BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg933965
Length=2763
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G33770.1 | Symbols: UBC24, ATUBC24, PHO2 | phosphate 2 | chr... 4357 0.0
> AT2G33770.1 | Symbols: UBC24, ATUBC24, PHO2 | phosphate 2 | chr2:14277558-14283040
REVERSE LENGTH=4103
Length=4103
Score = 4357 bits (2359), Expect = 0.0
Identities = 2630/2762 (95%), Gaps = 13/2762 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 AGGCATCTAAACTATGGATATGTCCCTTACTGACTCTGATTGGGATAGTTCCAGTGACAG 69
|||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1140 AGGCGTCTAAACTATGGAAATGTCCCTTACTGACTCTGATTGGGATAGCTCCAGCGACAG 1199
Query 70 TGGTAGCAGCGAAAACGAAGAAGTCGAGTTTTCTTATGGTGGACGGGCTCAGAACATTTT 129
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1200 TGGTAGCAGTGAACACGAAGAAGTCGAGTTTTCTTATGGTGGACGGGCACAGAACATTTT 1259
Query 130 CTCAAACCTTGAAGAGACCATTGGCAAAATCGATGAGTTCTTGTCGTTCGAGAGGGGATT 189
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CTCAAACCTTGAAGAAACCATTGGCAAAATCGATGAGTTCCTGTCGTTCGAGAGGGGATT 1319
Query 190 TATGTATGGTGACATTGTGCGGTCCACAACTGAACCATCAGGACAGAGTGGCAGGGTTAT 249
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TATGTATGGTGACATTGTGCGGTCCGCCACTGAACCATCAGGACAGAGTGGCAGGGTTAT 1379
Query 250 CAACATAGACATGTTTGTCAATCTCGAGAGTACTCATGGGAAGATCATAAAGGAAGTTGA 309
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1380 CAACATAGACATGTTTGTCAATCTCGAAAGTACTCATGGGAAGATCATGAAGGAAGTTGA 1439
Query 310 TACCAAGAGGCTTCAGAAGTTGCGTTCTATTTCACTCTGTGATTATGTGATTAACGGACC 369
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TACCAAGAGGCTTCAAAAGTTGCGTTCTATTTCACTCTCTGATTATGTGATTAACGGACC 1499
Query 370 TTGGCTTGGAAGGGTTGACAAAATAGTTGAGCGTGTCTCTGTCACCCTTGATGATGGGTC 429
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1500 TTGGGTTGGAAGGGTTGACAAAATAGTTGAGCGTGTCTCTGTCACCCTTGATGATGGGAC 1559
Query 430 CAATTATGAGGTCCTTGTAGATGGTCAAGATAAACTTGTGGCCATTCCTCCAAATTTGCT 489
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1560 CAACTATGAGGTCCTTGTAGATGGTCAAGATAAACTTGTGGCCATTCCCCCAAATTTACT 1619
Query 490 CGAGGATTCTCAATATTCTTATTACCCAGGGCAAAGAGTTCAGGTAAAGCTGGCCCATGC 549
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CGAGGATTCTCAATATTCGTATTACCCAGGGCAAAGAGTTCAGGTAAAGCTGGCCCATGC 1679
Query 550 CCCCAGATCAACTACATGGTTATGCGGGACCTGGAG-GGAGAACCAGGTTGTTGGAACTG 608
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| | |||||||
Sbjct 1680 CCCCAGATCAACTACATGGTTATGCGGGACCTGGAGAGGA-ACCCAGGTTATGGGAACTG 1738
Query 609 TTTGCGCTGTAGAAGCAGGACTTGTCTACGTCCATTGGGTTGCCTCCATCGTAATGGGGG 668
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1739 TTTGCACTGTAGAAGCAGGACTTGTCTACGTCGATTGGGTTGCCTCCATCGTAATGGAGG 1798
Query 669 GTGATAGGAATTTAACTGCACCTCAAGCTTTGCAGAATCCTGAGAGTTTAACTTTGTTAC 728
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GTGATCGGAATTTAACTGCACCTCAAGCTTTGCAGAATCCTGAGAGTTTAACTTTGTTAC 1858
Query 729 CTTGTGTTTCTCATGCAACTTGGCAGCTTGGTGACTGGTGTATACTTCCTGGCTCTTCCC 788
|||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1859 CTTGTGTTTCTCATGCGAGTTGGCAGCTTGGTGACTGGTGTATACTCCCTGGCTCTTCCC 1918
Query 789 ACCGTGATATAGCAGAGCGACAAACTCCAAATGTGGTTGCCTACAATCTC---GAATGCC 845
|| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1919 ACTGTGATATAGCAGAGCGGCAAACTCCAAATGTGGCTGCCTACAATCTCAATGAATGCC 1978
