BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg934754
Length=2852
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G39810.1 | Symbols: HOS1 | ubiquitin-protein ligases | chr2:... 4373 0.0
> AT2G39810.1 | Symbols: HOS1 | ubiquitin-protein ligases | chr2:16612800-16618057
FORWARD LENGTH=3180
Length=3180
Score = 4373 bits (2368), Expect = 0.0
Identities = 2701/2858 (95%), Gaps = 37/2858 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGT-TTCTTCAACGGAGAAGATGGATACCAGAGAAATCAATGGTTTTTCCTCCGCCGC 59
||||| ||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 120 TTTGTATTCGTCACCGGAGTAGATGGATACGAGAGAAATCAACGGTTTTGCCTCCGCCGC 179
Query 60 GAGATCGATATCTCTTCCTACGCAGCCAAATTACAGTAGCAAACCTGTTCAGGAGGCGTT 119
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 180 GAGATCGATATCTCTTCCTACGCAGCCTAATTACAGTAGCAAGCCTGTTCAGGAGGCGTT 239
Query 120 GAAACACTTGGCATCTATCAACCTTAGAGAATTGTGTAATGAGGCAAAAGTTGAGCGATG 179
|||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GAAACATTTGGCATCTATAAACCTCAGAGAATTATGTAATGAGGCAAAAGTTGAGCGATG 299
Query 180 TCGTGCAACAAGAGACTTGGCTAGCTGTGGACGATTTGTTAACTATGTGTTGAATCCATG 239
|||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TCGTGCAACAAGAGACTTAGCTAGCTGTGGAAGATTTGTGAACTATGTGTTGAATCCATG 359
Query 240 TGGGCATGCCTCCTTGTGCTCAGAGTGTTGTCAGAGGTGTGATGTTTGTCCTATCTGTAG 299
||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TGGTCATGCCTCCTTGTGCACAGAGTGTTGTCAGAGGTGTGATGTTTGTCCTATCTGTAG 419
Query 300 AAGTACGCTACCAAAATACGGAGATAGACTTCGGCTTCGTCTCTATTATGAGTGTGTTGA 359
||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AAGTACGCTACCAAAATTTGGAGATAGACTTAGGCTTCGTCTCTATTATGAGTGTGTTGA 479
Query 360 AGCTGGTTTGATTTCCCGAACACATGAAGAGGCGTCTCAGGATTCAGATGAGGATGAAGA 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |
Sbjct 480 AGCTGGTTTGATTTCCCGAACACATGAAGAGGCGTCACAGGATTCGGATGAGGATGAACA 539
Query 420 TCAATTGGCAGCTGATGTTCATCGTCTTTATTCTCTGTTTGATGTTGCCATGAACAACAA 479
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 540 TCAATTGGCAGCTGATGTTCATCGCCTTTATTCTCTGTTTGATGTTGCTATGAACAATAA 599
Query 480 TTTGATATCTGTGGTTTGCCATTATATCACCAATGTCTGTATGGATGAGACAGCTGTATC 539
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTTGATCTCGGTGGTTTGCCATTATATCACCAATGTCTGTATGGATGAGACAGCTGTATC 659
Query 540 TAGTGATCCGGTCATTGCTTTCTTGCTGGATGAAGTTGTTGTCAAGGATTGGGTCAAGCG 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TAGTGATCCGGTCATTGCTTTCTTGCTGGATGAAGTTGTTGTCAAGGATTGGGTCAAGCG 719
Query 600 TACATTCCGGAGCATCTTAGCTGAGCTTCAAGAAATATATAGTCTTGAAACAAAAGAGAT 659
|||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 720 TACATTCCGGAGCACCTTAGCTGAACTTCAAGAAATCTATAATCTTGAAACAAAAGAGAT 779
Query 660 GCAAGTGTGGTTAGATAAACTCCTAAGGTGTTCCAAACAGGTGGCTGGCATATGTAGTGT 719
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GCAAGCGTGGTTAGATAAACTCCTAAGGTGTTCCAAACAGGTGGCTGGCATATGTAGTGT 839
Query 720 GCTCGAAGTTATGGAATCAGCTTTTAACGGTTCTGTTTCATCTCAGCTTCAAGATGTGCA 779
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 840 GCTCGAAGTTATGGAATCAGCTTTTAAGGGTTCTGTGTCACCTCAGCTTCAAGATGTGCA 899
Query 780 GAAGCTTAGGGAGAACATTGGTAAAACGAAGCAGCATCTGGACATAATGGTCTGGTGCAT 839
|| ||| || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GACGCTGAGAGAGAACATTGGTAAAACAAAGCAGCATTTGGACATAATGGTCTGGTGCAT 959
Query 840 CAGACACGGATTTCTGGAGGATGTGAGCTCTCGATATTCTAATTTCACATCGTGGAATGC 899
|||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 960 CAGACATGGATTTCTGGATGATGTGAGGTCTCGATATTCGAATTTCACATCGTGGAATGC 1019
