BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg935132
Length=2413
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G42490.1 | Symbols: | Copper amine oxidase family protein |... 4076 0.0
> AT2G42490.1 | Symbols: | Copper amine oxidase family protein
| chr2:17691407-17695853 REVERSE LENGTH=2851
Length=2851
Score = 4076 bits (2207), Expect = 0.0
Identities = 2355/2425 (97%), Gaps = 15/2425 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGTATGTCAGTAGATTGTGTTGAAACTGATTTTGGTGGATTTGGAGAACTTGTGAACCCT 60
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 263 TGTATGTCAGTGGATTGTGTTGAAACTGATTTTGGTGGATTTGGAGAACTTGTGAACCCT 322
Query 61 ATTCAATGGCCTCAGCTTCGAAAAAGACGACGGCATGTCCTCACCACGGTGGCTCTGTTT 120
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 323 ATTCAATGGCCTCAGCTTCGAAAAAGACGTCGGCATGTCCTCACCACGGTGGCTCTCTTC 382
Query 121 CGCCTCCGAAACTCGTCTCCGCTGCTCCCGATACGGTTGCTGTATGGTCCGACGGTGACG 180
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 383 CGCCTCCCAAACTCGTCTCCGCTGCTCCCGATACCGTTGCTGTATGGTCCGACGCTGACG 442
Query 181 ATCAGCGAGCCTCTAAGGTTGT-TTTGGAATCCGTTCTCCGCCCTGTCGATTCGCTTCCT 239
|||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 443 ATCAGCGAGCCTCTAAAGTT-TCTTTGGAATCCGTTATCCGCCCTGTCGATTCGTTTCCT 501
Query 240 G---ATACCGCCAAGAAACCTGCCAACAAAGGAATTTCTGTGATGCCAAGGACTGAAACC 296
| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 502 GATAATACTGCCAAGAAACCTGCCAACAAAGGGATTTCTGTGATGCCAAGGACTGAAACC 561
Query 297 AAGCATCCATTGGATCCTCTTTCTGCTGCAGAAATATCAGTTGCTGTGGCGACTGTTCGC 356
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 562 AAGCACCCATTGGATCCTCTTTCTGCTGCAGAAATATCAGTTGCTGTGGCGACTGTTCGC 621
Query 357 GCGGCTGGTGCCAACCCTGAGGTTAGGGATGGCATGCGTTTCATCGAGGTGGCGTCAGTA 416
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 622 GCAGCTGGTGCCAATCCTGAGGTTAGGGATGGCATGCGTTTCATTGAGGTGGCATCAGTG 681
Query 417 GAACCAGATAAACAAGTTGTGGCGCTGGCTGATGCTTACTTTTTCCCTCCGTTCCAGCCA 476
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 682 GAACCAGATAAACAAGTTGTGGCGCTCGCTGATGCTTACTTTTTCCCACCGTTCCAGCCA 741
Query 477 TCACTACTTCCAAGAACTAAATCTGGACCTGTGATTCCGATGAAGCTCCCTCCAAGGCGA 536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 TCACTACTTCCAAGAACTAAATCTGGACCTGTGATTCCGATGAAGCTCCCTCCAAGGCGA 801
Query 537 GCAAGACTTGTTGTTTACAACCAAAAGTCCAATGAGACAAGTGTATGGATTGTGG-AGTT 595
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 802 GCTAGACTTGTTGTTTACAACCAAAAGTCTAATGAGACAAGTGTATGGATTGTGGCA-TT 860
Query 596 GTCTGAAGTTCATGCTGTCACTCgggggggCCATCACAGGGGAAGAGTTGTTTCCTCACA 655
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 GTCTGAAGTTCATGCTGTCACTCGGGGTGGACATCACAGGGGAAGAGTTGTTTCCTCACA 920
Query 656 AGTTATACCTGATGTTCAGCCACCCATGGATGCGGCTGAATATGCTGAATGTGAAGCGAT 715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 AGTTATACCTGATGTTCAGCCACCCATGGATGCGGCTGAATATGCTGAATGTGAAGCGAT 980
