BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg934680
Length=3593
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G39260.1 | Symbols: | binding;RNA binding | chr2:16392047-1... 6043 0.0
> AT2G39260.1 | Symbols: | binding;RNA binding | chr2:16392047-16399680
REVERSE LENGTH=3879
Length=3879
Score = 6043 bits (3272), Expect = 0.0
Identities = 3491/3597 (97%), Gaps = 13/3597 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TTATCTACCTGAACCCTAATGGATCATCCAGAAGATGAAACCCACAGCGAGAAACAAGAC 62
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 75 TTATCTCCCTGAACCCTAATGGATCATCCAGAAGATGAATCCCACAGCGAGAAACAAGAC 134
Query 63 GACGAGGAAGCTCTTGCTCGTCTTGAAGAGATTAAGAAGTCAGTGGAAGCTAAAATGACT 122
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||
Sbjct 135 GACGAGGAAGCTCTTGCTCGTCTTGAAGAGATTAAGAAGTCAATTGAAGCTAAACTGACT 194
Query 123 CTTCGTCAAAATAATCTCAATCCTGAACGACCTGATTCAACATATCTTAGGACTCTGGAT 182
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 195 CTTCGTCAAAACAATCTCAATCCTGAACGACCTGATTCAGCATATCTTAGGACTCTAGAT 254
Query 183 TCTAGTATCAAGCGGAATACAGCAGTTATCAAGAAGTTAAAGCAGATCAATGAGGAGCAG 242
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 255 TCTAGTATCAAGCGGAATACAGCAGTTATTAAGAAGTTAAAGCAGATCAATGAAGAGCAG 314
Query 243 CGAGAAGGGTTGATGGATGATCTCCGAGGTGTTAACCTTAGCAAATTCGTTAGTGAAGCT 302
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 315 CGAGAAGGGTTGATGGATGATCTGCGAGGTGTTAACCTTAGCAAATTCGTTAGTGAAGCT 374
Query 303 GTTACTGCCATTTGTGAGGCTAAGCTCAAAAGCTCAGATATACAAGCAGCTGTTCAGATT 362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 GTTACTGCCATTTGTGAGGCTAAGCTCAAAAGCTCAGATATACAAGCAGCTGTTCAGATT 434
Query 363 TGCTCGCTACTTCATCAGAGGTATAAAGAATTTTCT-CCTAGTCTAACACAAGGGCTCTT 421
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 435 TGCTCGCTACTTCATCAGAGGTATAAAGAATTTTCTGCC-AGTCTAACACAAGGGCTCTT 493
Query 422 GAAAGTCTTCTTTCCTGGAAAATCTGCCGAAGATTTAGATGCGGATAAAAACTCAAAGGC 481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 494 GAAAGTCTTCTTTCCTGGAAAATCTGCCGAAGATTTAGAAGCTGATAAAAACTCAAAGGC 553
Query 482 CATGAAAAAGCGCAGTTCCCTAAAACTTCTTCTGGAGCTCTACTATGTTGGATTAATAGA 541
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 554 CATGAAAAAGCGCAGTACCCTAAAACTTCTTCTGGAGCTCTACTATGTTGGAGTAATAGA 613
Query 542 AGATAGTAACATCTTTATCAATATTATTAAGGATCTCACCAGTGTTGAACAACTGGAAGA 601
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 614 AGATAGTAACATCTTTATCAATATTATTAAGGATCTTACCAGTGTTGAACAACTGAAAGA 673
Query 602 CAGAGATACGACCCAAACAAATTTGACTCTTCTTGCCAGTTTTGCTCGGCAAGGAAGAGT 661
|||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 674 CAGAGATACGACCCAAACAAATCTGACACTTCTCACCAGTTTTGCTCGGCAAGGAAGAAT 733
Query 662 TTTTCTGGGGCTTCCTATTTCTGGACATGACGAAGATTTTTTCAAGGGTCTCGACGTCAC 721
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 TTTTCTGGGGCTTCCTATCTCTGGACAAGACGAAGATTTTTTCAAGGGTCTCGACGTCAC 793
Query 722 TGCAGATCAGAAAAAGAGTTTTAAGAAAGCTTTCAACACATGTTATGATGCTCTGGCAGA 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 794 TGCAGATCAGAAAAAGAGTTTTAAGAAAGCTTTCAACACATATTATGATGCTCTTGCAGA 853
Query 782 TCTCCTTCAGTCTGAGCACAAGTTACTTCTCCAAATGGAGAAAGAAAATGCAAAACTGGT 841
