BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg934335
Length=2263
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G36960.3 | Symbols: TKI1 | TSL-kinase interacting protein 1 ... 3520 0.0
> AT2G36960.3 | Symbols: TKI1 | TSL-kinase interacting protein
1 | chr2:15522920-15527758 FORWARD LENGTH=2814
Length=2814
Score = 3520 bits (1906), Expect = 0.0
Identities = 2159/2280 (95%), Gaps = 22/2280 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGTTGAAATCAAAAGCATGGATGCTTAAACAGTTTGCACATTATTGCGAAATGCAAGCCG 60
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 AGTTGAAATCAAAAGCATGAATGCTTAAACAGTTTACGCATTATTGCGAAATGCAAGCCG 241
Query 61 AGCTGAAACCCGAAGGTCCTAACGGTGAGGGCCGTTTATCAAACCAGAACAGCAACCCCA 120
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 242 AGCTGATACCCGAAGGTCCTAACGGTGAGGGCCGTTTATCAAACCAGAACAGCAACCCTA 301
Query 121 ATTTACTCTCTTCTGCTTCTATCACTGTTGCTCAGTTTCCTGCTAAGAAGCCGACTAGAC 180
|||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 302 ATTTACTCTCTTCTGCTTCTATCAGTATTACTCAGTTTCCTGCTAAGAAGCCGACTAGGC 361
Query 181 AATGGGCTGCTTGGACGCATCAAGAAGAGGAAAGCTTCTTCACTGCGCTTCGCCAAGTTG 240
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 362 AATGGGCTGCTTGGACACATCAAGAAGAGGAAAGTTTCTTCACTGCTCTTCGTCAAGTTG 421
Query 241 GAAAGAATTTTGAGAAGATTACTTCTCGTGTCCAGAGCAAAAACAAGGACCAGGTCAGGC 300
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 GAAAGAATTTTGAGAAGATAACTTCTCGTGTTCAGAGCAAAAACAAGGACCAGGTCAGGC 481
Query 301 ATTACTATTATCGTTTGGTGAGGCGTATGAACAAACTTTTGGGCCCGGAACTGAGCCTTG 360
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 482 ATTACTATTATCGTTTAGTGAGGCGTATGAACAAACTTTTGGGCCCGGATCTGAGCCTTG 541
Query 361 ATGCTAAGAACCCAAAGGACACAAATGCTGCAATGCTTCGATGGTGGTCTTTACTGGAAA 420
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 542 ATGCCAAGAACCCAAAGGACACCAATGCTGCAATGCTACGATGGTGGTCTTTGCTTGAAA 601
Query 421 AGTATAGCTGCAAAGCTTCAAAACTTCACCTCAAACCCCGGAGATTCAAGCTATTTATAG 480
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 602 AGTATAGCTGCAAAGCTTCAAAACTTCATCTCAAGCCCCGGAGATTCAAACTATTTATAG 661
Query 481 AGGCCTTGGAACACCAATTGCTGAAAGACCGCAGAAAGAGCATAAGAAAACGGGCTTGCC 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 662 AGGCCTTGGAACACCAATTGCTGAAAGACCGCAGAAAGAGCATAAGAAAACGGACTTGCC 721
Query 541 AGGGAGAAAATTTCTCTTCTGCTTCCCTCGGAAACATCTCAAGTCATAGCAGAGAAAGAG 600
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 722 AGGGAGAAAATCTCTCTTCTGCTTCCCTCGGAAACATCTCAAGTCATAGTAGAGAAAGAG 781
Query 601 GATTGGATAACCGTCCATTTAAACTGATTCTCTCCGACAGCCAAAATGTTAAAAAGCTAG 660
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 782 GATTGGATAACCGTCCATTTAAACTTATTCTCTCCGACGGCCAAAATGTTAAAAAGCTAG 841
Query 661 GGCCTGGAAGAGCATCTACCAAAAATGGTGAAAGCTTAGGTGTCAACCTTGGTGACGAAA 720
