BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg937426
Length=2808
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G39340.1 | Symbols: | SAC3/GANP/Nin1/mts3/eIF-3 p25 family ... 3541 0.0
> AT2G39340.1 | Symbols: | SAC3/GANP/Nin1/mts3/eIF-3 p25 family
| chr2:16423639-16430108 FORWARD LENGTH=3642
Length=3642
Score = 3541 bits (1917), Expect = 0.0
Identities = 2065/2136 (97%), Gaps = 12/2136 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 685 AACTACCAACAATGGTCAGCATATTACAGCCAAACAGAAGTCCCCTGTGCCCCAGGCACC 744
||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1026 AACTACCAACAATGGACAGAATATTACAGCCAAACAGAAGTCCCCTGTGCCCCAGGCACA 1085
Query 745 GAAAAGCTGTCTACCACAACCACAAGTGCATATAGTCAGAGCTTTCCAGTTCCTGGTGTT 804
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1086 GAAAAGCTGTCTACCCCAACCACAAGTGCATATAGTCAGAGCTTTCCAGTTCCTGGTGTT 1145
Query 805 ACTAGTGAAATGCCTGCTTCAAATAGTCACCCTGCCCCGTCTTATGTCCAACCTTGGAGG 864
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1146 ACTAGTGAAATGCCTGCTTCAAATAGTCAGCCTGCCCCGTCTTATGTCCAACCTTGGAGG 1205
Query 865 CCGGAAACTGACACATCCCATCCACCTTCTCAGCAGCCTGGTGCAGCTGTTAGTACATCT 924
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 CCGGAAACTGACTCATCCCATCCACCTTCTCAACAGCCTGGTGCAGCTGTTAGTACATCT 1265
Query 925 AATGATGCTTACTGGATGCATCAAGCACCAAGTCTGCAAGCTCATCATCCTGTTCCACCT 984
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 AATGATACTTACTGGATGCATCAAGCACCAAGTCTGCAAGCTCATCATCCTGTTCCACCT 1325
Query 985 CAAAATCATTACCAGAGTCCTCTGGAGACAAAACCTTTATACGAGCCCCCCTTTCAGGGT 1044
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 1326 CAAAATAATTACCAGAGTCCTCTGGAGACAAAACCTTTATACGAGACTCCCTTTCAGGGT 1385
Query 1045 CATCAGAGAGCTACATATCCTCAAGAGATGAAATCCCAGTCTTCCTTTCACCAGGCACCT 1104
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 CATCAGAGAGCTACATATCCTCAAGAGATGAACTCCCAGTCTTCCTTTCACCAGGCACCG 1445
Query 1105 TTAGGCTATCGCCAGCCTACTCAGACAGCACCGTCAGTGGATTCGCAAAGGGTAAGCAAA 1164
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1446 TTAGGCTATCGCCAGCCTACTCAGACAGCACCGTTAGTGGATTCACAAAGGGTAAGCAAA 1505
Query 1165 GTACAGATTCCAACTAACCCTAGAATTGCTTCAAACTTGCCATCAGGTTTTACCAAAATG 1224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1506 GTACAGATTCCAACTAACCCTAGAATTGCTTCAAACTTGCCATCAGGTTTTACCAAAATG 1565
Query 1225 GATAAAGATAGTACAGCAGCCAGTGCAGCCCAAGCACCTGCATATGTTAGTGTTTCAATG 1284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 GATAAAGATAGTACAGCAGCCAGTGCAGCCCAAGCACCTGCATATGTTAGTGTTTCAATG 1625
Query 1285 CCAAAGCCTAAAGACCATACCACTGCTATGCCTGACCCTGGAACCTTCCCAAAATCGCTT 1344
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1626 CCAAAGCCTAAAGACCATACCACTGCTATGTCTGACCCTGGAACCTTCCCAAAATCGCTT 1685
Query 1345 CGTGGGTTTGTTGAGAGGGCTTTTGCACGCTGCAAAGATGATAAAGAAAAGGCATCTTGC 1404
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1686 CGTGGGTTTGTTGAGAGGGCTTTTGCCCGCTGCAAAGATGATAAAGAAAAGGAATCTTGC 1745
Query 1405 GAGGTTGCCCTGAGGAAGATCGTCAAAAAAGCTAAGGAGGATAATACTCTTTATACTCGA 1464
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 GAGGTTGCCCTGAGGAAGATTGTCAAAAAAGCAAAGGAGGATAATACTCTTTATACTCGA 1805
Query 1465 GATGGGGATACTGAGCCTCTCTCAACTGTCACTATCACAAATGTGACTAACTCTGAGTCG 1524
||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1806 GATTGGGATACTGAGCCTCTCTCAACTGTCACGACCACAAATGTGACTAACTCTGAGTCA 1865
Query 1525 AGCTCCACTCAGCTTTCTTCGTTACAAAATAAGAGCCCAACAAGACGACCCAAAAGTAGA 1584
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 AGCTCCGCTCAGCTCTCTTCGTTACAAAATAAGAGCCCAACAAGACGACCCAAAAGTAGA 1925
