BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg938279
Length=2310
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G53700.1 | Symbols: MEE40 | Pentatricopeptide repeat (PPR) s... 3690 0.0
> AT3G53700.1 | Symbols: MEE40 | Pentatricopeptide repeat (PPR)
superfamily protein | chr3:19900280-19902884 FORWARD LENGTH=2605
Length=2605
Score = 3690 bits (1998), Expect = 0.0
Identities = 2201/2300 (96%), Gaps = 10/2300 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 18 CTG-AAACTATGGCTTTCTCTTCGTGTCTCAAATTCTATCCATTTTCTATCTCTCAAGCT 76
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 15 CTGAAAACTATGGCTTTCTCTTCATGTCTCAAATTCTATCCATTTTCTATCTCTCAAGCT 74
Query 77 GTAACCCTAACTCACCATTCCTTCTCTCTCAAGCTAACTCCTCCTTCTTCTACCATCTCT 136
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 GTAACCCTAACTCATCATTCCTTCTCTCTCAATCTAACTCCTCCTTCTTCTACCATCTCC 134
Query 137 TTCGCTTCTCCTAACTCAGCAGCTCTCTCCTCTTCCGATGTCAAGCTTCTCGACTCACTC 196
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 135 TTCGCTTCTCCTCACTCAGCAGCTCTCTCCTCTACCGATGTCAAGCTTCTCGACTCACTC 194
Query 197 CGTAGCCAGGCTGATGATTCCGCCGCACTTCGTCTCTTTAATCTGGCCTCTAAGAAGCCA 256
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 195 CGTAGCCAGCCTGATGATTCCGCCGCACTTCGTCTCTTTAATCTGGCCTCTAAGAAGCCA 254
Query 257 AATTTCTCACCTGAACCTGCTCTTTACGAGGAGATTCTCCTCCGGTTGGGTCGGTCTGGT 316
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||
Sbjct 255 AATTTCTCACCTGAACCTGCTCTATACGAAGAGATTCTCCTTCGGCTAGGTCGGTCTGGT 314
Query 317 TCGTTTGATGATATG-AGAAAGATTCTGGAAGATATGAAGAACT-CAGGATGCGAAATGG 374
||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||| ||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 315 TCGTTTGATGACATGAAGAAA-ATTCTTGAAGACATGAAGAGTTCCA-GATGCGAAATGG 372
Query 375 GTACTTCTCCTTTCTTGATATTAATCGAGAGTTATGCTCAATTCGAATTGCATGATGAGA 434
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 373 GTACTTCTACTTTCTTGATATTAATCGAGAGTTATGCTCAGTTCGAATTGCAAGATGAGA 432
Query 435 TTTTAGGTGTTGTTCATTGGATGATTGACGAATTCGGGTTAAAACCCGATACCCATTTTT 494
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 433 TTTTAAGTGTTGTTGATTGGATGATTGACGAATTCGGGTTAAAACCCGATACCCATTTTT 492
Query 495 ATAACCGGATGCTGAATCTTCTCGTTGATGGGAATAATCTGAAACTTGTTGAGATTGCTC 554
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 493 ATAACCGGATGTTGAATCTTCTCGTTGATGGGAATAGTCTGAAACTCGTTGAGATTTCTC 552
Query 555 ACGCGAAGATGAGTGTTTGGGGGATTAAACCAGATGTATCTACGTTTAATGTTTTGATTA 614
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 553 ACGCGAAGATGAGTGTCTGGGGGATTAAACCAGATGTATCTACGTTTAATGTTTTGATCA 612
Query 615 AAGCTTTGTGTAGAGCTCATCAGCTTAGACCTGCGATTTTGATGTTGGAGGATATGCCGA 674
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 613 AAGCTTTGTGTAGAGCTCATCAGCTTAGACCTGCGATTTTGATGTTGGAGGATATGCCTA 672
Query 675 GTTACGGTCTAGTTCCTGATGAGAAGACATTTACAACGATTATGCAAGGCTACATTGAAG 734
