BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg934879
Length=2439
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G40730.1 | Symbols: | Protein kinase family protein with AR... 4170 0.0
> AT2G40730.1 | Symbols: | Protein kinase family protein with
ARM repeat domain | chr2:16989836-16996298 REVERSE LENGTH=2870
Length=2870
Score = 4170 bits (2258), Expect = 0.0
Identities = 2377/2436 (98%), Gaps = 2/2436 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 TTGAGAAGGTGGAAACATGTTTAAGTTCTTAAAAGGAGTAGTGGCTGGATCTGGGACGGG 64
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 211 TTGAGAAGGTGGAAACATGTTTAAGTTCTTAAAAGGAGTAGTGGCTGGATCTGGGACGGG 270
Query 65 ACTCAAGGATCTGCCTTATAACATCGGTGATCCTTATCCTTCTGCTTGGGGTTCATGGAG 124
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 271 ACTCAAGGATCTACCTTATAACATCGGTGATCCTTATCCTTCTGCTTGGGGTTCATGGAG 330
Query 125 TCACTTTCGTGGTACCTCCAAGGATGATGGATCTCCAGTTTCAATATTTGCTCTTTCTGG 184
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 331 TCACTTTCGTGGTACCTCCAAGGATGATGGATCTCCAGTTTCAATATTTGCTCTCTCTGG 390
Query 185 GAACAATGCTCAAGATGGCCATTTGGCTGCTGGACGGAATGGTGTCAAGCGCCTTCGTAC 244
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 391 GAACAATGCTCAAGATGGGCATTTGGCTGCTGGACGAAATGGTGTCAAGCGCCTTCGTAC 450
Query 245 CGTGAGGCATCCAAATATTCTTTCTTTTCTCCACAGTACTGAGGTCGAAACTCATGATGG 304
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 451 CGTGAGGCATCCAAATATTCTTTCATTTCTCCACAGTACTGAGGTCGAAACTCATGATGG 510
Query 305 TTCTACTACCAAAGTTACAATCTATATAGTCACTGAGCCTGTTATGCCGCTGTCAGATAA 364
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 511 CTCTACTACCAAAGTTACAATCTATATAGTCACTGAGCCTGTTATGCCGCTGTCAGATAA 570
Query 365 GATAAAGGAGCTAGGCTTGAAAGCTACCCAGAGGGATGAGTATTTTGCACTGGGGCTACA 424
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 571 GATAAAGGAGCTAGGCTTGAAAGCTACCCAGAGGGATGAGTACTTTGCACTGGGGCTACA 630
Query 425 CCAGATAGGTAAAGCTGTGAGCTTTCTGAACAATGACTGCAAACTTGTGCATGGAAATGT 484
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 631 CCAGATAGGTAAAGCTGTGAGCTTTCTGAACAATGACTGCAAACTTGTGCATGGTAATGT 690
Query 485 CTGTCTAGCGAGTGTTGTTGTTACACCTACTTTGGACTGGAAACTCCATGCTTTTGATGT 544
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 691 CTGTCTGGCAAGTGTTGTTGTTACACCTACTTTGGACTGGAAACTCCATGCTCTTGATGT 750
Query 545 TCTATCAGAGTTTGACGGGAGCAATGAATCCGCAAGTGGACCTATGCTGCCGTATGAATG 604
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 751 TCTATCAGAGTTTGATGGGAGCAATGAATCTGCAAGTGGACCTATGCTGCCATATGAATG 810
Query 605 GCTAGTGGGAACACAGTACAAGCCAATGGAAATGGTCAAGTCTGATTGGGTTGCTATTAG 664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 811 GCTAGTGGGAACACAGTACAAGCCAATGGAAATGGTCAAGTCTGATTGGGTTGCTATTAG 870
Query 665 AAAATCTCCACCATGGGCCATTGATTCGTGGGGATTAGGTTGTCTTATTTATGAACTCTT 724
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 871 GAAATCTCCACCATGGGCCATTGATTCGTGGGGATTAGGATGTCTTATTTATGAACTCTT 930
Query 725 CTCGGGCTCTAAGCTGGCAAAAACAGAGGAGCTGCGTAACACTGTCGGCATTCCTAAGTC 784