Query 1585 TGGGAGCCGTTAGTGGAAGGAAAACCTTTTGTGAAGCCAGCTTCAACTTTTAGCAGTGCT 1644
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1926 TGGGAGCCGTTGGTGGAAGGAAAACCTTTTGTGAAGCCAGCTTCAACTTTCAGCAGTGCT 1985
Query 1645 GTTAAATTTGGAGCTTCGAATCACCAAAATGAAAACAACAAAAAGAGCTCTGAGAGTTTT 1704
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1986 GTTAAATTTGGAGTTTGGAATCACCAAAATGAAAACAACAAAAAGAGCTCTGAGAGTTTT 2045
Query 1705 CAAAAGGTGGATGCTGCCACTGGCTTCAAGCCCACTTATTCTGGGCAAAATTCTGCaaaa 1764
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2046 CAAAAGGTGGATGCTGCCACTGGCTTCAAGCCCACTTATTCTGGGCAAAATTCTGCAAAA 2105
Query 1765 aaaaGTTTTCAGCGGCCTGTCAAGCGACAGCGTTTTTCTGGTGGTGCAGCTACTGCCATT 1824
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2106 AAAAGTTTCCAGCGGCCTGTCAAGCGACAGCGTTTTTCTGGTGGTGCAGCTACTGCCATT 2165
Query 1825 GATGATGAGGCATCTAGTGATAGTGACAAGGATTTGACACCTTACTATTCCAGTGCAATG 1884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2166 GATGATGAGGCATCTAGTGATAGTGACAAGGATTTGACACCTTACTATTCCAGTGCAATG 2225
Query 1885 GCACTTGCTAATTCTGCCGAGGAAAAGAAGCGACGTGATAGTCGTTCCAAGCGATTTGAA 1944
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2226 GCACTTGCTGGTTCTGCCGAGGAAAAGAAGCGACGTGATAGTCGTTCCAAGCGTTTTGAA 2285
Query 1945 AAAGTTCAAGGCCACAACCGAGGGAATGATCTTACAAAACCTAAGAATGCAAATGTTGGA 2004
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2286 AAAATTCAAGGCCACAGCCGAGGGAATGATCTTACAAAACCTAAGAATGCAAATGTTGGA 2345
Query 2005 AATTTGCATTCTAGAAGAGCCACTGCCTTGAGGCTTAGCAAATTTTTTGATGAAAGTGGC 2064
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2346 AATTTGCATTCTAGAAGAGCCACTGCCTTGAGGCTTAGCAAAGTTTTTGATGAAAGTGGC 2405
Query 2065 AGCAGAGCTGTAGAAGACATTGACTGGGATGCACTAACTGTTAAAGGCACTTGCCAGGAA 2124
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2406 AGCAGAGCTGTGGAAGACATTGACTGGGATGCACTAACTGTTAAAGGCACTTGCCAGGAA 2465
Query 2125 ATTGAGAAACGTTATCTCCGTCTGACTTCTGCGCCAGATCCTGCCACTGTAAGACCAGAA 2184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2466 ATTGAGAAACGTTATCTCCGTCTGACTTCTGCGCCAGATCCTGCCACCGTAAGACCAGAG 2525
Query 2185 GATGTGTTGGCAAAAGCTCTAATAATGGTTCAGGATTCTCAAAAGAATTATCTTTTTAAA 2244
||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2526 GATGTTTTGGAAAAAGCTCTGATAATGGTTCAGGATTCTCAAAAGAATTATCTTTTTAAA 2585
Query 2245 TGTGATCAACTAAAGTCTATTCGCCAAGACCTCACAGTACAATGGATACACAATCATTTA 2304
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2586 TGTGATCAACTAAAGTCTATTCGCCAAGACCTCACAGTACAACGGATACACAATCATTTA 2645
Query 2305 ACAGCTAAGGTTTATGAAACACATGCTAGATTGGCTTTGGAGGCAGGGGATTTATCTGAG 2364
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2646 ACAGCTAAGGTTTATGAAACACATGCTAGATTAGCTTTGGAGGCAGGGGATTTACCTGAG 2705
Query 2365 TATAATCAGTGCCTGTCACAGTTAAAAACTCTTTATGCGGAAGATATAGAAGGATGCTCT 2424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 2706 TATAATCAGTGCCTGTCACAGTTAAAAACTCTTTATGCGGAAGGTGTAGAAGGATGCTCT 2765
Query 2425 CTGGAGTTTGTTGCGTACAGTCTACTCTATAT-ACTCTACACTCTAACAACAACCGAGAA 2483
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2766 CTGGAGTTTGCTGCGTACAGTCTACTCTATATTACTCTACACTCTAACAACAACCGAGAA 2825
Query 2484 CTGCTATCATCCATGTCCAGA--A---GA------TAAGAAGGATGAAGCAGTCAGACAT 2532
||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2826 CTGCTATCATCCATGTCCAGATTATCCGAAGAAGATAAGAAGGATGAAGCAGTTAGACAT 2885
Query 2533 GCTCTTTCAGTTCGTGCAGCTGTCACATCAGGAAATTATGTTATGTTCTTCAGACTCTAC 2592
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2886 GCTCTTTCAGTTCGTGCAGCTGTCACATCAGGGAATTATGTTATGTTCTTCAGACTCTAC 2945
