BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg934690
Length=3059
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G39340.1 | Symbols: | SAC3/GANP/Nin1/mts3/eIF-3 p25 family ... 5096 0.0
> AT2G39340.1 | Symbols: | SAC3/GANP/Nin1/mts3/eIF-3 p25 family
| chr2:16423639-16430108 FORWARD LENGTH=3642
Length=3642
Score = 5096 bits (2759), Expect = 0.0
Identities = 2964/3063 (97%), Gaps = 13/3063 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 GGACGTTGATGATATAGCATGAATCAAGGAGGCAATACTCAGGCCGTAGCACCAATGGAC 66
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 267 GGACGTTGATGATAAAGCATGAATCACGGAGGGAACACTCAGGCCGTAGCACCAATGGAC 326
Query 67 CCTAATTCCATTGAGAATCGATATGGTGTTGATGGAAGCCAGGCACATAAATATTCATAT 126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 327 CCTAATTCCATTGAGAATCGATATGGTGTTGATGGAAGCCAAACACAGAAATATTCATAT 386
Query 127 CAATACTCAACTGGGTCTGACAGTGCCCCATGGACAGCGCATTCTGTTGAAAATCAGGCT 186
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 387 CAATACTCAACTGGGTCTGAAAGTGCCCCATGGACAGGGCATTCTGTTGAAAATCAGGCT 446
Query 187 GTGGAGAATGGGAACTATTCAAATTCAAACTATTACCATCCACAGCCCACGGGGCCAGCC 246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 447 GTGGAGAATGGGAACTATTCAAATTCAAACTATTACCATCCACAGCCGACAGGGCCAGCC 506
Query 247 ACAAGCAATGTGCAAGAAATACCGAATACTGCATCCTTCACTAGCTCATCGACGTCTGGA 306
||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 507 ACAGGCAATGTGCAAGAGATACCGAATACTGTATCCTTCACTATCTCATCGACGTCCGGA 566
Query 307 ACTGCAAATGTGGCACAAGATTATAGTGGATATACGCCATACCAGACCTCTTCTGACCCA 366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 567 ACTGCAAATGTGGCACAAGATTATAGTGGATATACGCCATACCAGACCTCTTCTGACCCA 626
Query 367 CACAACTATTCAAACACGGGATATTCCAATTACTACAGTGGCTATCAACAGCAACCTAGC 426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 627 CACAACTATTCAAACACGGGATATTCCAATTACTACAGTGGCTATCAACAGCAACCTAGC 686
Query 427 CAGTCATATCCTCAGCCTGTAGGGACTTATCAAAATACAGGTGCTCCTCAGCCTCTTTCC 486
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 687 CAGTCATATCCTCAGCCTGTAGGGGCTTATCAAAACACAGGTGCTCCTCAGCCTCTTTCC 746
Query 487 TCATTTCAGAATCCAGGATCTTATGCTGGGACTGCAAGTTATTCAGGAACTTACTACAAT 546
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 747 TCATTTCAGAATCCAGGATCTTATGCTGGGACTCCAAGTTATTCAGGAACTTACTACAAT 806
Query 547 CCTGCTGATTATCAGACTGCTGGAGGTTACCAAAGTACAAATTATAACAACCAAACGGCT 606
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 807 CCTGCTGATTATCAGACTGCTGGAGGTTACCAAAGTACGAACTATAACAACCAAACGGCT 866
Query 607 GGAAGTTACCCAAGTACAAATTACAGCAATCAGACTCCTGCTTCGAACCAGGGAAACTAT 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 867 GGAAGTTACCCAAGTACAAATTACAGCAATCAGACTCCTGCTTCGAACCAGGGAAACTAT 926
