BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg938377
Length=2308
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G54540.1 | Symbols: ATGCN4, GCN4 | general control non-repre... 3773 0.0
> AT3G54540.1 | Symbols: ATGCN4, GCN4 | general control non-repressible
4 | chr3:20189805-20192792 FORWARD LENGTH=2500
Length=2500
Score = 3773 bits (2043), Expect = 0.0
Identities = 2210/2292 (96%), Gaps = 6/2292 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 AATGGGTAAGAAGAAGTCAGACGAGAGTGCTGCTACCACGAAGGTGAAGCCAAGTGGGAA 79
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 100 AATGGGTAAGAAGAAGTCAGACGAGAGTGCTGCTACCACAAAGGTGAAGCCAAGTGGGAA 159
Query 80 AGATGCTTCTAAAGATTCTAAAAAGGAGAAATTATCAGTCTCCGCCATGCTTGCAGGCAT 139
||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 160 AGATGCTTCGAAAGATTCTAAAAAAGAGAAATTGTCAGTCTCGGCTATGCTTGCAGGCAT 219
Query 140 GGATCAGAAAGATGATAAACCGAAGAAGGGCTCATCATCTAGATCCAAAGCTGCTCCAAA 199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||
Sbjct 220 GGATCAGAAAGATGATAAACCGAAGAAGGGCTCATCATCTAGAACCAAGGCTGCTCCGAA 279
Query 200 ATCTACATCCTACACTGATGGCATAGATCTTCCTCCTTCTGACgaagaagatgaaggtga 259
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 280 ATCTACATCTTACACTGATGGCATAGATCTTCCTCCTTCTGATGAAGAAGACGACGGTGA 339
Query 260 atctgatgaggaagagagacagaaggaagcaaggaggaagctgaagagTGAACAAAGGCA 319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 340 ATCTGATGAGGAAGAGAGACAGAAGGAAGCAAGGAGGAAGCTGAAGAGTGAACAAAGGCA 399
Query 320 CCTTGAGATATCTGTGACTGATAAGGAACAAAAGAAGCGAGAGGTGAAAGAAAGATTAGC 379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 400 CCTTGAGATATCTGTGACTGATAAGGAACAAAAGAAGCGAGAGGCGAAAGAAAGATTAGC 459
Query 380 TCTCCAGGCTGCAGAGAT-GGCAAAGAGGGAGGCCT-TGAAGGACGACCATGATGCATTC 437
||| |||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 460 TCTTCAGGCTGCAGAG-TCGGCAAAGAGGGAGG-CTATGAAGGACGATCATGATGCATTC 517
Query 438 ACGGTTGTTATTGGAAGCAAGACCTCAGTGCTTGAAGGAGACGAC-TCGGCGGATGCAAA 496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||
Sbjct 518 ACGGTTGTTATTGGAAGCAAGACCTCAGTGCTTGAAGGAGACGACAT-GGCTGATGCAAA 576
Query 497 TGTTAAAGATATTACCATCGAATCTTTTTCTGTATCTGCTCGAGGTAAAGAGCTTTTGAA 556
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 577 TGTTAAGGATATTACCATAGAATCTTTTTCTGTATCTGCTCGAGGTAAAGAGCTTTTGAA 636
Query 557 GAATGCCTCTGTCAAGATTTCACATGGTAAAAGGTATGGGTTGATCGGGCCAAACGGAAT 616
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 637 GAATGCTTCTGTCAGGATTTCACATGGTAAAAGGTATGGGTTGATCGGGCCAAACGGAAT 696
Query 617 GGGAAAGTCTACACTGTTAAAGCTTTTAGCTTGGAGGAAGATTCCAGTGCCAAAGAATAT 676
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 697 GGGAAAGTCTACACTGTTAAAGCTTTTAGCTTGGAGGAAGATTCCAGTGCCAAAGAATAT 756
Query 677 TGATGTTCTTCTTGTTGAGCAAGAGGTGGTTGGTGATGAAAAGAGTGCTCTGAATGCAGT 736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 757 TGATGTTCTTCTTGTTGAGCAAGAGGTGGTTGGTGATGAAAAGAGTGCTCTGAATGCAGT 816
