BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg938734
Length=2364
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G57520.1 | Symbols: AtSIP2, SIP2 | seed imbibition 2 | chr3:... 3831 0.0
> AT3G57520.1 | Symbols: AtSIP2, SIP2 | seed imbibition 2 | chr3:21288765-21293158
REVERSE LENGTH=2761
Length=2761
Score = 3831 bits (2074), Expect = 0.0
Identities = 2257/2348 (96%), Gaps = 2/2348 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTAGAAGCGGCGTTGAGAAGATGACGATTACATCAAATATCTCTGTACAGAACGACAAC 60
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 202 TCTAGAAGCGGTGTTGAGAAGATGACGATTACATCAAATATCTCTGTACAGAACGATAAC 261
Query 61 CTCGTTGTTCAAGGGAAGACTATCCTTACCAAAATCCCCGACAACATTATCCTTACTCCG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 262 CTCGTTGTTCAAGGGAAGACTATCCTTACCAAAATCCCTGACAACATTATCCTAACTCCG 321
Query 121 GTTACCGGTAATGGATTCGTTTCCGGTGCATTTATAGGCGCGACGTTTGAACAAAGCAAG 180
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 322 GTTACCGGTAATGGATTCGTTTCCGGTTCATTTATAGGCGCGACGTTTGAACAAAGCAAG 381
Query 181 AGTCATCATGTGTTCCCCGTCGGTGTATTGGAGGGTCTTCGATTCATGTGCTGTTTCCGG 240
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 382 AGTCTTCATGTGTTCCCCATCGGTGTATTGGAGGGTCTTCGGTTCATGTGCTGTTTCCGG 441
Query 241 TTTAAACTATGGTGGATGACTCAGAGAATGGGAAGCTGTGGAAAAGACATTCCTTTGGAG 300
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 TTTAAGCTATGGTGGATGACTCAGAGAATGGGAAGCTGTGGAAAAGACATTCCTTTGGAG 501
Query 301 ACACAGTTCATGCTACTGGAGAGCAAGGATGAGGTTGAAGGAAATGGGGATGATGCTCCG 360
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 502 ACACAGTTCATGCTACTGGAAAGCAAGGATGAGGTTGAAGGGAATGGGGATGATGCTCCT 561
Query 361 ACTATTTATACCGTCTTTCTTCCTCTTCTTGAAGGCCAGTTCAGAGCTGTTCTCCAAGGA 420
||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 562 ACTGTTTATACCGTCTTTCTCCCTCTCCTTGAAGGCCAGTTCAGAGCTGTTCTGCAAGGA 621
Query 421 AATGAGAAGAATGAGATAGAGATTTGTCTTGAGAGCGGAGATAAGGCGGTGGAAACTAGC 480
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 622 AATGAGAAGAATGAGATTGAGATTTGTTTTGAGAGTGGAGATAAGGCGGTGGAAACTAGC 681
Query 481 CAGGGAACTCATCTCGTCTATGTTCATGCTGGAACCAATCCCTTTGAAGTTATCAGACAA 540
||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 CAGGGAACTCACCTTGTTTATGTTCATGCTGGAACCAATCCCTTTGAAGTTATCAGACAA 741
Query 541 TCCGTAAAGGCTGTGGAGAGACACATGCAGACATTTCATCATCGTGAGAAGAAGAAGCTT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 TCCGTAAAGGCTGTGGAGAGACACATGCAGACATTTCATCATCGTGAGAAGAAGAAGCTT 801
Query 601 CCTTCTTTCCTTGACTGGTTTGGCTGGTGCACATGGGACGCTTTCTACACAGATGTGACT 660
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 CCTTCTTTCCTAGACTGGTTTGGCTGGTGCACATGGGACGCTTTCTACACAGATGTGACT 861
Query 661 GCCGAAGGTGTTGATGAAGGCCTTAAAAGTCTTTCTGGAGGAGGTACCCCTCCAAAGTTT 720
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 862 GCCGAGGGTGTTGATGAAGGCCTTAAAAGTCTTTCTGAAGGAGGTACCCCTCCGAAGTTT 921
