BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg936540 Length=3436 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G27730.1 | Symbols: RCK, MER3 | ATP binding;ATP-dependent he... 5430 0.0 > AT3G27730.1 | Symbols: RCK, MER3 | ATP binding;ATP-dependent helicases;DNA helicases | chr3:10273801-10280362 REVERSE LENGTH=3702 Length=3702 Score = 5430 bits (2940), Expect = 0.0 Identities = 3282/3447 (95%), Gaps = 24/3447 (1%) Strand=Plus/Plus Query 4 TCAAATTAGCATTGGTCATGGATACACACACGCTAAAATCCGTCTCAGATTTGCCTGGAA 63 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 133 TCAAATTAGCATTGGTCATGGATACACACACGCTCAAATCTGTCTCAGATTTGCCTGGAA 192 Query 64 ATTTCCGTTCAGCTTTTAGTTTCAGATACTTTAACTCGCTGCAGAGTGAGTGTTTTCCAC 123 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | Sbjct 193 ATTTCCGTTCAGCTTTCAGTTTCAGATACTTTAACTCGCTGCAGAGCGAGTGCTTTCCGC 252 Query 124 TGTGCTTCCACTCCGATATCAACATGGTTATTTCAGCGCCAACGGGAAGTGGTAAAACCG 183 | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | Sbjct 253 TTTGCTTTCACTCCGATATCAACATGATTATTTCTGCGCCAACGGGAAGTGGTAAAACTG 312 Query 184 TACTTTTTGAG-TTATGCATTTTGAGGCTCCTT-TCAAAGTCCATAGCTAAGGAAGGAAT 241 ||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 313 TACTTTTTGAGCTT-TGCATTTTGAGGCT-CTTCTCAAAGTCCATCTCTAAGGAAGGAA- 369 Query 242 G-TTTCTCCATGCTAAAGGAGCTCTTAAAGCAGTTTACATATCTCCGTCCAAGGCTTTAG 300 | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 370 GTTTTCTCCATGCTAAAGGAGCTCTTAAAACAGTTTACATATCTCCGTCTAAGGCTTTAG 429 Query 301 TTCAGGAGAAGCTGCGTGATTGGAATCAAAAGTTTAATTCATGGGGAATCAGTTGTTTGG 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 430 TTCAGGAGAAGCTGCGTGATTGGAATCAAAAGTTCAATTCATGGGGAATCAGTTGTTTGG 489 Query 361 AGCTGACTGGTGATAATGAAACCTACAGCAC-AAGGAATATACAAGACGCAGATATAATC 419 ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 490 AGCTGACAGGTGATAATGAAACCTACAGCACTAA-GAATATACAAGACGCAGATATTATC 548 Query 420 TTGACTACACCTGAGAAATTTGATGCAGTGAGCCGTTATCGCGTTACCAGTGGAGGCTTA 479 ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 549 TTGACCACACCTGAGAAATTTGATGCAGTAAGCCGTTATCGTGTTACCAGTGGAGGATTA 608 Query 480 GGTTTCTTCAGTGATATTGCGCTTGTGCTCATTGATGAAGTTCACCTACTGAATGATCCG 539 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 609 GGTTTCTTCAGCGATATTGCGCTTGTGCTCATTGATGAAGTTCACCTACTGAATGATCCG 668 Query 540 CGTGGAGCTGCTCTTGAGGCAATAGTCAGTAGAATAAAGATTCTTTCTAGCAATCATGAA 599 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 669 CGTGGAGCTGCTCTTGAGGCAATAGTCAGTAGATTAAAGATTCTTTCTAGCAATCATGAA 728 Query 600 CTAAGGTCAAGTCCTCTAGCCTCCGTGCGTCTTCTGGCTGTCTCAGCTACTATCCCAAAC 659 |||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 729 CTAAGGTCAAGTACTTTAGCCTCTGTGCGTCTTCTGGCTGTCTCAGCTACTATCCCAAAC 788 Query 660 ATTGAGGATTTAGCTGAATGGCTCAAGGTTCCTACTGCAGGAATTAAGAGGTTTGGCGAA 719 ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 789 ATTGAAGATCTAGCTGAATGGCTCAAGGTTCCTACTGCAGGAATTAAGAGGTTTGGCGAA 848 Query 720 GAAATGAGACCTGTTAAGTTGACAACTAAAGTTTTTGGTTATGCTGCTGCCAAGAATGAC 779 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 849 GAAATGAGACCTGTTAAGTTGACAACGAAAGTTTTTGGTTATGCTGCTGCCAAGAATGAC 908 Query 780 