BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg935788
Length=3298
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G47980.1 | Symbols: SCC3, ATSCC3 | sister-chromatid cohesion... 5341 0.0
> AT2G47980.1 | Symbols: SCC3, ATSCC3 | sister-chromatid cohesion
protein 3 | chr2:19631259-19636978 FORWARD LENGTH=3644
Length=3644
Score = 5341 bits (2892), Expect = 0.0
Identities = 3127/3240 (97%), Gaps = 17/3240 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 72 GACGGCAGCGGCGGAGAGAATCAGGAGCGCAGCAGCGACCAGA-T-A----GA-G-C-TC 122
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || | | |
Sbjct 249 GACGGAAGCGGCGGAGAGAATCAGGAGCGCAGCAGCGACCAGATTGAGCTCGATGACGAC 308
Query 123 GATTTCCAGGAAACGCGTCCCAAGCCCAAGCGTAGTCGCACCCATCCTCCTCCTCAACAG 182
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 309 GATTTCCAGGAAACCCGTCCCAAGCCCAAGCGTAGTCGCACCCA---TCCTCCTCAACAG 365
Query 183 AATCTCATTGAGGTTGTCAAAGGCAACGGGGATCTTATTTCTAAATCCGTCAAGATTTGG 242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 366 AATCTCATTGAGGTTGTCAAAGGCAACGGGGATCTTATTTCTAAAGCCGTCAAGATTTGG 425
Query 243 GTTGAAAGATATGAACACTCTCCCAGACTTGCCACCACTGAGCTCTTGTCAATGCTCTTT 302
||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 426 GTTGAAAGATATGAAGACTCTCCCAGCCTTGCTACCACTGAGCTCTTGTCAATGCTCTTT 485
Query 303 GAGGCTTGCGGTGCTAAATACTCCATCAAGGAAGATCTGCTTGATGAGACTGATGTCGAT 362
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 486 CAGGCTTGCGGTGCTAAATACTCCATCAAGGATGATCTGCTTGATGAGACTGATGTCGAT 545
Query 363 GATGTTGTCGTTGCCCTTGTTCATCTTGCTAGAACCGGGGAAATTGAAGATTATCAGAGT 422
|||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 546 GATGTTGTCGTTTCCCTTGTTAATCTTGCTAGAGCCGGGGAACTCGAAGATTATCAGAGT 605
Query 423 TCGAGAAAGAAGGAACTCAAGAACTTCAAAGAAAATCTTGTTTCATTCTGGAATGACCTG 482
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||
Sbjct 606 TCCAGAAAGAAGGAACTCAAGAACTTCAAAGAAAATCTTGTTTCCTTCTGGAATAATCTC 665
Query 483 ATTATCGAGTGCCAAAACGGACCATTGTTCGATAAAGTCTTGTTCGACAAGTGCATGGAC 542
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 ATTATCGAGTGCCAAAACGGACCATTGTTTGATAGAGTCTTGTTCGACAAGTGCATGGAC 725
Query 543 TACATTATCGCACTCTCATGTACTCCACCTAGAGTTTACCGTCAAACTGCCACGCTAATG 602
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 726 TACATTATCGCACTGTCATGTACTCCACCCAGAGTTTACCGTCAAACTGCCACGCTAATG 785
Query 603 GGCCTCCAACTAGTCACATCTTTCATTTCTGTTGCAAACACACTCGGTTCACAGCGAGAA 662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 786 GGCCTCCAACTAGTCACATCTTTCATTTCTGTTGCAAACACACTCGGTTCACAGCGAGAA 845
Query 663 ACCACCCAAAGACAATTGAATGCTGAAAGCAAGAAGAGAGCTGACGGCCCTCGTGTGGAG 722
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 846 ACCACCCAAAGACAATTGAATGCTGAAAGCAAGAAGAGAGCTGACGGCCCTCGTGTGGAC 905
Query 723 TCCCTCAACAAAAGGTTGTCTGTTACTCATGAACAGATAACTACACTGGAGGACATGATG 782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 906 TCCCTCAACAAAAGGTTGTCTGTTACTCATGAACAGATAACTACACTGGAGGACATGATG 965