Query 721 CTGATCATAGACGATGGTTGGCAACAAATAGAAAACAAAGAGAAAGATGAAAACTGCGTT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 CTGATCATAGACGATGGTTGGCAACAAATAGAAAACAAAGAGAAAGATGAAAACTGCGTT 981
Query 781 GTTCAGGAAGGAGCACAGTTTGCTACTAGGCTTGTTGGTATCAAGGAGAATGCAAAATTT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 GTTCAGGAAGGAGCACAGTTTGCTACTAGGCTTGTTGGTATCAAGGAGAATGCAAAATTT 1041
Query 841 CAGAAGAGTGATCAGAAGGACACACAAGTATCAGGACTAAAGAGTGTCGTTGACAATGCG 900
|||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1042 CAGAAGAGTGATCAGAAGGATACGCAAGTGTCAGGACTAAAGAGTGTAGTTGACAATGCG 1101
Query 901 AAGCAGCGGCATAACGTGAAGCAAGTTTATGCGTGGCATGCTTTAGCTGGATACTGGGGT 960
|||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 AAGCAGCGCCATAATGTGAAGCAAGTTTATGCATGGCATGCTTTAGCTGGATACTGGGGT 1161
Query 961 GGAGTTAAACCCGCTGCTTCTGGGATGGAACACTATGATAGTGCATTAGCATACCCAGTT 1020
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 GGAGTAAAACCCGCTGCTTCTGGAATGGAACACTATGATAGTGCATTAGCATACCCAGTT 1221
Query 1021 CAGTCCCCAGGTGTCTTAGGGAACCAACCAGATATAGTAATGGACAGCCTTGCTGTTCAT 1080
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 CAGTCTCCAGGTGTCTTAGGGAACCAACCAGATATAGTAATGGACAGCCTTGCTGTTCAT 1281
Query 1081 GGTCTCGGACTTGTCAACCCGAAGAAAGTTTTCAACTTCTACAACGAACTGCATTCATAC 1140
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 GGTCTCGGACTTGTCAATCCGAAGAAAGTTTTCAACTTCTACAACGAACTGCATTCATAC 1341
Query 1141 TTGGCTTCATGTGGTGTAGACGGAGTCAAAGTTGATGTCCAGAACATCATTGAAACCCTC 1200
||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 TTGGCTTCATGTGGTATAGATGGAGTCAAAGTTGACGTCCAGAACATCATTGAAACCCTA 1401
Query 1201 GGTGCTGGTCTTGGCGGGAGAGTCTCTCTCACTCGTAGCTACCATCAAGCTTTAGAAGCT 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1402 GGTGCTGGTCTTGGCGGGAGAGTCTCTCTCACTCGTAGCTACCAGCAAGCTTTAGAAGCT 1461
Query 1261 TCCATTGCCCGGAACTTCACAGATAATGGTTGCATATCTTGCATGTGTCACAACACAGAC 1320
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462 TCAATTGCCCGGAACTTCACAGATAATGGTTGCATATCTTGCATGTGTCACAACACAGAC 1521
Query 1321 GGACTTTACAGCGCGAAACAAACCGCTATTGTTAGAGCATCCGATGATTTCTACCCAAGA 1380
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 GGACTTTACAGCGCAAAACAAACCGCTATTGTTAGAGCTTCCGATGATTTCTACCCAAGA 1581
Query 1381 GATCCTGCTTCTCACACCATCCACATTGCATCGGTTGCATACAACAGCCTTTTCCTTGGA 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1582 GATCCTGCTTCTCACACCATCCACATTGCATCGGTTGCATACAACAGCCTTTTCCTTGGA 1641
Query 1441 GAGTTCATGCAACCTGACTGGGATATGTTCCATAGTCTACACCCAACTGCAGAGTACCAT 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1642 GAGTTCATGCAACCTGACTGGGATATGTTCCATAGTCTACACCCAACTGCAGAGTACCAT 1701
Query 1501 GCTGCAGCGCGTGCAGTGGGTGGATGCGCAATCTATGTCAGTGACAAGCCAGGAAACCAC 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1702 GCTGCAGCGCGTGCAGTGGGTGGATGCGCAATCTATGTCAGTGATAAGCCAGGCAACCAC 1761