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 854 TCTCCTTCAGTCTGAGCACAAGTTACTTCTCCAAATGGAGAAAGAAAATGCAAAGCTGGT 913
Query 842 AAATGCTAAAGGGGAGCTTAGTGAAGACAGTGCATCTTCTTATGAAAAGCTGAGGAAATC 901
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 914 AAATGCTAAAGGAGAGCTTAGTGAAGACAGTGCATCTTCTTATGAAAAGCTGAGGAAATC 973
Query 902 ATATGACCATCTCTATCGAAATATCTCATCTTTGGCCGAATCACTTGATATGCAACCTCC 961
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 974 ATACGACCATCTCTATCGAAATATCTCATCTTTGGCCGAAGCACTTGATATGCAACCTCC 1033
Query 962 TGTTATGCCAGAGGATGGTACAACTAGGCTCACAGCAGGGGACGAAGCCTCACCTTCTGG 1021
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1034 TGTTATGCCAGAGGATGGTACAACTAGGCTCACAGCAGGGGACGAAGCTTCACCCTCTGG 1093
Query 1022 TGCTGTAAAAGATACATCTGTCCCGGAACCTATTTGGGACGACGAAGACACCAAGACATT 1081
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1094 TACTGTAAAAGATACATCTGTCCCGGAACCTATTTGGGACGACGAAGACACCAAGACATT 1153
Query 1082 TTACGAGTGCTTGCCTGATCTGAGGGCATTTGTTCCAGCAGTATTGTTGGGAGAAGCAGA 1141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 TTACGAGTGCTTGCCTGATCTGAGGGCATTTGTTCCAGCAGTATTGTTGGGAGAAGCAGA 1213
Query 1142 GCCCAAATCAAATGAGCAATCTGCTAAGGCAAAAGATAAATC-CTCTGAGTCTAGCTCTG 1200
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1214 GCCTAAATCAAATGAGCAATCTGCTAAGGCAAAAGAGAAA-CTCTCTGAGTCTAGCTCTG 1272
Query 1201 AAGTTGTCGAAAATCAACAACCAACCGAAGATACAACAGAGGTTTCTGCTGATTCTGGTA 1260
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1273 AAGTTGTTGAAAATCAACAAACAACCGAAGATACAACAGAGGTTTCTGCTGATTCTGCTA 1332
Query 1261 GTATGGCTGATGGATCAAATGCTGAGCAGCCaaaagagaaggaagaagtagaaaaggaaa 1320
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 GTATGGATGATCGATCAAATGCTGAGCAGCCAAAAGAGAAGGAAGAAGTAGAAAAGGAAA 1392
Query 1321 aggctaaggatgct-agaaaggaaaaaggaaaagaaaaggatagtgacaagaaa-atgga 1378
||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||
Sbjct 1393 AGGCTAAGGATACTAAG-AAGGAAAAAGGAAAAGAGAAGGATAGTGAGAA-AAAGATGGA 1450
Query 1379 aaatgagaaggagaaagggaagaGCCTTGACGTGGCAAACTTTGAAAGATTGTTACAGCG 1438
| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1451 ACATGAGAAGGAGAAAGGTAAGAGCCTTGACGTGGCAAACTTCGAAAGATTGTTACAGCG 1510
Query 1439 ACTTCCTGGTTGCGTAAGCCGTGATCTTATTGACCAGTTAACGGTGGAATATTGTTATTT 1498
|||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1511 ACTTCCGGGTTGTGTTAGCCGGGATCTTATTGACCAGTTAACGGTGGAATATTGTTATTT 1570
Query 1499 AAATTCCAAGACAAACAGaaaaaaaCTTGTCAAAGCGTTATTTAATGTCCCTAGGACATC 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 AAATTCCAAGACAAACAGAAAAAAACTTGTCAAAGCGTTATTTAATGTCCCTAGGACATC 1630
Query 1559 TCTGGAGTTGCTAGCATACTATTCGCGTATGGTTGCAACACTAGCATCGTGCATGAAGGA 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631 TCTGGAGTTGCTAGCATACTATTCGCGTATGGTTGCAACACTAGCATCGTGCATGAAGGA 1690
Query 1619 CATCCCGTCTATGCTTGTGCAGATGTTGGAGGACGAGTTTAATTCTCTGGTCCATAAAAA 1678
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691 CATCCCGTCTATGCTTGTGCAGATGTTGGAAGACGAGTTTAATTCTCTGGTCCATAAAAA 1750
Query 1679 GGACCAAATGAATATTGAAACAAAAATCCGAAACATCAGATTTATTGGAGAACTCTGCAA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1751 GGACCAAATGAATATTGAAACAAAAATCCGAAACATCAGATTTATTGGAGAACTCTGCAA 1810