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 CTCGGGCTCTAAGCTGGCAAAAACAGAGGAGTTGCGTAACACTGTCGGCATTCCTAAGTC 990
Query 785 TCTGCTTCCAGATTATCAGCGACTCCTAAGTTCCATGCCTTCTCGCAGATTGAACACCTC 844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 991 TCTGCTTCCAGATTATCAGCGACTCCTAAGTTCCATGCCTTCTCGCAGATTGAACACCTC 1050
Query 845 AAAACTTCTAGAAAATGGCGAGTATTTCCAAAATAAGCTGGTGGACACCATACATTTTAT 904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1051 AAAACTTCTAGAAAATGGCGAGTATTTCCAAAATAAGCTGGTGGACACCATACATTTTAT 1110
Query 905 GGACATTCTTAACCTGAAAGACAGTGTCGAAAAAGATACTTTCTTCCGCAAACTTCCAAA 964
||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 GGATATTCTGAACTTGAAAGACAGTGTCGAAAAAGATACTTTCTTCCGCAAACTTCCAAA 1170
Query 965 TGTTGCTGAACAGCTTCCTAGGGAGATCGTGCTTAAGAAGCTTCTTCCTTTATTAGCTTC 1024
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1171 TGTTGCTGAACAGCTTCCTCGGGAGATTGTGCTTAAGAAGCTTCTTCCTTTATTAGCTTC 1230
Query 1025 TTCCCTTGAATATGGTTCAGCTGCTGCTCCTGCATTAACTGCCTTACTTAAGATGGGTTC 1084
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1231 TTCCCTTGAATTTGGTTCAGCTGCTGCTCCTGCATTAACTGCCTTACTTAAGATGGGTTC 1290
Query 1085 GTGGTTATCAACTGAAGATTTCAGTGTCAAGGTATTGCCAACAATAGTCAAGCTTTTTGC 1144
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1291 GTGGTTATCAACTGAAGATTTCAGTGTCAAGGTACTACCAACAATTGTCAAGCTTTTTGC 1350
Query 1145 TTCCAATGATCGAGCTATTAGAGTTTCTCTTTTGCAACATGTTGATCAATTTGGAGAATC 1204
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1351 TTCCAATGATCGAGCTATCAGAGTTTCTCTTTTGCAACATGTTGATCAATTTGGAGAATC 1410
Query 1205 AATGTCCGGGCAAATCGTCGATGAACAAGTATACCCTCATGTTGCTACTGGATTTGCGGA 1264
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 AATGTCTGGGCAAATCGTCGATGAACAAGTATACCCTCATGTTGCTACTGGATTTGCGGA 1470
Query 1265 TACATCTGCTTTTCTCCGAGAGCTGACTCTTAAATCGATGCTCGTTTTAGCTCCGAAGCT 1324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471 TACATCTGCTTTTCTCCGAGAGCTGACTCTTAAATCGATGCTCGTTTTAGCTCCGAAGCT 1530
Query 1325 TTCTCAGCGCACACTTTCAGGATCCCTGTTGAAATACCTTTCCAAACTACAGGTGGATGA 1384
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531 TTCTCAGCGTACACTTTCGGGATCCCTGTTGAAATACCTTTCCAAACTACAGGTGGATGA 1590
Query 1385 AGAGCCTGCAATCAGAACCAATACCACTATATTACTCGGGAATATTGCCACCTACCTAAA 1444
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1591 AGAGCCTGCAATCAGAACCAATACTACTATACTACTCGGGAATATCGCCACCTACCTAAA 1650
Query 1445 TGAAGGGACAAGGAAAAGAGTTTTGATTAATGCTTTTACAGTGCGTGCACTGCGTGATAC 1504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1651 TGAAGGGACAAGGAAAAGAGTTTTGATTAATGCTTTTACAGTGCGTGCATTGCGTGATAC 1710
Query 1505 ATTTCCACCTGCTCGAGGTGCAGGGATTGTTGCATTATGTGCCACCAGTACTACTTATGA 1564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711 ATTTCCACCTGCTCGAGGTGCAGGGATTGTTGCATTATGTGCCACCAGTACTACTTATGA 1770
Query 1565 TGACACAGAAATAGCAACTAGGATTCTTCCGAATATTGTTGTGCTAACCATTGATCAAGA 1624
|||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771 TGACACTGAAATAGCTACTAGGATTCTTCCAAATATCGTTGTGCTAACCATTGATCAAGA 1830
