BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg933903
Length=1786
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G33210.1 | Symbols: HSP60-2 | heat shock protein 60-2 | chr2... 2841 0.0
> AT2G33210.1 | Symbols: HSP60-2 | heat shock protein 60-2 | chr2:14074907-14078731
REVERSE LENGTH=2107
Length=2107
Score = 2841 bits (1538), Expect = 0.0
Identities = 1714/1798 (95%), Gaps = 16/1798 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TGTGTGAGAATCAATCATCATGTATCGTCTTGTCACCAACGTTGCTTCCAAAGCTAGGAT 61
|||| |||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 145 TGTGAGAGAATCAATCACCATGTATCGGCTTGTCTCCAACGTTGCTTCCAAAGCTAGGAT 204
Query 62 TGCCAGAAATTGTACAAGCCAGATTGGAAGCAGGCTCAGTTCTACTAGGAATTATGCTGC 121
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 205 TGCCAGAAAGTGTACAAGCCAGATTGGAAGCAGGCTCAATTCTACTAGGAATTATGCAGC 264
Query 122 AAAAGACATAAGGTTCGGTGTTGAAGCTCGGGCTTTGATGCTTAAGGGTGTCGAGGATCT 181
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 265 AAAAGACATAAGGTTCGGTGTTGAAGCTCGGGCTTTAATGCTTAGGGGTGTTGAGGATCT 324
Query 182 TGCTGATGCAGTTAAAGTCACTATGGGACCTAAGGGTCGTAATGTCATCATCGAACAAAG 241
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 325 TGCTGATGCAGTTAAAGTCACTATGGGACCCAAGGGTCGTAATGTCATCATCGAACAAAG 384
Query 242 CTGGGGTGCACCAAAGGTGACTAAA-GATGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCA 300
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 385 CTGGGGTGCACCAAAGGTGAC-AAAGGATGGTGTGACTGTTGCCAAGAGCATTGAGTTCA 443
Query 301 AGGACAGAATTAAGAACGTTGGTGCCAGTCTTGTCAAACAGGTTGCTAACGCCACAAATG 360
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 444 AGGATAGAATTAAGAACGTTGGTGCCAGTCTTGTGAAACAGGTTGCTAACGCCACAAATG 503
Query 361 ACGTTGCTGGTGATGGAACAACATGTGCTACAGTCCTAACTCGAGCTATCTTCACGGAAG 420
|||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 504 ACGTAGCTGGTGATGGAACAACGTGTGCCACAGTCCTTACTAGAGCTATCTTCACGGAAG 563
Query 421 GTTGTAAATCAGTTGCCGCTGGAATGAATGCAATGGACCTAAGACGTGGTATCAAATTGG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 564 GTTGTAAATCAGTTGCCGCTGGAATGAATGCAATGGACCTAAGACGTGGTATCAAATTGG 623
Query 481 CAGTTGATACTGTTGTGACAAACTTGCAGAGCCGAGCACGCATGATTAGCACTTCTGAAG 540
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 624 CAGTTGATACTGTTGTGACGAACTTGCAGAGCCGAGCACGCATGATTAGCACCTCTGAAG 683
Query 541 AAATTGCCCAAGTTGGAACAATATCAGCTAATGGAGATAGAGAAATTGGTGAACTGATTG 600
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 684 AAATCGCCCAAGTTGGAACAATATCAGCTAATGGAGATAGGGAAATTGGTGAACTGATTG 743
Query 601 CAAAGGCTATGGAAACTGTTGGCAAAGAGGGAGTGATCACAATTCAAGATGGCAAGACCT 660
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 744 CAAAGGCTATGGAAACTGTCGGCAAAGAGGGAGTGATCACAATTCAAGATGGCAAGACCT 803
Query 661 TGTTTAATGAGCTGGAAGTTGTTGAGGGTATGAAGATTGACAGAGGATACATCTCCCCAT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 804 TGTTTAATGAGCTGGAAGTTGTTGAGGGTATGAAGATTGACAGGGGATACATCTCCCCGT 863
Query 721 ACTTCATAACTAACCCGAAAACCCAAAAATGTGAACTAGAAGATCCTCTCATTCTTATTC 780
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 864 ACTTCATAACTAACCCGAAAACACAAAAATGTGAACTAGAAGATCCTCTCATTCTTATCC 923
Query 781 ACGAGAAGAAAATTTCCAATATAAACGCTATGGTGAAAGTCTTAGAACTGGCCCTCAAGA 840
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 924 ACGAGAAGAAAATTTCCAATATAAACGCAATGGTGAAAGTATTAGAACTGGCCCTCAAGA 983
Query 841 AGCAAAGGCCGCTGCTGATAGTTGCCGAGGATGTGGAGAGTGATGCTCTTGCCACCCTCA 900
