BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg935024
Length=2510
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G41720.1 | Symbols: EMB2654 | Tetratricopeptide repeat (TPR)... 4071 0.0
> AT2G41720.1 | Symbols: EMB2654 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr2:17403646-17407135 REVERSE
LENGTH=2575
Length=2575
Score = 4071 bits (2204), Expect = 0.0
Identities = 2393/2486 (96%), Gaps = 6/2486 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 AATGGCTACCGTTACCAATTTCAAGCTCGTCACTCCGCCGGAATCTCCCCGCGCCGATAA 79
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 8 AATGGCTACCGTTACCAATTTCAAGCTCGTCACTCCGCCGGAATCTTCCCGCGCCGATAA 67
Query 80 GCCAGGAGCCACGAAGACCTCCGAGGCATTTCAGGAGAAGAAGTCTGTCTCTGTGAACTA 139
||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 68 GCCAGGAGCTACGAAGGCCTCCGACGCATTCCAGGAGAAGAAATCTGTGTCTGTGAACTA 127
Query 140 CGACCGAGGTGAGCATGAGGTCTCGATCCGCGTCGGCGGGCTCAGGAAAGCTGATATTCC 199
|||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 128 CGACCGTGGTGAGCATGAGGTCTCGGTCAACATCGGCGGGCTCAGGAAAGCTGATATTCC 187
Query 200 GAGACGTTACCGAATTCGGGTTGAGAACGACCGGTTTCAGAAGGATTGGAGTGTGTCGGA 259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 188 GAGACGTTACCGAATTCGGGTTGAGAACGACCGGTTTCAGAAGGATTGGAGTGTATCGGA 247
Query 260 GGTGGTGGACCGGCTTATGGCTCTCAATCGTTGGGAAGAAGTTGATGGTGTTCTCAATTC 319
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 248 GGTTGTGGACCGGCTTATGGCTCTCAATCGTTGGGAAGAAGTTGATGGCGTTCTTAATTC 307
Query 320 CTGGGTTGGCCGGTTTGCTAGAAAGAATTTTCCGGTTCTTATCAGGGAGCTTAGTAGAAG 379
|||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 308 CTGGGTCGGCCGGTTTGCTAGGAAGAATTTCCCGGTTCTTATCAGGGAGCTTAGTAGAAG 367
Query 380 AGGGTGCATCGAGCTTTGTGTGAATGTTTTCAAGTGGATGAAGAGTCAGAAGAATTACTG 439
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 368 AGGGTGTATTGAGCTTTGTGTGAATGTTTTCAAGTGGATGAAGATTCAGAAGAACTACTG 427
Query 440 TGCAAGGAATGATATATACAATATGATGATTAGGCTTCATGCTAGGCATAATTGGGTTGA 499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 428 TGCAAGGAATGATATATACAATATGATGATTAGGCTTCATGCTAGGCATAATTGGGTTGA 487
Query 500 TCAAGCTCGTGGTCTCTTCTTTGAAATGCAGAAATGGAGCTGCAAACCGGATGCTGAGAC 559
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 488 TCAGGCTCGTGGTCTCTTCTTTGAAATGCAGAAATGGAGCTGCAAACCGGATGCTGAGAC 547
Query 560 GTATGATGCTCTTATCAATGCCCATGGTCGAGCTGGTCAGTGGCGCTGGGCTATGAATCT 619
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 548 GTACGATGCTCTTATCAATGCCCATGGTCGAGCTGGTCAATGGCGCTGGGCTATGAATCT 607
Query 620 TATGGATGACATGTTACGTGCAGCTATTGCTCCTAGTCGTTCAACCTACAATAATCTGAT 679
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 608 TATGGATGACATGTTACGTGCTGCTATTGCTCCTAGTCGTTCAACCTACAATAACCTGAT 667
Query 680 CAATGCTTGTGGTTCTAGTGGAAACTGGAGACAGGCTCTGGAAGTATGCAAGAAAATGAC 739
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 CAATGCTTGTGGTTCTAGTGGAAACTGGAGAGAGGCTCTGGAAGTATGCAAGAAAATGAC 727
Query 740 AGATAACGGAGTTGGACCGGATTTGGTCACTCACAACATTGTGTTGTCAGCATACAAGAG 799
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 728 AGATAACGGAGTTGGACCGGATTTGGTCACTCATAACATTGTGTTGTCAGCATACAAGAG 787
