BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg935438
Length=1716
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G44880.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like) s... 2588 0.0
> AT2G44880.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR-like)
superfamily protein | chr2:18505239-18506906 FORWARD LENGTH=1668
Length=1668
Score = 2588 bits (1401), Expect = 0.0
Identities = 1583/1672 (95%), Gaps = 8/1672 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 27 ATGCTCCGTCACGCCATTGAGACCAACGTTCAAATCTTCACCAAGTTCTTGGTTATTTCT 86
|||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGCTCCGCCACGCCATTGAGACGAACGTTCAGATCTTCACCAAATTCTTGGTTATTTCT 60
Query 87 GCATCGGCTGTTGGAATTGGTTATGCACGTAAGTTGTTCGATCAAAGGCCTCACAGAGAA 146
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 61 GCTTCGGCTGTTGGAATTGGTTATGCACGTAAGTTGTTCGATCAAAGGCCTCAGAGAGAC 120
Query 147 GACAGTTTCCTCTGTAACTCTATGATCAAGGCCTATCTCGAAACTCGTCATTATAATGAT 206
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||
Sbjct 121 GACAGTTTCCTCAGTAACTCTATGATCAAGGCCTATCTTGAAACCCGTCAGTATCCTGAT 180
Query 207 TCGTTTGCTTTTTACAGAGATCTTAGGAAAGAGACTTGTCTTGCTCCTGACAATTTTACT 266
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCGTTTGCTCTTTACAGAGATCTTAGGAAGGAGACTTGTTTTGCTCCTGACAATTTTACT 240
Query 267 TTCACGACTATGACAAAGTCCTG-TACTTTGAGTATGTGTGTTTACCAAGGTCTGCAGTT 325
||||||||| |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTCACGACTTTGACAAAGTCATGCT-CTTTGAGTATGTGTGTTTACCAAGGTCTGCAGTT 299
Query 326 GCATAGCCAGATTTGGAGATCTGGGTTTTGTGCAGATATGTATGTTTCGACTGGAGTTGT 385
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GCATAGCCAGATTTGGAGATTTGGTTTTTGTGCAGATATGTATGTTTCGACTGGAGTTGT 359
Query 386 TGATATGTATGCTAAATTTGGGAAGATGGGATGTGCGAGGAATGTGTTCGATGAAATGCC 445
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 360 TGATATGTATGCTAAATTTGGGAAGATGGGATGTGCGAGGAATGCGTTCGATGAAATGCC 419
Query 446 TCAGAGAAGTGAGGTTTCTTGGACTGCTCTAATATGTGGGTATGTTAGGTTTGGGGAGCT 505
||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 420 TCACAGAAGTGAGGTTTCTTGGACGGCTCTAATCTCTGGGTATATTAGGTGTGGGGAGCT 479
Query 506 GGATTTGGCGAGTAAGCTATTTGATCAGATGCCTCAAGTTAAAGATGTTGTGATATATAA 565
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 480 GGATTTGGCGAGTAAGCTCTTTGATCAGATGCCTCATGTTAAGGACGTTGTGATATATAA 539
Query 566 CGCAATGATGGATGGTTTTGTTAAATCTGGTGACATGACCTCTGCTAGAAGATTGTTTGA 625
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CGCAATGATGGATGGTTTTGTTAAATCTGGTGATATGACCTCTGCTAGAAGATTGTTTGA 599
Query 626 TGAGATGACTCATAAAACTGTCATCACTTGGACCACTATGATTCACGGTTACTGCAACAG 685
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGAGATGACTCATAAAACTGTCATCACTTGGACCACTATGATTCACGGTTACTGCAACAT 659
Query 686 TAATGACATAGACTCCGCTAGGAAGTTGTTTGATGCTATGCCAGAGAGGAACCTAGTTTC 745
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TAAGGACATAGACGCCGCTAGGAAGTTGTTTGATGCTATGCCAGAGAGGAACCTAGTTTC 719
Query 746 TTGGAACACAATGATAGGAGGATACTGTCAGAATAAGCAACCTCAAGAAGCTATAAGATT 805
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
Sbjct 720 TTGGAACACAATGATTGGGGGATACTGTCAGAATAAGCAACCTCAAGAAGGTATAAGGTT 779