Query 737 TGTTTCTGCCAATGAAGAGTTGGTTAAGCTACGGGAAGAGGCTGAAGCTCTGCAGAAGTC 796
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 817 TGTCTCTGCCAATGAAGAGTTGGTTAAGCTACGGGAAGAGGCTGAAGCTCTGCAGAAGTC 876
Query 797 GTCTTCGGGAGCTGATGGAGAAAATGTTGATGGCGAGGATGATGATGATACTGGAGAAAA 856
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 877 GTCTTCTGGAGCTGATGGAGAAAATGTTGATGGTGAGGATGATGATGATACTGGAGAAAA 936
Query 857 GCTTGCTGAATTGTATGACAGGCTGCAAATTTTGGGGTCAGATGCTGCTGAAGCACAGGC 916
|||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 937 GCTTGCTGAACTGTATGACAGGCTGCAGATTTTAGGGTCAGATGCTGCTGAAGCACAGGC 996
Query 917 TTCCAAAATTCTTGCGGGGTTAGGTTTCACAAAAGATATGCAAGTGCGTCCAACTCAGTC 976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 997 ATCCAAAATTCTTGCGGGGTTAGGTTTCACAAAAGATATGCAAGTGCGTGCGACTCAGTC 1056
Query 977 CTTCAGTGGTGGCTGGAGGATGCGAATATCGTTAGCTAGAGCTCTGTTTGTGCAGCCTAC 1036
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1057 CTTCAGTGGTGGCTGGAGGATGCGAATATCATTAGCTAGAGCTCTGTTCGTGCAACCTAC 1116
Query 1037 TCTTTTACTGTTAGATGAACCCACTAACCATCTTGACCTGAGAGCTGTTCTATGGTTAGA 1096
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1117 CCTTTTGCTGTTAGATGAACCCACTAACCATCTTGACCTGAGAGCTGTTCTATGGTTAGA 1176
Query 1097 AGAGTATTTGTGTCGCTGGAAGAAGACGCTAGTTGTTGTTTCACATGACCGGGACTTCCT 1156
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177 GGAGTATTTGTGTCGCTGGAAGAAGACACTAGTTGTTGTTTCACATGACCGGGACTTCCT 1236
Query 1157 CAACACAGTCTGCACGGATATAATACATCTCCATGACCAGAATCTCCACTTCTATCGTGG 1216
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1237 CAACACAGTCTGCACGGAGATAATACATCTCCATGACCAAAATCTCCACTTCTACCGTGG 1296
Query 1217 TAATTTCGATGGTTTTGAAAGCGGATATGAGCAGCGTCGCAAGGAGATGAACAAAAAATT 1276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1297 TAATTTCGATGGTTTTGAAAGCGGATATGAGCAGCGTCGCAAGGAGATGAACAAAAAATT 1356
Query 1277 TGATGTCTATGAGAAACAGATTAAAGCAGCTAAGAGGACTGGAAACCGGGCTCAACAGGA 1336
||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1357 TGATGTCTACGACAAACAGATGAAAGCAGCGAAGAGGACTGGAAACCGGGGTCAACAGGA 1416
Query 1337 GAAGGTAAAGGACAGGGCCAAGTTTACTGCAGCAAAAGAAGCATCCAAGAGTAAGGCAAA 1396
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1417 GAAGGTAAAGGACAGGGCCAAGTTTACTGCTGCAAAAGAAGCATCCAAGAGTAAGTCAAA 1476
Query 1397 GGGTAAGGCACTGGATGAAGAAGGCCCAGCACCAGAAGCTCCAAGGAAATGGAGAGATTA 1456
||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1477 GGGCAAGACAGTGGATGAAGAAGGCCCAGCACCAGAAGCTCCAAGGAAGTGGAGAGATTA 1536
Query 1457 TAGTGTGGTGTTCCACTTTCCAGAACCAACCGAGCTCACTCCTCCTCTTCTACAGTTGAT 1516
||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1537 CAGTGTGGTGTTCCACTTCCCAGAACCAACTGAGCTCACTCCTCCTCTTCTGCAGTTAAT 1596
Query 1517 TGAGGTTAGCTTCAGCTACCCCAACAGGCCAGATTTCAGGCTCTCGAATGTTGATGTAGG 1576
