BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg935895
Length=1723
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G01740.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 2599 0.0
> AT2G01740.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr2:326136-327815 REVERSE LENGTH=1680
Length=1680
Score = 2599 bits (1407), Expect = 0.0
Identities = 1591/1682 (95%), Gaps = 4/1682 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 ATGGTCAAAGAAGCTCTTCAATTTCTCTCTCGGCTGAGAAAATCCTCGAATCTCCCAGAC 83
||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTCAGAGAAGCTCTTCAATTTCTTTCTCGCCTGAGAAAATCCTCGAATCTCCCAGAC 60
Query 84 CCAGTCACTTGTAACAAGCATATTCATCAGCTAATCAATTCCAATTGCGGCGCTCTCTCT 143
||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 61 CCATTCACCTGCAACAAGCATATTCATCAGCTAATCAATTCCAATTGCGGCATTCTATCT 120
Query 144 CTCAAATTCTTAGCTTACTTAGTCTCCAGAGGTTACGCTCCTCATCGTTCTTCATTCAAT 203
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CTCAAATTCTTAGCTTACTTAGTCTCCAGAGGTTACACTCCTCATCGTTCTTCATTCAAT 180
Query 204 TCGGTCGTATCTTTTGTTTGTAAATTAGGGCAAGTTAAATTCGCTGTAGATATCGTCCAC 263
||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 181 TCGGTCGTATCGTTTGTTTGTAAACTAGGGCAAGTTAAATTCGCTGAAGATATCGTTCAC 240
Query 264 TCGATGCCTAGATTTGGGTGTGAACCAGATGCTATATCTTATAACTCTCTCATTGATGGG 323
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCGATGCCTAGATTCGGGTGTGAACCAGATGTTATATCTTATAACTCTCTCATTGATGGG 300
Query 324 CATTGTAGAAATGGCGATATTAGAAGTGCTTGTTTGGTTTTAGAGAGTTTAAGAGCCTCT 383
|||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CATTGTAGAAATGGAGATATCAGAAGTGCTAGTTTGGTTTTAGAGAGTTTAAGAGCCTCT 360
Query 384 TATGGGTTTACCTGCAAGCCTGACATAGTTAGTTTTAATACTTTGTTTAATGGGTTTAGC 443
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 361 CATGGGTTTATCTGCAAGCCTGACATAGTTAGTTTTAATTCTCTGTTTAATGGGTTTAGC 420
Query 444 AAGATGAAGATGTTAGATGAGGTTTTTGTGTATATGGGTGTTATGTTGAAGTGTTGTTCG 503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AAGATGAAGATGTTAGATGAGGTTTTTGTGTATATGGGTGTTATGTTGAAGTGTTGTTCG 480
Query 504 CCGAATGTTGTTACTTATAGTACTTGGATCGACACGTTCTGCAAATCCGGGGAGTTGAAG 563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 481 CCGAATGTTGTTACTTATAGTACTTGGATCGACACGTTCTGCAAATCCGGGGAGTTGCAG 540
Query 564 TTGGCGTTGAAGAGTTTTGACTGTATGAAGAGAGATGCTTTATCTCCAAATGTGGTTACT 623
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TTGGCGTTGAAGAGTTTTCACTCTATGAAGAGAGATGCTTTATCTCCAAATGTGGTTACT 600
Query 624 TTCACTTGTTTGATTGATGGGTTCTGTAAAGCTGGTGACTTGGAGGTTGTGGTTTCGTTA 683
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 601 TTCACTTGTTTGATTGATGGGTACTGTAAAGCTGGTGACTTGGAGGTTGCGGTTTCGTTA 660
Query 684 TACGAAGAAATGAGGCGCGTTCGGATGTCTTTGAATGTTGTCACTTATACTGCTTTGATA 743
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 661 TACAAAGAAATGAGACGCGTTCGGATGTCTTTGAATGTTGTTACTTATACTGCTTTGATA 720
Query 744 GATGGTTTCTGCAAGAAAGGGGAAATGCAGAGAGCTGAGGGAATGTATTTGCGGATGCTC 803
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 721 GATGGTTTCTGCAAGAAGGGGGAAATGCAGAGAGCTGAGGAAATGTATTCAAGGATGGTC 780
Query 804 GAGGATAGAGTTGAGCCAAATTCTCTTGTATACACAACAATTATCGATGGGTTTTTTCAG 863
