BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg937399
Length=2017
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G46790.1 | Symbols: CRR2 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-li... 3273 0.0
> AT3G46790.1 | Symbols: CRR2 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:17231773-17234002 REVERSE LENGTH=2230
Length=2230
Score = 3273 bits (1772), Expect = 0.0
Identities = 1930/2008 (96%), Gaps = 3/2008 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 12 TCACCGG-AAAATGTTTCTATCCCACCCTCCTCAAGTAATACAACCAAATTATTACACAG 70
||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||
Sbjct 44 TCATCGGAAAAATGTTTCTGTCTCACCCTCCTCAAGTAATACAACCAACTTATCATACAG 103
Query 71 TTAACTTCTTACCTCGCTCTCCTCTGAAGCCACCGTTGTGTTCCGTTGCTTTAAACAATC 130
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 104 TTAACTTCTTACCTCGCTCTCCTCTGAAGCCACCGTCGTGTTCCGTTGCTTTAAACAATC 163
Query 131 TTTCGATTTCTTCCGGCGCCGGAGCTAAACTCTCTAATAATCAGCTAATTCAATCATTGT 190
||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 164 CTTCAATTTCCTCCGGCGCCGGAGCTAAAATCTCTAATAATCAGCTAATTCAATCATTGT 223
Query 191 GCAAAGAGGGTAAACTTAAACAAGCGCTTCGCGTCTTGTCTCAAGAATCTAGCCCGAGTC 250
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 224 GCAAAGAGGGTAAACTTAAACAAGCGATTCGCGTCTTGTCTCAGGAATCTAGCCCAAGTC 283
Query 251 AACAGACTTACGAGCTTCTGATTCTCTGTTGCGGTCATCGGAGCTCTCTTTCTGATGGTC 310
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 284 AACAGACTTACGAGCTTCTGATTCTCTGCTGCGGTCATCGGAGCTCTCTTTCTGATGCTC 343
Query 311 TACGTGTTCATCGACATATTTTGGATAATGGGTCTGATCAAGATCCTTTTTTGGCTACGA 370
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 344 TACGTGTTCATCGACATATTCTGGATAATGGGTCTGATCAAGATCCTTTTTTGGCTACGA 403
Query 371 AGCTTATTGGTATGTATTCGGATTTGGGTTCTGTGGATTATGCACGGAAGGTGTTCGATA 430
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 404 AGCTTATTGGTATGTACTCGGATTTGGGTTCTGTGGATTATGCACGGAAGGTGTTCGATA 463
Query 431 AAACGCGTAAAAGAACTATATATGTCTGGAACGCTTTGTTTCGAGCGCTTACGTTAGCGG 490
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 464 AAACGCGTAAGAGAACTATATATGTCTGGAACGCTTTGTTTCGAGCCCTTACGTTAGCAG 523
Query 491 GTCATGGAGAAGAAGTGTTGGGTTTGTATTGGAAGATGAATAGGATTGGAGTTGAGTCAG 550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 524 GTCATGGAGAAGAAGTGTTGGGTTTGTATTGGAAGATGAATAGGATTGGAGTTGAGTCAG 583
Query 551 ATAGGTTCACATACACTTACGTTCTCAAGGCTTGTGTTGCATCGGAATGCACGGCGGATC 610
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 584 ATAGGTTCACATACACTTATGTTCTCAAGGCTTGTGTTGCATCGGAATGCACGGTGAATC 643
Query 611 ATCTGACGAAAGGGAAAGAGATTCATGCACATCTTACTCGACGAGGTTACAATTCTCATG 670
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 644 ATCTGATGAAAGGGAAAGAGATTCATGCACATCTTACTCGACGAGGTTACAGTTCTCATG 703
Query 671 TTTACATCATGACTACGTTGGTGGACATGTATGCTCGATTTGGCTGTGTGGATTATGCCA 730
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 TTTACATTATGACTACGTTGGTGGACATGTATGCTAGATTTGGCTGTGTGGATTATGCCA 763
Query 731 GCTATGTGTTTAATGGAATGCCGGTGAGGAACGTTGTTTCTTGGAGCGCTATGATTGCCT 790
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 764 GCTATGTGTTTGGGGGAATGCCGGTGAGGAACGTTGTTTCTTGGAGCGCTATGATCGCCT 823
Query 791 GCTATGCAAAGAACGGGAAAGCTTTTGAAGCTCTGAGGACTTTCCGTGAAATGATGACCG 850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 824 GCTATGCAAAGAACGGGAAAGCTTTTGAAGCTCTGAGGACTTTCCGTGAAATGATGAGAG 883
Query 851 AAACTAAAGATTCATCTCCGAATTCTGTGACTATGGTTAGTGTGCTTCAAGCTTGTGCTT 910
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 AAACCAAAGATTCATCTCCGAATTCTGTGACTATGGTTAGTGTGCTTCAAGCTTGTGCTT 943
Query 911 CGCTTGCGGCTTTAGAGCAAGGGAGATTGATTCATGGGTACATACTCAGACGGGGGCTTG 970
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 944 CGCTTGCGGCTTTAGAGCAAGGGAAATTGATTCATGGGTACATACTCAGACGGGGGCTTG 1003
