BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg934908
Length=2815
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G40930.1 | Symbols: UBP5, ATUBP5, PDE323 | ubiquitin-specifi... 4698 0.0
> AT2G40930.1 | Symbols: UBP5, ATUBP5, PDE323 | ubiquitin-specific
protease 5 | chr2:17076312-17082433 REVERSE LENGTH=3321
Length=3321
Score = 4698 bits (2544), Expect = 0.0
Identities = 2713/2797 (97%), Gaps = 1/2797 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TTCTCCTAATTTTCGAGATATGGCGGAAGTATCGATGGGAAGCAGCAGTAGCAGCACGGA 61
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 TTCTCCTAATTTTCGAGATATGGCGGAGGTATCGATGGGAAGCAGCAGTAGCAGCACGGA 282
Query 62 TCTGTCTCCCGAGGAAGAGCGAGTTTTCATCAGAGACATTGCTATTGCTGCTGAGGCTAA 121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 283 TCTGTCTCCCGAGGAAGAGCGAGTTTTCATCAGAGACATTGCTATTGCTGCTGAGGCTAA 342
Query 122 CAGCAAAGAAGGCGATACATTTTATCTCATCACTCAGAGATGGTGGCAAGAATGGATTGA 181
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 343 TAGTAAAGAAGGCGATACATTTTATCTCATCACTCAGAGATGGTGGCAAGAATGGATTGA 402
Query 182 GTATGTGAATCAAGACCAACCATGTAACACTAATGATGGGTCTTCATTGTCAGAGCATTG 241
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 403 GTATGTGAATCAAGACCAACCATGTAACACAAATGATGGGTCTTCACTGTCAGAGCATTG 462
Query 242 CGACTCTCCTGGTTCAAGCACACTAAAGAAGCCTTCTAGGATTGATAACTCTGATTTGAT 301
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 463 CGACTCTCCTGGTTCAAGCACTCTAAAGAAGCCTTCTAGGATTGATAACTCTGATTTGAT 522
Query 302 CTATGATTCTTCGCTGGAGGACCCGAGTAATACCAGTGAGATTATTGAAACACTTCAGGA 361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 523 CTATGATTCTTCGCTGGAGGACCCGAGTAATACCAGTGAGATTATTGAAACACTTCAGGA 582
Query 362 AGGTCGTGACTATGTTTTGCTCCCTCAAGAAGTGTGGAACCAGTTGCGTTCATGGTACGG 421
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 583 AGGTCGTGATTATGTTTTGCTCCCTCAAGAAGTGTGGAACCAATTGCGTTCATGGTACGG 642
Query 422 GGGTGGTCCAACTCTAGCGCGGAGAGTCATTAGCTCAGGTCTCTCTCAAACGGAGTTGGC 481
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 643 GGGTGGTCCAACTCTGGCACGGAGAGTCATTAGCTCAGGTCTCTCTCAAACAGAATTGGC 702
Query 482 TGTAGAGGTTTACCCTTTACGTCTTCAGCTACTTCTGATGCCAAAAAGTGACCATAGTTC 541
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 703 TGTAGAGGTTTACCCTTTACGTCTTCAGCTACTTCTGATGCCAAAAAGTGACCATAGTGC 762
Query 542 CATAAGAATTAGCAAAAAGGAAACTATCAGAGAGCTCCATCGAAGAGCCTGTGAAATTTT 601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 763 CATAAGAATTAGCAAAAAGGAAACTATCAGAGAGCTCCATCGAAGAGCCTGTGAAATTTT 822
Query 602 TGACCTCAACTCAGAGCATGTACGCATTTGGGATTACTACGGCCACCAAAAGTATTCTTT 661
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 823 TGACCTCGACTCAGAGCATGTACGCATTTGGGATTACTACGGCCACCAAAAGTATTCTTT 882
Query 662 GATGAATGACTTAGATAAGACACTGGGCGATGCTAACCTACAAATGGATCAGGATATTTT 721
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 883 GATGAATGACTTAGATAAGACACTGGACGATGCTAACCTACAAATGGATCAGGATATTTT 942
Query 722 GGTGGAGGTGCTTGACATCAATGGTACATTATCAAGTGCTCACATTCAATCTGCTCAAGA 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 943 GGTGGAGGTGCTTGACATCAATGGTACATTATCAAGTGCTCACATTCAATCTGCTCAAGA 1002
Query 782 GAACGGATTGGTGGATGAAGACTCTACTTCTATTCTCATTGAGCCTTCTAAATCGAGCTT 841
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 GAACGGATTGGTGGATGGAGACTCTACTTCTATTCTCATTGAGCCTTCTAAATCGAGCTT 1062
Query 842 GGCTGCTGCAGGAGGGTTCTCTTCAAGCAGGAATGCATTCAGAACTGGTAGTGTAGAAGT 901