Query 806 GTTTCAGGAAATGCAGGCAACCACCTCGCTGGATCCGGATGATGTGACTATTTTGAGTGT 865
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GTTTCAGGAAATGCAGGCAACCACCTCGCTAGATCCGGATGATGTGACTATTTTGAGTGT 839
Query 866 GCTACCAGCTATTTCTGATACCGGTGCTCTCAGTCTCGGTGAATGGTGTCACTGTTTTGT 925
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GCTACCAGCTATTTCTGATACTGGTGCTCTCAGTCTCGGTGAATGGTGTCACTGTTTTGT 899
Query 926 GCAGAGGAAAAATCTCGATAAGAAGGTGAAAGTGTGTACAGCAATTCTTGATATGTATTC 985
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GCAGAGGAAAAAGCTCGATAAGAAGGTGAAAGTGTGTACAGCAATTCTTGATATGTATTC 959
Query 986 AAAATGCGGGGAGATAGAGAAGGCGAAAAGAATCTTTGATGAGATGCCAGAGAAACAAGT 1045
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GAAATGCGGGGAGATAGAGAAGGCGAAAAGAATCTTTGATGAGATGCCAGAGAAACAAGT 1019
Query 1046 AGCGTCTTGGAATGCTATGATACATGGGTATGCTTTGAATGGGAATGCACATGCAGCTTT 1105
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1020 AGCGTCTTGGAATGCTATGATACATGGGTATGCTTTGAATGGGAATGCACGTGCAGCTTT 1079
Query 1106 GGATCTATTCTTAACAATGGCGAAAGAAGAAAAGCCAGATGAGATCACAATGCTTGCAGT 1165
|||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1080 GGATCTATTCGTAACAATGATGATAGAAGAAAAGCCAGATGAGATCACAATGCTCGCGGT 1139
Query 1166 TATCTCAGCTTGTAACCATGGTGGATTAGTGGAGGAAGGAAGAAAGTGGTTCCAAATGAT 1225
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1140 TATCACAGCTTGTAACCATGGTGGATTAGTGGAGGAAGGAAGAAAATGGTTCCACGTGAT 1199
Query 1226 GAGA-AAATTTGGCCTGAATGCTAAAATTGAGCACTATGGCTGTATGGTTGATCTACTAG 1284
|||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GAGAGAAATG-GGCCTGAATGCTAAAATTGAGCACTATGGCTGTATGGTTGATCTACTAG 1258
Query 1285 GCAGAGCAGGGAACCTAAAACAAGCAGAGCATTTGATTACAAACATGCCTTTTAAGCCAA 1344
|||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1259 GCAGAGCAGGGAGCCTAAAAGAAGCAGAGGATTTGATTACCAACATGCCTTTTGAGCCAA 1318
Query 1345 ACGGTATAATTCTAAGCTCTTTCTTGTCTGCATGTGGTCAATACAAGGATATAGAAAGGG 1404
| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1319 ATGGTATTATTCTAAGCTCTTTCTTGTCTGCGTGTGGTCAATACAAAGATATAGAAAGGG 1378
Query 1405 CAGAGAGAATTCTGAAGAAGGCAGTGGAATTG-AAGCCTCAGAATGATGGGAATTATGTT 1463
| ||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1379 CTGAGAGAATTCTGAAGAAGGCAGTCGAATTGGAA-CCTCAGAACGATGGGAATTATGTG 1437
Query 1464 CTGTTGCGGAACTTGTACGCTGCAGATAAAAGATGGGACGATTTCGGGATGGTGAAAAAC 1523
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 CTGTTGAGGAACTTGTACGCTGCAGATAAAAGATGGGACGATTTCGGGATGGTGAAAAAC 1497
Query 1524 ATGATGAGGAAAAATGAAGCCAAGAAAGAGGTTGGATGTAGCTTGATTGAGATAAATTAT 1583
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GTGATGAGGAAGAACCAAGCCAAGAAAGAGGTTGGATGTAGCTTGATTGAGATAAATTAT 1557
Query 1584 ATTGTTTCTGAGTTTATATCAGGAGATACAACCCATCCTCATCGGCGAAGCATACATTTG 1643
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 ATCGTTTCGGAGTTTATATCAGGAGATACAACCCATCCTCATCGGCGAAGCATACATTTG 1617
Query 1644 GTTCTCG-AGAAGCTGCTTATGCACATGAAAGAGGAGGAGGCCAACTGGTGA 1694
||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||
Sbjct 1618 GTTCTCGGAGAC-CTGCTTATGCACATGAATGAGGAGAAATACAACTGGTGA 1668
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84838921050
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5