Query 1739 GTTTAAAATTGTACCTGCTGGTCTTGTATTCAGTTGTTTGAAGGCTTGCTTAGATGAATT 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 GTTTAAAATTGTACCTGCTGGTCTTGTATTCAGTTGTTTGAAGGCTTGCTTAGATGAATT 1870
Query 1799 TACTCATCATAACATTGATGTTGCTTGCAATCTTCTGGAGACATGTGGCCGTTTCCTTTA 1858
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 TACTCACCATAACATTGATGTTGCTTGCAATCTTCTGGAGACATGTGGCCGTTTCCTTTA 1930
Query 1859 TCGGTCTCCCGAAACCACACTCAGGATGACAAATATGCTGGACATATTGATGCGCCTGAA 1918
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 TCGGTCTCCTGAAACCACACTCAGGATGACAAATATGCTGGACATATTGATGCGCCTGAA 1990
Query 1919 AAATGTCAAGAATTTAGATCCTCGTCAAAGCACTCTTGTGGAAAATGCCTACTACCTGTG 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1991 AAATGTCAAGAATTTAGATCCTCGTCAAAGCACTCTTGTGGAAAATGCCTACTACTTGTG 2050
Query 1979 TAAACCTCCTGAAAGATCAGCAAGAATTTCTAAAGTTCGTCCACCATTGCATCAGTATAT 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2051 TAAACCTCCTGAAAGATCAGCAAGAATTTCTAAAGTTCGTCCACCATTGCATCAGTATGT 2110
Query 2039 TCGAAAATTGCTATTCTCGGATCTTGATAAAGATTCCATTGCAAACGTACTAAAGCAACT 2098
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2111 TCGAAAATTGCTATTCTCTGATCTTGATAAAGATTCCATTGCAAACGTACTGAAGCAACT 2170
Query 2099 GCGGAAGCTGCCATGGAGTGAATGTGAGCAATACATGTTAAAGTGCTTTATGAAGGTTCA 2158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171 GCGGAAGCTGCCATGGAGTGAATGTGAGCAATACATCTTAAAGTGCTTTATGAAGGTTCA 2230
Query 2159 CAAGGGAAAGTATGGTCAGATTCACTTAATTGCTTCCTTGACTTCTGGTTTGAGCCGCCA 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231 CAAGGGAAAGTATGGTCAGATTCACTTAATTGCTTCCTTGACTTCTGGTTTGAGCCGCCA 2290
Query 2219 TCATGATGAGTTTGCGGTGGCTGTTGTTGATGAGGTACTGGAGGAGATAAGGGTTGGGCT 2278
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2291 TCATGATGAGTTTGTGGTGGCTGTTGTTGATGAGGTACTGGAGGAGATAAGGGTTGGGCT 2350
Query 2279 TGAGTTGAATGAATATGGGGCACAACAGAAGCGACTAGCCCATATGAGATTCTTAGGGGA 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2351 TGAGTTGAATGAATATGGGGCACAACAGAAGCGGCTAGCCCATATGAGATTCTTAGGGGA 2410
Query 2339 GCTGTACAACTATGAGCACGTAGATTCATCTGTGATTTTTGAGACGCTTTATCTAACTCT 2398
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||
Sbjct 2411 GCTGTACAACTATGAGCACGTAGATTCATCTGTGATATTCGAGACACTTTATTTAACTCT 2470
Query 2399 TTTATATGGTCATGATACTTCAGAGCAAGAGGTGCTGGATCCACCAGAAGACTTTTTCCG 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2471 TTTATATGGTCATGATACTTCAGAGCAAGAGGTGCTGGATCCACCAGAAGATTTTTTCCG 2530
Query 2459 TATCAGGATGGTTATCATTCTTCTGGAAACCTGTGGGCACTACTTTGATCGAGGTTCTTC 2518
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2531 TGTCAGGATGGTTATCATTCTTCTGGAAACCTGTGGGCACTACTTTGATCGAGGTTCTTC 2590
Query 2519 AAAGAAAAGGCTTGATCAATTTTTAATACACTTCCAGAGATACATCCTGAGCAAGGGCCA 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 AAAGAAAAGGCTTGATCAATTTTTAATACACTTCCAGAGATACATCCTGAGCAAGGGCCA 2650
Query 2579 CCTTCCACTGGATATTGAATTTGACTTGCAGGATCTATTTGCCAATTTGAGGCCCAATAT 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2651 CCTTCCACTGGATATTGAATTTGACTTGCAGGATCTATTTGCCAATTTGAGACCTAATAT 2710
Query 2639 GACTCGTTACGCAACCATTGATGAGGTCAATGCAGCTATACTTCAGCTGGAAGAGCGTGA 2698
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2711 GACTCGTTACTCAACCATTGATGAGGTCAATGCCGCTATACTTCAGCTGGAAGAGCGTGA 2770