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 GGCTGCCGCAGGAGGGTTCTCTTCAAGCAGGAATGCATTCAGAACTGGTAGTGTAGAAGT 1122
Query 902 TTCACAATCTTTTGATAGCACATACAGTAGCACTGGCGTCACAACAAGGGGATCCACAGC 961
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1123 TTCACAATCTTTTGATAACACATACAGTAGCACTGGCGTCACCACTAGGGGATCCACAGC 1182
Query 962 TGGCTTAACAGGGCTGCTAAATCTCGGGAATACTTGTTTCATGAATAGTGCGATTCAGTG 1021
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 TGGCTTGACAGGGCTGCTAAATCTTGGGAATACTTGTTTCATGAATAGTGCGATTCAGTG 1242
Query 1022 TCTGGTTCATACACCTGAGTTTGCTAGTTACTTTCAAGAAGATTATCATCAAGAAATAAA 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 TCTGGTTCATACACCTGAGTTTGCTAGTTACTTTCAAGAAGATTATCATCAAGAAATAAA 1302
Query 1082 TTGGCAAAACCCTCTTGGCATGGTGGGAGAATTAGCTCTCGCATTTGGTGACTTGCTCAG 1141
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 TTGGCAAAACCCTCTTGGAATGGTGGGGGAATTAGCTCTCGCATTTGGTGACTTGCTCAG 1362
Query 1142 GAAGTTATGGGCTCCTGGGCGCACACCAATTGCACCTCGTCCATTCAAAGCTAAACTTGC 1201
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 GAAGTTATGGGCTCCTGGGCGGACACCAATTGCACCTCGTCCATTCAAAGCTAAACTTGC 1422
Query 1202 TCGCTTTGCTCCTCAATTTAGTGGGTACAATCAACATGATTCGCAGGAGCTTTTAGCGTT 1261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423 TCGCTTTGCTCCTCAATTTAGTGGGTACAATCAACATGATTCGCAGGAGCTTTTAGCGTT 1482
Query 1262 TCTGCTGGATGGTCTTCACGAGGACCTAAATCGTGTTAAACACAAACCATATATAAATTC 1321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 TCTGCTGGATGGTCTTCACGAGGACCTAAATCGTGTTAAACACAAACCATATATAAATTC 1542
Query 1322 TCGAGACGCAGATGGGCGCCCTGATGAAGAAGTTGCTGATGAGTTTTGGGCTAATCATAT 1381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1543 TCGAGACGCAGATGGGCGCCCTGATGAAGAAGTTGCTGATGAGTTCTGGAAAAATCATAT 1602
Query 1382 TGCTCGTAATGACTCAATAATCGTTGATGTTTGTCAGGGCCAATATAAGTCAACATTGGT 1441
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1603 TGCTCGTAATGACTCAATAATAGTTGATGTTTGTCAGGGCCAATATAAGTCAACATTGGT 1662
Query 1442 GTGTCCAATCTGCAACAAGGTTTCTGTAACATTTGACCCCTTCATGTACCTGTCTTTGCC 1501
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1663 GTGTCCAATCTGCAACAAGGTTTCTGTAACGTTTGATCCCTTCATGTACCTGTCTTTGCC 1722
Query 1502 GCTTCAGTTCAACACAACACGAGCAATAACAGTCACAGTTTTTTCTTGTGATAAAACTGC 1561
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723 GCTGCAGTTCAACACAACACGAGCAATAACAGTCACAGTTTTTTCTTGTGATAAAACTGC 1782
Query 1562 CTTACCTTCCACTATCACAGTCAATGTTTCAAAGCAGGGACGTTGCAGAGACTTGATTCA 1621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1783 CTTACCTTCCACTATCACAGTCAATGTTTCAAAGCAGGGACGTTGCAGAGACTTGATCCA 1842
Query 1622 GGCATTAACAAGTGCTTGTTCCTTGAAGCAAAGTGAAGAGCTGAAACTTGCAGAGATTCG 1681
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1843 GGCATTAACAAATGCTTGTTCCTTGAAGCAAAGTGAAGAGCTGAAACTTGCAGAGATTCG 1902
Query 1682 GAATAATTTTATCCATCGATTATTTGAAGACCCTTTAATTCCATTGTCCACTATCAAAGA 1741
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||
Sbjct 1903 GAATAATTTTATCCATAGATTATTTGAAGACCCTTTAATTCCGTTGTCAAGTATCAAAGA 1962
Query 1742 CGATGATCACCTTGCTGCATACAAACTTTCGAAGTCTTCGGAGAATACGACTTTGCTTAG 1801
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 TGATGACCACCTTGCTGCATACAAACTTTCAAAGTCTTCGGAGAATACGACTTTGCTTAG 2022
Query 1802 ACTAGTACTTCGCCGCAGAGATCAGAAAGCTGGGGAACGTGAAAGTACAGTACAATTGAA 1861
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023 ACTAGTACTCCGCCGCAGAGATCAGAAAGCTGGGGAACGTGAAAGTACAGTACAATTGAA 2082
