BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg935200
Length=1666
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G43070.1 | Symbols: SPPL3, ATSPPL3 | SIGNAL PEPTIDE PEPTIDAS... 2741 0.0
> AT2G43070.1 | Symbols: SPPL3, ATSPPL3 | SIGNAL PEPTIDE PEPTIDASE-LIKE
3 | chr2:17910888-17914870 REVERSE LENGTH=2062
Length=2062
Score = 2741 bits (1484), Expect = 0.0
Identities = 1610/1669 (96%), Gaps = 15/1669 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGCTCCGTCGATTGCGTCATGTCGTCGTTTGATCCGCCGAATCACCGATACTCTTCCT 60
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 75 TTTGCTCAGTCGATTGCGTCATGTCGTCGTTTGATCCGCCGAATCACCGATATTCAGCCT 134
Query 61 TAGTA-TTGATTCTTCTTCTGCTTGGTTTCTCGGTAGCGGCGGCCGACGATGTATCATCG 119
||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 135 TAGTACTT-ATTCTTCTCCTGCTTGGTTTTTCGGTAGCGGCGGCCGACGATG--T-ATCG 190
Query 120 TGGACCGAGGATTCCAGCCTCGAGTCTCCTGGCTGTACCAATAAGTTTCAAATGGTAAAG 179
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 191 TGGACCGAAGATTCCAGCCTCGAGTCTCCTGGCTGTACCAATAAGTTTCAAATGGTAAAG 250
Query 180 GTCTTAAATTGGGTTGATGGTGTTGAAGGAGACTAT-CTTACTGGCTTAACTGCTCAATT 238
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 251 GTCTTAAATTGGGTTGATGGTGTTGAAGGAGACT-TCCTTACTGGCTTAACTGCTCAATT 309
Query 239 TGGAGCAGCCTTGCCTTCTGTTGCTGATCAAAG-TCTTCGATTTCCGGCTGCTTTTGTAG 297
|||||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 310 TGGAGCTGCCTTGCCTTCTGTTCCTGATC-AAGCTCTTAGATTTCCTGCTGCTTTTGTAG 368
Query 298 ATCCTTTGGACTCTTGTTCCAATATCTCTTCCAGATTAGATGGACATATTGCCTTGTCGA 357
|||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 ATCCTTTGGACTCTTGTTCCCATCTCTCTTCCAGGTTAGATGGACATATTGCCTTGTCGA 428
Query 358 TCCGTGGCAATTGTGCTTTCACTGAGAAGGCAAAACATGCTGAGGCAGCTGGTGCTTCTG 417
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 429 TCCGTGGCAATTGTGCTTTCACTGAGAAGGCCAAACATGCTGAGGCAGCTGGTGCTTCTG 488
Query 418 CTCTCTTGGTTATTAATGACAAAGAAGATCTTGATGAGATGGGATGTATGGAAAAGGACA 477
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 CTCTCTTAGTCATTAATGACAAAGAAGATCTTGATGAGATGGGATGTATGGAAAAGGACA 548
Query 478 CATCTCTAAATGTGAGCATACCTGTCTTGATGATCTCCAAGTCGAGCGGGGATGCTCTCA 537
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 549 CATCTCTAAATGTGAGCATACCTGTCTTAATGATCTCTAAGTCAAGCGGAGATGCTCTCA 608
Query 538 ACAAGTCTATGATAGACAATAAGAGTGTTGAGCTTTTGTTGTATGCTCCAAAGCGTCCTG 597
||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 ACAAGTCTATGGTTGACAATAAGAATGTTGAGCTTTTGTTGTATGCTCCAAAGCGTCCTG 668
Query 598 TCGTGGACCTCACAGCTGGATTGTTATTGCTCATGGCTGTGGGAACTGTTGTCGTTGCAT 657
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 CCGTGGACCTCACAGCTGGATTGTTATTGCTCATGGCTGTGGGAACTGTTGTCGTTGCAT 728
Query 658 CACTGTGGTCAGAGCTTACAGATCCTGACCAAGCTAATGAATCTTACAGCATATTAGCAA 717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 729 CACTGTGGTCAGAGCTTACAGATCCTGACCAAGCTAATGAATCTTACAGCATACTAGCAA 788
Query 718 AGGAAT-TTCCTAGTGCTGGGACCAGAAAAGATGACCCAGAGAAGGAAATCCTTGATATA 776
||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 789 AGG-ATGTTTCTAGTGCTGGGACCAGAAAAGATGACCCAGAGAAGGAAATCCTTGATATA 847
