BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg937391
Length=2495
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G46740.1 | Symbols: TOC75-III, MAR1 | translocon at the oute... 4132 0.0
AT1G35860.1 | Symbols: TOC75-I | translocon outer membrane comp... 167 5e-40
> AT3G46740.1 | Symbols: TOC75-III, MAR1 | translocon at the outer
envelope membrane of chloroplasts 75-III | chr3:17215813-17219343
REVERSE LENGTH=2795
Length=2795
Score = 4132 bits (2237), Expect = 0.0
Identities = 2410/2494 (97%), Gaps = 9/2494 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 AAACCTTATCTTCTCCGCCCATGGCCGCCTTCTCCGTCAACGGGCAGCTTATCCCGACGG 61
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 28 AAACCTTATCTTCTCCGCCCATGGCCGCCTTCTCCGTCAACGGGCAGCTTATCCCGACGG 87
Query 62 CAACTAA-CTCCACCGCTTCCAcctctctctcttcccgtcggaaatttctatctccttcc 120
|||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 88 CAAC-AAGCTCCACTGCTTCCACCTCTCTCTCTTCCCGTCGGAAATTTCTCTCTCCTTCC 146
Query 121 tcgtctcgcctccctcgcatctcctcACCATCTCCTCGCGTTCCATCGATAAAATGCAGC 180
|||||||| ||||||||||||||| | | ||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 147 TCGTCTCGTCTCCCTCGCATCTCCACTCAATCTCCTCGTGTCCCATCGATAAAATGCAGC 206
Query 181 AGTAGCTTACCTAACCGAGATACAGAGACTTCCTCAAAGGATTCTCTCCTTAAAAACCTA 240
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 207 AAAAGCTTACCTAACCGAGATACAGAGACTTCCTCAAAGGATTCTCTCCTTAAAAACCTA 266
Query 241 GCTAAACCTCTAGCCGTAGCCTCAGTCTCGTCCGCTGCGTCATTCTTTCTATTCCGAATC 300
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 267 GCTAAACCTCTAGCCGTAGCCTCAGTCTCCTCCGCTGCTTCATTCTTTCTGTTCCGAATC 326
Query 301 TCGAATCTTCCGTCGGTTCTAACCggtggtggaggtggaggagga-ggaggagat-gg-g 357
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || || | | | || |
Sbjct 327 TCGAATCTTCCGTCGGTTCTGACCGGTGGTGGAGGAGGAGGA-GATGG-GAATTTCGGTG 384
Query 358 aattt--cggtggatttggtggtggagatggaaatgatggtggatTTTGGGGGAAATTGT 415
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 385 GATTTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGAGATGGAAATGATGGTGGATTTTGGGGGAAATTGT 444
Query 416 TTTCTCCTTCGCCGGCGGTTGCTGATGAAGAACAATCACCGGATTGGGATTCTCATGGTT 475
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 TTTCTCCTTCACCAGCGGTTGCTGATGAAGAACAATCACCGGATTGGGATTCTCATGGTT 504
Query 476 TACCGGCGAATATCGTTGTGCAATTGAACAAGCTTAGTGGTTTCAAGAAGTATAAGGTAT 535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 505 TACCGGCGAATATCGTTGTGCAATTGAACAAGCTTAGTGGTTTCAAGAAGTATAAGGTAT 564
Query 536 CTGACATTATGTTCTTTGATCGACGGAGACAAACCACAATTGGTACTGAAGATTCCTTCT 595
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 565 CTGATATTATGTTCTTTGATCGACGGAGACAAACCACTATTGGTACTGAAGATTCCTTCT 624
Query 596 TCGAGATGGTCTCGATTCGTCCTGGTGGAGTTTACACTAAAGCTCAATTGCAGAAGGAGC 655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 625 TCGAGATGGTCTCGATTCGTCCTGGTGGAGTTTACACTAAAGCTCAATTGCAGAAGGAGC 684
Query 656 TTGAAACCCTAGCTACTTGTGGAATGTTTGAGAAAGTTGATTTGGAAGGGAAAACGAAAC 715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 685 TTGAAACCCTAGCTACTTGTGGAATGTTTGAGAAAGTTGATTTGGAAGGGAAAACGAAAC 744
Query 716 CTGATGGAACCCTAGGTGTTACAATCTCCTTTGCTGAGAGTACATGGCAATCTGCTGATA 775
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 745 CTGATGGAACCCTAGGTGTTACAATCTCGTTTGCTGAGAGTACATGGCAATCTGCTGATA 804
Query 776 GGTTTAGATGTATCAACGTTGGGTTAATGGTGCAGTCGAAACCCATTGAGATGGATTCAG 835