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 842 GGCCTGGAAGAGCATCTACCAAACATGGTGAAAGCTTAAGTGTCAACCTTGGTGACGAAA 901
Query 721 AAGAAGATACAGCCTTTGGGAGAGGTGGAAGGCAACGGCGAAAAC-A--AGGTTATAGAA 777
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 902 AAGAAGACACAGCCTTTGGGAGAGGTGGAAGGCAACGGCGAAAACAAGCAGGTTATAGAA 961
Query 778 AATGGGAAAAAGCTGCAATAGATGGGGTCTCTCTAGTTGCTGATGCTGCAGAGCATTTGG 837
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 AATGGGAAAAAGCTGCAATAGATGGGGTCTCTCTGGTTGCTGATGCTGCAGAGCATTTGG 1021
Query 838 AACGAACATCAATTGACAAAGATATGGATGATCAAACAGATTTAGGTCCCACAAGATATT 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 AACGAACATCAATTGACAAAGATATGGATGATCAAACAGATTTAGGTCCCACAAGATATT 1081
Query 898 TAACCGGAAAGTCTCCACTTTCTCTATGCTCATCTGGTGACATTCTTCTCAGTGACACCA 957
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||
Sbjct 1082 TAACCGGAAAGTCTCCACTTTCTCTATGCTCAGCTGGTGATGTTCCTCTCAGTGATGCCA 1141
Query 958 ATATGCAGTTCTCTGCCAAGCTGAAACTTCAGCTGTTCCCGATTGATGAATGTACTCGAA 1017
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 ATATGCAGTTTTCTGCCAAGCTTAAACTTCAGCTGTTCCCGATTGATGAATGTACTCGAA 1201
Query 1018 GATCCTTGGAAATGGATAAGCACAACCCGCATCTTGAACTTACTCTTAGTAATCGCAAGA 1077
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 GATCCTTGGAAATGGATAAGCACAATCCGCATCTTGAACTTACTCTTAGTAATCGCAAGA 1261
Query 1078 AGATATCATCTGTACTGGAACATCTCAATCGTAAATGGGGAAGCGCCAGTTGTGCGACTG 1137
|||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1262 AGATATCATCTGTACTTGAACATCTCAATCGCAAATGGGGAAGCTCAAGTTGTGCGACTG 1321
Query 1138 GAGAGCTACTGCTATTTCCTTACAATGCACGAAAAGAAACTGTAACGTGCCATCAGAGGT 1197
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 GAGAGCTATTGCTATTTCCTTACAACGCACGAAAAGAAACTGTAACGTGCCATCAGAGGT 1381
Query 1198 GGACCCATGACTCTTTTCTAAGCGCAGCAGAAGTGCATTCAATGCTTGGAAGTCCCTCGG 1257
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||
Sbjct 1382 GGACCCATGACTCTTTTCTAAGCGCAGCAGAAGTGCATTCAATGGTCGGAAGTCCTTCGG 1441
Query 1258 TTTTCCGCTTAAGGTATGGTTGGTTTGTCCATGATGCATCAGGTTCTATTATTTCTCAAG 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 TTTTCCGCTTAAGGTATGGTTGGTTTGTCCATGATGCGTCAGGTTCTATTATTTCTCAAG 1501
Query 1318 TTCCAACCTCAGATTCTTGCCCTTCACTCGAGGATGACATGAATGTGGATGGGGTGAACG 1377
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1502 TTCCAACTTCAGATCCTTGCCCTTCACTCGAGGATGACATGAATGTGGATAGGTTGAACG 1561
Query 1378 AGGTCAACATGCTCCTTACTGAATCAGGACCCTTGTCTGTGCATTCAACTGCCGAACAAG 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1562 AGGTCAACATGCTCCTTACTGAATCAGGACCCTTGTCTGTGCATTCAACTGCTGAACAAA 1621
Query 1438 CGACATCTGTAGAACCCAGCCAGGGTCTAGTATGTGCCTCTGGTGAAATCCATGATCGTC 1497
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1622 CGACATCTGTAGAGCCCAGTCAGGGTCTAGTATGTGCATCTGGTG---TCCATGATCGTC 1678
