTCAAAGA 1756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1744 CAACAACGAGCTCGCTTCTGCGTCCACAGATAGCACACTACGCTTATGGGATGTCAAAGA 1803
Query 1757 CAACTTGCCAGTTCGAACATTCAGAGGACACACTAACGAGAAGAACTTTGTGGGTCTCAC 1816
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1804 CAACTTGCCAGTTCGAACATTCAGAGGACATACTAACGAGAAGAACTTTGTGGGTCTCAC 1863
Query 1817 AGTGAATAGCGAGTATCTCGCCTGTGGAAGCGAGACAAACGAAGTATATGTATATCACAA 1876
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1864 AGTGAACAGCGAGTATCTCGCCTGTGGAAGCGAGACAAACGAAGTATATGTATATCACAA 1923
Query 1877 GGAAATCACGAGACCCGTGACATCGCACAGATTTGGATCACCTGACATGGACGATGCAGA 1936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1924 GGAAATCACGAGACCCGTGACATCGCACAGATTTGGATCGCCAGACATGGACGATGCAGA 1983
Query 1937 GGAAGAGGCAGGCTCATACTTTATTAGTGCGGTTTGCTGGAAGAGCGATAGTCCCACAAT 1996
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1984 GGAAGAGGCAGGTTCCTACTTTATTAGTGCGGTTTGCTGGAAGAGTGATAGTCCCACGAT 2043
Query 1997 GTTGACTGCGAATAGTCAAGGAACCATCAAAGTTCTGGTACTTGCTGCGTGATTCTA-TA 2055
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2044 GTTGACTGCGAATAGTCAAGGAACCATCAAAGTTCTGGTACTCGCTGCGTGATTCTAGTA 2103
Query 2056 AACGTTACAAAAG 2068
|| |||||||||
Sbjct 2104 GACATTACAAAAG 2116
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102509512890
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5