Query 971 ACTCCATATTACCGGTGATCAGTGCTCTTGTGACAATGTATGGTAGATGCGGTAAGCTCG 1030
|||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1004 ACTCCATATTGCCAGTGATCAGTGCTCTTGTGACGATGTATGGTAGATGCGGTAAGCTTG 1063
Query 1031 AAGTGGGACAGAGAGTATTTGATCGAATGCATGACAGGGATGTTGTATCCTGGAATTCCT 1090
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1064 AAGTGGGACAAAGAGTATTTGATCGAATGCATGACCGGGATGTTGTGTCCTGGAATTCCT 1123
Query 1091 TGATATCAAGCTATGGCGTTCACGGGTATGGAAGGAAAGCAATTCAGATATTTGAAGAGA 1150
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 TGATATCAAGCTATGGCGTTCACGGGTATGGAAAAAAAGCAATTCAGATATTTGAAGAGA 1183
Query 1151 TGCTCGCCAATGGGGCTTCTCCAACTCCCGTAACATTTGTCAGCGTTTTGGGGGCTTGCA 1210
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1184 TGCTCGCCAACGGGGCTTCCCCAACTCCCGTAACATTTGTCAGCGTTTTGGGAGCTTGCA 1243
Query 1211 GCCACGAGGGACTTGTTGAAGAAGGAAAAAGATTGTTTGAATCAATGTGGAGAGACCATG 1270
|||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1244 GCCACGAGGGTCTTGTTGAAGAAGGAAAGAGACTGTTTGAAACAATGTGGAGAGACCATG 1303
Query 1271 GGATAAAACCACAAGTCGAGCATTATGCTTGTATGGTTGATCTGTTAGGTCGGGCAAATA 1330
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1304 GGATAAAACCACAAATCGAACATTATGCTTGTATGGTTGATCTGTTAGGTCGGGCGAATA 1363
Query 1331 GGTTAGACGAGGCAGCAAAGATGGTACAAGACATGAGGACTGAACC-GGGACCTAAGGTT 1389
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1364 GGTTAGACGAGGCAGCAAAGATGGTACAAGACATGAGGACTGAACCAGGG-CCTAAGGTT 1422
Query 1390 TGGGGTTCCCTTCTCGGGTCTTGTAGAATTCACGGTAATGTTGAGCTTGCAGAGCGGGCG 1449
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423 TGGGGTTCCCTTCTTGGTTCTTGTAGAATTCACGGTAATGTTGAGCTTGCAGAGCGGGCG 1482
Query 1450 AGTAGAAGGCTCTTTGCACTTGAACCAAAAAATGCAGGGAACTATGTGTTGTTGGCAGAC 1509
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1483 AGTAGAAGGCTCTTTGCGCTTGAACCAAAAAATGCAGGGAACTATGTGTTGTTGGCAGAC 1542
Query 1510 ATTTACGCGGAAGCTCAGATGTGGGATGAGGTTAAGAGAGTGAAGAAGCTTCTAGAACAC 1569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543 ATTTACGCGGAAGCTCAGATGTGGGATGAGGTTAAGAGAGTGAAGAAGCTTCTAGAACAC 1602
Query 1570 CGGGGACTGCAGAAGCTGCCTGGTCGATGCTGGATGGAAGTGAGGAGAAAAATGTACTCA 1629
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1603 AGGGGACTGCAGAAGCTGCCTGGTCGATGCTGGATGGAAGTGAGGAGGAAAATGTACTCG 1662
Query 1630 TTTGTCTCGGTGGATGAGTTTAACCCTCTTATGGAACAGATTCATGCTTTCTTGGTTAAG 1689
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1663 TTTGTCTCGGTTGATGAGTTTAACCCTCTTATGGAACAGATTCATGCTTTCTTGGTTAAG 1722
Query 1690 TTAGCCGAAGATATGAAGGAGAAAGGGTACATACCACAGACCAAAGGAGTTCTGTATGAG 1749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1723 TTAGCCGAAGATATGAAGGAGAAAGGGTACATACCACAGACCAAAGGAGTTCTGTATGAG 1782
Query 1750 CTTGAAACAGAAGAAAAAGAGAGGATAGTGTTGGGACACAGTGAGAAACTGGCGTTGGCG 1809
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1783 CTTGAAACAGAAGAAAAAGAGAGGATAGTGTTGGGACACAGTGAGAAACTTGCGTTGGCG 1842
Query 1810 TTTGGGCTGATAAATACATCAAAAGGAGAACCAATTAGAATCACAAAGAACTTGCGTTTG 1869
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1843 TTTGGGCTGATAAATACATCGAAAGGAGAACCAATCAGAATCACGAAGAACTTGCGTTTG 1902
Query 1870 TGCGAGGACTGTCACTTGTTTACAAAGTTCATCTCAAAGTTTATGGAGAAGGAGATTCTT 1929
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1903 TGCGAGGACTGTCACTTGTTTACAAAGTTCATCTCGAAGTTTATGGAGAAAGAGATTCTA 1962
Query 1930 GTTAGAGATGTGAACCGGTTTCATAGGTTCAAGAATGGAGTGTGTTCTTGTGGAGATTAC 1989
|| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 GTCAGAGATGTGAACCGGTTTCATCGATTCAAGAATGGAGTGTGTTCTTGTGGAGATTAC 2022
Query 1990 TGGTAATACTTGTGGGGACTTATACATT 2017
||||||| | | ||||||||||||||||
Sbjct 2023 TGGTAATGCATATGGGGACTTATACATT 2050
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99949285095
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5