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 673 GTTACGGTCTTGTTCCTGATGAGAAGACATTTACAACGGTTATGCAAGGCTATATTGAAG 732
Query 735 AAGGTGACTTGGATGGAGCTTTGAGGATTAGGGAACAGATGGTTGAGTTTGGGTGTTCAT 794
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 733 AAGGGGACTTGGATGGAGCTTTGAGGATTAGGGAACAGATGGTTGAGTTTGGTTGTTCAT 792
Query 795 GGTCTAATGTGAGTGTTAATGTTATTGTTCATGGTTTCTGCAAGGAAGGGAGAGTTGAAG 854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||
Sbjct 793 GGTCTAATGTGAGTGTTAATGTTATTGTTCATGGTTTTTGTAAGGAAGGGAGAGTCGAAG 852
Query 855 ACGCTCTCAATTTCATTCAGGAGATGTCTAATCAAGACGGGTTTTTCCCGGATCAGTATA 914
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 853 ACGCTCTCAATTTCATTCAGGAGATGTCTAATCAAGACGGGTTTTTTCCGGATCAGTACA 912
Query 915 CGTTTAACACGTTAGTTAACGGTTTGTGTAAAGCAGGCCATGTGAAGCATGCTATTGAGA 974
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 913 CGTTTAATACGTTAGTTAATGGTTTGTGTAAAGCAGGGCATGTGAAGCATGCTATTGAGA 972
Query 975 TTATGGATGTGATGCTTCAGGAAGGGTATGATCCAGATGTGTATACATATAACTCGGTGA 1034
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 973 TTATGGATGTGATGCTTCAAGAAGGGTATGATCCAGATGTGTATACTTATAACTCGGTGA 1032
Query 1035 TCTCGGGTTTGTGTAAACTTGGAGAGGTGAAAGAAGCAGTGGAGGTTCTTGATCAGATGA 1094
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033 TTTCGGGTTTGTGTAAGCTTGGAGAGGTGAAAGAAGCAGTGGAGGTTCTTGATCAGATGA 1092
Query 1095 TCACTAGAGATTGTTCTCCAAACACGGTTACTTATAACACTTTGATCAGCACATTATGCA 1154
| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1093 TTACTAGAGATTGTTCTCCGAACACGGTTACTTACAACACTTTGATCAGCACGTTATGTA 1152
Query 1155 AGGAGAATCAGGTTGAGGAAGCCACTGAGCTTGCCCGTGTTCTCACCAGCAAAGGGATTC 1214
| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1153 AAGAGAATCAGGTCGAGGAAGCTACGGAGCTTGCCCGTGTTCTCACCAGCAAAGGGATCC 1212
Query 1215 TTCCTGACGTTTGTACATTTAACTCTCTGATACAAGGTTTGTGTTTGACTAGGAATCACC 1274
|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 TTCCTGACGTTTGTACATTTAACTCTTTGATCCAAGGTTTGTGTTTGACTAGGAATCACC 1272
Query 1275 GGGTCGCGATGGAGCTGTTCGAAGAGATGAGGAGCAAAGGATGTGAGCCTGACGAGTTCA 1334
|||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1273 GGGTTGCGATGGAGTTGTTTGAAGAGATGAGGAGCAAAGGATGTGAGCCTGACGAGTTCA 1332
Query 1335 CGTACAATATGCTGATTGATAGCTTATGCTCCAAAGGGAAGCTAGATGAAGCTCTAAACA 1394
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1333 CTTACAATATGCTGATTGATAGCTTATGCTCCAAAGGGAAGCTAGATGAAGCTCTGAACA 1392
Query 1395 TGCTTAAACAAATGGAATTGAGTGGTTGTGCTCGGAGTGTGATAACTTACAACACTTTGA 1454
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 TGCTTAAACAAATGGAATTGAGTGGTTGTGCACGGAGTGTGATAACTTACAACACTTTGA 1452
Query 1455 TTGATGGGTTTTGCAAAGCCAACAAAATTAGAGAAGCCGAAGAGATATTCGATGAAATGG 1514
||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||| ||||
Sbjct 1453 TTGATGGGTTTTGCAAAGCCAACAAGACTAGAGAAGCCGAGGAGATATTTGATGAGATGG 1512
Query 1515 AAGTACATGGAGTTTCAAGAAACTCCGTTACATACAACACACTCATCGATGGGCTTTGTA 1574