Query 716 TGTCAAAGACTTCCCACCATTCATAGAGGCAATGAAGAGGAGAGGTATTGAAGACATGGA 775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 TGTCAAAGACTTCCCACCATTCATAGAGGCAATGAAGAGGAGAGGTATTGAAGACATGGA 1040
Query 776 TCTAGTGATGGTTGATCCCTGGTGTGTGGGTTATCACAGTGAAGCTGACGCTCCTAGTCG 835
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1041 TCTAGTGATGGTTGATCCCTGGTGTGTGGGTTATCACAGTGAGGCTGACGCTCCTAGTCG 1100
Query 836 TAGGCTTGCAAAGCCCCTTATATACTGTCGGACTGATAGTGATTCCCCTATGGAAAATGG 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 TAGGCTTGCAAAGCCCCTTATATACTGTCGGACTGATAGTGATTCCCCTATGGAAAATGG 1160
Query 896 CTATGCTCGTCCAGTTGAGGGAATTTATGTACTTGTAGACATGCAAAACATGGTGGTGAT 955
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1161 ATATGCTCGTCCAGTTGAGGGCATTTATGTACTTGTAGACATGCAAAACATGGTGGTGAT 1220
Query 956 TGAGTTTGAAGACCGTAAGTTTGTGCCACTCCCCCCACCTGACCCATTGAGGAATTATAC 1015
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1221 TGAATTTGAAGACCGTAAGTTTGTGCCACTCCCCCCACCTGACCCTTTGAGGAATTATAC 1280
Query 1016 CCCAGGTGAAAGTAGAGGGGGTGTTGATAGAAGTGATGTTAAGCCTCTCCAAATTATTCA 1075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1281 CCCAGGTGAAAGTAGAGGGGGTGTTGATAGAAGTGATGTTAAGCCTCTCCAGATTATTCA 1340
Query 1076 GCCTGAAGGTCCAAGTTTTCGTGTAAGGGGTTACTTTGTCGAGTGGCAGAAGTGGAACTT 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 GCCTGAAGGTCCAAGTTTTCGTGTAAGGGGTTACTTTGTCGAGTGGCAGAAGTGGAACTT 1400
Query 1136 TCGTATTGGGTTCACTCCAAGAGAAGGTTTAGTCATACATTCGGTAGCATATGTTGATGG 1195
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401 TCGTATTGGATTCACTCCAAGGGAAGGTTTAGTCATACATTCGGTAGCATATGTTGATGG 1460
Query 1196 CAGTCGAGGTCGAAGGCCTGTTGCACATAGGCTAAGTTTTGTGGAGATGGTTGTGCCTTA 1255
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1461 CAGTCGAGGTCGAAGGCCTGTTGCACACAGGCTAAGTTTTGTGGAAATGGTTGTGCCTTA 1520
Query 1256 TGGCGATCCAAATGAGCCACATTACAGGAAAAATGCTTTTGATGCAGGGGAGGATGGTCT 1315
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1521 TGGCGATCCTAATGAGCCACATTACAGGAAAAATGCTTTTGATGCAGGGGAGGATGGTCT 1580
Query 1316 CGGGAAAAACGCACATTCACTTAAGAAGGGGTGTGACTGTCTGGGATCTATCAAGTACTT 1375
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581 CGGGAAAAACGCACATTCGCTTAAGAAGGGGTGTGACTGTCTGGGATCTATCAAGTACTT 1640
Query 1376 CGATGCCCATTTCACAAATTTCACTGGAGGAGTTGAAACAATTGAGAACTGTGTTTGTTT 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1641 CGATGCCCATTTCACAAATTTCACTGGAGGAGTTGAAACAATTGAGAACTGTGTTTGCTT 1700
Query 1436 GCATGAAGAAGATCATGGGATTTTGTGGAAACATCAGGACTGGAGAACAGGATTAGCTGA 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1701 GCATGAAGAAGATCATGGGATTTTGTGGAAACATCAGGACTGGAGAACAGGATTAGCCGA 1760
Query 1496 AGTGCGAAGATCTAGGAGGCTAACTGTCTCTTTTCTATGTACTGTTGCTAACTACGAGTA 1555
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1761 AGTGCGAAGATCTAGGAGACTAACTGTCTCTTTTCTATGTACTGTTGCCAACTACGAGTA 1820
Query 1556 TGGGTTTTACTGGCACTTCTACCAGGATGGGAAAATCGAAGCTGAAGTAAAACTTACTGG 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1821 TGGGTTTTACTGGCACTTCTACCAGGATGGGAAAATCGAAGCTGAAGTAAAACTTACTGG 1880