Query 900 CCTTGTAGGAGAAAGAAAATCAAATGCAATTAAGCGTGCATGGCCTGATGCTGTAGACCA 959
|| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ACTGGTAGGGGAAAGAAAATCAAATGCAGTTAAGCGTGCATGGCCTGATGCTGTAGACCA 1079
Query 960 GTCTTCAGATTGCAATGTACAGAGTGCTTCCCTCTTTATTGAAGATGCTTTACAAAATCT 1019
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1080 GTCTTCAGATTGCAGTGTACAGAGTGCTTCCCTCTTTATTGAGGATGCTTTAGAAAATCT 1139
Query 1020 TGAGAGAGAGCCAGAGTACAGTCAGGAAATAGGGGCCGACCTAGAAGTTGGATGTTTACT 1079
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1140 TGAGAGAGAGCCAGAATACAGTCAGGAAATAGGTGCCGACCTAGAAGTTGGACGTTTACA 1199
Query 1080 GAAGGATAAGAGATCATTTCTTAGGTCCAAAATAGAGGGAACTTCAGGATCTTATCCATT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GAAGGATAAGAGATCATTTCTTAGGTCCAAAATAGAGGGAACTTCAGGATCTTATCCATT 1259
Query 1140 TGAGAATCTTAGAACTGCTGCGGACATGCTCTTTTTACATGGCGGTTCAGATTTGGTTGT 1199
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TGAGAATCTTAGAACTGCTGCTGACATGCTCTTTTTACATGGCGGTTCAGATTTGGTTGT 1319
Query 1200 TGCGAAGCAAGCAATTTTTCTTTACTACCTGTTTGATCGGCATTGGACTACCCCTGAAAA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGCGAAGCAAGCAATTTTTCTTTACTACCTGTTTGATCGGCATTGGACTACCCCTGAAAA 1379
Query 1260 ATATTGGAAGCACATTATAGATGATTTTGCTGCTACCTTTGGCATAACCAGGCATTCATT 1319
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1380 ATATTGGAAGCACACTATAGATGATTTTGCTGCTACGTTTGGCATAACGAGGCATTCATT 1439
Query 1320 GTTGGAGTCTTTTGTATTTTATCTTCTCGATGATCATTCTGAGGAGGCACTCCAGGAAGC 1379
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GCTGGAGTCTTTTGTATTTTATCTTCTCGATGATCACTCAGAGGAGGCACTCCAGGAAGC 1499
Query 1380 TTGTAGGATTCTTCCTGAAATATGTGGTCCAGAAACCTACCCCAAAGTTGCGCAAGTCCT 1439
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 TTGTAGGATTCTACCTGAAATATGCGGTCCAGAAACCTACCCCAAAGTTGCGCAAGTCCT 1559
Query 1440 GTTAGAAAGGGAAAACCCTGAAACAGCTCTTATGGTCTTGCGTTGGTCTGGTCGTGATGG 1499
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GTTAGAAAGGGATAACCCTGAAACAGCTCTTATGGTCTTGCGTTGGTCTGGTCGTGATGG 1619
Query 1500 TGTATCAGAATTGGTTTCAATTGGTGAAGCTGTCACAGCTGTTCGTGTGAGAGTGGAATG 1559
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TGTATCAGAATTGGTTTCAATTGGTGAAGCTGTCACAGCTCTTCGTGTGAGAGTGGAATG 1679
Query 1560 TGGTCTTTTGAGTGAAACATTCACATACCAAAGGACACTTTGCTTGAAAGTAAAGGAAAA 1619
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TGGTCTTTTGAGTGAAGCATTCACATACCAAAGGACACTCTGCTTGAAAGTAAAGGAAAA 1739
Query 1620 TAATTTGAAAAATGGAGCTGTGAAACATGTGTCTGATGATCTAGACAGCTGGAGTTGGAC 1679
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1740 TAATTTGAAAAATGGAGCTGTGAAACATGCGTCTGATGATCTAGACATCTGGAGTTGGAC 1799
Query 1680 GGAATGGATGGAGATACTTGTCAATGAATTCTGCTGTCTTTCTATTCGGAGAAACTTGGT 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 GGAATGGATGGAGATACTTGTCAATGAATTCTGCTGTCTTTCTATTCGGAGAAACTTGGT 1859
Query 1740 TGATCGAATCATTGAGTTACCGTGGAACCCAGAAGAGGAGAAATATCTGCACAGATGCTT 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TGATCGAATCATTGAGTTACCGTGGAACCCAGATGAGGAGAAATATCTGCACAGATGCTT 1919
Query 1800 ATTAGATTCTGCAACTGATGACCCCTCATCAGTTGTGGGTAGTCTTTTGGTTGTCTTTTA 1859
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1920 ATTAGATTCGGCAACTGATGACCCCTCATCAGCTGTGGGTAGTCTCTTGGTTGTCTTTTA 1979
Query 1860 TCTTCAGCGCTACCGTTACATCCAGGCATACCAAGTCGATCTTAGGCTCCAGAAAATTGA 1919
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1980 TCTTCAGCGCTACCGTTACATCCAGGCATACCAAGTCGATCTTAGGCTTCAGAAAATCGA 2039