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 805 GGTTTAGATGTATTAACGTTGGGTTAATGGTACAGTCGAAACCTATTGAGATGGATTCAG 864
Query 836 ATATGACTGATAAAGAGAAGCTTGAGTATTACAGGAGCTTGGAGAAGGATTACAAGAGGA 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 865 ATATGACTGATAAAGAGAAGCTTGAGTATTACAGGAGTTTGGAGAAGGATTACAAGAGGA 924
Query 896 GAATTGATAGGGCACGGCCTTGTTTGTTGCCTGCTCCTGTATATGGTGAGGTTATGCAGA 955
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 925 GAATTGATAGGGCACGGCCTTGTTTGTTGCCTGCACCTGTGTATGGTGAGGTTATGCAGA 984
Query 956 TGTTGAGGGACCAAGGGAAAGTGAGTGCAAGGCTTTTGCAGAGGATTAGGGACCGTGTTC 1015
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 985 TGTTGAGGGATCAAGGGAAAGTGAGTGCTAGGCTGTTGCAGAGGATTAGGGACCGTGTTC 1044
Query 1016 AGAAATGGTATCATGATGAAGGGTATGCTTGTGCTCAAGTTGTGAATTTTGGGAATTTGA 1075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 AGAAATGGTATCATGATGAAGGGTATGCTTGTGCTCAAGTTGTGAATTTTGGGAATTTGA 1104
Query 1076 ATACTAAGGAGGTTGTTTGTGAAGTTGTGGAAGGTGATATAACTCAGCTGGTTATTCAGT 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1105 ATACTAAGGAGGTTGTTTGTGAAGTTGTGGAAGGTGATATAACTCAGCTAGTTATTCAGT 1164
Query 1136 TTCAAGATAAGCTTGGTAATGTAGTTGAAGGTAACACTCAAGTTCCTGTGGTGCGCAGGG 1195
|||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 TTCAAGATAAGCTTGGTAATGTGGTTGAAGGAAATACTCAAGTTCCTGTGGTGCGCAGGG 1224
Query 1196 AATTGCCTAAACAGCTTCGCCAAGGCTATGTTTTCAACATTGAAGCTGGGAAACAAGCTC 1255
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1225 AATTGCCTAAGCAGCTTCGCCAAGGCTATGTTTTCAACATTGAAGCTGGGAAAAAAGCTC 1284
Query 1256 TCAGGAACATCAATTCATTGGGGCTGTTCTCTAACATTGAAGTCAATCCACGCCCAGATG 1315
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1285 TCAGTAACATCAATTCATTGGGGCTGTTCTCTAACATTGAAGTCAATCCACGCCCAGATG 1344
Query 1316 AGAAAAATGAAGGGGGCATTATTGTTGAGATCAAGCTTAAGGAGCTAGAACAGAAGTCAG 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 AGAAAAATGAAGGGGGCATTATTGTTGAGATCAAGCTTAAGGAGCTAGAACAGAAGTCAG 1404
Query 1376 CTGAAGTCAGTACAGAATGGAGTATTGTTCCTGGGCGTGGAGGAGCTCCCACACTGGCTT 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1405 CTGAAGTCAGTACAGAATGGAGTATTGTTCCTGGGCGTGGAGGAGCTCCCACATTGGCTT 1464
Query 1436 CATTCCAGCCAGGTGGGTCTGTTACTTTCGAGCATCGAAACCTCCAGGGTCTTAATAGGT 1495
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 CATTCCAGCCAGGTGGTTCTGTTACTTTCGAGCATCGAAACCTCCAGGGTCTTAATAGGT 1524
Query 1496 CTCTCATGGGTTCAGTGACCACCAGCAACTTCTTGAATCCTCAGGATGATCTTTCATTTA 1555
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1525 CTCTCATGGGTTCAGTGACCACTAGCAACTTCTTGAATCCTCAGGATGATCTTTCGTTTA 1584
Query 1556 AGCTTGAGTATGTGCACCCGTATCTGGATGGTGTTTACAATCCTCGGAATCGCACATTCA 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1585 AGCTTGAGTATGTGCACCCGTATCTGGATGGTGTTTACAATCCTCGGAACCGAACATTCA 1644
Query 1616 AAACAAGCTGCTTCAACAGCCGCAAACTTAGCCCAGTATTCACTGGAGGACCCGGTGTTG 1675
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1645 AAACAAGCTGCTTCAACAGCCGCAAACTTAGCCCAGTATTCACTGGAGGACCTGGTGTTG 1704
Query 1676 AGGAAGTGCCACCAATTTGGGTTGATCGAGCTGGTGTGAAAGCTAACATAACTGAGAACT 1735
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1705 AGGAAGTGCCACCAATTTGGGTTGACCGAGCTGGTGTGAAAGCTAATATAACTGAGAACT 1764
Query 1736 TCACCCGTCAGAGTAAGTTTACTTATGGACTTGTGATGGAGGAGATAACAACCCGTGATG 1795
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1765 TCACCCGTCAGAGTAAGTTTACATATGGACTTGTGATGGAGGAGATAACAACCCGAGATG 1824
