BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg938625
Length=2412
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G56640.1 | Symbols: SEC15A | exocyst complex component sec15... 4015 0.0
> AT3G56640.1 | Symbols: SEC15A | exocyst complex component sec15A
| chr3:20981381-20984336 FORWARD LENGTH=2456
Length=2456
Score = 4015 bits (2174), Expect = 0.0
Identities = 2314/2383 (97%), Gaps = 3/2383 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 TCTCTCAGAATGATGGAGGCCAAACCAAAAAGGAGGATTGTTACAGAGAATGGAGATACA 68
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 76 TCTATC-GAATGATGGAGGCCAAACCAAAAAGGAGGATTGTTACAGAGAATGGAGATACA 134
Query 69 GGGGAGGATTTAGTTCTTGCTACATTGATTGGAAACGGAGATGATGTGGGTCCTCTTGTT 128
|| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 135 GGTGAAGATTTAGTTCTTGCAACATTGATTGGAAACGGTGATGATGTAGGTCCTCTCGTT 194
Query 129 AGGCATGCTTTTGAAATGGGGCGGCCTGAGCCTCTCGTTCATCAGCTCAAAAACGTGGCC 188
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 195 AGGCATGCTTTCGAAATGGGGAGGCCTGAGCCTCTCGTTCATCAGCTCAAAAATGTGGCG 254
Query 189 AGGAAGAAGGAAGCTGAAATCGAGGATCTATGCAAGACCCACTATGAAGAATTCATTGTT 248
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 255 AGGAAGAAGGAAGCTGAAATTGAGGATCTATGCAAGACTCACTATGAAGAATTTATTGTT 314
Query 249 GCGGTTGATGAGCTCCGTGGTGTGTTAGTTGACGCTGAAGAGCTTAAGAGTGACCTTGCA 308
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 315 GCAGTTGATGAGCTTCGTGGTGTGTTAGTTGACGCTGAAGAGCTTAAGAGTGATCTTGCA 374
Query 309 AGTGACAATTTCCGCTTGCAAGAGGTTGGTAGTGCCTTATTGG-TAAAGCTGGAAGAGCT 367
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 375 AGTGACAATTTCCGTTTGCAAGAGGTTGGTAGTGCCTTATTGGTTAAA-CTGGAAGAGCT 433
Query 368 TCTCGAGTCTTATGCAATCAAGAAGAATGTAACTGAAGCTATTAAAATGTCAAAGATCTG 427
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 434 TCTCGAGTCTTATGCAGTCAAGAAGAATGTAACCGAAGCTATTAAAATGTCGAAGATCTG 493
Query 428 CGTTCAAGCGCTGGAGTTGTGTGTTAAATGTAATAGTTACATATCTGAAGGCCAGTTTTA 487
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 494 CGTTCAAGCACTGGAGTTGTGTGTTAAATGTAATAGTTACATATCTGAAGGACAGTTTTA 553
Query 488 CCATGCCCTGAAAACCATGGATTTGATTGAGAGGAGTTACCTGAAGCTTATCCCACTTAA 547
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 554 CCATGCCCTGAAAACCATGGATTTGATTGAGAAGAGTTACCTGAAGCTTATCCCACTTAA 613
Query 548 GGTTCTAAAGTTGGTTATAGAGAGAAGAATTCCAGTGATCAAGACACACATTGAGAAAAA 607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 614 GGTTCTAAAGTTGGTTATAGAGAGAAGAATTCCAGTGATCAAGACTCACATTGAGAAAAA 673
Query 608 AGTGTGCAGCCAATTTAATGAATGGCTTGTTCACATTAGGAGTTCCTCAAAAAATATTGG 667
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 674 AGTGTGTAGCCAATTTAATGAATGGCTTGTTCACATTAGGAGTTCCTCTAAAAATATTGG 733
Query 668 ACAGACTGCTATTGGCCTCACCGCTTCAGCTCGCCAGAGGGAAGAAGAAATGCTGGAACG 727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 734 ACAGACTGCTATTGGCCTCACCGCTTCAGCTCGCCAGAGGGAAGAAGAAATGCTGGAACG 793