Query 846 ATAAGACATTCCAAAAAGGGTTTAACAGAAATATGCAGAACTCAGGTTTGGATGAGCTTT 905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1979 ATAAGACATTCCAAAAAGGGTTTAACAGAAATATGCAGAACTCAGGTTTGGATGAGCTAT 2038
Query 906 TTGTTATTACAAAGACAAAGATGAAGGTTGATGTTATGTGGCAAGATGGTAGCTGCAGTC 965
||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TTGTTATCACAAAGACAAAGATGAAGGTTGCTGTTATGTGGCAAGATGGTAGCTGCAGTC 2098
Query 966 TGGGATTTGATTCCCAACAGCTGCTTCCTGTTGGTGCTGTTAATGCTCATGATTTTTGGC 1025
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TGGGAGTTGATTCCCAACAGCTGCTTCCTGTTGGTGCTGTTAATGCTCATGATTTTTGGC 2158
Query 1026 CCGAACAGTTTGTTGTGGAAAAGGAAACCTGCAACAGCAAAAAATGGGGAGTTGTGAAGG 1085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 CCGAACAGTTTGTTGTGGAAAAGGAAACCTGCAACAGCAAAAAATGGGGAGTTGTGAAGG 2218
Query 1086 CTGTCAATGCAAAGGAACAAACTGTGAAGGTACAATGGACAACACAGGTTGAGAAAGAAG 1145
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2219 CTGTCAATGCTAAGGAACAAACTGTGAAGGTACAATGGACAATACAGGTTGAGAAAGAAG 2278
Query 1146 CAACATGTTGTGTTGGTGAGGTGATGGAGGAAATTGTCAGTGCATATGAACTGCTTGAGC 1205
||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 CAACAGGTTGTGTTGATGAGGTGATGGAAGAAATTGTCAGTGCATATGAACTGCTTGAGC 2338
Query 1206 ACCCTGATTTTGGATTCTGTTTCAGCGATGTGGTGGTCAGGTTACTTCCAGAAAGAAAAA 1265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2339 ACCCTGATTTTGGATTCTGTTTCAGCGATGTGGTGGTCAAGTTACTTCCAGAAGGAAAAT 2398
Query 1266 CTGATCCAAATGCAGACACAATCGTCTCTACAGAGACGAAACACCTACTTACAGAGGGTG 1325
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2399 TTGATCCAAATGCAGACACAATCGTCGCTACAGAGGCGAAACACCTACTTACAGAGAGTG 2458
Query 1326 ACTACAGTGGCGCATATTGTTTGTCAAGTATTGGTGTTGTTACAGGTTTTAAAAATGGTG 1385
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 ACTACAGTGGCGCATATTTTTTGTCAAGTATTGGTGTTGTTACAGGTTTTAAAAATGGTT 2518
Query 1386 GCGTGGAGGTGAAATGGGCCAATGGTTCTACTAGTAAGGTTGCACCATGTGAAATTTGGA 1445
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 CCGTGAAGGTGAAATGGGCCAATGGTTCTACTAGCAAGGTTGCACCATGTGAAATTTGGA 2578
Query 1446 GGATGGAAAGGTCTGAACT-TTCCAACTCTAGCTCTATAAGTTCGGAAGTCAGTGTTCAA 1504
||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2579 AAATGGAAAGGTCTGAA-TATTCCAACTCTAGCACTGTAAGTTCGGAAGGCAGTGTTCAA 2637
Query 1505 GATCTAAGTCAGAAGATTAGTCAATCGGATGAAGCATCTTCAAACCATCAGGAAACGGGT 1564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 GATCTAAGTCAGAAGATTAGTCAATCGGATGAAGCATCTTCAAACCATCAGGAAACGGGT 2697
Query 1565 CTGGTGAAGCTCTGCAGTGTTGATGAAGGCTGCAACAAGAACATTCCAGAATGTAGTTCA 1624
||||||||||||| |||||||| |||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2698 CTGGTGAAGCTCTACAGTGTTGGTGAAAGTTGCAACGAGAACATTCCGGAATGTAGTTCA 2757
Query 1625 TTTTTCCTTCCAAAAGCTGCCATTGGATTTATCACAAACCTTGCATCAAGCCTTTTCGGC 1684
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2758 TTTTTCCTTCCAAAAGCTGCCATTGGATTTATCACAAACCTTGCATCAAGCCTTTTTGGT 2817
Query 1685 TCTCAGGGTTCCACTTCGGTTGTAAATTCACATTCACGTTGCAATGATTCTGAAGATCAA 1744
| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 TATCAGGGTTCCACTTCGGTTATAAGTTCACATTCACGTTGCAATGATTCTGAAGATCAA 2877
Query 1745 AGTGACTCTGAGGTCCTTGTTCAAGAAGCCGCAGAATCATATGACAACTCTGAATCAAAT 1804
||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2878 AGTGACTCTGAGGTCCTTGTTCAAGAAACAGCAGAATCATATGACAACTCTGAAACAAAT 2937
Query 1805 TCAGGTGAAGTGGATATGACT-CTG-GC-GGTCAACATACCTATAGAAGAAAAAGGAATT 1861