Query 1796 AAAGCAGTCACATTGCTGCAAATGGTCAGAGACTACTACCTAGCGGTGGAATCAGTGCTG 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 AAAGCAGTCACATTGCTGCAAATGGTCAGAGACTACTACCTAGCGGTGGAATCAGTGCTG 1884
Query 1856 ATGGACCTCCAACAACTCTCAGTGGTACCGGTATTGATCGAATGGCTTTTCTACAAGCCA 1915
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 ATGGACCTCCAACAACTCTCAGTGGTACCGGTGTCGATCGAATGGCTTTTCTACAAGCCA 1944
Query 1916 ACATCACCCGTGACACTACCAAATTTGTTAATGGGGCAGTTGTTGGACAGAGGACTGTCT 1975
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1945 ACATCACCCGTGACAATACCAAATTTGTTAATGGGGCAGTTGTTGGACAGAGGACTGTCT 2004
Query 1976 TTCAGGTGGATCAGGGACTGGGTATTGGGAGCAAATTCCCGTTCTTCAACCGCCACCAGT 2035
||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2005 TTCAGGTTGATCAGGGATTGGGTATTGGGAGCAAATTCCCGTTCTTCAACCGCCACCAGT 2064
Query 2036 TAACCATGACAAGATTCATTCAGCTGCGGGAAGTAGAAGAAGGGGCTGGTAAGTCACCAC 2095
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2065 TAACCATGACAAAATTCATTCAGTTGCGGGAAGTAGAACAAGGGGCTGGTAAGTCACCAC 2124
Query 2096 CACCAGTTCTAGTCCTCCATGGGCATTACGGAGGCTGCGTTGGCGACCTTCCAAGCTACG 2155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2125 CACCAGTTCTAGTCCTCCATGGGCATTACGGAGGCTGCGTTGGCGACCTTCCAAGCTACG 2184
Query 2156 ATGCTTTTGTCCTTGGTGGTCCGTACTCTGTCCGTGGCTACAATATGGGTGAGCTCGGTG 2215
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2185 ATGCTTTTGTCCTCGGTGGTCCGTACTCTGTCCGTGGCTACAACATGGGAGAGCTCGGTG 2244
Query 2216 CTGCTAGAAACATTGCCGAGGTGGGTGCTGAGATCAGAATACCTGTGAAGAACACGCATG 2275
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2245 CTGCTAGAAACATTGCCGAGGTCGGTGCTGAGATCAGAATACCCGTGAAGAACACACATG 2304
Query 2276 TCTACGCCTTTGTTGAGCATGGAAATGATTTAGGAAGCTCAAAGGACGTGAAGGGAAACC 2335
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2305 TCTACGCTTTTGTTGAGCATGGAAATGATTTAGGAAGCTCAAAGGATGTGAAGGGAAACC 2364
Query 2336 CTACAGCAGTCTACAGGAGAACGGGGCAGGGTTCATCCTACGGTGCAGGTGTGAAACTCG 2395
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2365 CTACAGCAGTGTACAGGAGAACGGGTCAGGGTTCATCCTATGGTGCAGGTGTGAAACTCG 2424
Query 2396 GTTTGGTCCGAGCTGAGTATGCTATAGATCACAACAATGGAACCGGTGCTCTGTTCTTCC 2455
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2425 GTTTGGTCCGAGCTGAGTATGCTGTAGATCACAACAATGGAACCGGTGCTCTGTTCTTCC 2484
Query 2456 GGTTTGGAGAGAGGTATTAAGGTAATGTGAGAAG 2489
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2485 GATTTGGAGAGAGGTATTAAGGTAATGTGAGAAG 2518
> AT1G35860.1 | Symbols: TOC75-I | translocon outer membrane complex
75-I | chr1:13332047-13334050 REVERSE LENGTH=1200
Length=1200
Score = 167 bits (90), Expect = 5e-40
Identities = 160/193 (83%), Gaps = 8/193 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 979 AGTGCAAGGCTTTTGCA-GAGGATTAGGGACCGTGTTCAGAAATGGTA-TCATGATGAAG 1036
||||| ||||||||||| ||| ||| ||| || |||| |||||||| || || |||
Sbjct 103 AGTGCGAGGCTTTTGCATAAGG-TTAAGGAACGAGTTCTTAAATGGTACCCA-GACCAAG 160
Query 1037 GGTAT-GCTTGTGCTCAA-GTTGTGAATTTTGGGAATTTGAATACTAAGGAGGTTGTTTG 1094
||||| | || |||| || ||||||| |||||| || ||||| | |||||| || |||
Sbjct 161 GGTATAG-TTTTGCT-AATGTTGTGAGTTTTGGTAACTTGAACAGTAAGGAACTTATTTT 218
Query 1095 TGAAGTTGTGGAAGGTGATATAACTCAGCTGGTTATTCAGTTTCAAGATAAGCTTGGTAA 1154
||||||| ||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 219 TGAAGTTATGGAAGGAGACATAACTCAGTTGGTTATTCAGTTTCAAGATAAGCTTGGTAA 278
Query 1155 TGTAGTTGAAGGT 1167
||||| |||||||
Sbjct 279 TGTAGCTGAAGGT 291
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123812015324
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5