BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg936893
Length=2899
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G42660.1 | Symbols: | transducin family protein / WD-40 rep... 4460 0.0
> AT3G42660.1 | Symbols: | transducin family protein / WD-40 repeat
family protein | chr3:14751280-14755701 FORWARD LENGTH=2862
Length=2862
Score = 4460 bits (2415), Expect = 0.0
Identities = 2717/2865 (95%), Gaps = 12/2865 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGAAATCACGATCGCTAAAGCTCCGGGAAGCCCATAAAGTTGGCGGAAGCGCCGCCTTC 80
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAATCACGATCTCTAAAGCTCCGGGAAGCCCATAAAGTCGGCGGAAGCGCCGCCTTC 60
Query 81 TGCTCTATCCTCTGGGACCACAAAGCCGAACATTTCGTCACTTCATCTTCTTCGGATCCC 140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGCTCTATCCTCTGGGACCACAAAGCCGAACATTTCGTCACTTCATCTTCTTCGGATCCC 120
Query 141 TCAATCTCCGTCCACGATGGACTCACT-CCTTCCACTTTACCTCCTACGATTCTTCGTCA 199
|||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||| || |||||||| |||||
Sbjct 121 TCAATCTCCGTCCACGATGGACTCTCAACCT-CCACATTACCCCCGACGATTCTCCGTCA 179
Query 200 TCACCAAGACGGCGTCACCGCCTTGGCCCTTAGCAACGACTCTACTTTCCTCGCTTCCGG 259
||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||
Sbjct 180 TCACCAAGACGGCGTCACCTCCTTGGCTCTTAGCAACGACTCTACTCTCCTCGCCTCTGG 239
Query 260 ATCTATTGACCATTGTGTGAAGCTCTACAAGTTCCCAAGTGGGGAATTTCAGACGAATAT 319
|||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 240 ATCTATCGATCATTGCGTCAAGCTCTACAAGTTCCCAAGTGGGGAATTTCAGACGAACAT 299
Query 320 TACTAGATTTACGCTTCCGATTCGCGTGCTTGCGTTTAACGGCTCAGGGAGTCTATTGGC 379
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 300 TACTAGATTTACACTTCCGATTCGCGTGCTTGCGTTTAACGGCTCAGGGAGTCTATTAGC 359
Query 380 AGCTGCTGGAGATGATGAAGGAATCAAACTTATCAATACATTTGATGGTTCGATTGTTAG 439
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 AGCTGCAGGAGATGATGAAGGAATCAAACTTATCAATACATTTGATGGTTCGATTGTTAG 419
Query 440 AGTTTTGAAAGGGCACAAAGGACCTGTGACCGGCTTAGATTTCCACCCTAATGGTGAGCT 499
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 420 AGTTTTGAAAGGGCACAAAGGACCAGTGACCGGCTTAGATTTCCATCCTAATGGTGAGCT 479
Query 500 CTTGGCTTCGATTGACACAACTGGTACTGTGTTATGCTGGGAACTTCAAAACGGAATTGT 559
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 480 TTTAGCTTCGATTGACACAACTGGTACTGTGTTATGCTGGGAACTTCAAAACGGAGTCGT 539
Query 560 TTCGTTTACCCTTAAGGGTGTTGCGCCCGACACAGGTTTCAACACTTCCATTGTGAATAT 619
||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TTCGTTTACCCTTAAGGGTGTTGCGCCAGATACCGGTTTCAACACTTCCATTGTGAATAT 599
Query 620 TCCTAGATGGAGCCCTGATGGAAGAA-TCCTTGCCGTGCCTGGTTTGAGAAACGATGTGG 678
|||||||||||||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 600 TCCTAGATGGAGCCCTGATGGAAGAACTC-TCGCTGTGCCTGGTTTGAGAAACGATGTTG 658
Query 679 TGATGTATGATAGATTCACTGGGGAGAAGCTTTTTGCCTTGAGAGGTGATCATCTCGAGG 738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TGATGTATGATAGATTCACTGGGGAGAAGCTTTTTGCCTTGAGAGGTGATCATCTCGAGG 718
Query 739 CTATATGCTATTTAACGTGGGCTCCTAATGGCAAGTATATAGCTACATCTGGTCTTGATA 798
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 CTATATGTTATTTAACGTGGGCTCCTAATGGCAAGTATATAGCTACATCTGGTCTTGATA 778
Query 799 AACAAGTTCTTCTCTGGGATGTTGATAAGAAACAGGACATAGACAGGCAGAAATTCGAGG 858
||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 779 AACAAGTGCTTCTTTGGGATGTTGATAAGAAACAAGACATAGATAGGCATAAATTTGAGG 838
Query 859 AGAGGATATGTTGTATGGCCTGGAAACCGAATTGTAATGCTTTGTCGGTCATTGATACCA 918
||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||| || ||| |||
