BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg935676
Length=2620
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G46920.1 | Symbols: POL | Protein phosphatase 2C family prot... 4242 0.0
> AT2G46920.1 | Symbols: POL | Protein phosphatase 2C family protein
| chr2:19277903-19281760 REVERSE LENGTH=3513
Length=3513
Score = 4242 bits (2297), Expect = 0.0
Identities = 2515/2622 (96%), Gaps = 7/2622 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTGTTTGTAGTATTGCCTGAGTGATGGGAAACGGTACTTCCCGTGTTGTCGGTTGTTTCG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 717 GTGTTTGTAGTATTGCCTGAGTGATGGGAAACGGGACTTCCCGTGTTGTTGGTTGTTTCG 776
Query 61 TGCCGTCCAATGAGAAAAACGGTGTTGATTTGGAGTTTCTGGAACCTTTAGATGAAGGTT 120
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TGCCGTCTAATGACAAAAACGGTGTTGATTTGGAGTTTCTGGAACCTTTAGATGAAGGTT 836
Query 121 TAGGCCATTCCTTTTGCTACGTTAGGCCAAGCATTTTTGAGTCTCCGGATATTACTCCGT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 837 TAGGCCATTCCTTTTGCTACGTTAGGCCAAGCATCTTTGAGTCTCCTGATATTACTCCGT 896
Query 181 CTAACTCGGAGAGGTTCACGATTGATTCAAGCACCCTTGATTCTGAGACACTCAGTGGGT 240
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 897 CTAACTCGGAGAGGTTCACCATTGATTCAAGCACTATTGATTCTGAGACACTCACTGGGT 956
Query 241 CTTTTCGAAACGAGGTCGTTGATGATCCTTCTTTCTTGAATAGACACAACAGTAAAGGTT 300
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 CTTTTCGAAACGATATCGTTGATGATCCTTCTTTCTTGAATAGACACAACAGTAAAGGTT 1016
Query 301 TGGCTGAAACTACGTTTAAGGCAATCTCAGGTGCTTCGGTTAGTGCCAATGTTTCCACGG 360
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TGGCGGAAACTACGTTTAAGGCAATCTCAGGTGCTTCGGTTAGTGCCAATGTTTCCACGG 1076
Query 361 CTAGGACTGGGAATCAAATGGCATTGTGTTCAAGTGATGTTTTGGAGCCTGCTGCTTCAT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CTAGGACTGGGAATCAAATGGCATTGTGTTCAAGTGACGTTTTGGAGCCTGCTGCTTCAT 1136
Query 421 TTGAGAGCACATCCTCGTTTGCTTCAATTCCTTTGCAGCCGCTCCCTCGTGGTGGTTCGG 480
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 TTGAGAGCACTTCCTCGTTTGCTTCTATTCCTTTGCAGCCGCTCCCTCGTGGTGGTTCGG 1196
Query 481 GACCCTTAAACGGATTCATGTCCGGGCCTCTAGAGAGAGGTTTTGCATCTGGTCCTTTGG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 GACCCTTAAACGGATTCATGTCCGGGCCTCTAGAGAGAGGTTTTGCATCTGGTCCTTTGG 1256
Query 541 ATAGAAACAACGGTTTCATGTCAGGGCCTATTGAAAAAGGAGTAATGTCTGGACCCCTTG 600
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 ATAGAAACAACGGTTTCATGTCTGGGCCTATTGAAAAAGGAGTAATGTCTGGACCCCTTG 1316
Query 601 ATGTATCTGATAAATCTAATTTCTCGGCGCCTCTTTATTTTAGACGTAAAAAGCCTCGGT 660
|||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 ATGTATCTGATAGATCTAATTTCTCTGCGCCTCTTTCTTTTAGACGTAAAAAGCCTCGGT 1376
Query 661 TTCAGCGGTTTATGAGGAGTGTGAGCGGACCAATGAAAAGTACATTAGCAAGAACATTTT 720
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1377 TTCAGCGTTTTATGAGGAGTGTGAGCGGACCAATGAAAAGTACATTAGCAAGGACATTTT 1436
Query 721 CTAGACGGTCTGGAGGGTTAAGTTGGATGCATCGCTTCTTCTTGCATCCAGAGACTAGGG 780
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 CTAGACGATCTGGAGGGTTAAGTTGGATGCATCGCTTCTTCTTGCATCCAGAGACTAGGG 1496
Query 781 TTTCCTGGCCTGTTGGAAAGGACGGTAAGTTACAGGGTGAAGACCCAGAAAGTTGTTTAG 840