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1513 AAGTACATGGAGTTTCAAGAAACTCTGTTACATACAACACACTCATCGATGGGCTTTGTA 1572
Query 1575 AAAGCAGGCGAGTTGAAGACGCGTCTCAGCTCATGGATCAAATGATTATGGAAGGACAGA 1634
||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1573 AAAGCAGGCGAGTAGAGGACGCGGCTCAGCTCATGGATCAAATGATTATGGAAGGACAGA 1632
Query 1635 AACCTGACAAGTTCACATACAACTCGCTTCTAACACATTTCTGCAGAGGAGGTGACATAA 1694
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1633 AACCTGACAAGTACACATACAACTCGCTTTTAACACATTTCTGCAGAGGAGGTGACATAA 1692
Query 1695 AGAAAGCTGCGGATATCGTGCAAGCCATGACCTCAAACGGGTGTGAACCAGACATTGTGA 1754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1693 AGAAAGCTGCGGATATCGTGCAAGCCATGACCTCAAATGGGTGTGAACCAGACATTGTGA 1752
Query 1755 CCTATGGAACCTTGATAAGCGGTTTGTGTAAAGCTGGTAGAGTTGAAGTTGCAAGTAAGC 1814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1753 CCTATGGAACCTTGATAAGCGGTTTGTGTAAAGCTGGTAGAGTTGAAGTTGCAAGTAAGC 1812
Query 1815 TTTTGAGGTCAATTCAGATGAAAGGGATTGCTTTGACACCGCATGCTTATAACCCGGTGA 1874
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1813 TTTTGAGGTCAATTCAGATGAAAGGGATTAATTTGACACCGCATGCTTATAATCCGGTGA 1872
Query 1875 TTCAAGGGTTGTTTAGAAAGAGGAAAACAACAGAAGCTATAAATTTGTTTAGAGAAATGC 1934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1873 TTCAAGGGTTGTTTAGAAAGAGGAAAACAACAGAAGCTATAAATTTGTTTAGAGAAATGC 1932
Query 1935 TTGAACAGAATGAAGCTGCACCAGATGCAGTATCTTACAGAATTGTTTTCCGTGGGCTAT 1994
||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1933 TTGAACAGAATGAAGCTCCACCAGATGCAGTATCCTACAGAATCGTTTTCCGTGGGCTAT 1992
Query 1995 GTAATGGAGGTGGACCAATCCGTGAAGCAGTGGACTTTCTTGTTGAGCTGTTAGAGAAAG 2054
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1993 GTAATGGAGGTGGACCAATCCGTGAAGCAGTGGACTTTCTTGTTGAGCTGTTAGAGAAAG 2052
Query 2055 GGTTTGTGCCTGAGTTTTCTTCTTTGTACATGTTGGCTGAAGGTCTTCTCACTTTGTCAA 2114
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2053 GATTTGTACCTGAGTTTTCTTCTTTGTACATGTTGGCTGAAGGTCTTCTCACTTTGTCAA 2112
Query 2115 TGGAAGAGACACTAGTCAAGTTAGTTAACATGGTGATGCAGAAAGCTAGATTCTCGGAGG 2174
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2113 TGGAAGAAACACTAGTCAAGTTAGTGAACATGGTGATGCAGAAAGCTAGATTCTCGGAGG 2172
Query 2175 AAGAGGTTTCAATGGTGAAAGGTTTGCTTAAAATCAGGAAATTTCAGGACGCTTTGGCCA 2234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2173 AAGAGGTTTCAATGGTGAAAGGTTTGCTTAAAATCAGGAAATTTCAGGACGCTTTGGCCA 2232
Query 2235 CTCTTGGCGGTGTCTTGGACAGTCGTCAGCCGAGGAGAACTTACCGGTCAAGATGATA-- 2292
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2233 CTCTTGGCGGCGTCTTGGACAGTCGCCAGCCGAGGAGAACCTACCGGTCAAGATGATAGA 2292
Query 2293 --CCTTTAGAAAAAAGTATC 2310
|||||||||||| |||||
Sbjct 2293 TACCTTTAGAAAAA-GTATC 2311
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114658044780
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5