Query 800 TGGTCGTCAGTATTCAAAGGCGCTATCTTATTTTGAGCTCATGAAGGGAGCTAAAGTTCG 859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 TGGTCGTCAGTATTCAAAGGCGCTATCTTATTTTGAGCTCATGAAGGGAGCTAAAGTTCG 847
Query 860 TCCCGATACTACAACTTTCAATATCATTATATATTGCCTGTCAAAGCTTGGTCAAAGTAG 919
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 848 TCCCGATACTACAACTTTCAATATCATTATATATTGTCTGTCAAAGCTCGGTCAAAGTAG 907
Query 920 CCAAGCCCTTGATGTTTTCAATTCCATGAGGGACAAGAGAGCTGAATGTC-GACCTGATG 978
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || | |||||||||
Sbjct 908 CCAAGCCCTTGATCTTTTCAATTCCATGAGGGAGAAGAGAGCTGAGTG-CAGACCTGATG 966
Query 979 TTGTGACATTTACTAGCATCATGCATTTATACTCTGTCAGGGGAGAGATAGAAAACTGCA 1038
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 967 TTGTGACATTTACGAGCATCATGCATTTATACTCTGTCAAGGGAGAGATAGAAAACTGCA 1026
Query 1039 GAGCTGTGTTTGAAGCAATGCTTGCAGAAGGTCTGAAA-CCTAATATTGTTTCCTATAAT 1097
|||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 GAGCCGTGTTCGAAGCAATGGTTGCAGAAGGTCT-AAAGCCTAATATTGTTTCCTATAAT 1085
Query 1098 GCCTTAATGGGTGCCTATGCTGTTCATGGAATGAGTGAAAATGCTCTCTCAGTTTTTGGA 1157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || |||
Sbjct 1086 GCCTTAATGGGTGCCTATGCTGTTCATGGAATGAGTGGAACTGCTCTCTCAGTGTTAGGA 1145
Query 1158 GAAATAAAGCGGAATGGTATTGTCCCAGATGTGGTCTCTTATACAAGCTTGCTCAATTCT 1217
|| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1146 GATATCAAGCAGAATGGTATTATCCCAGATGTGGTCTCTTATACATGCTTGCTCAATTCT 1205
Query 1218 TATGGAAGATCACGTCAACCTGGAAAGGCAAAGGAGGTATTTCTCATGATGAGGAAGGAA 1277
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1206 TATGGAAGATCACGTCAACCTGGGAAGGCAAAGGAGGTATTCCTCATGATGAGGAAGGAA 1265
Query 1278 AGGAGAAAGCCTAACGTTGTTACTTACAATGCACTGATTGATGCTTATGGGTCTAATGGG 1337
||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 AGGAGAAAGCCAAATGTTGTTACTTACAATGCATTGATTGATGCTTATGGGTCTAATGGG 1325
Query 1338 TTTCTGGCTGAAGCTGTGGAAATCTTCCGGCAGATGGAACAAGACGGCACTAAGCCAAAT 1397
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1326 TTTCTAGCTGAAGCTGTGGAAATCTTTCGGCAGATGGAACAAGATGGCATTAAGCCAAAT 1385
Query 1398 GTGGTTTCAGTATGCACTCTTTTGGCTGCTTGTAGTAGGTCTAAGAAAAAGGTGAATGTT 1457
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1386 GTTGTTTCAGTATGCACTCTTTTGGCTGCTTGTAGTAGGTCTAAAAAAAAGGTGAATGTT 1445
Query 1458 GAAACTGTACTTTCCGCAGCACAGTCGAGAGGTATCAATCTCAATACGGCAGCCTATAAC 1517
|| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 GATACTGTACTTTCCGCAGCACAGTCGAGAGGCATTAATCTCAATACGGCAGCCTATAAC 1505
Query 1518 TCAGCCATTGGAAGCTATATAAATGCTGCAGAACTTGAGAAGGCCATTGCATTGTATCAA 1577
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1506 TCAGCCATTGGAAGCTATATAAATGCTGCAGAACTTGAGAAGGCCATTGCATTGTATCAG 1565
Query 1578 ACTATGAGAAAAAAGAAAGTCAAAGCTGATTCTGTTACTTTCACTATCCTTATAAGTGGT 1637
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1566 AGTATGAGAAAAAAGAAAGTCAAAGCTGATTCTGTTACTTTCACTATCCTTATAAGCGGT 1625