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 781 GAGGATAGAGTTGAGCCAAACTCTCTTGTATACACTACGATTATCGATGGTTTTTTTCAG 840
Query 864 AGAGGAGATTCTGATAATGCCATGAAGTTTCTGGCCAAAATGCTCAATCAAGGGATGAGA 923
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGAGGAGATTCGGATAATGCCATGAAGTTTCTGGCCAAAATGCTCAATCAAGGGATGAGA 900
Query 924 CTTGATATAACAGCTTACGGCGTAATCATATCAGGCCTTTGCGGTATTGGTAAACTAAAG 983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 901 CTTGATATAACAGCTTACGGCGTAATCATATCAGGCCTTTGTGGTAATGGTAAACTAAAG 960
Query 984 GAGGCAACAGAGATTGTAGAAGATATGGAGAAAGGTGATTTAGTTCCTGACATGATGATT 1043
|||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 961 GAGGCAACTGAGATTGTAGAAGATATGGAGAAAAGTGATTTAGTTCCTGATATGGTGATT 1020
Query 1044 TTTACTACAATGATGAATGCATATTTTAAATCCGGGCGCATGAAGGCTGCAGTTAACATG 1103
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1021 TTTACTACAATGATGAATGCATATTTTAAATCCGGACGCATGAAGGCTGCGGTTAACATG 1080
Query 1104 TACCACAAATTAATTGAGAGAGGCTTTGAGCCAGATGTTGTAGCTCTTTCGACTATGATC 1163
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TACCACAAATTAATTGAGAGAGGCTTTGAGCCCGATGTTGTAGCTCTTTCGACTATGATC 1140
Query 1164 GATGGGATTGCGAAGAATGGACAACTACATGAAGCTATA-TCTTATTTCTGTACAGAGAA 1222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||
Sbjct 1141 GATGGGATTGCGAAGAATGGACAACTACATGAAGCTATAGT-TTATTTCTGTATAGAGAA 1199
Query 1223 AGCTAATGATGTTATGTACACCGTGCTTATTGATGCTTTGTGCAAAGAAGAAGACTTTAT 1282
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1200 AGCTAATGATGTTATGTACACTGTGCTTATTGATGCTTTGTGCAAAGAAGGAGACTTTAT 1259
Query 1283 AGAAGTTGAGAGATTGTTTAGCAAAATTTCAGAGGCTGGACTTGTTCCAGATAAGTTCAT 1342
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AGAAGTTGAGAGATTGTTTAGTAAAATCTCAGAGGCTGGACTTGTTCCAGATAAGTTCAT 1319
Query 1343 GTACACTTCTTGGATAGCTGGTTTGTGTAAGCAAGGGAATTTGGTGGATGCGTTTAAGTT 1402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GTACACTTCTTGGATAGCTGGTTTGTGTAAGCAAGGGAATTTGGTGGATGCGTTTAAGTT 1379
Query 1403 AAAAACCAAAATGGTTCAAGAGGGCCTTGAGCTGGATTTGTTTGCGTACACAACATTGAT 1462
|||||||| ||||||||| || || ||| ||| |||||||| || || || ||||||||
Sbjct 1380 AAAAACCAGAATGGTTCAGGAAGGTCTTTTGCTTGATTTGTTAGCCTATACTACATTGAT 1439
Query 1463 TTATGGGTTAACTAGCAAGGGTTTGATGGTTGAGGCTAGACAAGTTTTCGATGAAATGTT 1522
||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TTACGGGCTAGCTAGCAAGGGTTTGATGGTTGAGGCAAGACAAGTTTTCGATGAAATGTT 1499
Query 1523 GAGA-AGCAGAGTATGTCCTGATTCGGCTGTTTTTGATCTATTGATTAGAGCATATGAAA 1581
|| | ||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1500 GA-ATAGCGGAATAAGTCCTGATTCGGCTGTTTTTGATCTCTTGATTAGAGCTTATGAAA 1558
Query 1582 AGGAGGGAAACATGACCGCTGCTTCGGATTTGCTTCTCGATATGCAAACAAGAGGGCTTG 1641
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||
Sbjct 1559 AGGAGGGAAACATGGCCGCTGCTTCGGATTTGCTTCTTGATATGCAGAGAAGGGGGCTTG 1618
Query 1642 CAAGAGCAGTAAGTGATGCGGATTGCAGCAAACAATGTGACAATGAAGTGAGCTGTTCTT 1701
|| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |
Sbjct 1619 TAACAGCAGTAAGTGATGCGGATTGCAGCAAACAGTGTGGCAATGAAGTGAACTGTTCGT 1678
Query 1702 GA 1703
||
Sbjct 1679 GA 1680
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 85190324865
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5