Query 667 ACGGATTACACCTCAAACCCTTATCAAAATTATACTCCTGACGCTGCTAACACTCATAGC 726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 927 ACGGATTACACCTCAAACCCTTATCAAAATTATACTCCTGATGCTGCTAACACACATAGC 986
Query 727 TCTACTATTGCAACCACACCACCTGTACATTATCAACAGAACTACCAACAATGGTCAGAA 786
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 987 TCTACTATTGCGACCACACCACCTGTACATTATCAACAGAACTACCAACAATGGACAGAA 1046
Query 787 TATTACAGCCAAACAGAAGTCCCCTGTGCCCCAGGCACAGAAAAGTTGTCT------GCC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1047 TATTACAGCCAAACAGAAGTCCCCTGTGCCCCAGGCACAGAAAAGCTGTCTACCCCAACC 1106
Query 841 ACAAGCGCATATAGTCAGAGCTTTCCAGTTCCTGGTGTTACTAGTGAAATGCCTGCTTCA 900
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107 ACAAGTGCATATAGTCAGAGCTTTCCAGTTCCTGGTGTTACTAGTGAAATGCCTGCTTCA 1166
Query 901 AATAGTCAGCCTGCCCCGTCTTATGTCCAACCTTGGAGGCCGGAAACTGACGCATCCCAT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1167 AATAGTCAGCCTGCCCCGTCTTATGTCCAACCTTGGAGGCCGGAAACTGACTCATCCCAT 1226
Query 961 CCACCTTCTCAGCAGCCTGGTACAGCTGTTAGTACATCTAATGATGCTTACTGGATACAT 1020
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1227 CCACCTTCTCAACAGCCTGGTGCAGCTGTTAGTACATCTAATGATACTTACTGGATGCAT 1286
Query 1021 CAAGCACCAAGTCTGCAAGCTCATCATCCTGTTCCACCTCAAAATCATTACCCGAGTCCT 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1287 CAAGCACCAAGTCTGCAAGCTCATCATCCTGTTCCACCTCAAAATAATTACCAGAGTCCT 1346
Query 1081 CTGGAGACAAAACCTTTGTACGAGACCCCCTTTCAGGGTCATCAGAGAGCTACCTATCCT 1140
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1347 CTGGAGACAAAACCTTTATACGAGACTCCCTTTCAGGGTCATCAGAGAGCTACATATCCT 1406
Query 1141 CAAGAGATGAACTCCCAGCCTTCCTTTCACCAGGCTCCGTTAGGCTATCGCCAGCCTACT 1200
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 CAAGAGATGAACTCCCAGTCTTCCTTTCACCAGGCACCGTTAGGCTATCGCCAGCCTACT 1466
Query 1201 CAGACAGCACCGTCAGTGGATTCGCAAAGGGTAAGCAAAGTACAGATTCCAACTAACCCT 1260
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1467 CAGACAGCACCGTTAGTGGATTCACAAAGGGTAAGCAAAGTACAGATTCCAACTAACCCT 1526
Query 1261 AGAATTGCTTCAAACTTGCCATCAGGTTTTACCAAAATGGATAAAGACAGTACATCAGCC 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 1527 AGAATTGCTTCAAACTTGCCATCAGGTTTTACCAAAATGGATAAAGATAGTACAGCAGCC 1586
Query 1321 AGTGCAGCCCAAGCACCTGCATATGTTAGTGTTTCAATGCCAAAGCCTAAAGACCATACC 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587 AGTGCAGCCCAAGCACCTGCATATGTTAGTGTTTCAATGCCAAAGCCTAAAGACCATACC 1646
Query 1381 ACTGCTATGCCTGACCCT--AACAGCTTCCCAAAATCGCTTCGTGGGTTTGTTGAGAGGG 1438
||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1647 ACTGCTATGTCTGACCCTGGAAC--CTTCCCAAAATCGCTTCGTGGGTTTGTTGAGAGGG 1704
Query 1439 CTTTTGCACGCTGCAAAGATGATAAAGAAAAGGCATCTTGCGAGGTAGCCCTGAGGAAGA 1498
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1705 CTTTTGCCCGCTGCAAAGATGATAAAGAAAAGGAATCTTGCGAGGTTGCCCTGAGGAAGA 1764