Query 2699 ACATGCTTCTTCAGGAGACAAAGTCAGTATAGATAGACACTCAGATACAAAGCCTTCAAA 2758
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2771 ACATGCTTCTTCAGGAGACAAAGTCAGTATAGAAAGACACTCAGATACAAAGCCTTCAAA 2830
Query 2759 CAGGTCGTCTTCTGATGTTATCTCTTCTAACGGGAAAAGTACTGCCAAAGATATTAGAGA 2818
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2831 CAAGTCGTCTTCTGATGTTATCTCTTCTAACGGGAAAAGTACTGCCAAAGATATTAGAGA 2890
Query 2819 GAATGGAGAAGCTCACGGAGAAGAAAGCGATAGCGATTCTGGTAGTGGCTCCGTGGTCCG 2878
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2891 GAATGGAGAAGCTCACGGAGAAGAAAGCGACAGCGATTCTGGTAGTGGCTCCGTGGTTCG 2950
Query 2879 AGATGGACAGAACGAAGAGTTGGATGATGGAAATCATGAGCGGGGATCTGAGAGTGGCGA 2938
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2951 TGATGGACAGAACGAAGAGTTGGATGATGGAAATCATGAGCGGGGATCTGAGAGTGGTGA 3010
Query 2939 TGGGGATGACTT-TGATGATGGCGATGGGCCTGGATCTGATGATGATAAATTTCGTGTAA 2997
||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3011 TGGGGATGA-TTATGATGATGGCGATGGACCTGGATCTGATGATGATAAATTTCGTGTAA 3069
Query 2998 GGCAAAAGGTGGTAACCGTAGATCCTGAGGAACAAGCGGACTTTGATCAAGAACTGAAGG 3057
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3070 GGCAAAAGGTGGTAACCGTAGATCTTGAGGAACAAGCGGACTTCGATCAAGAACTGAAGG 3129
Query 3058 CCTTACTTCAGGAGAGCATGGAGCAAAGGAAGCTAGAATTACGTGGTAGACCGGCATTGA 3117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3130 CCTTACTTCAGGAGAGCATGGAGCAAAGGAAGCTAGAATTACGAGGTAGACCGGCATTGA 3189
Query 3118 ACATGACAATACCGATGAGTGTTTTTGAAGGATCTGGAAAAGATCACCATCATTTTGGGC 3177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3190 ACATGACAATACCGATGAGTGTTTTTGAAGGATCTGGAAAAGATCATCATCATTTTGGGC 3249
Query 3178 GGGTAGTAGGTGAAAACGGTGAAGATTTGTTGGATGAAGAGAACGGAGAGCAAAGAGAGG 3237
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3250 GGGTAGTAGGTGAAAACGGTGAAGAAGTGTTGGATGAAGAGAATGGAGAGCAAAGAGAGG 3309
Query 3238 TTCAAGTGAAGGTCCTAGTGAAGAGAGGAAACAAACAACAAACAAGGCAAATGCTAATCC 3297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3310 TTCAAGTGAAGGTCCTAGTGAAGAGAGGAAACAAACAACAAACAAGGCAAATGCTAATCC 3369
Query 3298 CGAGTGATTGTTC-CTTAGTGCAGAGCACAAAACAGAAAGAAGCAGCGGAATTGGAAGAG 3356
||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 3370 CGAGTGATTGTGCTCT-AGTGCAGAGCACAAAACAGAAAGAAGCTGCAGAATTGGAAGAG 3428
Query 3357 AAACAAGACATAAAGAGGTTAGTACTTGAGTACAATGAGAGGGACGAAGAGGAAGCTAAT 3416
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 3429 AAACAAGACATAAAGAGGTTAGTACTCGAGTACAATGAGAGGGATGAAGAGGAAGCAAAT 3488
Query 3417 GCGTTAGGAACACAGATATTGAACTGGACTTCTGGAGGAAGCAGAGGATCCACTCGAACC 3476
| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3489 GGGTTAGGAACACAGATATTGAATTGGACTTCTGGAGGAAGCAGAGGATCCACTCGAACC 3548
Query 3477 GGGGAAGGCAGTGGGAAGAGTGGTGGGTCTCGTCACCGGTTTTATTATCATCAAGGAGGT 3536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3549 GGGGAAGGCAGTGGGAAGAGTGGTGGGTCTCGTCACCGGTTTTATTATCATCAAGGAGGT 3608
Query 3537 GGTGGTTCGTATCATGCCCGACGAAAGTAACTTCCATCCGGTTTAGGGGGGAAATTT 3593
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3609 GGTGGTTCGTATCATGCCCGACGAAAGTAACTTC-ATCCGGTTTAGGGGGAAAATTT 3664
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 178895318738
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5