Query 777 AGTGTCACTGGTGCTGTATTTTTTATTGTAACAGCCTCCATTTTTCTGCTGCTCCTTTTC 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 848 AGTGTCACTGGTGCTGTATTTTTTATTGTAACAGCCTCCATATTTCTGCTGCTCCTTTTC 907
Query 837 TACTTCATGTCATCATGGTTTGTATGGGTGCTCACCATATTTTTCTGCATTGGCGGCATG 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 908 TACTTCATGTCATCATGGTTTGTATGGGTGCTCACCATATTTTTCTGCATTGGCGGCATG 967
Query 897 CAGGGTATGCATAACATCATTATGGCAGTTATATTGAGAAAATGCAGACATCTTGGTCGG 956
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 968 CAGGGTATGCACAACATCATTATGGCTGTTATATTGAGAAAATGCAGACATCTTGCTCGG 1027
Query 957 AAATCTGTGAAGCTCCCTTTGCTTGGAACAATGTCAGTGTTGTCGCTTTTGGTGAATATT 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1028 AAATCTGTGAAGCTCCCTTTGCTTGGAACAATGTCAGTGTTGTCGCTTTTGGTGAATATT 1087
Query 1017 GTTTGTTTGGCGTTTGCTGTTTTCTGGTTTATAAAACGACACACATCGTATTCTTGGGTT 1076
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 GTTTGTTTGGCGTTTGCTGTTTTCTGGTTTATAAAACGTCACACATCGTATTCTTGGGTT 1147
Query 1077 GGCCAAGACATTTTGGGCATATGTTTGATGATCACTGCCTTGCAAGTGGTTCGATTACCT 1136
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148 GGCCAAGACATTTTGGGCATATGTTTGATGATCACTGCCTTGCAAGTGGTTCGATTACCT 1207
Query 1137 AACATCAAGGTTGCTACTGTACTTCTTTGCTGCGCGTTTGTGTATGACATTTTCTGGGTC 1196
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1208 AACATCAAGGTTGCGACTGTACTTCTTTGCTGCGCATTTGTCTATGACATTTTCTGGGTC 1267
Query 1197 TTCATATCACCATTGATATTTCACGAGAGTGTTATGATTGTGGTTGCCCAAGGAGACAGC 1256
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1268 TTCATATCTCCATTGATATTTCACGAGAGTGTTATGATTGTGGTTGCCCAAGGAGACAGC 1327
Query 1257 AGCAGC-GGAGAGTCCATTCCGATGCTACTAAGGATTCCTCGGTTCTTTGATCCTTGGGG 1315
|||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1328 AGCA-CTGGGGAGTCCATTCCGATGCTACTAAGGATTCCTCGGTTCTTTGATCCTTGGGG 1386
Query 1316 TGGTTATGACATGATTGGTTTTGGGGACATCCTCTTCCCCGGTTTGCTCATTTCCTTTGC 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1387 TGGTTATGACATGATTGGTTTTGGGGACATCCTCTTCCCCGGTTTGCTCATTTCCTTTGC 1446
Query 1376 TTCCAGATATGACAAGATAAAAAAGAGGGTAATATCAAATGGGTACTTCCTCTGGTTGAC 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 TTCCAGATATGACAAGATAAAAAAGAGGGTAATATCAAATGGGTACTTCCTCTGGTTGAC 1506
Query 1436 TATCGGCTATGGAACAGGTCTGTTACTGACATATCTAGGTCTGTATCTTATGGACGGACA 1495
|||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 TATCGGCTATGGAATAGGTCTATTACTGACATACCTAGGTCTGTATCTTATGGACGGACA 1566
Query 1496 TGGCCAGCCTGCGCTATTGTACATCGTACCCTGCACACTCGGTTTGGCCGTCATACTGGG 1555
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567 TGGCCAGCCGGCACTATTGTACATCGTACCCTGCACACTCGGTTTGGCCGTCATACTGGG 1626
Query 1556 GTTGGTAAGAGGAGAGCTTCAAGAACTATGGAATTACGGTAGT-GAAGAATCAGAGTCTC 1614
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1627 GTTGGTAAGAGGAGAGCTTAAAGAACTATGGAATTACGGTA-TCGAAGAATCAGAGTCTC 1685
Query 1615 ACACAACGGAGGATCCAATGCCTGTGGCATAATAACATGATTCAACAAT 1663
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1686 ACACACCGGAGGATCCAATGCCTGTGGCATAATAACATGATTCAACAAT 1734
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82328893800
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5