|||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 1497 TTTCCTGGGCTGTTGGAAAGGACGGTAAGCTACATGGTGAAGACCCTGAAAGTTGTCTAG 1556
Query 841 AGAGCAACCGTAACTTGCAATGGGCTCATGGGAAAGCTGGAGAAGACAGGGTTCATGTTG 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1557 AGAGCAACCGTAACTTGCAATGGGCTCATGGGAAAGCTGGAGAAGATAGGGTTCACGTTG 1616
Query 901 TGCTTTCGGAGGAACAAGGATGGCTCTTTATTGGGATATATGATGGGTTTAGTGGACCAG 960
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1617 TGCTTTCGGAGGAACAAGGATGGCTCTTTATCGGGATATATGATGGGTTTAGTGGACCGG 1676
Query 961 ATGCTCCAGATTTCGTAATGAGTCATCTGTATAAAGCTATCGACAAGGAATTGGAAGGTC 1020
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1677 ATGCTCCAGATTTCGTAATGAGTCATCTTTATAAAGCTATTGACAAGGAATTGGAAGGTC 1736
Query 1021 TTCTTTGGGATTATGAAGAGTCATCTGTAGATAATCAATTGCTGC-TAGACCAGGAACCT 1079
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||
Sbjct 1737 TTCTTTGGGATTATGAAGAGCCATCTGAAGATAATCAATTGCAGCCT-GACCAGGAACCT 1795
Query 1080 CCTACAGAAGAGAACTTGTGTGATCCAGAAACTATCAGTGAGCAGCATTCAAAGTCAGTA 1139
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 CCTACAGAAGAGAACATGTGTGATCCAGAATCTATCAGTGAGCAGCATTCAAAGTCAGTA 1855
Query 1140 GTGGCAGGAAGTGAGGAGGTTATGATTGATAATAACAGTAGCCTTGGAAATGCCGATACT 1199
||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1856 GTGGCAGAAAGTGAGGAGGTTATGATTGATGATATCAGTAGCCTTGGAAATACCGATACT 1915
Query 1200 CAGATTGCTGATGGTCCACCTGGAAATTTAGCAGGTCCTGGCAAGAAAAGCACGAGACTT 1259
|||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1916 CAGATTGCTGATGGTCCACCTGGAGACTCAGCTGGTCCTGGCAAGAAAAGCATGAGACTT 1975
Query 1260 TACGAGCTACTTCAATTGGAACGGTGGGAAGGAGAAGAAATCGGGCTTAAA-GATTCTCA 1318
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1976 TACGAGCTACTTCAATTGGAACAGTGGGAAGGAGAAGAAATCGGGCTTAAACGAT----A 2031
Query 1319 TGGAGGGAGTGTGGCTCTAAACGATATGACCAATCAGTTTGAAAATCCATCTACTTCAGG 1378
|||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 TGGAGGGAATGTCGCTCTAAACAATATGACCAATCAGGTTGAAAATCCATCTACTTCAGG 2091
Query 1379 TGGAGGAGCTGGAAATGATCCGTGTACCACCGACCGTAGTGTTCTTGATGGGATTCCGAC 1438
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2092 TGGAGGAGCTGGAAATGATCCTTGTACCACCGACCGTAGTGCTCTTGATGGGATTCCGAA 2151
Query 1439 CTCGGGACAAATCCATGGGACTAAAAAATCACAGATAAGCTCTAAGATAAGAAGAATGTA 1498
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 CTCGGGACAAAGGCATGGGACTAAAAAATCACAGATAAGCTCTAAGATAAGAAGAATGTA 2211
Query 1499 TCAAAAGCAGAAGTCTTTGCGGAAAAAGCTGTTTCCTTGGAGTTATGATTGGCACAGGGA 1558
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 TCAAAAACAGAAGTCTTTGCGGAAAAAACTGTTTCCATGGAGTTATGATTGGCACAGGGA 2271
Query 1559 AGAAGGGACTTGCGTTGAAGAGAAGATAGTGGAGTCACCGGGACCGATTAGGAGACGCTG 1618
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 AGAAGGGATTTGCGTTGAAGAGAAGATAGTGGAGTCATCGGGACCGATTAGGAGACGCTG 2331
Query 1619 GTCAGGAACTGTAGACCATGATGCTGTTCTAAGAGCAATGGCTAGAGCACTAGAAAGTAC 1678
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2332 GTCAGGGACTGTGGACCATGATGCTGTTCTAAGAGCAATGGCTAGAGCACTAGAGAGTAC 2391
Query 1679 TGAAGAGGCTTACATGGAAATGGTAGAGAAGTCTCTTGACATAAACCCAGAGCTTGCGCT 1738
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2392 TGAAGAGGCGTACATGGATATGGTAGAGAAGTCTCTTGACATAAACCCAGAGCTCGCGCT 2451