TTCCTCTTTGAAAAGCGCCTTCAAAACTATATTTATGACATTTTAATGCAATACTCAAAA 839 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 909 TTCCTCTTTGAAAAGCGCCTCCAAAACTATATTTATGACATTTTAATGCAATACTCAAAA 968 Query 840 GGAAAATCTGCCTTAGTTTTCTGCTCGACACGAAAAGGCGCTCAAGAGGCTGCACAAAAG 899 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 969 GGAAAATCTGCCTTAGTTTTCTGCTCGACACGAAAAGGCGCTCAAGAGGCTGCACAAAAG 1028 Query 900 CTTGCTCAGACTGCAATGACCTATGGTTACTCAAATCCATTTATTAAAAGCAGAGAACAG 959 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1029 CTAGCTCAGACTGCAATGACCTATGGTTACTCAAATCCATTTATTAAAAGCAGAGAACAA 1088 Query 960 CTGGAAAGATTAAGGGAGGCTTCGCCAATGTGCAGTGACAAACAAATGCAATCATATATC 1019 |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1089 CTGGAACGATTAAGGGAGGCTTCGCCGATGTGCAGTGACAAACAAATGCAATCATATATC 1148 Query 1020 CTCCAAGGCGTTGGTTATCACAATGGTGGACTTTGCCAAAAGGACCGCAGCCTCGTAGAA 1079 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1149 CTCCAAGGCGTTGGTTATCACAATGGTGGACTTTGCCAAAAGGACCGCAGCCTCGTAGAA 1208 Query 1080 GGGCTCTTCCTTAATGGAGATATCCAGGTTATCTGCACGACCAACACTCTTGCCCATGGA 1139 ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1209 GGGCTCTTCCTGAATGGAGATATCCAAGTTATCTGCACGACCAACACTCTTGCCCATGGA 1268 Query 1140 ATCAACCTGCCTGCACATACAGTCGTCATAAAATCAACTCAACATTTCAACAAGGAAAAA 1199 ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1269 ATCAACCTGCCTGCACATACAGTGGTCATTAAATCAACTCAACATTTCAACAAGGAAAAA 1328 Query 1200 GGTCACTACATGGAATATGATCGTTCCACACTACTACAGATGTGTGGCAGGGCTGGTCGG 1259 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1329 GGTCACTACATGGAATATGATCGTTCCACTCTACTACAGATGTCTGGCAGGGCTGGTCGG 1388 Query 1260 CCTCCATTTGATGACACGGGAATGGTTATTATTATGACCAGAAGAGAGACGGTCCATCTG 1319 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1389 CCTCCATTTGATGACACGGGAATGGTTATTATTATGACGAGAAGAGAGACGGTCCATCTA 1448 Query 1320 TATGAGAATCTCTTGAATGGATGTGAGGTTGTTGAATCACAATTGCTGCCATGCTTAATA 1379 ||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1449 TATGAGAATCTCTTGAATGGATGCGAAGTTGTTGAGTCACAATTGCTGCCATGCTTAATA 1508 Query 1380 GAGCACCTAACCACAGAAATAGTTCAACTTACTATCTCTGACATTACACGGGCAATTGAG 1439 |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1509 GAGCACCTAACCGCAGAAATAGTGCAACTTACTATCTCTGACATTACACGGGCAATTGAG 1568 Query 1440 TGGATGAAGTGCTCATACCTGTATGTCAGAATGAAAAAGAATCCAGAGAATTATGCTATT 1499 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1569 TGGATGAAGTGCTCATACCTGTATGTCAGAATGAAAAAGAATCCGGAGAATTATGCTATT 1628 Query 1500 AAGAAAGGAATTCCGAAAGATCAAGTAGAGAAGCATTTGCAAGAGCTTTGCCTTCAGAAG 1559 || ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1629 AAAAAAGGAATTCCTAAAGATCGGGTAGAGAAGCATTTGCAAGAGCTTTGCCTTCAGAAG 1688 Query 1560 ATCAATGAGCTTTCACAATATCAGATGATCTGGACTGACACAGACGGTTTTGTTTTGAAA 1619 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1689 ATCAATGAGCTTTCACAATATCAGATGATCTGGACTGACACAGACGGTTTTGTTTTGAAA 1748 Query 1620 CCAGAAGAGCCCGGAAGGCTGATGACAAAGTATTATCTAAAGTTTGACACAATGAAGTAC 1679 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1749 CCAGAAGAGCCCGGAAGGCTGATGACAAAGTATTATCTAAAGTTTGAAACAATGAAGTAC 1808 Query 1680 ATTATTAATGCGCCAACGGGCTATAGCTTGGATGAGGCTCTTCATATTGTGTGTCGTGCT 