Sbjct 839 AGAGGATATGTTGTATGTCGTGGAAACCGAATGGTAATGCATTGTCGGTTATCGATGCCA 898
Query 919 AGGGAAAATACGGAATTTGGGAATCTTTGGTTCCATCATCCATGCTATCTCCTACAGTGG 978
|||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 899 AGGGAAGATATGGAGTTTGGGAATCTTTGGTTCCATCATCTATGCTATCTCCTACAGTTG 958
Query 979 GTATTCCAGATATACTACCAAAGAAGAGGAATGAGATTCTTAATTTTGATGAAGAAATTG 1038
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||
Sbjct 959 GTGTTCCAGATATAGTACCAAAGAAGAGGAATGAGATTCTTGATTTTGATGATGAAGTTG 1018
Query 1039 AGGAAGAAATTTATCGTGCATCTGAAAGTTTAGATGATGCTATGGGAGATAGTGATGATG 1098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AGGAAGAAATTTATCGTGCATCTGAAAGTTTAGATGATGCTATGGGAGATAGTGATGATG 1078
Query 1099 GAGAATCTCATCATACTAGCAGGAAAAGATTGAGGAAGAAAACTTTGATTGATGATGATG 1158
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1079 GAGAATCTCATCATACTAGTAGGAAAAGATTGAGGAAGAAAACTTTGATTGATGAAGATG 1138
Query 1159 TTGATG---CATATGAGGAACTTAATGATGGGAGTAGCTTACCTTCGGCATCTGAATACA 1215
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1139 TTGATGATGCATATGAGGAACTTAATGATGGGAGTAGCTTACCTTCGGCATCTGAGTACA 1198
Query 1216 GaaaaaaaTCACATAGAGCACATAGAGAGAAGCAGGGTGCAAGAAGTGGGGCTTTTAAAA 1275
| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GGAAAAAGTCACATAGAGGACATAGAGAGAAGCAGGGTGCAAGAAGTGGGGCTTTTAAAG 1258
Query 1276 GCATTTCAGCATCAACCAAGTACAAAATGCAAAGTCCCTTTCAACCTGGTGCAACACCAC 1335
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GCATTTCAGCCTCAACCAAGTACAAAATGCAAAGTTCCTTTCAACCTGGTGCAACACCAC 1318
Query 1336 TGGAACCAGGAAAACGGACGTTCTTGTGTTACAATATGTTGGGATCTATAACTACAATTG 1395
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||
Sbjct 1319 CGGAACCAGGAAAACGGACATTCTTGTGTTACAATATGCTGGGATGTATAACTACTATTG 1378
Query 1396 AACATGAGGGGAACTCCCGTATTGAGACAGATTTTCATGATACTGGAAGAGGTCCACGAG 1455
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AACATGAGGGGAACTCACGTATTGAGACAGATTTTCATGATACTGGAAGAGGTCCACGAG 1438
Query 1456 TTTCATCAATGATCGACATCTATGGCTTCACTATGGCATCAATTAATGAAAGTGGGTGTG 1515
||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 1439 TTTCATCGATGATAGACATTTACGGCTTCACTATGGCATCAATAAATGAAACTGGGTGTG 1498
Query 1516 TCTTTGCAAATCCTTGCAAGGGAGAAAAGAACATGAGTGTTCTGATGTATCGACCATTTA 1575
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TCTTTGCAAATCCCTGTAAGGGAGAAAAGAACATGAGTGTTCTGATGTATCGACCATTTA 1558
Query 1576 AAAGCTGGGCCAGTAATAGTGAGTGGACAATGAGGTTTGAAGGTGAAGAGGTGAAGGTTG 1635
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1559 GAAGCTGGGCCAGTAATAGTGAGTGGACAATGAGATTTGAAGGTGAAGAGGTGAAAGTTG 1618
Query 1636 TTGCTAACGGTTCTGGTTGGGTTGCTGCAGTTACAAGCCTCAATTTGCTTCGCATATTTA 1695
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1619 TTGCTAACGGTTCTGGTTGGGTTGCTGCAGTTACAAGCCTCAATTTGCTTCGTGTATTTA 1678
Query 1696 GCGAGGGTGGTTTACAGAAACATATTCTTTCCCTTGATGGGCCTGTAGTCACTGCAGTAG 1755
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1679 GCGAGGGCGGTTTACAGAAACATATTCTTTCTCTTGATGGGCCCGTAGTCACTGCAGTAG 1738
Query 1756 GATGCAAGGATCATCTTGCTGTGGTAACTCATGTTTCAGAGTGTCTTCCTTCAAATGAAC 1815
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GATGCAAGGATCATCTAGCTGTGGTAACTCATGTTTCAGACTGTCTTCCTTCAAATGAAC 1798
Query 1816 AGGTGATGGAATTCAGAGTCTTTAACATATCCAAAATGACTCAGGAGTTGAAAGGCCGTG 1875
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 AGGTGATGGAATTTAGAGTCTTTAACATATCCAAAATGACTCAGGAGTTGAAAGGCCGTG 1858
Query 1876 TTGCCTTAACCCCTGGCTCACGTTTAACATGGATAGGATTCAGTGACGAAGGTTCTTTGA 1935
