BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg938592
Length=2938
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G56370.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase fa... 4695 0.0
> AT3G56370.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat protein kinase
family protein | chr3:20899099-20902981 REVERSE LENGTH=3416
Length=3416
Score = 4695 bits (2542), Expect = 0.0
Identities = 2810/2942 (96%), Gaps = 7/2942 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CGGAGAAGAGGATCGTGTAAAGATGTATACAGCTCTGATTTTTTCAGTCTTGTTGGTGTC 60
||||||||||| | ||| ||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 196 CGGAGAAGAGGGTTGTGGAAAGATGTACAAAGCACTGATTTTTACAGTCTTGTTGGTGTC 255
Query 61 GGTGGTGGCTCCGGTGAGATCTCTAGACCCGCCTTTAAACGACGACGTTTTGGGGCTCAT 120
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 256 GGCAGTAGCTCCGGTGAGATCTCTAGACCCGCCTTTAAACGACGACGTTTTAGGGCTCAT 315
Query 121 TGTATTCAAAGCCGATTTGCGAGATCCAGAGCAAAAGCTAGCTTCTTGGAACGAAGATGA 180
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 TGTCTTCAAAGCCGATTTACGAGATCCAGAGCAAAAGCTAGCTTCTTGGAACGAAGATGA 375
Query 181 CTACACTCCTTGTAGCTGGAATGGAGTCAAATGCCATCCGAGAACCAATCGAGTCACTGA 240
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 376 CTACACTCCTTGTAGTTGGAACGGAGTCAAATGCCATCCGAGGACGAATCGAGTCACTGA 435
Query 241 GTTAAACCTAGATGGCTTCTCTCTCTCTGGTCGAATTGGTCGTGGGTTACTTCAGCTCCA 300
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 436 GTTAAATCTAGATGGCTTCTCTCTGTCTGGTCGAATTGGTCGTGGCCTACTTCAGCTTCA 495
Query 301 GTTTCTTCATAAGCTCTCTTTGTCAAACAACAATCTCACGGGAATCATTAACCCTAATTT 360
||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 496 GTTTCTTCATAAGCTCTCTCTGTCCAACAACAATCTCACGGGAATCATTAACCCTAATAT 555
Query 361 GCTGCTGACCCTTGTTAACCTTAAAGTTGTCGACTTGAGTAGCAATGGCTTGTCTGGTTC 420
|||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 556 GCTGCTGAGCCTTGTTAACCTTAAGGTTGTTGACTTGAGTAGCAATGGCTTGTCTGGTTC 615
Query 421 GCTTCCTGATG-GTTTTTTCAGGCAATGTGGGTCATTAAGAGTTCTGTCTCTGGCCAAGA 479
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||
Sbjct 616 GCTTCCTGATGAG-TTTTTCAGGCAATGTGGGTCATTAAGAGTTTTATCTCTGGCGAAGA 674
Query 480 ACAAGCTAACGGGGAAGATTCCGGTTAGTATAAGCTCGTGTTCGTCTCTTGCTGCTTTAA 539
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 675 ACAAACTAACGGGGAAGATTCCGGTTAGTATAAGCTCGTGCTCGTCTCTTGCTGCTTTAA 734
Query 540 ACTTGTCCTCGAATAGTTTTTCTGGTTCTATGCCTTTGGGGATTTGGTCTTTGAACACTC 599
||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 ACTTGTCTTCCAATGGTTTTTCTGGTTCTATGCCTTTGGGGATTTGGTCTTTGAACACTC 794
Query 600 TAAGATCACTTGATTTGTCAAGAAATGAGTTAGAGGGGGAGTTTCCAGAGAAGATAGACA 659