Query 1862 ACCCTGTGGAACACCCCTTCTCTCATCAGCTTCACGTGGAGATGCACTCACCAAAGGAAA 1921
||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 ACCCTGTGGAACACCTCTTCTCTCATCAGCTTCATGCGGAGATGCACTCACCAAAGGAAA 2142
Query 1922 AATCCATTGCCTCATCCAGAATATGCTTTCACCTTTTCGGAGGGAAGAATCTGTGGGCAA 1981
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 AATCCATTGCCTCGTCCAGAATATGCTTTCACCTTTTCGGAGGGAAGAATCTGTGGGCAA 2202
Query 1982 AAGAGGAAATTCTGATTCTAGTATCCCCGAGAGAAGGTCAGCTCGATTTAATAATTCTGA 2041
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2203 AAAAGGAAATTCTGATTCTAGCATCCCCGAGAGAAGGTCAGCTCGATTTAATAATACTGA 2262
Query 2042 GGAAGAAGATAAAGTTGGTGGACTGAAAAAAGCCAAGAAAAGCAACTCCTCCGAATTGGG 2101
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2263 GGAAGAAGATAAAGTTGGTGGACTGAAAAAAGCCAAGAAAAGCAACTCCTCCGACTTGGG 2322
Query 2102 TGCTTCTAAATTATCCCTGCAACTCATTGATGAAAACAATAAAACGATTAATCTGCCAGA 2161
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2323 TGCTTCTAAATTATCCCTGCAACTCATTGATGAAGACAACAAAACGATTAATCTGCCAGA 2382
Query 2162 CGATGAAGCAGAAGCTATTAAACTACCGTCATCAGCTACAGTAACTATTTATTTGGATTG 2221
| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2383 CAATGAAGCAGAAGCTATGAAATTACCGTCATCAGCTACTGTAACTATATATTTGGATTG 2442
Query 2222 GACACCAGAACTCTCTGGTATGTATGATATAACTTGCCTGGAGAGTTTGCCTGAAGTTCT 2281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2443 GACACCAGAACTCTCTGGTATGTATGATATAACTTGCCTGGAGAGTTTGCCTGAAGTACT 2502
Query 2282 CAAATACGGACATGCTACCAAGAAGGCTCGTTCAGAACCTCTTTCTTTATATGCCTGTTT 2341
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2503 CAAATACGGACCTACTACCAAGAAGGCTCGTTCAGAACCTCTTTCTTTATATGCATGTTT 2562
Query 2342 GGAAGCGTTTCTACGCGAAGAGCCTTTGGTGCCTGACGAAATGTGGTTCTGTCCACAGTG 2401
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2563 GGAAGCGTTTCTACGCGAAGAGCCTTTGGTACCTGACGAAATGTGGTTCTGTCCACAATG 2622
Query 2402 CAATGAAAGACGGCAGGCAAGCAAAAAGCTTGATCTGTGGAGGCTTCCTGAAGTCTTAGT 2461
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2623 CAATGAAAGAAGGCAGGCAAGCAAAAAGCTTGATCTGTGGAGGCTTCCTGAGGTCTTAGT 2682
Query 2462 CATACATCTAAAGAGATTCTCATACAGCAGATCCATGAAGCATAAATTGGAAACATTTGT 2521
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2683 CATACATCTAAAGAGATTCTCATACAGCAGGTCCATGAAGCATAAGTTGGAAACATTTGT 2742
Query 2522 TAACTTTCCTGTCCATGACTTAGATCTAACAAAGTATGTAGCCAACAAAAACCTATCTCA 2581
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2743 TAACTTTCCCATTCATGACTTAGATCTAACAAAGTATGTAGCCAACAAAAACCTATCTCA 2802
Query 2582 ACCACAGCTATATGAGCTCTATGCCTTGACCAACCATTATGGTGGTATGGGCAGCGGACA 2641
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2803 ACCTCAACTATATGAGCTCTATGCCTTGACCAACCATTATGGTGGTATGGGCAGCGGACA 2862
Query 2642 CTACACTGCACATATCAAGCTTTTGGACGACAATAGGTGGTATAACTTCGATGACAGTCA 2701
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2863 CTACACTGCACATATCAAGCTTTTGGACGACAGTAGGTGGTATAACTTCGATGATAGCCA 2922
Query 2702 TATATCACATATAAACGAGGATGATGTGAAGTCTGGTGCTGCTTATGTGCTCTTCTACAG 2761
||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2923 TATATCACACATAAACGAAGATGATGTGAAGTCAGGTGCTGCATATGTGCTCTTCTACAG 2982
Query 2762 GAGGAAGTCTGATGCAGGAGGAGAAATGAAATA-GTC 2797
|||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||
Sbjct 2983 GAGGAAGTCTGATGCAGGCGGAAAAATGACATAAGTC 3019
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139865437084
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5