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1859 TTGCCTTAACCCCTGGCTCACGTTTAACATGGATAGGATTCAGTGAAGAAGGTTCTTTGA 1918
Query 1936 GCTCATACGATTCTGAGGGTGTGTTGAGAGTTTTTACTAGTCAATATGGTGGCTCATGGA 1995
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 GCTCATATGATTCTGAGGGTGTGTTGAGGGTTTTTACAAGTCAATATGGTGGCTCATGGA 1978
Query 1996 TCCCAGTCTTCAGTACCAGTAAAGAGAAGAAACAAGAAGAAAACTACTGGGTGGTTGGCT 2055
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TCCCAGTTTTCAGTACCAGTAAAGAGAAGAAACAAGAAGAAAACTACTGGGTGGTTGGCT 2038
Query 2056 TGAATACAACCAGTTTGTACTGTATAGCTTGTAAATACCCTGAGATTTTCCCACAGGTGA 2115
||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||||||
Sbjct 2039 TGAATACAAGCAGTTTGTACTGTATAGCTTGCAAATACGCGGAGATGTTCCCACAGGTGA 2098
Query 2116 CACCAAAACCAATCCTTACCATACTAGACCTTTCTCTCCCGCTTGCATCCTCAGATTTAG 2175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 CACCAAAACCAATCCTTACCATACTAGACCTTTCTCTCCCGCTTGCATCCTCAGATTTAG 2158
Query 2176 GAGCAGCATCTCTAGAAAATGAGTTAATGCTAAAGCAGCTGCTTTTATACGAGACTCAAC 2235
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2159 GAGCAGCATCTCTAGAAAATGAGTTAATACTAAAGCAGCTGCGTTTATACGAGACTCAAC 2218
Query 2236 GAAGAGTGGACGATATGGCTTTGGTCGGGGTAGACACAACAGCACTTGAAGATGACGCTT 2295
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2219 GAAAAGTGGACGATATGGCTTTGGTCGGGGTAGACACAACAGCACTTGAAGATGAAGCTT 2278
Query 2296 TCGACCTGGAAGTTTCTCAAGATAAATGCATACTAAGACTCATCAGCTCGTGTTGTAGTG 2355
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TTGACCTGGAAGTTTCTCAAGATAAATGCATACTAAGGCTCATCAGCTCGTGTTGTAGTA 2338
Query 2356 GTGATAGTTTTGTAAGGGCCAGTGAACTTATGAAGCTTTTAACTCTAGAAAAATCAATGA 2415
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 GTGATAGTTTTGCAAGGGCCAGTGAACTTATGGAGCTTTTAACTCTAGAAAAATCAATGA 2398
Query 2416 GAGCAGCAATAACACTGGTTACCAAACTCAAGCTTCCTTTTTTGGCAGAAAAATTCAGCA 2475
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2399 GAGCTGCAATAACACTGGTTACCAAACTCAAGCTTCCTTTTTTGGCAGAGAAATTCAGCA 2458
Query 2476 GCATACTGGAGGAAAGGTTGCTTGAAGAAGCTAACGAGGCAA---TAACAGATCCTTCAG 2532
||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | |
Sbjct 2459 GCATACTCGAGGAAAGGTTGCTTGAAGAAGCTAGCGAGGCGGCGGTAACAAATCCTGC-G 2517
Query 2533 A-GAATCCAAACAGAGAAGTGGTTACAAGAGTTGAATCCAAGGTCCAGAATCCTCCAGCT 2591
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 CTGAATCCAAACGGAGAAGTAGTTACAAGAGTTGAATCCAAGGTCCAGAATCCTCCAGCT 2577
Query 2592 TCGATTCAGACAAGTGAAAGCACAGAGGCAGTTATGAAATCTTCTGCAACTAAGCTGTGT 2651
||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2578 TCGATTCAGACTAGTGAAAACACAGAAGCAGTTATGAAATCTTCTGCAACTAAGCTATCT 2637
Query 2652 GCTACTACACTTGTAAGGAAAGCGAAAGTTTCAGAAGGTCTTAAGCTGGgaaaagaacaa 2711
||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2638 GCTCCTACACTTCTAAAGAAATCGAAAGTTTCAGAAGGTCTAAAGCTGGGAAAAGAACAA 2697
Query 2712 acaaagaaagacgaaactgaagatgcgaagataaaagagataaagaaaTTGAATTTGAAG 2771
|||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 ACAAAGAAAGACAAAAGTGACGATGCGAAGATAAAAGAGATAAAGAAATTGAATTTGAAG 2757
Query 2772 AATCCGGTGAACAATGTTAACAAGGAAGACAAGGGACAGAAAAAGGAAGTGAATCAAGGA 2831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 AATCCGGTGAACAATGTTAACAAGGAAGACAAGGGACAGGAAAAGGAAGTGAATCAAGGA 2817
Query 2832 GAAGCTCGACGTTCTTCAAACCCGTTCCTGAAATCAACTGTTTAA 2876
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2818 GAAGCTCGACGTTCTTCAAACCCGTTCCTCAAATCAACTGTTTAA 2862
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144079460296
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5