BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg938279 Length=2310 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G53700.1 | Symbols: MEE40 | Pentatricopeptide repeat (PPR) s... 3690 0.0 > AT3G53700.1 | Symbols: MEE40 | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr3:19900280-19902884 FORWARD LENGTH=2605 Length=2605 Score = 3690 bits (1998), Expect = 0.0 Identities = 2201/2300 (96%), Gaps = 10/2300 (0%) Strand=Plus/Plus Query 18 CTG-AAACTATGGCTTTCTCTTCGTGTCTCAAATTCTATCCATTTTCTATCTCTCAAGCT 76 ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 15 CTGAAAACTATGGCTTTCTCTTCATGTCTCAAATTCTATCCATTTTCTATCTCTCAAGCT 74 Query 77 GTAACCCTAACTCACCATTCCTTCTCTCTCAAGCTAACTCCTCCTTCTTCTACCATCTCT 136 |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 75 GTAACCCTAACTCATCATTCCTTCTCTCTCAATCTAACTCCTCCTTCTTCTACCATCTCC 134 Query 137 TTCGCTTCTCCTAACTCAGCAGCTCTCTCCTCTTCCGATGTCAAGCTTCTCGACTCACTC 196 |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 135 TTCGCTTCTCCTCACTCAGCAGCTCTCTCCTCTACCGATGTCAAGCTTCTCGACTCACTC 194 Query 197 CGTAGCCAGGCTGATGATTCCGCCGCACTTCGTCTCTTTAATCTGGCCTCTAAGAAGCCA 256 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 195 CGTAGCCAGCCTGATGATTCCGCCGCACTTCGTCTCTTTAATCTGGCCTCTAAGAAGCCA 254 Query 257 AATTTCTCACCTGAACCTGCTCTTTACGAGGAGATTCTCCTCCGGTTGGGTCGGTCTGGT 316 ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||| Sbjct 255 AATTTCTCACCTGAACCTGCTCTATACGAAGAGATTCTCCTTCGGCTAGGTCGGTCTGGT 314 Query 317 TCGTTTGATGATATG-AGAAAGATTCTGGAAGATATGAAGAACT-CAGGATGCGAAATGG 374 ||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||||| | || |||||||||||| Sbjct 315 TCGTTTGATGACATGAAGAAA-ATTCTTGAAGACATGAAGAGTTCCA-GATGCGAAATGG 372 Query 375 GTACTTCTCCTTTCTTGATATTAATCGAGAGTTATGCTCAATTCGAATTGCATGATGAGA 434 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| Sbjct 373 GTACTTCTACTTTCTTGATATTAATCGAGAGTTATGCTCAGTTCGAATTGCAAGATGAGA 432 Query 435 TTTTAGGTGTTGTTCATTGGATGATTGACGAATTCGGGTTAAAACCCGATACCCATTTTT 494 ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 433 TTTTAAGTGTTGTTGATTGGATGATTGACGAATTCGGGTTAAAACCCGATACCCATTTTT 492 Query 495 ATAACCGGATGCTGAATCTTCTCGTTGATGGGAATAATCTGAAACTTGTTGAGATTGCTC 554 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| Sbjct 493 ATAACCGGATGTTGAATCTTCTCGTTGATGGGAATAGTCTGAAACTCGTTGAGATTTCTC 552 Query 555 ACGCGAAGATGAGTGTTTGGGGGATTAAACCAGATGTATCTACGTTTAATGTTTTGATTA 614 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 553 ACGCGAAGATGAGTGTCTGGGGGATTAAACCAGATGTATCTACGTTTAATGTTTTGATCA 612 Query 615 AAGCTTTGTGTAGAGCTCATCAGCTTAGACCTGCGATTTTGATGTTGGAGGATATGCCGA 674 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 613 AAGCTTTGTGTAGAGCTCATCAGCTTAGACCTGCGATTTTGATGTTGGAGGATATGCCTA 672 Query 675 GTTACGGTCTAGTTCCTGATGAGAAGACATTTACAACGATTATGCAAGGCTACATTGAAG 734 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| Sbjct 