1739 ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| Sbjct 1809 ATTATTAATACGCCAACGAGCTATAGCTTGGATGAGGCTCTTCATATTGTATGTCATGCT 1868 Query 1740 GAAGAGATATCTTGGATACAGCTCAGACGCAATGAGAAGAAGACCTTAAATGATGTAAAT 1799 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1869 GAAGAGATATCTTGGATACAGCTCAGACGCAATGAGAAGAAGACCTTAAATGATGTAAAT 1928 Query 1800 GCAGATAAAGAAGGGCGGCTCAGATTCCACATCAACGATAATAAAGGAAAGCGGAAAAAA 1859 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1929 GCAGATAAAGAAGGGCGGCTCAGATTCCACATCAACGATAATAAAGGAAAGCGGAAAAAA 1988 Query 1860 CGCATCCAAACCAGAGAAGAGAAACTATTTGTGCTTGCAAATGATTGGTTGACTGGGGAT 1919 || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1989 CGTATCCAAACCAGAGAAGAGAAACTCTTTGTGCTTGCAAATGATTGGTTGACTGGGGAT 2048 Query 1920 CCTTCAGTGCATGATTTATCCATGACTCAGGATGCTAACTCTATTTGCTCGAATGGATCC 1979 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2049 CCTTCAGTCCATGATTTATCCATGACTCAGGATGCTAACTCTATTTGCTCGAACGGATCC 2108 Query 1980 AGAATAGCGAGATGCATGAAAGAGTACTTTATATACAAAAAGAATTATAAAGGAACGATT 2039 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2109 AGAATAGCCAGATGCATGAAAGAGTACTTTATATACAAAAAGAATTATAAAGGAACTCTT 2168 Query 2040 AGCTCAACTCTTCTGGCAAAATCACTCTATCAAAAGCTGTGGGACGACAGTCCATATTTG 2099 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2169 AGCTCAACTCTTCTTGCAAAATCACTCTATCAAAAGCTCTGGGACGACAGTCCATATTTG 2228 Query 2100 TTGAAACAATTGCCTGGCATTGGAATGGTTACTGCGAAGGCACTTCATTCAATGGGAGTC 2159 ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2229 CTGAAACAATTGCCTGGCATTGGAATGGTTACAGCTAAGGCACTTCATTCGATGGGAGTC 2288 Query 2160 AGGTCATTTGAAGCTCTTTCTGAAGCTGATCCACGAAGGATAGAGATTGTTACCGGTCGA 2219 |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2289 AGGTCATTTGAAGCTCTTGCAGAAGCTGATCCGCGAAGGATAGAGATTGTTACCGGCCGA 2348 Query 2220 AAATATCCTTTCGGAAATACCATCAAGGAGTCTCTATCATCCCTACCTCCAAAAGTTGAA 2279 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2349 AAATATCCTTTCGGAAATACCATCAAGGAGTCTCTATCATCACTACCTCCAAAAGTTGAA 2408 Query 2280 ATCAAGGTCCAGGAAGTTGACTGCCAGAAGCAAGGGATATCTAAACTAGCAGTCACATTG 2339 ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2409 ATCAAGGTCGAGGAAGTGGACTGTCAGAAGCAAGGGATATCTAAACTAGCAGTCACATTG 2468 Query 2340 ACACGGCTATCACAACCTCTCCAATCCACAAAACGCCATTATGCTGACATGATTGTTGGT 2399 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||| Sbjct 2469 TCACGGGTATCACAACCTCTCCAATCCACAAAACGCCACTACGCTGACTTGATTGTTGGT 2528 Query 2400 TCAGAGGAAGAGAATCGTATTCACTTTCATGAGAAAATAAGAATGGAGGACTTCTCCAGT 2459 |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2529 TCAGAGGAAGAGAATCTTATCCACTTTCATGAGAAAATAAGAATGGAGGACTTCTCCAGT 2588 Query 2460 CCATATAACGTAACCATACTCCTGGAAAGGCCTCATCAACAAGCAAAGGTGACTGTGAAG 2519 || |||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2589 CCCTATAGCGTAACCGTACTCTTGGAAAGGCCTCATCAACAAACAAAGGTGACTGTGAAG 2648 Query 2520 GCTGATCTCATCTTCGAAGAATACATTGGTATTGACCTCCATGAAACACTTCTACTCAAG 2579 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 2649 GCTGATCTCATCTTTGAAGAATACATTGGTATTGACCTCCACGAAACACTTCTACTGAAG 2708 Query 2580 AAGGCAAACAACAACAAAATAAACTACAAAAGCGAAAACAGGCTGCCTCACTATTATCCT 2639 |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| Sbjct 2709 AAGGCAAACAACAACAAAGTAAATTACAAAAGCGAAAACAGGATGCCTCAGTATTATCCT 2768 Query 2640 CCTATGGTG-GCTGCCTGCGTAGTAGATGA---CAACCCAGTTACATCTGGACCTTCAAA 2695 ||||||| | ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2769 CCTATGGCAAG-TGCCTGCATAGCAGATGATGACAACCCAGTTACATCTGGACCTTCAAA 2827 Query 2696 CCGAAAGGATAAAAAAGATGATATGCCTAGTTTCAAACTCATAGATGAGGATTCAGAAGA 2755 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 2828 CCGAAAGGATAAAAAAGATGATATGCCTAGTTTCAAGCTCATCGATGATGATTCAGAAGA 2887 Query 2756 AGAGAAAGAACCCTATGTGACGATGGAAGAAGATGACTGTGTCATTATCAATGAACATAC 2815 ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2888 AGAGAAAGAGCCCTATGTGACAATGGAAGAAGATGACTGTGTCATTATCAATGAACATAC 2947 Query 2816 AGTCTTTGACCACATACGTGAAAAAGCAAAGTGTTTTCCTTCATTGAACACTTTGAATCC 2875 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2948 AGTCTTTGACCACATACGTGAAAAAGCTAAGTGTTTTCCTTCATTGAACCCTTTGAATCC 3007 Query 2876 GACCACCTCTCCGGCATCAGGAAAATCAAATCTGAAAAGGAAAAGCTTAGTGGACAAG-- 2933 ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 3008 AACCTCCTCTCCAGCATCAGGAAAATCAATTCTGAAAAGGAAAAGCTTAGTGGAGAATAA 3067 Query 2934 T-CTCCTGAACTGGATCCTCTATTTCAGTATGATTCTGTCTTTGACTTACCTACAAATAC 2992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 3068 TTCTCCTGAACTGGATCCTCTATTTCAGTATGATTCTGTGTTTGACTTACCTACAAATAC 3127 Query 2993 TAAAGACGTCAAACAAAGCGCACAGCAAATTACTAAGCC-GGGTTATGCAAGCTTTGCAG 3051 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| Sbjct 3128 TAAAGACATCAAACAAAGCGCACAGCAAATTACTA-GCCCGGGTTATGCAAGCTTTGCAG 3186 Query 3052 AGAAAACTGAAACAGAAAGGCCATTCTCAGATGAAACAATATTCAACTACATAAGGAAAA 3111 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 3187 AGAAAACTGAAACAGAAAGACCATTCTCAGATGAAACAATATTTAACTACATAAGGAAAA 3246 Query 3112 GGTCCAAGAATTCCCCGGTC-CTCGCCACATC-AAAACTCGAGGATCCCATAACCATTTC 3169 ||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||| Sbjct 3247 GGTCCAAGAATTCTCCGG-CACTCGCCACATCGAAAA-TCGAGAATCCTATAACCATTTC 3304 Query 3170 TTCTCAAGAAGGAAGAAACGCAGAGATAAGTCCGTATAGAGCTTACGGATTATTGGTTAG 3229 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||| Sbjct 3305 TTCTCAAGAAGGAAGAAACGCAGAGATAAGCCCGTATAGAACATATGGATTATTGGTTAG 3364 Query 3230 TCCTGCTACTAAAAAGCCAAGGATCACATCTGATGCACCTTCAGAAATTTTGCCCTTTGA 3289 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| Sbjct 3365 CCCTGCTACTAAAATTCCAAGGATCACATCTGATGCACCTTCAGAAATTCTGTCCTTTGA 3424 Query 3290 TATCTCGATGGTGAAGAGAAGTGGCACGAACTTAGAGCAGGAGAAAAG-ACTCTGCTCGA 3348 |||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| | |||| | ||||||||| Sbjct 3425 TATCTCGATGGTAAAGAGAAGTGACACGAGCTTAGAGCAG-ACTAAAGGATTCTGCTCGA 3483 Query 3349 CATTTGCAGGTAAGTCCAATGTCTCTGATTCTTTTCTTGGATTTAAAAGTATCTTCTCTT 3408 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 3484 CACTTGCAGGTAAGTCCAATGTCTCTGATTCTTTTCTTGGATTTAAAAGCATCTTCTCTT 3543 Query 3409 TTCTGTGACTTTCGCATATACATACCA 3435 ||||||||||||| ||||||||| ||| Sbjct 3544 TTCTGTGACTTTCTCATATACATGCCA 3570 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 171019108687 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5