Query 783 CGCAAAATTTTCACTGGGTTGTTTGTACACCGATATCGAGATATTGATAACGATATTCGG 842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 CGCAAAATTTTCACTGGGTTGTTTGTACACCGATATCGAGATATTGATAACGATATTCGG 1025
Query 843 ATGTCATGCATTCAGTCTCTGGGCATTTGGATTTTGTCTTATCCTTCTCTCTTCTTACAA 902
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1026 ATGTCATGCATTCAGTCTCTGGGCATTTGGATTTTGTCTTATCCTTCTCTTTTCTTACAA 1085
Query 903 GATCTGTACTTAAAATATCTTGGATGGACCCTTAATGACAAAAATGCTGGAGTGAGGAAA 962
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1086 GATCTGTATTTAAAATATCTTGGATGGACGCTTAATGACAAAAATGCTGGAGTGAGGAAA 1145
Query 963 GCTTCTCTATTGGCATTGCGAAATCTTTATGAAACGGATGAAAACGTCCCCACGCTTGGT 1022
||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1146 GCTTCTCTATTGGCATTGCAAAAACTTTATGAAATGGATGAAAACGTCCCCACTCTTGGT 1205
Query 1023 CTATTCACTGAGAGATTTTCCAATCGAATGATCGAGATGGCTGATGATGTTGATATGTCT 1082
|| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 CTTTTCACTCAGAGATTTTCCAATCGAATGATCGAGATGGCTGATGATGTTGATATGTCT 1265
Query 1083 GCAGCTGTATGTGCTATAGGGCTTGTAAAGCAACTGCTAAGACACCAGCTGATACCTGAT 1142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 GCAGCTGTATGTGCTATAGGGCTTGTAAAGCAACTGCTAAGACACCAGCTGATACCTGAT 1325
Query 1143 GATGACCTAGGTCCTTTGTACGATTTGCTTATTGATCAACCTCAAGAAATCAGACGTGCG 1202
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326 GATGACCTAGGCCCTTTGTACGATTTGCTTATTGATCAACCTCAAGAAATCAGACGTGCG 1385
Query 1203 ATAGGAGAGTTAGTGTATGACCACTTGATCGCACAGAAGTTTAACAGTTCTCCGTCCAGT 1262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 ATAGGAGAGTTAGTGTATGACCACTTGATCGCACAGAAGTTTAACAGTTCTCCGTCCAGT 1445
Query 1263 CTTACAGGTCATGATGATTCTTCCTCTGAGATCCATATCTTCAGAATGTTACAAATATTA 1322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1446 CTTACAGGTCATGATGATTCTTCCTCTGAGATCCATATCTTCAGAATGTTACAAATATTA 1505
Query 1323 CGGGAGTTTTCCACAGATCCGATTCTAAGTGTTTATGTAATTGATGATGTTTGGGAGTAC 1382
|||||||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1506 CGGGAGTTCTCCACAGATCCGATTTTATGTGTATATGTAATTGATGATGTTTGGGAGTAC 1565
Query 1383 ATGAAGGCCATGAAGGACTGGAAGTGTATCATCTCTATGCTTTTGGATCAGAATCCTCGA 1442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 ATGAAGGCCATGAAGGACTGGAAGTGTATCATCTCTATGCTTTTGGATCAGAATCCTCGA 1625
Query 1443 ACTGGGTCTACTACTGAGGAGGACTCGACAAACTTGATCAGACTTCTGTTTGCGTCAATC 1502
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1626 ACTGGGTCTACTACTGACGAGGACTCGACAAACTTGATCAGACTTCTGTTTGTGTCAATC 1685
Query 1503 AGAAAGGCTGTCGGGGAGAAGATAATTCCTTCAACGGATAATCGAAAGCAGTATCACAGT 1562
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1686 AGAAAGGCTGTCGGGGAGAAGATAATTCCTTCAACGGATAATCGAAAGCAGTATCACAGT 1745
Query 1563 AAAGCTCAGCGAGAAATGTTTGAAAACAACAGGAAAGACATAACGGCGGCCATGATGAAG 1622
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1746 AAAGCTCAGCGAGAAATATTTGAAAACAACAGGAAAGACATAACTGTGGCCATGATGAAG 1805
Query 1623 AATTATCCACAGCTTCTAAGTAAATTCATGGCTGACAAAGCAAAAGTGTCGTCTTTGGTT 1682
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1806 AATTATCCACAGCTTCTACGTAAATTCATGGCTGACAAAGCAAAAGTGTCATCTTTGGTC 1865