673 GTTACGGTCTTGTTCCTGATGAGAAGACATTTACAACGGTTATGCAAGGCTATATTGAAG 732 Query 735 AAGGTGACTTGGATGGAGCTTTGAGGATTAGGGAACAGATGGTTGAGTTTGGGTGTTCAT 794 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 733 AAGGGGACTTGGATGGAGCTTTGAGGATTAGGGAACAGATGGTTGAGTTTGGTTGTTCAT 792 Query 795 GGTCTAATGTGAGTGTTAATGTTATTGTTCATGGTTTCTGCAAGGAAGGGAGAGTTGAAG 854 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| Sbjct 793 GGTCTAATGTGAGTGTTAATGTTATTGTTCATGGTTTTTGTAAGGAAGGGAGAGTCGAAG 852 Query 855 ACGCTCTCAATTTCATTCAGGAGATGTCTAATCAAGACGGGTTTTTCCCGGATCAGTATA 914 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 853 ACGCTCTCAATTTCATTCAGGAGATGTCTAATCAAGACGGGTTTTTTCCGGATCAGTACA 912 Query 915 CGTTTAACACGTTAGTTAACGGTTTGTGTAAAGCAGGCCATGTGAAGCATGCTATTGAGA 974 ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 913 CGTTTAATACGTTAGTTAATGGTTTGTGTAAAGCAGGGCATGTGAAGCATGCTATTGAGA 972 Query 975 TTATGGATGTGATGCTTCAGGAAGGGTATGATCCAGATGTGTATACATATAACTCGGTGA 1034 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 973 TTATGGATGTGATGCTTCAAGAAGGGTATGATCCAGATGTGTATACTTATAACTCGGTGA 1032 Query 1035 TCTCGGGTTTGTGTAAACTTGGAGAGGTGAAAGAAGCAGTGGAGGTTCTTGATCAGATGA 1094 | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1033 TTTCGGGTTTGTGTAAGCTTGGAGAGGTGAAAGAAGCAGTGGAGGTTCTTGATCAGATGA 1092 Query 1095 TCACTAGAGATTGTTCTCCAAACACGGTTACTTATAACACTTTGATCAGCACATTATGCA 1154 | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 1093 TTACTAGAGATTGTTCTCCGAACACGGTTACTTACAACACTTTGATCAGCACGTTATGTA 1152 Query 1155 AGGAGAATCAGGTTGAGGAAGCCACTGAGCTTGCCCGTGTTCTCACCAGCAAAGGGATTC 1214 | ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1153 AAGAGAATCAGGTCGAGGAAGCTACGGAGCTTGCCCGTGTTCTCACCAGCAAAGGGATCC 1212 Query 1215 TTCCTGACGTTTGTACATTTAACTCTCTGATACAAGGTTTGTGTTTGACTAGGAATCACC 1274 |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1213 TTCCTGACGTTTGTACATTTAACTCTTTGATCCAAGGTTTGTGTTTGACTAGGAATCACC 1272 Query 1275 GGGTCGCGATGGAGCTGTTCGAAGAGATGAGGAGCAAAGGATGTGAGCCTGACGAGTTCA 1334 |||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1273 GGGTTGCGATGGAGTTGTTTGAAGAGATGAGGAGCAAAGGATGTGAGCCTGACGAGTTCA 1332 Query 1335 CGTACAATATGCTGATTGATAGCTTATGCTCCAAAGGGAAGCTAGATGAAGCTCTAAACA 1394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1333 CTTACAATATGCTGATTGATAGCTTATGCTCCAAAGGGAAGCTAGATGAAGCTCTGAACA 1392 Query 1395 TGCTTAAACAAATGGAATTGAGTGGTTGTGCTCGGAGTGTGATAACTTACAACACTTTGA 1454 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1393 TGCTTAAACAAATGGAATTGAGTGGTTGTGCACGGAGTGTGATAACTTACAACACTTTGA 1452 Query 1455 TTGATGGGTTTTGCAAAGCCAACAAAATTAGAGAAGCCGAAGAGATATTCGATGAAATGG 1514 ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||| |||| Sbjct 1453 TTGATGGGTTTTGCAAAGCCAACAAGACTAGAGAAGCCGAGGAGATATTTGATGAGATGG 1512 Query 1515 AAGTACATGGAGTTTCAAGAAACTCCGTTACATACAACACACTCATCGATGGGCTTTGTA 