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1597 TGAGGTTAGCTTCAGCTATCCCAACAGGCCAGATTTCAGACTCTCGAATGTTGATGTAGG 1656
Query 1577 TATCGATATGGGGACACGGGTTGCTATAGTTGGGCCTAACGGAGCAGGAAAGTCCACTCT 1636
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1657 TATCGATATGGGGACACGGGTTGCGATAGTTGGGCCTAACGGAGCAGGAAAGTCCACTCT 1716
Query 1637 ATTAAATCTTCTTGCGGGAGATTTAGTTCCAACAGAGGGTGAAATGAGAAGAAGCCAGAA 1696
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1717 ATTAAATCTTCTTGCGGGAGATTTAGTTCCAACAGAGGGTGAAATGAGAAGAAGCCAGAA 1776
Query 1697 GCTGAGGATTGGCAGGTATTCTCAGCACTTTGTTGACCTGTTGACAATGGGGGAAACACC 1756
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1777 GCTGAGGATTGGCAGGTATTCTCAGCATTTTGTTGACCTTTTAACAATGGGGGAAACACC 1836
Query 1757 GGTTCAGTATCTTCTTCGTCTTCATCCTGACCAAGAGGGATTTAGCAAGCAAGAGGCAGT 1816
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1837 GGTTCAGTATCTCCTTCGTCTTCATCCTGACCAAGAGGGATTTAGCAAGCAAGAGGCAGT 1896
Query 1817 GCGAGCGAAGCTAGGCAAGTTTGGGCTACCAAGTCACAACCACTTGTCTCCAATTGCGAA 1876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1897 GCGAGCGAAGCTAGGCAAGTTTGGGCTACCAAGTCACAATCACTTATCTCCAATTGCGAA 1956
Query 1877 ATTGTCCGGAGGACAAAAGGCTAGGGTTGTGTTCACCTCGATCTCAATGTCAAAGCCTCA 1936
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1957 ATTGTCTGGAGGACAAAAGGCTAGGGTTGTGTTCACCTCGATCTCAATGTCAAAACCACA 2016
Query 1937 CATTTTGCTTCTGGACGAGCCTACAAATCACTTAGACATGCAGAGTATAGATGCGTTGGC 1996
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2017 CATTTTGCTTCTGGACGAGCCTACAAATCACTTAGACATGCAGAGTATAGATGCCTTGGC 2076
Query 1997 GGATGCACTAGATGAGTTCACAGGTGGAGTTGTGTTGGTGAGTCACGACTCGAGACTCAT 2056
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2077 GGATGCACTAGATGAGTTCACAGGTGGAGTTGTGTTGGTGAGTCACGACTCGAGACTCAT 2136
Query 2057 ATCGCGTGTCTGTGCGGAAGAAGAGAAGAGTCAAATTTGGGTTGTAGAAGACGGAACAGT 2116
||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2137 ATCACGTGTATGTGCGGAAGAGGAGAAGAGTCAAATTTGGGTTGTAGAAGACGGAACAGT 2196
Query 2117 GAATTTCTTCCCAGGCACATTTGAAGAGTACAAAGAAGATCTCCAAAGAGAAATCAAAGC 2176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2197 GAATTTCTTCCCAGGCACATTTGAAGAGTACAAAGAAGATCTCCAAAGAGAAATCAAAGC 2256
Query 2177 AGAAGTTGATGAGTGAAGTTTTGTTGTTAGCTTCTAAGGTAAACTCAGTCTCCTTTATAT 2236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2257 AGAAGTTGATGAGTGAAGTTTTGTTGTTAGCTTCTAAGGTAAACTCAAACTCCTTTATGT 2316
Query 2237 TTTATAACAAACTCAAAAAGTTTTGGACAATTTTATTTTTAGCAGTCGTGTTCTTTCATC 2296
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2317 TTTATAACAAACTCAAAAAGTTTTGGACAATTTTATTTTTAGCAATCGTGTTCTTTCATC 2376
Query 2297 ATTTGTGCGTTA 2308
||||||||||||
Sbjct 2377 ATTTGTGCGTTA 2388
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114557643690
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5