||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 795 TAAGATCACTTGATTTGTCGAGGAATGAGTTAGAGGGAGAGTTTCCAGAGAAGATAGATA 854
Query 660 GATTGAACAACTTGCGTTCGCTTGATTTGAGTAGAAACCGGTTATCCGGTACTATTCCTA 719
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 855 GATTGAACAACTTGCGTGCGCTTGATTTGAGTAGAAACCGGTTATCTGGTCCTATTCCTA 914
Query 720 GCGAAATCGGGAGCTGTATGCTGCTGAAGACTATTGATCTTAGTGAAAACTCTCTATCAG 779
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 915 GCGAAATTGGGAGCTGTATGCTGCTGAAGACTATTGATCTTAGTGAAAACTCTCTATCAG 974
Query 780 GAAGCGTACCAGATACATTTCAGCAGCTCAGTTTGTGTTATTCTCTGAACTTGGGAAAGA 839
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 GAAGCTTACCAAATACATTTCAGCAGCTCAGTTTGTGTTATTCTCTGAACTTGGGAAAGA 1034
Query 840 ATGTGTTAGAAGGTGAAGTTCCAAAGTGGATTGGAGAAATGAGAAGTCTTGAGTA-TTTG 898
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||
Sbjct 1035 ATGCGTTAGAAGGTGAAGTTCCAAAGTGGATAGGAGAAATGAGGAGTCTTGAG-ACTTTG 1093
Query 899 GATCTTTCCATGAATAAGTTTTCAGGGCAGGTTCCAGACTCCATAGGCAACCTTTTAGCA 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1094 GATCTTTCCATGAATAAGTTTTCAGGGCAGGTTCCAGACTCCATAGGCAACCTTCTAGCA 1153
Query 959 CTGAAAGTTCTGAACTTTTCTGGGAATGGGCTTATTGGTAGCTTGCCGGACTCAACAGCC 1018
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1154 CTGAAAGTTCTCAACTTTTCTGGGAATGGGCTTATTGGTAGCTTGCCGGTCTCAACAGCC 1213
Query 1019 AACTGTATCAATCTCTTGGCTTTAGATTTTAGTGGGAACTCACTAACTGGAAATCTTCCC 1078
||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1214 AACTGTATCAACCTCTTGGCCTTAGATTTAAGTGGGAATTCACTAACTGGAAAGCTTCCC 1273
Query 1079 ATGTGGATATTTCAAGATGATTCTCGTGATGTTTCTGCATTTAAGAGTGATAATTCCACT 1138
|||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| |||||| || |||
Sbjct 1274 ATGTGGCTATTTCAAGATGGTTCTCGTGATGTGTCTGCATTAAAGAATGATAACTCTACT 1333
Query 1139 GGAGGTATCAAAAAGATCCAGGTGTTGGATCTCTCCCACAATTCCTTCTCTGGCGAGATT 1198
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1334 GGAGGTATCAAGAAGATCCAGGTTTTGGATCTCTCCCACAATGCATTCTCTGGCGAGATT 1393
Query 1199 GGAGCTGGTCTAGGAGATCTTAGAGACTTGGAGGGTTTGCATCTGTCCAGAAACTCTCTT 1258
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394 GGAGCTGGTCTAGGAGATCTTAGAGACCTGGAGGGATTGCATCTGTCCAGAAACTCTCTT 1453
Query 1259 ACCGGCCCCATCCCCAGTACCATTGGGGAACTAAAGCACTTGGGCGTCCTTGATTTGAGT 1318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1454 ACCGGCCCCATCCCCAGTACCATTGGGGAACTAAAGCACTTGAGCGTCCTTGATGTGAGT 1513
Query 1319 CACAATGAGCTTAGTGGAACGATTCCTCGAGAAACAGGTGGAGCTGTTTCTTTGGAGGGG 1378
|||||| |||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1514 CACAATCAGCTCAATGGAATGATTCCTCGAGAAACAGGTGGAGCTGTTTCTTTGGAGGAG 1573
Query 1379 TTGAGACTTGAAAATAACTTGTTGGAGGGAAGTATTCCATCTTCCATCAAGAATTGCAGT 1438
