BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg936540
Length=3436
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G27730.1 | Symbols: RCK, MER3 | ATP binding;ATP-dependent he... 5430 0.0
> AT3G27730.1 | Symbols: RCK, MER3 | ATP binding;ATP-dependent
helicases;DNA helicases | chr3:10273801-10280362 REVERSE LENGTH=3702
Length=3702
Score = 5430 bits (2940), Expect = 0.0
Identities = 3282/3447 (95%), Gaps = 24/3447 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 TCAAATTAGCATTGGTCATGGATACACACACGCTAAAATCCGTCTCAGATTTGCCTGGAA 63
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 133 TCAAATTAGCATTGGTCATGGATACACACACGCTCAAATCTGTCTCAGATTTGCCTGGAA 192
Query 64 ATTTCCGTTCAGCTTTTAGTTTCAGATACTTTAACTCGCTGCAGAGTGAGTGTTTTCCAC 123
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 193 ATTTCCGTTCAGCTTTCAGTTTCAGATACTTTAACTCGCTGCAGAGCGAGTGCTTTCCGC 252
Query 124 TGTGCTTCCACTCCGATATCAACATGGTTATTTCAGCGCCAACGGGAAGTGGTAAAACCG 183
| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 253 TTTGCTTTCACTCCGATATCAACATGATTATTTCTGCGCCAACGGGAAGTGGTAAAACTG 312
Query 184 TACTTTTTGAG-TTATGCATTTTGAGGCTCCTT-TCAAAGTCCATAGCTAAGGAAGGAAT 241
||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 313 TACTTTTTGAGCTT-TGCATTTTGAGGCT-CTTCTCAAAGTCCATCTCTAAGGAAGGAA- 369
Query 242 G-TTTCTCCATGCTAAAGGAGCTCTTAAAGCAGTTTACATATCTCCGTCCAAGGCTTTAG 300
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 370 GTTTTCTCCATGCTAAAGGAGCTCTTAAAACAGTTTACATATCTCCGTCTAAGGCTTTAG 429
Query 301 TTCAGGAGAAGCTGCGTGATTGGAATCAAAAGTTTAATTCATGGGGAATCAGTTGTTTGG 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 430 TTCAGGAGAAGCTGCGTGATTGGAATCAAAAGTTCAATTCATGGGGAATCAGTTGTTTGG 489
Query 361 AGCTGACTGGTGATAATGAAACCTACAGCAC-AAGGAATATACAAGACGCAGATATAATC 419
||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 490 AGCTGACAGGTGATAATGAAACCTACAGCACTAA-GAATATACAAGACGCAGATATTATC 548
Query 420 TTGACTACACCTGAGAAATTTGATGCAGTGAGCCGTTATCGCGTTACCAGTGGAGGCTTA 479
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 549 TTGACCACACCTGAGAAATTTGATGCAGTAAGCCGTTATCGTGTTACCAGTGGAGGATTA 608
Query 480 GGTTTCTTCAGTGATATTGCGCTTGTGCTCATTGATGAAGTTCACCTACTGAATGATCCG 539
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 GGTTTCTTCAGCGATATTGCGCTTGTGCTCATTGATGAAGTTCACCTACTGAATGATCCG 668
Query 540 CGTGGAGCTGCTCTTGAGGCAATAGTCAGTAGAATAAAGATTCTTTCTAGCAATCATGAA 599
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 CGTGGAGCTGCTCTTGAGGCAATAGTCAGTAGATTAAAGATTCTTTCTAGCAATCATGAA 728
Query 600 CTAAGGTCAAGTCCTCTAGCCTCCGTGCGTCTTCTGGCTGTCTCAGCTACTATCCCAAAC 659
|||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 729 CTAAGGTCAAGTACTTTAGCCTCTGTGCGTCTTCTGGCTGTCTCAGCTACTATCCCAAAC 788
Query 660 ATTGAGGATTTAGCTGAATGGCTCAAGGTTCCTACTGCAGGAATTAAGAGGTTTGGCGAA 719
||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 789 ATTGAAGATCTAGCTGAATGGCTCAAGGTTCCTACTGCAGGAATTAAGAGGTTTGGCGAA 848
Query 720 GAAATGAGACCTGTTAAGTTGACAACTAAAGTTTTTGGTTATGCTGCTGCCAAGAATGAC 779
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 849 GAAATGAGACCTGTTAAGTTGACAACGAAAGTTTTTGGTTATGCTGCTGCCAAGAATGAC 908