Query 1499 TCGTCAAAAAAGCCAAGGAGGATAATACTCTTTATACTCGAGATTGGGATACTGAGCCTC 1558
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 TTGTCAAAAAAGCAAAGGAGGATAATACTCTTTATACTCGAGATTGGGATACTGAGCCTC 1824
Query 1559 TCTCAACTGTCACGACCACAAATGTGACTAACTCTGAGTCGAGCTCCACTCAGCTTTCTT 1618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||
Sbjct 1825 TCTCAACTGTCACGACCACAAATGTGACTAACTCTGAGTCAAGCTCCGCTCAGCTCTCTT 1884
Query 1619 CGTTACAAAATAAGAGCCCAACAAGACGACCCAAAAGTAGATGGGAGCCGTTAGTGGAAG 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1885 CGTTACAAAATAAGAGCCCAACAAGACGACCCAAAAGTAGATGGGAGCCGTTGGTGGAAG 1944
Query 1679 GAAAACCTTTTGTGAAGCCAGCTTCAACTTTTAGAAGTGCTGTTAAATTTGGAGCTTGGA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1945 GAAAACCTTTTGTGAAGCCAGCTTCAACTTTCAGCAGTGCTGTTAAATTTGGAGTTTGGA 2004
Query 1739 ATCACCAAAATGAAAACAACAAAAAGAGCTCTGAGAGTTTTCAAAAGGTGGATGCTGCCA 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2005 ATCACCAAAATGAAAACAACAAAAAGAGCTCTGAGAGTTTTCAAAAGGTGGATGCTGCCA 2064
Query 1799 CTGGCTTCAAGCCCACTTATTCTGGGCAAAATTCTGCaaaaaaaaaTTTCCAGCGGCCTG 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2065 CTGGCTTCAAGCCCACTTATTCTGGGCAAAATTCTGCAAAAAAAAGTTTCCAGCGGCCTG 2124
Query 1859 TCAAGCGACAGCGTTTTTCTGGTGGAGCAGCTACCGCCATTGATGATGAGGCATCTAGTG 1918
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2125 TCAAGCGACAGCGTTTTTCTGGTGGTGCAGCTACTGCCATTGATGATGAGGCATCTAGTG 2184
Query 1919 ATAGTGACAAGGATTTGACACCTTACTATTCCAGTGCAATGGCACTTGCTAGTTCTGCTG 1978
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2185 ATAGTGACAAGGATTTGACACCTTACTATTCCAGTGCAATGGCACTTGCTGGTTCTGCCG 2244
Query 1979 AGGAAAAGAAGCGACGTGATAGTCGTTCCAAGCGATTTGAAAAAGTTCAAGGCCACAGCC 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2245 AGGAAAAGAAGCGACGTGATAGTCGTTCCAAGCGTTTTGAAAAAATTCAAGGCCACAGCC 2304
Query 2039 GAGGGAATGATCTTACAAAACCTAAGAATGCAAATGTTGGAAATTTGCATACTAGAAGAG 2098
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2305 GAGGGAATGATCTTACAAAACCTAAGAATGCAAATGTTGGAAATTTGCATTCTAGAAGAG 2364
Query 2099 CCACTGCCTTGAGGCTTAGCAAAGTTTTTGATGAAAGTGGCAGCAGAGCTGTGGAAGACA 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2365 CCACTGCCTTGAGGCTTAGCAAAGTTTTTGATGAAAGTGGCAGCAGAGCTGTGGAAGACA 2424
Query 2159 TTGACTGGGATGCACTAACTGTTAAAGGCACTTGCCAAGAAATTGAGAAACGTTATCTCC 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2425 TTGACTGGGATGCACTAACTGTTAAAGGCACTTGCCAGGAAATTGAGAAACGTTATCTCC 2484
Query 2219 GTCTGACTTCTGCGCCAGATCCTGCCACTGTAAGACCAGAGGATGTGTTGGAAAAAGCTC 2278
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2485 GTCTGACTTCTGCGCCAGATCCTGCCACCGTAAGACCAGAGGATGTTTTGGAAAAAGCTC 2544
Query 2279 TGATAATGGTTCAGGATTCTCAAAAGAATTATCTGTATAAATGTGATCAGCTAAAGTCTA 2338