Query 2593 AAGACTGCACCGAACATGAATAGTTGCCTCATGGATCTCTATGTGGAGAAGATGTGTTAC 2652
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2946 AAGACTGCACCAAACATGAATAGTTGCCTCATGGATCTCTATGTGGAGAAGATGCGTTAC 3005
Query 2653 AAGGCTGTGAATTTTATGTCGCGTAGTTGTCGTCCTACAATCCCGGTCTCATACATAGTC 2712
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3006 AAGGCTGTGAATTTTATGTCTCGTAGTTGTCGTCCTACAATCCCGGTCTCATACATAGTC 3065
Query 2713 CAAGTGGTGGGCTTTACTGGTGCTGCAAGCGAAGGTACTGATGAAAAGGAGACTGATGGT 2772
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3066 CAAGTGTTGGGATTTACTGGTGCTGCAAGCGAAGGTACTGATGAAAAGGAGACCGATGGT 3125
Query 2773 ATGGAGGAGTGTTAGGAATGGCTAAAAACTCATGGT 2808
|||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3126 ATGGAGGACTGTTTGGAATGGCTAAAAACTCATGGT 3161
Score = 1033 bits (559), Expect = 0.0
Identities = 607/631 (96%), Gaps = 0/631 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 54 GAATCGATATGGTGCTGATGGAAGCCAAGCACATAAATATTCATATCAATACTCAACTGG 113
|||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 341 GAATCGATATGGTGTTGATGGAAGCCAAACACAGAAATATTCATATCAATACTCAACTGG 400
Query 114 GTCTGACAGTGCTCCATGGACAGCGCATTCTGTTGAAAATCAGGCTGTGGAGAATGGGAA 173
|||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 401 GTCTGAAAGTGCCCCATGGACAGGGCATTCTGTTGAAAATCAGGCTGTGGAGAATGGGAA 460
Query 174 CTATTCAAATTCAAACTATTACCATCCGCAGCCCACGGGGCCAGCCACAGGAAATGTGCA 233
||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 461 CTATTCAAATTCAAACTATTACCATCCACAGCCGACAGGGCCAGCCACAGGCAATGTGCA 520
Query 234 AGAAATACCGAATACTGCATCCTTCACTAGCTCATCGACGTCTGGAACTACAAATGTGGC 293
||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 521 AGAGATACCGAATACTGTATCCTTCACTATCTCATCGACGTCCGGAACTGCAAATGTGGC 580
Query 294 ACAAGAGTATAGTGGATATACGCCATACCTGACCTCTTCTGACCCACACAATTATTCAAA 353
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 581 ACAAGATTATAGTGGATATACGCCATACCAGACCTCTTCTGACCCACACAACTATTCAAA 640
Query 354 CACGGGATATTCCAATTACTACAGTGGTTATCAACAGCAACCTAGCCAGTCATATCCTCA 413
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 641 CACGGGATATTCCAATTACTACAGTGGCTATCAACAGCAACCTAGCCAGTCATATCCTCA 700
Query 414 GCCTGTAGGGGCTTATCAAAACACAGGTGCTCCTCAGCCTCTTTCCTCATTTCAGAATCC 473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 701 GCCTGTAGGGGCTTATCAAAACACAGGTGCTCCTCAGCCTCTTTCCTCATTTCAGAATCC 760
Query 474 AGGATCTTATGCTGGGACTGCAAGTTATTCAGGAACTTACTACAATCCTGCTGATTATCA 533
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 761 AGGATCTTATGCTGGGACTCCAAGTTATTCAGGAACTTACTACAATCCTGCTGATTATCA 820
Query 534 GACTGCTGGAGGTTACCAAAGTACAAATTATAACAACCAAACGGCTGGAAGTTACCCAAG 593
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 821 GACTGCTGGAGGTTACCAAAGTACGAACTATAACAACCAAACGGCTGGAAGTTACCCAAG 880
Query 594 TACAAATTACAGCAATCAGACTTCTGCTTCGAACCAGGGAAACTATACGGATTACACCTC 653
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 881 TACAAATTACAGCAATCAGACTCCTGCTTCGAACCAGGGAAACTATACGGATTACACCTC 940
Query 654 AAACCCTTATCAAAATTATACTCCTGACGCT 684
||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 941 AAACCCTTATCAAAATTATACTCCTGATGCT 971
Score = 84.2 bits (45), Expect = 6e-15
Identities = 52/55 (95%), Gaps = 2/55 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTTCAATTCGATTCTTCA-CACGAATGAAGAAGACACAAATTGGAGCTTCACTG 54
||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 214 TCTTCAATTCGATTCTTCATC-CGAACGAAGAAGACACAAATTGGAGCTTCACTG 267
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139514268483
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5