Query 780 TTCCTCTTTGAAAAGCGCCTTCAAAACTATATTTATGACATTTTAATGCAATACTCAAAA 839
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 TTCCTCTTTGAAAAGCGCCTCCAAAACTATATTTATGACATTTTAATGCAATACTCAAAA 968
Query 840 GGAAAATCTGCCTTAGTTTTCTGCTCGACACGAAAAGGCGCTCAAGAGGCTGCACAAAAG 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 969 GGAAAATCTGCCTTAGTTTTCTGCTCGACACGAAAAGGCGCTCAAGAGGCTGCACAAAAG 1028
Query 900 CTTGCTCAGACTGCAATGACCTATGGTTACTCAAATCCATTTATTAAAAGCAGAGAACAG 959
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029 CTAGCTCAGACTGCAATGACCTATGGTTACTCAAATCCATTTATTAAAAGCAGAGAACAA 1088
Query 960 CTGGAAAGATTAAGGGAGGCTTCGCCAATGTGCAGTGACAAACAAATGCAATCATATATC 1019
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1089 CTGGAACGATTAAGGGAGGCTTCGCCGATGTGCAGTGACAAACAAATGCAATCATATATC 1148
Query 1020 CTCCAAGGCGTTGGTTATCACAATGGTGGACTTTGCCAAAAGGACCGCAGCCTCGTAGAA 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1149 CTCCAAGGCGTTGGTTATCACAATGGTGGACTTTGCCAAAAGGACCGCAGCCTCGTAGAA 1208
Query 1080 GGGCTCTTCCTTAATGGAGATATCCAGGTTATCTGCACGACCAACACTCTTGCCCATGGA 1139
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1209 GGGCTCTTCCTGAATGGAGATATCCAAGTTATCTGCACGACCAACACTCTTGCCCATGGA 1268
Query 1140 ATCAACCTGCCTGCACATACAGTCGTCATAAAATCAACTCAACATTTCAACAAGGAAAAA 1199
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 ATCAACCTGCCTGCACATACAGTGGTCATTAAATCAACTCAACATTTCAACAAGGAAAAA 1328
Query 1200 GGTCACTACATGGAATATGATCGTTCCACACTACTACAGATGTGTGGCAGGGCTGGTCGG 1259
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1329 GGTCACTACATGGAATATGATCGTTCCACTCTACTACAGATGTCTGGCAGGGCTGGTCGG 1388
Query 1260 CCTCCATTTGATGACACGGGAATGGTTATTATTATGACCAGAAGAGAGACGGTCCATCTG 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 CCTCCATTTGATGACACGGGAATGGTTATTATTATGACGAGAAGAGAGACGGTCCATCTA 1448
Query 1320 TATGAGAATCTCTTGAATGGATGTGAGGTTGTTGAATCACAATTGCTGCCATGCTTAATA 1379
||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 TATGAGAATCTCTTGAATGGATGCGAAGTTGTTGAGTCACAATTGCTGCCATGCTTAATA 1508
Query 1380 GAGCACCTAACCACAGAAATAGTTCAACTTACTATCTCTGACATTACACGGGCAATTGAG 1439
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1509 GAGCACCTAACCGCAGAAATAGTGCAACTTACTATCTCTGACATTACACGGGCAATTGAG 1568
Query 1440 TGGATGAAGTGCTCATACCTGTATGTCAGAATGAAAAAGAATCCAGAGAATTATGCTATT 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1569 TGGATGAAGTGCTCATACCTGTATGTCAGAATGAAAAAGAATCCGGAGAATTATGCTATT 1628
Query 1500 AAGAAAGGAATTCCGAAAGATCAAGTAGAGAAGCATTTGCAAGAGCTTTGCCTTCAGAAG 1559
|| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 AAAAAAGGAATTCCTAAAGATCGGGTAGAGAAGCATTTGCAAGAGCTTTGCCTTCAGAAG 1688
Query 1560 ATCAATGAGCTTTCACAATATCAGATGATCTGGACTGACACAGACGGTTTTGTTTTGAAA 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 ATCAATGAGCTTTCACAATATCAGATGATCTGGACTGACACAGACGGTTTTGTTTTGAAA 1748
Query 1620 CCAGAAGAGCCCGGAAGGCTGATGACAAAGTATTATCTAAAGTTTGACACAATGAAGTAC 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1749 CCAGAAGAGCCCGGAAGGCTGATGACAAAGTATTATCTAAAGTTTGAAACAATGAAGTAC 1808
Query 1680 ATTATTAATGCGCCAACGGGCTATAGCTTGGATGAGGCTCTTCATATTGTGTGTCGTGCT 1739