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574 TTGAGACTTGAAAATAACTTGTTGGAGGGAAATATTCCATCTTCCATCAAGAATTGCAGT 1633
Query 1439 TCCCTTCGGTCTTTGATTCTGTCACATAACAAGCTGATAGGCTCAATTCCACCAGAACTC 1498
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1634 TCCCTTCGGTCTTTGATCCTGTCACATAACAAGCTGCTAGGCTCAATTCCACCAGAGCTC 1693
Query 1499 GCGAAACTTACCAA-ACTCGAAGAAGTCGACTTATCATTTAATGAACTGACCGGAACGCT 1557
|| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1694 GCTAAACTTA-CAAGACTCGAAGAAGTCGACTTATCATTTAATGAACTGGCCGGAACACT 1752
Query 1558 TCCTAAACAGTTGGCTAATCTCGGCTATCTCCACACCTTCAACATATCTCATAACCATCT 1617
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1753 TCCTAAACAGTTGGCTAATCTCGGCTATCTTCACACATTCAACATATCTCATAACCATCT 1812
Query 1618 CTTTGGGGAACTACCTGCAGGTGGAATCTTCAACGGTTTATCCCCAAGTTCAGTTTCAGG 1677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1813 CTTTGGGGAACTACCTGCAGGTGGAATCTTCAACGGTTTATCCCCAAGTTCAGTATCAGG 1872
Query 1678 AAACCCGGGAATTTGCGGTGCTGTTGTCAATAAGTCTTGTCCTGCTGTCTCCCCTAAACC 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1873 AAACCCGGGAATTTGCGGTGCTGTTGTCAATAAGTCTTGTCCTGCCATCTCCCCTAAACC 1932
Query 1738 GATTGTGTTGAATCCTAATGCAACTTTCGATCCTTACTCGGGTGAAGTAGTGCCTCCTGG 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||
Sbjct 1933 GATTGTGTTGAATCCTAATGCAACTTTCGATCCTTACAATGGTGAAATAGTGCCTCCAGG 1992
Query 1798 TGCTGGTCACAAAAGGATACTCCTTAGTATATCTTCTTTGATAGCCATTAGTGCTGCTGC 1857
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1993 TGCTGGTCACAAAAGGATACTGCTTAGTATATCTTCTTTGATAGCCATTAGTGCTGCTGC 2052
Query 1858 AGCCATTGTGGTTGGTGTGATAGCCATCACAGTACTTAATCTGAGAGTCCGCGCATCAAC 1917
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2053 AGCCATTGTGGTTGGTGTAATAGCCATCACGGTACTTAATCTGAGAGTGCGCGCATCAAC 2112
Query 1918 GGTTTCAAGATCAGCTGTACCGCTCACGTTCTCAGGCGGAGATGACTTCAGCCGATCTCC 1977
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2113 GGTTTCAAGATCAGCAGTACCGCTCACGTTCTCAGGCGGAGATGACTTCAGTCGATCTCC 2172
Query 1978 CACTACTGACAGCAACTCAGGGAAGCTGGTGATGTTCTCTGGTGAACCTGATTTCAGCAC 2037
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2173 CACTACTGATAGCAACTCAGGGAAGCTGGTGATGTTCTCTGGTGAACCTGATTTCAGCAC 2232
Query 2038 TGGAACACATGCTCTACTGAACAAAGACTGTGAGCTCGGTCGAGGTGGATTTGGAGCAGT 2097
||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2233 TGGAACACATGCTCTGCTTAACAAAGACTGTGAGCTTGGTCGAGGTGGATTTGGAGCGGT 2292
Query 2098 CTACAGAACAGTTATCAGAGATGGGTATCCTGTAGCTATCAAGAAGCTCACTGTCTCAAG 2157
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2293 GTACAGAACAGTTATCAGAGATGGGTATCCTGTAGCTATCAAGAAGCTCACTGTCTCGAG 2352
Query 2158 TCTTGTGAAGTCTCAGGACGAATTCGAAAGAGAGGTCAAGAAACTTGGAAAACTCAGGCA 2217
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2353 TCTTGTCAAGTCTCAGGACGAATTCGAAAGAGAGGTGAAGAAACTTGGAAAACTCAGGCA 2412