1574 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1513 AAGTACATGGAGTTTCAAGAAACTCTGTTACATACAACACACTCATCGATGGGCTTTGTA 1572 Query 1575 AAAGCAGGCGAGTTGAAGACGCGTCTCAGCTCATGGATCAAATGATTATGGAAGGACAGA 1634 ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1573 AAAGCAGGCGAGTAGAGGACGCGGCTCAGCTCATGGATCAAATGATTATGGAAGGACAGA 1632 Query 1635 AACCTGACAAGTTCACATACAACTCGCTTCTAACACATTTCTGCAGAGGAGGTGACATAA 1694 |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1633 AACCTGACAAGTACACATACAACTCGCTTTTAACACATTTCTGCAGAGGAGGTGACATAA 1692 Query 1695 AGAAAGCTGCGGATATCGTGCAAGCCATGACCTCAAACGGGTGTGAACCAGACATTGTGA 1754 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1693 AGAAAGCTGCGGATATCGTGCAAGCCATGACCTCAAATGGGTGTGAACCAGACATTGTGA 1752 Query 1755 CCTATGGAACCTTGATAAGCGGTTTGTGTAAAGCTGGTAGAGTTGAAGTTGCAAGTAAGC 1814 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1753 CCTATGGAACCTTGATAAGCGGTTTGTGTAAAGCTGGTAGAGTTGAAGTTGCAAGTAAGC 1812 Query 1815 TTTTGAGGTCAATTCAGATGAAAGGGATTGCTTTGACACCGCATGCTTATAACCCGGTGA 1874 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1813 TTTTGAGGTCAATTCAGATGAAAGGGATTAATTTGACACCGCATGCTTATAATCCGGTGA 1872 Query 1875 TTCAAGGGTTGTTTAGAAAGAGGAAAACAACAGAAGCTATAAATTTGTTTAGAGAAATGC 1934 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1873 TTCAAGGGTTGTTTAGAAAGAGGAAAACAACAGAAGCTATAAATTTGTTTAGAGAAATGC 1932 Query 1935 TTGAACAGAATGAAGCTGCACCAGATGCAGTATCTTACAGAATTGTTTTCCGTGGGCTAT 1994 ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1933 TTGAACAGAATGAAGCTCCACCAGATGCAGTATCCTACAGAATCGTTTTCCGTGGGCTAT 1992 Query 1995 GTAATGGAGGTGGACCAATCCGTGAAGCAGTGGACTTTCTTGTTGAGCTGTTAGAGAAAG 2054 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1993 GTAATGGAGGTGGACCAATCCGTGAAGCAGTGGACTTTCTTGTTGAGCTGTTAGAGAAAG 2052 Query 2055 GGTTTGTGCCTGAGTTTTCTTCTTTGTACATGTTGGCTGAAGGTCTTCTCACTTTGTCAA 2114 | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2053 GATTTGTACCTGAGTTTTCTTCTTTGTACATGTTGGCTGAAGGTCTTCTCACTTTGTCAA 2112 Query 2115 TGGAAGAGACACTAGTCAAGTTAGTTAACATGGTGATGCAGAAAGCTAGATTCTCGGAGG 2174 ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2113 TGGAAGAAACACTAGTCAAGTTAGTGAACATGGTGATGCAGAAAGCTAGATTCTCGGAGG 2172 Query 2175 AAGAGGTTTCAATGGTGAAAGGTTTGCTTAAAATCAGGAAATTTCAGGACGCTTTGGCCA 2234 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2173 AAGAGGTTTCAATGGTGAAAGGTTTGCTTAAAATCAGGAAATTTCAGGACGCTTTGGCCA 2232 Query 2235 CTCTTGGCGGTGTCTTGGACAGTCGTCAGCCGAGGAGAACTTACCGGTCAAGATGATA-- 2292 |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2233 CTCTTGGCGGCGTCTTGGACAGTCGCCAGCCGAGGAGAACCTACCGGTCAAGATGATAGA 2292 Query 2293 --CCTTTAGAAAAAAGTATC 2310 |||||||||||| ||||| Sbjct 2293 TACCTTTAGAAAAA-GTATC 2311 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 114658044780 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5