Query 1683 GAGATTATTATGTTTATGAAACTTGAGCTCTATTCTCTTAAAAGACAGGAGCAGAGTTTT 1742
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 GAGATTATTATATTTATGAAACTTGAGCTCTATTCTCTTAAAAGACAGGAGCAGAGTTTT 1925
Query 1743 AAGGCTGCCGTCCGACTCATAAAGGATGCTTTTTTCAAACACGGGGAGAAGGAAGCACTA 1802
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1926 AAAGCTGCCGTCCGACTCATAAAGGATGCTTTTTTCAAACACGGGGAGAAGGAAGCACTA 1985
Query 1803 AGATCTTGCGTCAAGGCTATAACATTTTGTGCATCAGAGAGTAAAGGGGAGCTTCAAGAT 1862
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1986 AGATCTTGCGTCAAGGCTATAACATTTTGTGCGTCAGAAAGTAAAGGGGAGCTTCAAGAT 2045
Query 1863 TTTTCCCGTGGGAAGCTTAAAGATCTTGAAGATGAGCTTTTAGATAAGCTCACTTCTGCA 1922
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2046 TTTTCACGTGGGAAGCTTAAAGATCTTGAAGATGAGCTTTTAGATAAGATCACTTCTGCA 2105
Query 1923 ATTAGAGAAGTCAAGGATGGAAATGATGAATACTCCCTCCTTGTCAATCTGAAAAGGTTG 1982
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2106 ATTAGAGAAGTCAAGGATGGAAATGATGAATACTCCCTCCTAGTAAATCTGAAAAGGTTG 2165
Query 1983 TATGAGCTTCAATTGTCCAAGCCTGTGCTTGTTGAGAGCATGTTCGATGAGATTGCTTTG 2042
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2166 TATGAGCTTCAATTGTCAAAGCCTGTGCTTGTTGAGAGCATGTTCGATGAGATTGCTTTG 2225
Query 2043 ACGCTCCATAATTTCAGAAATTTGGACGAAGAGGTTATCTGTTTCCTGCTTATCAATATG 2102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2226 ACGCTCCATAATTTCAGAAATTTGGACGAAGAGGTTATCTGTTTCCTGCTTCTGAATATG 2285
Query 2103 TACATGTATTTGGCGTGGTCTCTGCACTCCATCATAAATTGTGAAGCTATCTCCGAAGCT 2162
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2286 CACATGTATTTGGCGTGGTATCTGCACTCCATCATAAATTGTGAAGCTATCTCTGAAGCT 2345
Query 2163 TCCTTATCTTCCCTTATATCAAAGCGTGATACCCTGTTTGAGGAGCTTTCGTACTTCCTG 2222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2346 TCCTTATCTTCCCTTATATCAAAGCGTGATACCCTGTTTGAGGAGCTTTCGTACTTCCTG 2405
Query 2223 AATGGAATTGAGGAATCGAGGAAATATGGTAATCAGCTATCGCTCAGGATCTGTGCTATA 2282
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2406 AATGGAATTGAGGAATCGAAGAAATATGGTAATCAGCTATCGAACAGGATCTGTGCTATA 2465
Query 2283 CTTGCCGAAACATGGTGTTTGTTTAGAAAGTCAAATTATGACTCGAGTAAACTTGAAAGA 2342
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2466 CTCGCCGAAACATGGTGTTTGTTTAGAAAGTCAAATTATGACTCGGGTAAACTTGAAAGA 2525
Query 2343 TTAGGATACTGTCCCGACAGTGTCTTTCTTGAGAAATTTTGGAAACTCTGTGCAGAAATT 2402
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2526 TTAGGATACTGTCCCGACAGTGTCTTTCTTGAGAAATTTTGGAAACTCTGTGCAGAAATG 2585
Query 2403 TTTAACACTTCAGATGAGACTGATGAGGAGGATGAAAATAAGGAATACATTGAAGAGACA 2462
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2586 TTTAACACTTCAGATGAGACCGATGAGGAGGATGAAAATAAGGAATACATTGAAGAGACA 2645
Query 2463 AACAGAGATGTTGCGGTCATTGGTGCCTGCAAGTTGGTTACCAGTGATGTAGTGCCAAAG 2522
|||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||| | |||||||| || ||||||
Sbjct 2646 AACAGAGATGTTTCAGTCATTGCTGCCTGCAAGTTGGTTGCTAGTGATGTGGTTCCAAAG 2705
Query 2523 GATTATCTAGGACCAGAGATAATATCGCATTTTGGTATGCATGGACCTGGTGTGACAGGC 2582