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2545 TGATAATGGTTCAGGATTCTCAAAAGAATTATCTTTTTAAATGTGATCAACTAAAGTCTA 2604
Query 2339 TTCGCCAAGACCTCACAGTACAACGGATACACAATCAATTAACAGCTAAGGTTTATGAAA 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2605 TTCGCCAAGACCTCACAGTACAACGGATACACAATCATTTAACAGCTAAGGTTTATGAAA 2664
Query 2399 CACATGCTAGATTGGCTTTGGAGGCAGGGGATTTACCTGAGTATAATCAGTGCCTGTCAC 2458
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 CACATGCTAGATTAGCTTTGGAGGCAGGGGATTTACCTGAGTATAATCAGTGCCTGTCAC 2724
Query 2459 AGTTAAAAACTCTTTATGCGGAAGGTATAGAAGGATGCTCTCTGGAGTTTGCTGCGTACA 2518
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2725 AGTTAAAAACTCTTTATGCGGAAGGTGTAGAAGGATGCTCTCTGGAGTTTGCTGCGTACA 2784
Query 2519 GTCTACTCTATATTACTCTACACTCTAACAACAACCGAGAACTGCTATCATCCATGTCCA 2578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2785 GTCTACTCTATATTACTCTACACTCTAACAACAACCGAGAACTGCTATCATCCATGTCCA 2844
Query 2579 GATTATCCGAAGAAGATAAGAAGGATGAAGCAGTTAGACATGCTCTTTCAGTTCGTGCAG 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2845 GATTATCCGAAGAAGATAAGAAGGATGAAGCAGTTAGACATGCTCTTTCAGTTCGTGCAG 2904
Query 2639 CTGTCACATCAGGAAATTATGTTATGTTCTTCAGACTCTACAAGACTGCACCGAACATGA 2698
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2905 CTGTCACATCAGGGAATTATGTTATGTTCTTCAGACTCTACAAGACTGCACCAAACATGA 2964
Query 2699 ATAGTTGCCTCATGGATCTCTATGTGGAGAAGATGCGTTACAAGGCTGTGAATTTTATGT 2758
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2965 ATAGTTGCCTCATGGATCTCTATGTGGAGAAGATGCGTTACAAGGCTGTGAATTTTATGT 3024
Query 2759 CGCGTAGTTGTCGTCCTACAATCCCGGTCTCATACATAGTCCAAGTGTTGGGCTTTACTG 2818
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3025 CTCGTAGTTGTCGTCCTACAATCCCGGTCTCATACATAGTCCAAGTGTTGGGATTTACTG 3084
Query 2819 GTGCTGCAAGCGA-GGCTACTGATGAAAAGGAGACTGATGGTATGGAGGAGTGTTTGGAA 2877
||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3085 GTGCTGCAAGCGAAGG-TACTGATGAAAAGGAGACCGATGGTATGGAGGACTGTTTGGAA 3143
Query 2878 TGGCTAAAAACTCATGGTGCTAACATCATTACTGACAGCAACGGAGATATGCTTCTTGAT 2937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3144 TGGCTAAAAACTCATGGTGCTAACATCATTACTGACAGCAACGGAGATATGCTTCTTGAT 3203
Query 2938 ACCAAGGCGTCATCAACGAGTCTCTTCATGCCAGAACCTGAAGACGCAGTTGCTCATGGA 2997
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3204 ACCAAGGCGACATCAACGAGTCTCTTCATGCCAGAACCCGAAGACGCAGTTGCTCATGGA 3263
Query 2998 GATCGAAATCTAGACGTCAATGAtttttttACACGTACATGATGAAAAAATTT-AGTGTT 3056
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||
Sbjct 3264 GATCGAAATCTAGATGTCAATGATTTTTTTACACGTACATGATGAAATATTTTTAATGTT 3323
Query 3057 TGT 3059
|||
Sbjct 3324 TGT 3326
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 152106171176
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5