BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg934284
Length=1400
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G36530.1 | Symbols: LOS2, ENO2 | Enolase | chr2:15320756-153... 2294 0.0
> AT2G36530.1 | Symbols: LOS2, ENO2 | Enolase | chr2:15320756-15323869
REVERSE LENGTH=1743
Length=1743
Score = 2294 bits (1242), Expect = 0.0
Identities = 1347/1399 (96%), Gaps = 2/1399 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTCTCTCTAGATCTACTCGCTATGGCTACTATCACCGGTGTTAAGGCTAGACAGATC 60
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 60 TCTCTTTCTCTAGATCTACTCGCTATGGCTACTATCACCGTTGTTAAGGCTAGACAGATC 119
Query 61 TTTGACAGCCGTGGTAATCCCACCGTCGAGGTTGATATCCACACATCCAGTGGTGTCAAG 120
|| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | |||| | |||
Sbjct 120 TTCGACAGTCGTGGTAATCCCACCGTTGAGGTTGATATCCACACGTCAAATGGTATTAAG 179
Query 121 GTTACAGCAGCTGTACCAAGTGGAGCTTCCACTGGAATCTACGAGGCTCTTGAGCTGAGG 180
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 180 GTTACAGCAGCTGTTCCAAGTGGAGCTTCCACTGGTATCTATGAGGCTCTTGAGCTGAGG 239
Query 181 GATGGAGGATCTGACTACCTTGGAAAGGGTGTCTCTAAGGCTGTTGGCAATGTGAACAAT 240
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GATGGAGGATCTGACTACCTTGGAAAGGGTGTATCTAAGGCTGTTGGCAATGTGAACAAC 299
Query 241 ATCATCGGCCCAGCACTTATTGGCAAGGACCCAACTCAGCAGACTGCTATTGACAACTTC 300
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 ATCATCGGGCCAGCACTTATTGGAAAGGACCCAACTCAGCAGACTGCTATTGACAACTTC 359
Query 301 ATGGTCCATGAACTTGATGGAACCCAGAATGAGTGGGGTTGGTGCAAGCAAAAGCTTGGA 360
||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 360 ATGGTCCATGAACTTGACGGAACCCAAAACGAGTGGGGGTGGTGCAAGCAAAAGCTTGGA 419
Query 361 GCCAATGCGATTCTTGCTGTGTCTCTTGCTGTCTGCAAAGCTGGGGCTGTTGTCAGCGGC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GCCAATGCGATTCTTGCTGTGTCTCTTGCTGTCTGCAAAGCTGGGGCTGTTGTCAGCGGC 479
Query 421 ATTCCTCTATACAAGCACATTGCCAATCTTGCTGGTAACCCCAAGATTGTGCTACCAGTT 480
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ATTCCTCTATACAAGCACATTGCCAACCTTGCTGGTAACCCCAAGATTGTGCTACCAGTT 539
Query 481 CCTGCCTTCAACGTCATCAATGGTGGATCCCATGCCGGAAACAAGCTTGCTATGCAGGAG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CCTGCCTTCAACGTCATCAATGGTGGATCCCATGCCGGAAACAAGCTTGCTATGCAGGAG 599
Query 541 TTTATGATTCTCCCTGTTGGAGCTTCATCTTTCACGGAAGCCATGAAAATGGGTGTGGAA 600
|||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 600 TTTATGATCCTCCCTGTTGGAGCTGCTTCTTTCAAGGAAGCCATGAAGATGGGTGTGGAA 659
Query 601 GTTTACCACCACTTGAAGTCTGTGATTAAGAAGAAGTACGGCCAGGATGCCACAAATGTT 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 GTTTACCACCACTTGAAGTCTGTGATTAAGAAGAAGTACGGCCAGGATGCCACAAATGTT 719
Query 661 GGTGATGAAGGTGGCTTTGCACCAAACATTCAGGAGAACAAGGAAGGTCTTGAATTGCTC 720
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 720 GGTGATGAAGGTGGGTTTGCACCAAACATTCAGGAGAACAAGGAGGGTCTTGAATTGCTC 779
Query 721 AAGACTGCTATCGAGAAGGCTGGCTACACCGGAAAGGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCC 780
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 AAGACTGCTATCGAGAAGGCTGGATACACTGGAAAGGTTGTCATTGGAATGGATGTTGCC 839
Query 781 GCTTCAGAGTTCTACTCATCAGACAAGACCTACGACTTGAACTTCAAAGAAGAGAACAAT 840
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GCTTCAGAGTTCTACTCAGAAGACAAGACCTACGACTTGAACTTCAAAGAAGAGAACAAC 899
Query 841 GATG-CTTCTCAGAAGATTTCTGGTGATGCTCTCAAGGACCTGTACAAGTCCTTTGTTTC 899
||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 900 AATGGCT-CTCAGAAGATTTCTGGTGATGCTCTAAAGGACCTGTACAAGTCCTTTGTCGC 958
Query 900 TGAGTACCCAATTGTGTCCATTGAGGACCCATTTGACCAAGATGATTGGGAGCACTATGC 959
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 959 TGAGTACCCAATCGTGTCCATTGAGGACCCATTTGACCAAGATGACTGGGAGCACTATGC 1018
Query 960 TAAGATGACCACTGAGTGTGGAACCGAGGTTCAGATTGTGGGTGATGATTTGTTGGTCAC 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TAAGATGACCACTGAGTGTGGAACCGAGGTTCAGATTGTCGGTGATGATTTGTTGGTCAC 1078
Query 1020 CAACCCCAAGAGAGTTGCTAAGGCAATCGCCGAAAAGTCTTGCAACGCTCTTCTTTTGAA 1079
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1079 TAACCCCAAGAGAGTTGCTAAGGCAATCGCAGAGAAGTCTTGCAATGCTCTTCTTTTGAA 1138
Query 1080 GGTTAACCAAATCGGATCTGTAACCGAGAGTATCGAGGCAGTTAAGATGTCGAAGAAAGC 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GGTTAACCAAATCGGATCTGTAACCGAGAGTATCGAGGCAGTTAAGATGTCGAAGAAAGC 1198
Query 1140 AGGTTGGGGAGTGATGACCAGCCACCGAAGTGGTGAAACCGAGGACACATTCATTGCTGA 1199
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 AGGTTGGGGAGTGATGACCAGCCACAGAAGTGGTGAAACCGAGGACACATTCATTGCTGA 1258
Query 1200 CTTAGCCGTTGGCTTGTCTACTGGACAAATCAAAACCGGTGCTCCTTGCAGATCCGAGCG 1259
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 CTTAGCCGTTGGCTTGTCCACTGGACAAATCAAAACCGGTGCTCCTTGCAGATCCGAGCG 1318
Query 1260 TCTTGCCAAGTACAACCAGCTTTTGCGTATCGAGGAGGAGTTGGGATCAGAGGCAATTTA 1319
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TCTTGCCAAGTACAACCAGCTTTTGCGTATTGAGGAGGAGTTGGGATCAGAGGCAATTTA 1378
Query 1320 CGCTGGAGCCAACTTCCGCAAACCTGTGGAACCCTACTAAGTGGAGCTTTTAGAAGCAAA 1379
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CGCTGGAGTCAACTTCCGCAAACCTGTGGAACCCTACTAAATGGAGCTTTTAGAAGCAAA 1438
Query 1380 GTGGTCTTCTTTGTGACGA 1398
|||||||||||||||||||
Sbjct 1439 GTGGTCTTCTTTGTGACGA 1457
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68975548830
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5