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2706 GATTATCTAGGACCAGAGATCATATCGCATCTTGGTATGCATGGACCTGGTGTAACAGGC 2765
Query 2583 ATCATAAAGAATCTTATTACATGCTTAAGGAAAAAAGAAGATGACATCTCTAATATCTAT 2642
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2766 ATCATAAAGAATCTTATTACATTCTTAAGGAAAAAAGAAGATGACATCTCTAATATCTAT 2825
Query 2643 CTGGAATCCTTGAAAAGGGCCTATCACCGGTATTCAAGTGAAGTTTCTAGTGGCTC-TGA 2701
|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||
Sbjct 2826 CTCGAATCCTTGAAACGGGCCTATCACCGGTATTCAAGTGAACTTTCTAGTGGC-CGTGA 2884
Query 2702 AGAATCCAGAGTAGAGAAATGTCTTGAAGTGTGCCGGGAGCTTGCAGGTGGGCTCTCAGG 2761
||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2885 AGAATCCAGAGTAGATAAATGTCTTGAAGAGTGGCGGGAGCTTGCAGGTGGGCTCTCAGG 2944
Query 2762 AATGTATATCGGGGCTGCGCGCAACAAATACAGATTGGAGATTTTGAGTGTGGTCAAGGA 2821
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 2945 AATGTATATCGGGGCTGCGCGCAACAAATACAGATTGGAGATATTGAGTGTGGTGAAGGA 3004
Query 2822 AGGTGTTGAGTTTGCTTTTAGGGACGCCCCAAAGCAACTGTTGTTTCTGGAAGTTGCTAT 2881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3005 AGGTGTTGAGTTTGCTTTTAGGGACGCCCCAAAGCAACTGTTGTTTCTGGAAGTTGCTAT 3064
Query 2882 CCTTCCATTTGCAACCAGACTTTCAGTGCCTGACATCATTGACATTAAGAAGGACGTTCA 2941
||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3065 CCTTCCATTTGCAACCAGACTCTCAGTGTCTGACATCATTGACATTAAGAAGGACGTTCA 3124
Query 2942 AGGGCGTATAGTGCATGTTAATACAGACGAAGATCCCAGCGGATGGCGTCCTTGCTTCAC 3001
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3125 GGGGCGTATAGTGCATGTTAATACAGACGAAGATCCCAGTGGATGGCGTCCTTGCTTCAC 3184
Query 3002 CTTCTTGGAAACCTTGGAGGAGAAATGCTTGAAAAACGAGGATTTACAAGACGACAAGGA 3061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3185 CTTCTTGGAAACCTTGGAGGAGAAATGCTTGAAAAACGAGGATTTACAAGACGACAAGGA 3244
Query 3062 AGCAGCAACTGTAAGACGCAGGGGACGGCCAAGAAAACGTCCGGAAACAGAGCGAAAGAG 3121
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3245 AGCAGCAAATGTAAGACGCAGGGGACGGCCAAGAAAACGTCCGGAAACAGAGCGAAAGAG 3304
Query 3122 ACTGTTTGATGAGCAAAGTGGAAGCGATGAGGATGAGTCTATTAGTGGTGGGTCAGACAG 3181
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3305 ACTGTTTGATGAGCAAAGTGGAAGCGATGAGGATGAGTCTATTAGTGGCGGGTCAGACAG 3364
Query 3182 AGAAGATAAGCTAGATGAGGACGCTCCTCTAATCGAGACGATTAGATCGGCTGCCAGACG 3241
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3365 AGAAGATAAGCTCGACGAGGACGCTCCTCTAATCGAGACAATTAGATCGGCTGCCAGACG 3424
Query 3242 GAAAGCGCTCAGGGGTGAACGGTCCAAGGGACACTGACG--GG-TAAAACATTTATCAAT 3298
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 3425 GAAAGCGCTCAAGGGTGAACGGTCCAAGGGACACTGACGACGGGTAAAACATTTATCAAT 3484
Score = 93.5 bits (50), Expect = 1e-17
Identities = 54/56 (96%), Gaps = 0/56 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 ACACCATGGAAGACAGTCCTCAAGGCCTAAAAAGGAGTAGAGATCGGGATCAGGAT 71
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 160 ACACCATGGAAGACAGTCCTCAAGGCCTTAAAAGGAGTAGAGATCCGGATCAGGAT 215
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 164096070553
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5