|||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2938 TCAGGTGAAGTGGATATGACCACCACGATGGTCAACATACCTATAGAAGGAAAAGGAATT 2997
Query 1862 AACAAGACACTGGATTCAACTCTGCTAGAGAACAGCAGGAAACAAGTGGGATTCAGACAG 1921
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 2998 AACAAGACACTGGATTCAACTCTTCTAGAGAACAGCAGGAACCAAGTGAGATTCAGACAG 3057
Query 1922 TTTGATATGGTTAATGACTGCTCGGACCATCATTTCCTTTCTTCAGATAAAGGGATGGCA 1981
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 3058 TTTGATATGGTTAATGACTGCTCGGACCATCATTTCCTTTCTTCGGATAAAGGGTTGGCT 3117
Query 1982 CAATCTCAGGTCACAAAGAGTTGGGTGAAGAAAGTCCAGCAAGAATGGAGCAATTTGGAG 2041
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3118 CAGTCCCAGGTCACAAAGAGTTGGGTGAAGAAAGTCCAGCAAGAATGGAGCAATTTGGAG 3177
Query 2042 GCAAATCTTCCGAACACCATATATGTGCGTGTGTATGAGGAAAGGATGGACCTTCTGCGT 2101
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3178 GCAAATCTTCCGAACACGATATATGTGCGTGTGTGTGAAGAAAGGATGGACCTTCTGCGT 3237
Query 2102 GCAGCCCTAGTTGGTGCCCCAGGAACGCCATATCACGATGGGCTTTTCTTTTTCGACATA 2161
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3238 GCAGCCCTGGTTGGTGCCCCTGGAACGCCATATCACGATGGGCTTTTCTTTTTCGACATA 3297
Query 2162 ATGCTTCCACCTCAATATCCTCACGAGCCACCGATGGTACATTATCATTCAGGTGGGATG 2221
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3298 ATGCTTCCACCTCAATATCCTCATGAGCCACCAATGGTACATTATCATTCAGGTGGGATG 3357
Query 2222 CGACTGAATCCGAACCTGTATGAGTCAGGAAGAGTTTGCTTGAGTCTGCTTAATACATGG 2281
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3358 CGACTGAATCCGAACCTGTATGAGTCAGGAAGAGTTTGCTTGAGTCTGCTGAATACATGG 3417
Query 2282 AATGGCTCTGGCACTGAAGTATGGAACGCAGGGAGCTCCTCCATCCTTCAGGTTCTTCTT 2341
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3418 AGTGGCTCTGGCACTGAAGTATGGAACGCAGGGAGCTCCTCCATCCTTCAACTTCTTCTT 3477
Query 2342 TCATTTCAGGCTCTGGTTCTGAATGAGAAGCCTTACTTCAACGAAGCTGGCTATGATAAG 2401
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3478 TCGTTTCAGGCTCTGGTTCTGAATGAGAAGCCTTACTTCAATGAAGCTGGCTATGATAAG 3537
Query 2402 CAGTTGGGCCGAGCCGAGGGAGAGAAAAACTCAGTGAGTTACAATGAGAATGCATTCCTC 2461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3538 CAGTTGGGCCGAGCCGAGGGAGAGAAAAACTCAGTGAGTTACAATGAGAATGCATTCCTC 3597
Query 2462 ATCACCTGCAAATCCATGATCTTGTTGCTTCGCAAGCCTCCAAAGCATTTTGAGGTGCTT 2521
|| ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3598 ATAACCTGCAAATCCATGATCTCAATGCTCCGTAAGCCTCCAAAGCATTTTGAGATGCTT 3657
Query 2522 GTGAAGGACCACTTTACGCACCGGGCCCAGCATGTTCTGGCTGCGTGCAAGGCTTATATG 2581
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3658 GTGAAGGACCATTTTACGCACCGGGCCCAGCATGTTCTGGCTGCGTGCAAGGCTTATATG 3717
Query 2582 GAAGGCGTCCCTGTAGGATCATCAGCGAATGTGCACGAGAACTCAACCACAAATTCCACC 2641
|||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3718 GAAGGCGTCCCTGTAGGATCATCAGCTAACCTGCAGGGGAACTCAACCACAAATTCCACC 3777
Query 2642 GGTTTCAAGATCATGCTCTCCAAACTCTTCCCAAAACTTCTTGAAGCATTCTCAGAGATT 2701
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3778 GGTTTCAAGATCATGCTCTCCAAACTCTACCCAAAACTTCTTGAAGCATTCTCAGAGATT 3837
Query 2702 GGAGTTGATTGCAG-CCAAGGGATTGGACCGGAATCATAAAGATTGGTAATGTTCGGATG 2760
|||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||
Sbjct 3838 GGAGTTGATTGC-GTCCAAGAGATTGGACCAGAATCATAAGG-TCGGTAATGTTCTGATG 3895
Query 2761 TC 2762
||
Sbjct 3896 TC 3897
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 137256756048
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5