Query 1739 AATGGGTTCATGTGTTCTTGTAATGCTAATGAAGGATCAAGATGTTTACGTGATGAACGT 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2452 AATGGGTTCATGTGTTCTTGTAATGCTAATGAAAGATCAAGATGTTTACGTGATGAACGT 2511
Query 1799 TGGGGATAGTCGGGCTATCTTAGCCCAAGAAAGGCTCCATGATCGTCACTCCAATCCCGG 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2512 TGGGGATAGTCGGGCTATCTTAGCCCAAGAAAGGCTCCATGATCGTCACTCTAATCCTGG 2571
Query 1859 TTTTGGGAATGATGAGGGTATCGGGCATAAGAGTAGGTCTCGAGAATCACTTGTGCGTAT 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572 TTTTGGGAATGATGAGGGTATCGGGCATAAGAGTAGGTCTCGAGAATCACTTGTGCGTAT 2631
Query 1919 GGAACTGGATAGAATATCAGAGGAATCTCCAATACACAACCAAACAACTCCAATCAGTGT 1978
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2632 TGAACTGGATAGAATATCAGAGGAATCTCCAATACACAATCAAGCAACTCCAATCAGTGT 2691
Query 1979 CTCAAACAAAAACAGAGATGTGACCTCATACCGGTTAAAGATGAGAGCAGTTCAACTCTC 2038
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2692 GTCAAACAAAAACAGAGATGTGACCTCTTACCGGTTAAAGATGAGAGCAGTTCAACTATC 2751
Query 2039 AAGTGACCATAGCACAAGTGTGGAAGAGGAAATTTTGCGGATTAGATCTGAACATCCGGA 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2752 AAGTGACCATAGCACAAGTGTGGAAGAGGAAATTTGGCGGATTAGATCTGAACATCCGGA 2811
Query 2099 AGATGACCAGTCCATACTCAAAGATAGAGTAAAAGGCCAACTAAAAGTCACTCGAGCTTT 2158
|||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2812 AGATGACCAGTCGATACTTAAAGATAGAGTCAAAGGCCAACTAAAAGTCACTCGAGCTTT 2871
Query 2159 TGGTGCCGGATTTCTCAAAAAGCCGAATTTCAATGAAGCTTTGCTAGAGATGTTCCAAGT 2218
||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2872 CGGTGCTGGATTTCTCAAAAAGCCAAATTTCAATGAAGCTTTGCTTGAGATGTTCCAAGT 2931
Query 2219 AGAGTATATTGGAACAGACCCGTACATCACCTGTGAACCGTGTACCGTCCATCACAGACT 2278
|||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2932 AGAGTACATTGGAACAGACCCGTACATCACATGCGAACCGTGTACCGTCCATCACAGACT 2991
Query 2279 CACTTCAAGCGATCGTTTCATGGTTTTATCCTCGGATGGATTGTATGAATACTTCAGCAA 2338
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2992 GACTTCAAGCGATCGTTTCATGGTTTTATCCTCGGATGGATTGTATGAATACTTCAGCAA 3051
Query 2339 CGAAGAGGTTGTTGCTCACGTGACTTGGTTCATCGAAAACGTTCCTGAAGGGGATCCTGC 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3052 CGAAGAGGTTGTTGCTCACGTGACTTGGTTCATCGAAAACGTTCCTGAAGGCGATCCTGC 3111
Query 2399 TCAATACCTCATTGCAGAGCTACTCTCTCGTGCAGCCACCAAGAACGGGATGGAGTTTCA 2458
||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3112 TCAATACCTCATTGCAGAGCTTCTCTCTCGTGCTGCCACCAAGAACGGAATGGAGTTTCA 3171
Query 2459 TGATCTGTTGGATATTCCGCAAGGAGATCGAAGGAAGTACCATGATGATGTCTCTGTCAT 2518
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3172 TGATCTGTTGGATATTCCTCAAGGAGATAGAAGGAAGTACCATGATGATGTCTCTGTCAT 3231
Query 2519 GGTTGTGTCACTTGAAGGAAGGATTTGGCGTTCGTCTGGACAATATTATCCAGAGAGAAA 2578
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3232 GGTTGTGTCACTTGAAGGAAGGATTTGGCGCTCGTCTGGACAATATTATCCAGAGAGAAA 3291
Query 2579 ACAAAAATTCAATAGATGAATTAACCAAACACAACCAAAAAA 2620
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3292 ACAAAAATTCAATAGATAAATTAACCAAACACAAAAAAAAAA 3333
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130082883199
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5