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 984 AGCAAAGGCCGCTGCTGATCGTTGCTGAGGATGTGGAGAGCGATGCTCTTGCCACCCTAA 1043
Query 901 TTCTGAACAAACTTCGTGCTGGA-ATCAAGGTCTGTGCTGTGAAGGCCCCTGGTTTTGGA 959
|||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 TTCTGAACAAACTTCGTGCTA-ATATCAAGGTCTGTGCTGTGAAGGCCCCTGGTTTTGGA 1102
Query 960 GAGAACCGAAAGGCCAATTTACATGATCTAGCTGCCCTCACCGGAGCCCAGGTAATAACA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1103 GAGAACCGAAAGGCCAATTTACATGATCTAGCTGCCCTCACTGGAGCCCAGGTAATAACA 1162
Query 1020 GAAGAGTTAGGTATGAATCTCGACAACATTGACCTCAGTATGTTCGGAAACTGCAAGAAG 1079
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1163 GAAGAGTTGGGTATGAATCTAGACAACATTGACCTCAGTATGTTTGGAAACTGCAAGAAG 1222
Query 1080 ATAACTGTATCCAAAGATGATACTGTTGTTCTCGATGGGGCTGGTGACAAGCAAGCAATT 1139
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1223 GTAACGGTATCCAAAGATGATACTGTTGTTCTCGATGGGGCTGGTGACAAGCAAGCAATT 1282
Query 1140 GGGGAGCGATGTGAACAGATACGATCCATGGTTGAAGTGAGCACGTCTGATTATGACAAG 1199
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1283 GGGGAACGATGTGAACAGATACGATCCATGGTTGAAGCAAGCACTTCTGATTATGACAAG 1342
Query 1200 GAGAAGTTGCAAGAAAGGTTGGCTAAGCTTTCGGGTGGTGTTGCTGTACTAAAGATTGGA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1343 GAGAAGTTGCAAGAAAGGTTGGCTAAGCTTTCGGGTGGTGTTGCTGTACTAAAGATTGGA 1402
Query 1260 GGAGCGAGTGAGACAGAAGTTAGCGAAAAGAAAGATAGAGTAACTGATGCTCTAAATGCC 1319
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1403 GGAGCAAGTGAGACAGAAGTTAGTGAAAAGAAAGATAGAGTAACGGATGCTCTAAATGCC 1462
Query 1320 ACTAAAGCAGCCGTAGAAGAGGGTATTGTTCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTTTTGTATGCT 1379
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1463 ACTAAAGCAGCCGTAGAGGAGGGTATTGTTCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTTTTGTATGCT 1522
Query 1380 TCGAAAGAACTTGATAAGCTTTCCACAGCTAACTTTGATCAGAAAATTGGTGTTCAAATC 1439
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1523 TCGAAAGAACTTGAGAAGCTTTCCACAGCTAACTTTGATCAGAAAATTGGTGTTCAAATC 1582
Query 1440 ATTCAAAACGCTCTCAAGACACCTGTTTACACGATTGCTTCCAATGCTGGAGTCGAGGGT 1499
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1583 ATTCAAAACGCACTCAAGACACCTGTTTACACGATTGCTTCCAATGCTGGAGTCGAGGGT 1642
Query 1500 GCTGTTATCGTAGGCAAGCTGTTGGAGCAAGATAATCCTGACCTTGGTTATGATGCTGCT 1559
|| ||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1643 GCAGTTGTCGTAGGCAAGCTTTTGGAACAAGATAATCCTGACCTTGGTTATGATGCTGCT 1702
Query 1560 AAAGGAGAATATGTAGACATGGTAAAAGCCGGTATTATTGATCCTTTGAAAGTGATCAGA 1619
|||||||||||||| |||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 AAAGGAGAATATGTGGACATGATAAAGGCTGGTATTATCGATCCTTTGAAAGTGATCAGA 1762
Query 1620 ACTGCATTGGTTGATGCTGCAAGTGTCTCGTCTTTGTTGACAACGACTGAAGCAGTTGTG 1679
|| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1763 ACCGCATTAGTTGATGCTGCAAGTGTTTCGTCTTTGTTGACAACGACGGAAGCAGTTGTG 1822
Query 1680 ACTGAGATTCCAACGAAAGAGGTTGCGTCTCCGGGTATGGG---TGGTGGCATGGG---- 1732
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1823 ACTGAGATTCCAACGAAAGAGGTAGCATCTCCGGGTATGGGCGGTGGTGGCATGGGCGGC 1882
Query 1733 -TGG----CATGGGCGGTATGGGAGGAATGGGTTTCTGAGAAGAACCATAAACGCTGA 1785
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||
Sbjct 1883 ATGGGTGGCATGGGCGGTATGGGAGGAATGGGTTTCTGAGGAGAACTATAAACCCTGA 1940
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88352959200
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5