Query 1561 AACTTTGATCTATTGAGGAAGCTGGTTCTTCCCGATGGTTCAGTTCTTCGTGCTAAGCTT 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1762 AACTTTGATCTATTGAGGAAGCTGGTTCTTCCTGATGGTTCAGTTCTTCGGGCTAAGCTC 1821
Query 1621 CCGGGTAGGCCTACTCGTGACTGCTTATTCGCCGATCCAGCTAGAGATGGAATCAGCTTG 1680
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1822 CCGGGTAGGCCTACCCGTGACTGCTTATTCGCTGATCCAGCTAGAGATGGAATCAGCTTG 1881
Query 1681 CTGAAGATCTGGAACATGAATAAGTTTACTGGTATTGTCGGTGTGTTCAACTGCCAAGGT 1740
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||
Sbjct 1882 CTCAAGATCTGGAACATGAATAAGTTTACTGGTATTGTTGGTGTATTCAATTGTCAAGGT 1941
Query 1741 GCTGGTTGGTGCAAGGAAACGAAGAAGAACCAGATTCATGATACTTCTCCTGGCACACTC 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1942 GCTGGTTGGTGCAAGGAAACGAAGAAGAACCAGATCCATGATACTTCTCCTGGCACACTC 2001
Query 1801 ACGGGTTCAGTCTGTGCGGATGATGCTGATCTAATCTCTCAAGTGGCTGGTGAAGATTGG 1860
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002 ACGGGTTCAATCCGTGCGGATGATGCTGATCTAATCTCTCAAGTGGCTGGTGAAGATTGG 2061
Query 1861 AGTGGAGATTCAATAGTCTATGCTTACAGATCAGGAGAGGTGGTAAGACTACCAAAAGGT 1920
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2062 AGTGGAGATTCAATAGTCTATGCATACAGATCAGGTGAGGTGGTAAGACTACCTAAAGGT 2121
Query 1921 GCTTCAATTCCTCTCACCCTCAAAGTTCTTGAATATGAACTCTTCCACATTTCTCCTTTG 1980
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2122 GCTTCAATTCCTCTCACCCTCAAAGTCCTTGAATATGAACTCTTCCACATCTCTCCTTTG 2181
Query 1981 AAGGAAATCACTGCAAGCATCTCATTCGCACCAATTGGACT-GCTAGACATGTTCAACTC 2039
||||||||||||| || ||| || ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2182 AAGGAAATCACTGAAAACATTTCGTTCGCACCAATAGGACTTG-TAGACATGTTCAACTC 2240
Query 2040 AAGCGGGGCTATCGAGTCGATGGATATCAATCCCGTGACCGACAAGAAACCTGAACTCTT 2099
||| || || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 2241 AAGTGGAGCAATCGAGTCGATTGATATCAATCACGTGACCGACAAGAATCCTGAATTCTT 2300
Query 2100 CGATGGAGAGGTCTCTTCGGCTTCTCCTGCGCTCAGCGATGACCGTTCTCCAACAGCTCT 2159
|||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2301 CGATGGAGAGATCTCCTCGGCTTCTCCCGCGCTCAGCGATAACCGTTCTCCAACAGCTCT 2360
Query 2160 GATATCTCTGAGTGTTAGAGGCTGTGGTCGTTTTGGAGCTTACTCTTCTCAGCGTCCACT 2219
| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2361 GGTATCTGTCAGTGTCAGAGGCTGTGGTCGTTTTGGAGCTTACTCTTCTCAGCGTCCTCT 2420
Query 2220 AAGATGCACCGTTGAAAGCACAGAGACTGATTTCACGTACGACGCGGAGGTTGGGCTTGT 2279
|| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2421 AAAATGCGCCGTTGAAAGCACAGAGACTGATTTCACGTACGACGCCGAGGTTGGGCTTGT 2480
Query 2280 GACTTTGAATCTGCCGGTGACGAGGGAGGAAATGTTCAGATGGCATGTTGAGATTCTGGT 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2481 GACTTTGAATCTGCCGGTGACGAGGGAGGAAATGTTCAGATGGCATGTTGAGATTCTGGT 2540
Query 2340 CTAGACCA 2347
||||||||
Sbjct 2541 CTAGACCA 2548
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 117368874210
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5