Query 1498 TCGCA-GAATCTAGGGATGATTATGAACCTGCTTCAATGACTATTACTCCACTTGAGCAT 1556
|||| || ||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1679 CCGCAAGA-TCTAGAGATGATTATGAACCTGCTTCAACGAGTATTACTCCACTTGAGCAT 1737
Query 1557 TTGAGCAGTGGTAATGCACAATCAGCAGGAGAATGGGCTGATAGTCTTACTAACATAAGT 1616
|||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 TTGAGCGGCGGTAATGCACAATCACCAGGAGAATGGGCTGATAGTCTTACTAACATAAGT 1797
Query 1617 ATAGGTGATCTACTTTCTGAAGTGCCCGATGACATAGATAGTGATGGTGTGGATCCACCT 1676
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1798 ATAGGTGATCTACTTTCTGAAGTGCCCGATGACATAGATAGTGATGGTGTTGATCCACCT 1857
Query 1677 GCCACCGAGGGTTCACATTACCTCCTTCGAGATGTCCCATTTGCCTCTGACTCTTTTGAT 1736
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1858 GCCACCGAAGGTTCACATTACCTCCTTCGAGATGTCCCATTTACCTCTGACTCTTTTGAT 1917
Query 1737 GCTGCAATTGCTGCTCATATACTAAGACACCAGAGCAAGCCAAGTGCTTTACTACCGCTG 1796
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1918 GCTGCAATTGCTGCTCATATACTAAGACACCAGAACAAGCCAAGTGCTCAACTACCGCTG 1977
Query 1797 ACTTCTGGCTCTTCCTCTCTATGGGATGATGAAGAAACACGTGATGCCTTCTCTTTCCAA 1856
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 ACTTCTGGCTCTTCCTCTCTGTGGGATGATGAAGAAACACGTGATGCCTTCTCTTTCCAA 2037
Query 1857 AAGAATCGTCTCGCAGATTCCACCGAGTTGGCTAGTGTTGCTTCTC--A----------C 1904
|| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |
Sbjct 2038 AAAAATCGTTTCGCAAATTCCACCGAGCTGGCTAGTGTTGCTTCTCCTAAAGGTGTTGGC 2097
Query 1905 AGAGTAAATGGAGAGCCTTCACAATTGGTGGAGGTTTTATCCGGCGATGAGGGGTCTTGT 1964
||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2098 AGAGTAAATGGAGAGCCTTCACAGTTGGTGGAGGCTTCATCCGGCGATGAGGGATCTTAT 2157
Query 1965 AACCCTTC-TGACCATGGAGATCCAATGGAAGAGGGTCCAACAGACCCTCAAACGATGGA 2023
|||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 2158 AACCCT-CATGACGATGGAGATCCAATGGAAGAGGGTCCAGCAGACCCTCATACGATGGA 2216
Query 2024 TTCTCCTGGAAAGACCCCTTGTGGACTTGCGGATGTATATTGGCCCGACTCGTTAGGACC 2083
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 TTCTCCAGGGAAGACCCCTTGTGGACTTGCGGATGTATACTGGCCCGACTCGTTAGGACC 2276
Query 2084 ACTGGATTTAGACATTAGATCTTCAAAGTATACAGAGGATTTGCTCCTAAGTGAGAGCCT 2143
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||
Sbjct 2277 ACTGGATTTAGACATTAGATCGTCAAAGTATACAGATGATTTGATCCTTAGTGAGAGCCT 2336
Query 2144 CGGAGGTTTGAGCCGTCTGATAGCGACCAGCCTTGATGCGTTTCAGAACTGCTCGCTCTT 2203
||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 CGGGGGATTGAGCCGTCTGATAGCAACCAGCCTTGATGCGTTTCAGAACTGCTCGCTCTT 2396
Query 2204 TGGGTTCGACAATAAGAAGGACAAGTCTAACATGGTCTGAAATGGAACCAAAGCTAAAGC 2263
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 TGGGTTCGACAATAAGAAGGACAAGTCTAACATGGTATGAAATGGAACCAAAGCTAAAGC 2456
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112298619165
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5