Query 1625 CAGTGATGTTCGGTCGAAGGCATTTCAGGCCGTAGAACAATTTCTTCAGATATTGAAACA 1684
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1831 CAGTGATGTTCGGTCAAAGGCATTTCAGGCCGTAGAACAGTTTCTTCAGATATTGAAACA 1890
Query 1685 AAACTATGAGAAGACAAATGCTGGAGAAATAGGAGCCACCGGAGGAGCCTCAGCTATACC 1744
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1891 AAACTATGAGAAGACAAATGCTGGAGAAATAGGAGCCAGCGGAGGAGCCTCAGCTATACC 1950
Query 1745 TGAAACTGCTGGTCTGATCGGATGGGCTATGAGTTCTTTGACCCTCAAGGGTAAGCCATT 1804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1951 TGAAACTGCTGGTCTGATCGGATGGGCTATGAGTTCTTTGACCCTCAAGGGTAAGCCATT 2010
Query 1805 AGAACAAGCGCCTCTTGCTTCTTCTTCGTCAGCACCATCCCTAGCTGCTGCAGCGTCAAA 1864
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2011 AGAACAAGCGCCTCTTGCTTCTTCTTCTTCAGCACCATCCCTAGCAGCTGCTGCGTCAAA 2070
Query 1865 TGCTACAAGCACAGCAATGGAGGCGCCGAGTGTCAAAGCCAGTCATCATACACGTTCCAA 1924
||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071 TGCTACAAGCACAGCAACGGAGGCACCGAGTGTCAAAGCCAGTCATCATACACGTTCCAA 2130
Query 1925 CTCGGACTTCACAGATCAACCTGCACCACCATCCCCAACATCAACTGATGGTTGGGGAGA 1984
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2131 CTCGGATTTCACAGATCAACCTGCACCACCATCCCCAACATCAACAGATGGTTGGGGAGA 2190
Query 1985 TGCTGAGAATGGCATTAGCGAAGGTCATGAGAGCGACAAAGACGGTTGGGATCTCGAACC 2044
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2191 TGCTGAGAATGGCATTAGCGAAGGTCATGAGAGTGACAAAGACGGTTGGGATCTCGAACC 2250
Query 2045 GCTGGATGAACCAAAACCTTCTCCAGCTCTTGCTAACATTCAAGCAGCTCAAAAACGACC 2104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2251 GCTGGATGAACCAAAACCTTCTCCAGCTCTTGCTAACATTCAAGCAGCTCAAAAACGACC 2310
Query 2105 TGTGTCTCAGTCCTCCAGACCTTCAGCTGCTACAAGCTCAAGACCAAAGATTAGCACAGT 2164
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2311 TGTGTCTCAGTCCTCTAGACCTTCAGCTGCGACAAGCTCAAGACCAAAGATTAGCACAGT 2370
Query 2165 GAAAGCAGCTGT-AAAATCGGAAGACGATGATTTGTGGGGATCCATAGCTGCTCCTCCAC 2223
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2371 GAAAGCAGCTGCGAAAA-CGGAAGACGATGATTTGTGGGGATCCATAGCTGCTCCTCCAC 2429
Query 2224 CTGCAACTACTTCAAGACCGTTGAACTTGAAAAAGACAGTACAGTCTGATGATGAAGACC 2283
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2430 CTGCAACTACTTCAAGACCGTTGAACGTGAAAAAGACAGTACAGTCTGATGATGAAGACC 2489
Query 2284 CCTGGGCTGCAATTGCTGCTCCACCACCAACCACCAGAGCAAAACCGTTATCTTCTGGTC 2343
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2490 CCTGGGCTGCCATTGCTGCTCCACCACCAACCACCAGAGCAAAACCGTTATCTTCTGGTC 2549
Query 2344 GTGGCCGAGGAGCCAAACCTGCAGCTCTTAAACTAGGTGCGCAACGCATTAACCGAACCT 2403
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2550 GTGGCCGAGGAGCCAAACCTGCAGCTCTTAAACTAGGTGCCCAACGCATTAACCGAACCT 2609
Query 2404 CTTCTGGAATGTGATGAACACGAAAGGAAGAAGATA 2439
| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2610 CATCTGGAATGTGATGAACACTAAAGGAAGAAGATA 2645
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121133915085
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5