Query 1616 TATCCTCAGTTTAGGAGCTCTGCAGCCAGGTGAAACTCGAAAGTATGGTACTACTATTGC 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1881 TATCCTCAGTTTAGGAGCTCTGCAGCCAGGTGAAACTCGAAAGTACGGTACTACTATTGC 1940
Query 1676 TCCTGGGTTGTATGCACCAGTCCATCAACATTTCTTTATCGCTCGCATGGATATGTCTGT 1735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1941 TCCTGGGTTGTATGCACCAGTCCATCAACATTTCTTTATCGCTCGCATGGATATGTCTGT 2000
Query 1736 TGACTGTAAACCTGGTGAAGCTTTTAATCAGGTAGTTGAGGTAAATGTTAGAGTTGACGA 1795
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2001 TGACTGTAAACCTGCTGAAGCTTTTAATCAGGTAGTTGAGGTAAATGTTAGAGTTGACGA 2060
Query 1796 GCCAGGTGAGAACAATGTCCACAGCAATGCGTTTTATGCGGAAGAGAAGTTACTTAGATC 1855
|| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2061 GCGAGGTGAGAACAATGTCCACAACAATGCGTTTTATGCGGAAGAGAAGTTACTTAAATC 2120
Query 1856 TGAGGCAGTGGCGATGCGTGACTGTGACCCTCTTTCTGCTCGCCATTGGATTGTAAGGAA 1915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2121 TGAGGCAGTGGCGATGCGTGACTGTGACCCTCTTTCTGCTCGCCATTGGATTGTAAGGAA 2180
Query 1916 CACAAGGACTGTAAACAGGACGGGCCAATTAACGGGATACAAACTTGTTCCGGGTTCAAA 1975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2181 CACAAGGACTGTAAACAGGACGGGCCAATTAACGGGATACAAACTTGTTCCGGGTTCAAA 2240
Query 1976 TTGTTTGCCATTAGCTCGACCAGAGGCTAAGTTTCTAAGAAGAGCCGCTTTCCTGAAGCA 2035
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2241 TTGTTTGCCATTAGCTCGACCCGAGGCGAAGTTTCTAAGAAGAGCCGCTTTCCTGAAGCA 2300
Query 2036 TAATCTCTGGGTTACCCGTTACGCCCCAGACGAGAAGTTTCCTGGAGGAGAATTCCCAAA 2095
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2301 TAATCTCTGGGTTACCCGTTACGCCCCAGACGAGAAGTTTCCTGGAGGAGAATTCCCAAA 2360
Query 2096 CCAAAACCCACGTGCTGGTGAAGGTCTTGCCACATGGGTTAAACAGAATCGCTCCTTGGA 2155
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2361 CCAAAACCCACGGGCTGGTGAAGGTCTTGCCACATGGGTGAAACAGAATCGCTCCTTGGA 2420
Query 2156 AGAATCCGACGTCGTTCTTTGGTACGTGTTTGGGATCACACATGTTCCTAGACTTGAAGA 2215
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2421 AGAATCTGACGTCGTTCTTTGGTACGTGTTTGGGATCACACATGTTCCTAGACTTGAAGA 2480
Query 2216 TTGGCCGGTTATGCCCGTCGAACATATTGGTTTCACTCTAATGCCACATGGATTTTTCAA 2275
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2481 TTGGCCGGTTATGCCCGTCGAACATATTGGTTTCACACTAATGCCACATGGATTTTTCAA 2540
Query 2276 CTGCTCACCGGCCGTAGATGTGCCACCGAATCCATGCGAGTTGGAGACAAAGGACAGTGA 2335
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 2541 CTGCTCACCGGCAGTAGATGTGCCACCGAATCCATGCGAATTGGAGACTAAGGAGAGTGA 2600
Query 2336 AGTCAAAGAGGTTGTAGCACCGAA-GCCTCTTCAGACTGGTTTACTTTCAAAGCTTTGAA 2394
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2601 AGTCAAAGAGGTTGTAGCACCGAAAGC-TCTTCAGACTGGTTTACTTTCAAAGCTTTGAA 2659
Query 2395 G-----GA-TATCATTTGTTTTCTT 2413
| || ||||||||||||||||
Sbjct 2660 GAATATGAATATCATTTGTTTTCTT 2684
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119828700915
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5