Query 1920 AGAGGCTTTCGTATCCGACAATCAAATTGGGGAAGAAGTTATGTTCAGAATGCGATCACA 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AGAGGCTTTCGTATCCGACAATCAAATTGGGGAAGAAGTTATGTTCAGAATGCGATCACA 2099
Query 1980 GAGTCATTGGAGAAAAGAGTTAGTTGATAGAGCCATAGATATACTTCCAGTTATCCAGCA 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2100 GAGTCATTGGAGAAAAGAGTTAGTTGATAGAGCCATAGATATACTTCCAGTAATTCAGCA 2159
Query 2040 GCAGCAAGTTAGATCTGGAAAATTTTCTGAGATGGAAGATGCCTCTGAAAGTGTTTCTGA 2099
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | |
Sbjct 2160 GCAGCAAGTTAGATCTGGACAATTTTCTGAGATGGAAGATGCCTCTGAA-G-G------A 2211
Query 2100 AGGAGCAAAAAACTCTGATCTTCCTGATGCACCTGACATGATTACTTCTTCAGTTCCCTT 2159
| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 -GCA--AAAAAA-TCTGATCTTCCTGATGCACCTGACATGATTACTTCTTCAGTTCCCTT 2267
Query 2160 TGCTGCAACTAATTCCGTTTTTCTCCAAAGGGCTAACAATGCCAGCGCTAGAGAGCCAGT 2219
||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2268 TGCCACTACTAATTCCGTTTTTCTCCAAAGTGCTAACAATGCCAGAGCTAGAGAGCCAGT 2327
Query 2220 GGCTAAAAATGGCAGTCCTTTTCAACCCGGTCATTTGATAGGAAATGCTTCCCTTGATCT 2279
|||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||| ||||||
Sbjct 2328 GGCTAATAATGGCAGTCCTTTTCAACCTGGTCATATGATAGGAAACGCGTCCCATGATCT 2387
Query 2280 TTCCCATGGAAGGTTATTTACAAACGCAAATAGAGGACAAAAGAGTGAAGTTAGAAGCAT 2339
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2388 TTCACATGGAAGGTTATTTACAAACGCAAATAGAGGACAAAAGAGTGAAGTTAGAAGCGT 2447
Query 2340 AACCAAGGCTCTGAAATTCGGTGAAATGTCAACTCCGTTCAAAGATCTAAATAGAACTCG 2399
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2448 AACCAAGAATCTGAAATTCGGTGAAATGTCAACTCCGTTCAAAGATCTAAATAGAGCTCG 2507
Query 2400 TGGGAACAGCCAGCTCAAAGGAAAAAGGACCGAAGAAACCTCTCCAGA-GACAAATGTTG 2458
|||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||| | ||||||||
Sbjct 2508 TGGGAACAGCCAGCTCCAAGGGAAAAGGACTGAAGAATCCTCTCCAGAAGT-AAATGTTG 2566
Query 2459 ATAGATTCATGGAGAATAATATGAGCTCCCCTTATCTTCGCCGAGTCACAGCTAACAATC 2518
|||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 2567 ATAGATACATAGAGAATAATATGAGCTCTCCTTATCTCCGCCGAATCACAGCTAACAATC 2626
Query 2519 CTGTGACAGTGAAATCTAGCAGCAACCATCTCAATGGATCTGCACAGAAACCGGAATCCA 2578
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2627 CCGTGACAGTGAAATCTAGCAGCAACCATCTCAATGGATCTTCACAGAAACCGGAATCCA 2686
Query 2579 CCTTTTTTGGCACAAGGATGCAAGCAGACAAAGATAACTTTGTTGATTTGGATGATCCAA 2638
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2687 CCTTTTTTGGCACAAGGATGCAACCAGACAAAGATAACTTTGTTGATTTGGATGATCCAA 2746
Query 2639 TGGACATGTCTTCGAGCTTGAAGGACAACAACAA---TGTCTTGGCCACTGAGAGCAGAA 2695
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2747 TGGACATGTCTTCGAGCTTAAAGGACAACAACAACAATGTCTTGGCCACGGAGAGCAGAA 2806
Query 2696 ATAACAGTGGCGGATTGAGGTGGCGGTCAGATGAAACAAGCGATGAGGACGATGAACTGA 2755
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2807 ATAACAGTGGTGGATTGAGATGGCGGTCAGATGAAACAAGCGATGACGAAGATGAACTGA 2866
Query 2756 AGTTGGGCATGGAACTGACTAATTTCAGTTCCATGCCGGTGAAGGGAAGGAGGAGACGTA 2815
| | | | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2867 -------C-T--A---G--T--TTTG-GTTCCATGCCGGTGAAGGGAAGGAGGAGACGTA 2908
Query 2816 GATTTGCGGCAAGATGAAATAAAACAAACACTC-AAAA 2852
|||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 2909 GATTCGCAGCAAGATGAAATGAAACAAACACTCGAAAA 2946
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141721613975
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5