Query 1638 TCATGTAGGATGTCAAAATACCCTGAAGCAATTAGTTACTTGAAGGAGATGGAAGATCTC 1697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 TCATGTAGGATGTCAAAATACCCTGAAGCAATTAGTTACTTGAAGGAGATGGAAGATCTC 1685
Query 1698 AGTATTCCATTGACAAAGGAGGTGTACTCTTCTGTTCTATGTGCTTACAGCAAACAGGGT 1757
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1686 AGTATTCCATTGACAAAGGAGGTGTACTCTTCGGTTCTATGTGCTTACAGCAAACAGGGT 1745
Query 1758 CAAGTTACAGAAGCAGAATCCATATTCAACCAGATGAAAATGGCTGGGTGCGAACCTGAT 1817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 CAAGTTACAGAAGCAGAATCCATATTCAACCAGATGAAAATGGCTGGGTGCGAACCTGAT 1805
Query 1818 GTGATTGCATACACTTCAATGCTCCATGCTTACAATGCTTCAGAAAAGTGGGGAAAGGCT 1877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1806 GTGATTGCATACACTTCAATGCTCCATGCTTACAATGCTTCAGAAAAGTGGGGAAAGGCT 1865
Query 1878 TGTGAACTCTTCCTGGAAATGGAAGCAAATGGAATAGAGCCAGATTCGATTGCTTGTTCA 1937
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 TGTGAACTCTTCCTGGAAATGGAGGCAAATGGAATAGAGCCAGATTCGATTGCTTGTTCA 1925
Query 1938 GCTTTGATGAGAGCTTTCAACAAGGGAGGTCAACCGTCAAATGTCTTTGTCCTGATGGAT 1997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1926 GCTTTGATGAGAGCTTTCAACAAGGGAGGTCAACCGTCAAATGTCTTTGTCCTGATGGAT 1985
Query 1998 TTAATGCGGGAAAAAGAAGTCCCCTTCACTGGTGCGGTTTTCTTTGAGATTTTTTCCGCT 2057
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1986 TTAATGCGGGAAAAAGAAATCCCCTTCACTGGTGCGGTCTTCTTTGAGATATTTTCGGCT 2045
Query 2058 TGTAACACCTTGCAGGAGTGGAAAAGAGCAATAGACCTCATCCAAATGATGGATCCGTAT 2117
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2046 TGTAACACCTTGCAGGAATGGAAAAGAGCAATAGACCTCATCCAAATGATGGATCCGTAC 2105
Query 2118 CTACCATCGCTTTCTATCGGGTTAACTAATCAGATGCTGCATCTTTTCGGGAAGAGTGGT 2177
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2106 CTGCCATCGCTTTCTATCGGGTTAACTAATCAGATGCTGCATCTTTTCGGGAAGAGTGGT 2165
Query 2178 AAAGTTGAAGCAATGATGAAGCTGTTCTATAAGATTATAGCCTCTGGTGTTGAAATCAAC 2237
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 2166 AAAGTTGAAGCAATGATGAAGCTGTTCTATAAGATTATTGCCTCTGGTGTTGGAATCAAC 2225
Query 2238 CTCAAGACTTATGCCATATTGTTGGAACATCTTTTAGCTGTTGGAAACTGGAGAAAATAC 2297
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2226 CTCAAGACTTATGCAATACTGTTGGAACATCTTTTAGCTGTTGGAAACTGGAGAAAATAC 2285
Query 2298 ATTGAGGTTTTAGAATGGATGAGTGATGCTGGTATTCAACCCTCGAACCAAATGTATCGT 2357
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2286 ATTGAGGTTTTAGAATGGATGAGTGGTGCTGGTATTCAACCCTCGAACCAAATGTATCGT 2345
Query 2358 GACATTATCTCCTTTGGTGAAAGAAGTGCAGGGATCGAATTCGAGCCTCTAATACGCCAA 2417
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2346 GACATAATCTCCTTTGGTGAAAGAAGTGCAGGGATCGAGTTCGAGCCTCTAATACGCCAA 2405
Query 2418 AAATTG-AATTCACTGAGAAACAAAGGAGAAGATCTGAGTCCAACTTTTAGACACCAAGG 2476
|||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2406 AAATTGGAAT-CACTGAGAAACAAAGGAGAAGGTCTGATTCCAACTTTTAGACACGAAGG 2464
Query 2477 CACATTGTTGTAGTTTCCACTGTATG 2502
|||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 2465 CACATTGTTGTAATTTCCACTATATG 2490
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 124564519469
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5