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1809 ATTATTAATACGCCAACGAGCTATAGCTTGGATGAGGCTCTTCATATTGTATGTCATGCT 1868
Query 1740 GAAGAGATATCTTGGATACAGCTCAGACGCAATGAGAAGAAGACCTTAAATGATGTAAAT 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1869 GAAGAGATATCTTGGATACAGCTCAGACGCAATGAGAAGAAGACCTTAAATGATGTAAAT 1928
Query 1800 GCAGATAAAGAAGGGCGGCTCAGATTCCACATCAACGATAATAAAGGAAAGCGGAAAAAA 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1929 GCAGATAAAGAAGGGCGGCTCAGATTCCACATCAACGATAATAAAGGAAAGCGGAAAAAA 1988
Query 1860 CGCATCCAAACCAGAGAAGAGAAACTATTTGTGCTTGCAAATGATTGGTTGACTGGGGAT 1919
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1989 CGTATCCAAACCAGAGAAGAGAAACTCTTTGTGCTTGCAAATGATTGGTTGACTGGGGAT 2048
Query 1920 CCTTCAGTGCATGATTTATCCATGACTCAGGATGCTAACTCTATTTGCTCGAATGGATCC 1979
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2049 CCTTCAGTCCATGATTTATCCATGACTCAGGATGCTAACTCTATTTGCTCGAACGGATCC 2108
Query 1980 AGAATAGCGAGATGCATGAAAGAGTACTTTATATACAAAAAGAATTATAAAGGAACGATT 2039
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2109 AGAATAGCCAGATGCATGAAAGAGTACTTTATATACAAAAAGAATTATAAAGGAACTCTT 2168
Query 2040 AGCTCAACTCTTCTGGCAAAATCACTCTATCAAAAGCTGTGGGACGACAGTCCATATTTG 2099
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2169 AGCTCAACTCTTCTTGCAAAATCACTCTATCAAAAGCTCTGGGACGACAGTCCATATTTG 2228
Query 2100 TTGAAACAATTGCCTGGCATTGGAATGGTTACTGCGAAGGCACTTCATTCAATGGGAGTC 2159
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2229 CTGAAACAATTGCCTGGCATTGGAATGGTTACAGCTAAGGCACTTCATTCGATGGGAGTC 2288
Query 2160 AGGTCATTTGAAGCTCTTTCTGAAGCTGATCCACGAAGGATAGAGATTGTTACCGGTCGA 2219
|||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2289 AGGTCATTTGAAGCTCTTGCAGAAGCTGATCCGCGAAGGATAGAGATTGTTACCGGCCGA 2348
Query 2220 AAATATCCTTTCGGAAATACCATCAAGGAGTCTCTATCATCCCTACCTCCAAAAGTTGAA 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2349 AAATATCCTTTCGGAAATACCATCAAGGAGTCTCTATCATCACTACCTCCAAAAGTTGAA 2408
Query 2280 ATCAAGGTCCAGGAAGTTGACTGCCAGAAGCAAGGGATATCTAAACTAGCAGTCACATTG 2339
||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2409 ATCAAGGTCGAGGAAGTGGACTGTCAGAAGCAAGGGATATCTAAACTAGCAGTCACATTG 2468
Query 2340 ACACGGCTATCACAACCTCTCCAATCCACAAAACGCCATTATGCTGACATGATTGTTGGT 2399
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||
Sbjct 2469 TCACGGGTATCACAACCTCTCCAATCCACAAAACGCCACTACGCTGACTTGATTGTTGGT 2528
Query 2400 TCAGAGGAAGAGAATCGTATTCACTTTCATGAGAAAATAAGAATGGAGGACTTCTCCAGT 2459
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2529 TCAGAGGAAGAGAATCTTATCCACTTTCATGAGAAAATAAGAATGGAGGACTTCTCCAGT 2588
Query 2460 CCATATAACGTAACCATACTCCTGGAAAGGCCTCATCAACAAGCAAAGGTGACTGTGAAG 2519
|| |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2589 CCCTATAGCGTAACCGTACTCTTGGAAAGGCCTCATCAACAAACAAAGGTGACTGTGAAG 2648
Query 2520 GCTGATCTCATCTTCGAAGAATACATTGGTATTGACCTCCATGAAACACTTCTACTCAAG 2579
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2649 GCTGATCTCATCTTTGAAGAATACATTGGTATTGACCTCCACGAAACACTTCTACTGAAG 2708
Query 2580 AAGGCAAACAACAACAAAATAAACTACAAAAGCGAAAACAGGCTGCCTCACTATTATCCT 2639