Query 728 TCAGAGGAGAGCAGAGGAACAAAACACTGGGGGTTTGGGAGAATTGGCTTACACTTTAGA 787
||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 794 TCAGAGGAGAGCAGAGGAACAGAATACAGGTGGTTTGGGAGAATTGGCATACACTTTAGA 853
Query 788 TGTTGAAGATTCGGAACAAGATTCTGTTTTAAAGTTTGATCTCACACCTCTGTATCGAGC 847
||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 854 TGTTGAAGACTCGGAACAAGACTCTGTATTGAAGTTTGATCTGACACCTCTGTATCGAGC 913
Query 848 TTATCACATCCACACTATTCTTGGAGTCCCAGAACGATTTCGTGACTATTACTATGAGAA 907
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 914 TTATCACATCCACACTATTCTTGGAGTCCCAGAACGGTTCCGTGACTATTACTATGAGAA 973
Query 908 TAGGCTACTACAGCTCCAATCAGATCTGCAGATCTCTTATACACAGCCATTTGTGGAATC 967
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 974 TAGGCTACTACAGCTCCAATCAGATCTGCAGATCACTTATACACAGCCATTTGTGGAATC 1033
Query 968 ATACCAAACATTTCTAGCCCAGGTTGCAGGATATTTCATTGTGGAGGATCGGGTGATTAG 1027
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1034 ATACCAAACATTTCTAGCCCAGGTTGCAGGATATTTCATTGTGGAGGATCGGGTGATTAG 1093
Query 1028 GACAGCTGGAGATTTCTTGTTGGCTGATCAAGTTGAGACAATGTGGGAAACGGCCATTTC 1087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1094 GACAGCTGGAGATTTCTTGTTGGCTGATCAAGTTGAGACAATGTGGGAAACAGCCATTTC 1153
Query 1088 CAAAATTGTAGCGATATTGGAGAACCAATTTGCCAGAATGGATTCGCCTACTCATCTGCT 1147
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154 CAAAATTGTAGCCATATTGGAGAACCAATTTGCCAGAATGGATTCGCCTACTCATCTGCT 1213
Query 1148 TTTGGTGAAAGATTATGTAACTCTCCTTGGCACAACCCTTAGACAGTACGGTTATGAAGT 1207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 TTTGGTGAAAGATTATGTAACTCTCCTTGGCACAACCCTTAGACAGTACGGTTATGAAGT 1273
Query 1208 GGGTCCAGTTCTTGATGCTCTTGACAAGAGCCGAGATAAATACCACGAGCTTCTTCTTGA 1267
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 GGGTCCAGTTCTTGATGCCCTTGACAAGAGCCGAGATAAATACCACGAGCTTCTTCTTGA 1333
Query 1268 AGAGTGTCGAAAGCAAATCGTGACTGCTATTACAGAGGACACTTATCAGCAGATGGTAAT 1327
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334 AGAGTGTCGAAAGCAAATTGTGACTGCTATTACAGAGGACACTTATCAGCAGATGGTAAT 1393
Query 1328 CAAGAAGGAAGCTGACTATGAAAACAATGTCTTGTCGTTTAATCTTCAGACCTCAGACAT 1387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394 CAAGAAGGAAGCTGACTATGAAAACAATGTCTTGTCGTTTAATCTTCAGACCTCAGACAT 1453
Query 1388 TATGCCGGCTTTCACTTACATTGCGCCGTTCTCTTCTATGGTGCCAGATGTATGCCGCAT 1447
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1454 TATGCCGGCTTTCACTTACATTGCGCCCTTCTCTTCTATGGTGCCAGATGTTTGCCGCAT 1513
Query 1448 CATCAGGTCATACATAAAAGGATCTGTTGATTACTTGTCATATGGAGTGAACACTAACTT 1507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1514 CATCAGGTCATACATAAAAGGATCTGTTGATTACTTGTCCTATGGAGTGAACACTAATTT 1573
Query 1508 TTTCAGTGTTCTGAGGAAGTACCTTGACAAAATCTTGATTGATGTATTGAACGAAGTTAT 1567
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574 TTTCAGTGTTCTGAGGAAGTACCTCGACAAAATCTTGATTGATGTATTGAACGAAGTTAT 1633