Query 2218 TTCGAATCTGGTTAAACTCGAAGGATATTACTGGACAACTTCTCTTCAGCTTCTGATCTA 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2413 TTCGAATCTGGTTAAACTCGAAGGATATTACTGGACAACTTCTCTCCAGCTTCTGATCTA 2472
Query 2278 TGAGTTTCTCTCTGGTGGGAGTTTATACAAACACTTGCACGAAGCACCAGGAGGTAGTAG 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2473 TGAGTTTCTCTCTGGTGGGAGTTTATACAAACAGTTGCACGAAGCACCAGGAGGTAATAG 2532
Query 2338 TTCGCTTTCTTGGAATGATCGGTTCAACATTATCCTTGGTACAGCGAAATGCTTAGCCTA 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2533 TTCGCTTTCTTGGAATGATCGGTTCAACATTATCCTTGGTACAGCGAAATGCTTAGCTTA 2592
Query 2398 CTTGCACCAATCAAACATCATCCACTACAACATCAAATCGAGCAACGTGTTGCTAGACAG 2457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2593 CTTGCACCAATCAAACATCATCCACTACAACATCAAATCGAGCAACGTGTTGCTAGACAG 2652
Query 2458 CTCTGGTGAGCCTAAAGTAGGAGACTACGGATTAGCGAGGCTGTTACCCATGCTAGATAG 2517
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2653 CTCTGGTGAGCCTAAAGTAGGAGACTACGGATTAGCGAGGCTGTTACCTATGCTAGATAG 2712
Query 2518 GTACGTGCTGAGCAGCAAGATACAGAGTGCTTTGGGATACATGGCTCCAGAGTTTGCTTG 2577
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2713 GTACGTGCTGAGTAGCAAGATACAGAGTGCGTTGGGATACATGGCTCCAGAGTTTGCTTG 2772
Query 2578 TAGAACGGTGAAAATAACAGAGAAATGCGATGTTTATGGATTTGGAGTCTTGGTTCTTGA 2637
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2773 TAGAACGGTGAAAATAACAGAGAAATGTGATGTTTATGGATTTGGAGTCTTGGTCCTTGA 2832
Query 2638 AGTGGTTACAGGTAAAAAGCCTGTGGAGTATATGGAAGATGATGTTGTGGTTCTGTGTGA 2697
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2833 AGTGGTTACAGGTAAAAAGCCTGTGGAGTATATGGAAGATGATGTTGTGGTTTTGTGTGA 2892
Query 2698 TATGGTGAGAGAAGCTCTTGAAGATGGAAGAGCAGATGAATGTATTGATCCGAGGCTGCA 2757
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2893 TATGGTGAGAGAAGCTCTTGAAGATGGAAGAGCAGATGAATGTATTGACCCAAGGCTGCA 2952
Query 2758 AGGGAAGTTTCCGGTAGAAGAAGCAGTTGCAGTGATAAAGCTAGGGCTTATTTGCACTTC 2817
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2953 AGGGAAGTTTCCGGTAGAAGAAGCGGTTGCAGTGATAAAGCTAGGGCTTATTTGCACTTC 3012
Query 2818 TCAGGTTCCATCAAGTAGACCACATATGGGAGAAGCTGTTAACATATTGAGGATGATCAG 2877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3013 TCAGGTTCCATCAAGTAGACCACATATGGGAGAAGCTGTTAACATATTGAGGATGATCAG 3072
Query 2878 ATGCCCTTCAGGGAGCTCAGATGAGTTGGGTTCGAGTTGAAAAGAAAGTAAAA-ACTAAC 2936
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||
Sbjct 3073 ATGCCCTTCAGGGAGCTCAGATGAGTTGGGTTCAAGTTGAAAAGAAGGTTAAAGACTAAC 3132
Query 2937 AT 2938
||
Sbjct 3133 AT 3134
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 146035971073
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5