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 2709 AAGGCAAACAACAACAAAGTAAATTACAAAAGCGAAAACAGGATGCCTCAGTATTATCCT 2768
Query 2640 CCTATGGTG-GCTGCCTGCGTAGTAGATGA---CAACCCAGTTACATCTGGACCTTCAAA 2695
||||||| | ||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2769 CCTATGGCAAG-TGCCTGCATAGCAGATGATGACAACCCAGTTACATCTGGACCTTCAAA 2827
Query 2696 CCGAAAGGATAAAAAAGATGATATGCCTAGTTTCAAACTCATAGATGAGGATTCAGAAGA 2755
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2828 CCGAAAGGATAAAAAAGATGATATGCCTAGTTTCAAGCTCATCGATGATGATTCAGAAGA 2887
Query 2756 AGAGAAAGAACCCTATGTGACGATGGAAGAAGATGACTGTGTCATTATCAATGAACATAC 2815
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2888 AGAGAAAGAGCCCTATGTGACAATGGAAGAAGATGACTGTGTCATTATCAATGAACATAC 2947
Query 2816 AGTCTTTGACCACATACGTGAAAAAGCAAAGTGTTTTCCTTCATTGAACACTTTGAATCC 2875
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2948 AGTCTTTGACCACATACGTGAAAAAGCTAAGTGTTTTCCTTCATTGAACCCTTTGAATCC 3007
Query 2876 GACCACCTCTCCGGCATCAGGAAAATCAAATCTGAAAAGGAAAAGCTTAGTGGACAAG-- 2933
||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3008 AACCTCCTCTCCAGCATCAGGAAAATCAATTCTGAAAAGGAAAAGCTTAGTGGAGAATAA 3067
Query 2934 T-CTCCTGAACTGGATCCTCTATTTCAGTATGATTCTGTCTTTGACTTACCTACAAATAC 2992
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3068 TTCTCCTGAACTGGATCCTCTATTTCAGTATGATTCTGTGTTTGACTTACCTACAAATAC 3127
Query 2993 TAAAGACGTCAAACAAAGCGCACAGCAAATTACTAAGCC-GGGTTATGCAAGCTTTGCAG 3051
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3128 TAAAGACATCAAACAAAGCGCACAGCAAATTACTA-GCCCGGGTTATGCAAGCTTTGCAG 3186
Query 3052 AGAAAACTGAAACAGAAAGGCCATTCTCAGATGAAACAATATTCAACTACATAAGGAAAA 3111
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3187 AGAAAACTGAAACAGAAAGACCATTCTCAGATGAAACAATATTTAACTACATAAGGAAAA 3246
Query 3112 GGTCCAAGAATTCCCCGGTC-CTCGCCACATC-AAAACTCGAGGATCCCATAACCATTTC 3169
||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||
Sbjct 3247 GGTCCAAGAATTCTCCGG-CACTCGCCACATCGAAAA-TCGAGAATCCTATAACCATTTC 3304
Query 3170 TTCTCAAGAAGGAAGAAACGCAGAGATAAGTCCGTATAGAGCTTACGGATTATTGGTTAG 3229
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||||||||||
Sbjct 3305 TTCTCAAGAAGGAAGAAACGCAGAGATAAGCCCGTATAGAACATATGGATTATTGGTTAG 3364
Query 3230 TCCTGCTACTAAAAAGCCAAGGATCACATCTGATGCACCTTCAGAAATTTTGCCCTTTGA 3289
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 3365 CCCTGCTACTAAAATTCCAAGGATCACATCTGATGCACCTTCAGAAATTCTGTCCTTTGA 3424
Query 3290 TATCTCGATGGTGAAGAGAAGTGGCACGAACTTAGAGCAGGAGAAAAG-ACTCTGCTCGA 3348
|||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| | |||| | |||||||||
Sbjct 3425 TATCTCGATGGTAAAGAGAAGTGACACGAGCTTAGAGCAG-ACTAAAGGATTCTGCTCGA 3483
Query 3349 CATTTGCAGGTAAGTCCAATGTCTCTGATTCTTTTCTTGGATTTAAAAGTATCTTCTCTT 3408
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3484 CACTTGCAGGTAAGTCCAATGTCTCTGATTCTTTTCTTGGATTTAAAAGCATCTTCTCTT 3543
Query 3409 TTCTGTGACTTTCGCATATACATACCA 3435
||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 3544 TTCTGTGACTTTCTCATATACATGCCA 3570
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 171019108687
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5