Query 1568 CCTCGAGACGATTAGCAACAATTCAATTGGTGTATCTCAAGCTATGCAGATTGCAGCGAA 1627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1634 CCTCGAGACGATTAGCAACAATTCAATTGGTGTATCTCAAGCTATGCAGATTGCAGCAAA 1693
Query 1628 CATATCTTTTCTAGAAAAGGCCAGTGACTATTTTCTCCGGCATGCAGCTCAACTTTGTGG 1687
||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1694 CATATCTTTCCTCGAAAAGGCCAGTGATTATTTTCTCCGACATGCAGCTCAACTTTGTGG 1753
Query 1688 CATCCCAAGCCGATCAGTTGAGAGGCCTCAAGCTAGTTTAGCTGCAAAGGTTGTCCTCAA 1747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1754 CATCCCAAGCCGATCAGTTGAGAGGCCTCAAGCTAGTTTAGCTGCAAAGGTTGTCCTCAA 1813
Query 1748 AACATCAAGAGACGCAGCCTATCTTGCTTTGCTGAATGTGGTTAACACCAAGTTGGACGA 1807
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1814 AACATCAAGAGACGCAGCCTATCTTGCTTTGTTGAATGTGGTTAACACCAAGTTGGACGA 1873
Query 1808 GTTCATGAAGCTCACAGAAAACGTGAACTGGACTACAGAGGAAATGCCACAAGGGCCGCA 1867
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874 GTTCATGAAGCTCACAGAAAATGTTAACTGGACTACAGAGGAAATGCCACAAGGGCCGCA 1933
Query 1868 CGAGTACATAAACGAGGTTGTTATATACCTCGAGACTGTTATGTCAACGGCACAACAGAT 1927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1934 CGAGTACATAAACGAGGTTGTTATATACCTCGAGACTGTTATGTCAACGGCACAACAGAT 1993
Query 1928 CCTCCCAATGGATGCCTTATACAAAGTTGGAGTTGGGGCTATCGAGCATATCTCAAACTC 1987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1994 CCTCCCAATGGATGCCTTATACAAAGTTGGAGTTGGGGCTATCGAACATATCTCAAACTC 2053
Query 1988 CATTGTCTCTACATTCCTCAGCGATAGCATCAAGAGATTCAATGCTAATGCAGTCTCGGC 2047
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2054 CATCGTCTCTACATTCCTCAGCGATAGCATCAAGAGATTCAATGCTAATGCAGTCTCGGC 2113
Query 2048 CATTAACCACGATCTGAGAGTGATAGAAAACTTTGCTGATGAGAGATATCACTCAAGCGG 2107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2114 CATTAACCACGATCTGAGAGTGATAGAAAACTTTGCTGATGAGAGATATCACTCAAGCGG 2173
Query 2108 GTTGAACGAGATCTACAAAGAAGGAAGCTTTAGAAGCTATCTAGTTGAAGCTAGGCAGCT 2167
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 2174 GTTAAATGAGATCTACAAAGAAGGAAGCTTTAGAAGCTATCTGGTTGAAGCTAGGCAGTT 2233
Query 2168 GATAAACCTGTTGTCGAGTAGCCAACCCGAGAACTTCATGAACCCGGTGATTAGAGAGAG 2227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2234 GATAAACCTGTTGTCGAGTAGCCAACCCGAGAACTTCATGAACCCGGTGATTAGAGAGAG 2293
Query 2228 GAACTACAACACTTTGGATTACAAAAAAGTGGCTACAATCTGCGAGAAGTTTAAGGATTC 2287
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2294 GAACTACAACACTTTGGATTACAAGAAAGTGGCTACGATCTGCGAGAAGTTTAAGGATTC 2353
Query 2288 TGCAGACGGGATATTCGGAAGCCTGGCAAATAGAAACACAAAGCTGACAGCCAAGAAGAA 2347
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2354 TGCAGACGGGATATTCGGAAGCCTGGCTAATAGAAACACAAAGCTGACAGCCAAGAAGAA 2413
Query 2348 ATCGATGGACATGCTCAAGAAGAGACTCAAGGAATTTAACTGA 2390
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2414 ATCGATGGACATGCTCAAGAAGAGACTCAAGGAATTTAACTGA 2456
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119778500370
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5