BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg938744
Length=1684
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G57620.1 | Symbols: | glyoxal oxidase-related protein | chr... 2599 0.0
> AT3G57620.1 | Symbols: | glyoxal oxidase-related protein | chr3:21337564-21339301
FORWARD LENGTH=1738
Length=1738
Score = 2599 bits (1407), Expect = 0.0
Identities = 1581/1666 (95%), Gaps = 7/1666 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGATCAACTCCAAAAATACATTCATCGTCACAACATCAATCTTATGCCTCTCCATGGCC 80
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Sbjct 1 ATGATCAACTCCAAAAATACATTCATCGTCGCTACAACCATCTTATGCCTCTCCATGGCC 60
Query 81 ATATTATCCGAAGGTCAAGCTAACCCTTTTCTATTGCAACTCGATCGGTGGGAAATGTTG 140
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Sbjct 61 ATATTATCCGAAGGTCAAGCTAACCCTTTTCTATTGCAACTCGATCGGTGGGAAATGTTG 120
Query 141 CTACCAAGCATCGGTATATCCGCCATGCACATGCAACTCCTCCACAACGGCATGGTCGTA 200
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Sbjct 121 CTACCGAGCATCGGTATATCCGCCATGCACATGCAACTCCTCCACAACGGCATGGTTATA 180
Query 201 ATGTTCGACCGTACCGATTTCGGTACCTCAAATGTATCTCTACCCGGAGGTATATGTCGA 260
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Sbjct 181 ATGTTCGACCGTACCGATTTCGGTACCTCAAATGTTTCTCTACCCGGAGGCATATGTCGT 240
Query 261 TACGATCCTACTGACACCGCTGTCAAGTTCGATTGCAGCGCACACTCGGTTCTCTACGAT 320
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Sbjct 241 TACGACCCTACTGACACCGCAGAAAAGTTCGATTGCAGCGCACACTCAGTTCTCTACGAT 300
Query 321 GTTGTCTCCAACACATACCGTCCCTTGAATGTCCAAACTGATACATGGTGTTCTTCTGGT 380
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Sbjct 301 GTTGTCTCCAACACATACCGTCCTTTGAATGTCCAAACAGATACATGGTGTTCTTCTGGT 360
Query 381 GCGGTTCTTCCCAACGGAACATTGGTTCAAACCGGTGGATACAACGATGGTGAACGCGCT 440
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Sbjct 361 GCGGTTCTTCCCAACGGAACATTGGTTCAAACCGGTGGATACAACGATGGTGAGCGTGCT 420
Query 441 GCTCGAATGTTTACCCCTTGTGGTTATAGTGAAACATGTGATTGGATTGAGTTTCCTCAG 500
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Sbjct 421 GCTCGAATGTTTAGCCCTTGTGGTTATAGTGATACATGTGATTGGATTGAGTTTCCTCAG 480
Query 501 TATCTATCCCAACGTAGATGGTATGCCACCAACCAAATTAT-ACCCGATGGTCGGATCAT 559
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Sbjct 481 TATCTATCCCAACGTAGATGGTATGCCACCAACCAAAT-ATTACCCGATGGACGGATCAT 539
Query 560 CGTGGTCGGAGGAAGAAGACAGTTCAACTATGAACTTTTCCCCCGACACGATTCTCGGTC 619
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Sbjct 540 TGTGGTCGGAGGAAGAAGACAGTTCAACTATGAACTTTTTCCCCGACATGATTCTCGGTC 599
Query 620 TAGAAGCTCAAGATTTGAGTTTCTTAGAGAAACTTCGGATGGAAGTAACGAGAACAACTT 679
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Sbjct 600 TAGAAGCTCAAGACTTGAGTTTCTTAGAGAAACTTCAGATGGAAGTAACGAGAACAACTT 659
Query 680 ATATCCGTTTC-TACATCTTTTACCTGACGGAAACTTATTTGTCTTCGCTAACACAAGAT 738
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Sbjct 660 ATATCCGTT-CATACATCTTTTACCTGATGGAAACTTATTTGTCTTCGCTAACACAAGAT 718
Query 739 CCATTGTGTTCGATTACAAAAAGAACCGAATCGTAAAAGAGTTTCCAGAGATTCCAGGTG 798
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Sbjct 719 CCATTGTGTTCGATTACAAAAAGAACCGAATCGTGAAAGAGTTTCCAGAGATTCCAGGTG 778
Query 799 GTGATCCAAGGAATTATCCAAGCAGTGGTTCTTCTATACTATTCCCACTAGATGAAACCA 858
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Sbjct 779 GTGATCCAAGGAACTATCCAAGCAGTGGTTCTTCTATACTATTTCCATTAGATGATACCA 838
Query 859 ACAATACTGACATAGAGGTTGAGATAATGGTATGTGGAGGCTCTCCTAAAGGCGGCTTCT 918
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Sbjct 839 ACGATGCTAACGTAGAAGTTGAGATAATGGTATGTGGAGGCTCTCCTAAAGGCGGCTTCT 898
Query 919 CACATGGATTCACACGTGCCACTTCCACGTGCGGGAGGCTAAAACTGTCCGATCAGAATC 978
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Sbjct 899 CACGTGGATTCACACGTGCCACCTCCACATGCGGGAGGCTAAAACTATCCGATCAGAGTC 958
Query 979 CAATTTGGGAAATGGAATCCATGCCCTTGCCACGTGTTATGGGGGACATGCTACTCTTAC 1038
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Sbjct 959 CAAGTTGGGAAATGGAAACCATGCCATTGCCACGTGTTATGGGAGACATGCTACTCTTAC 1018
Query 1039 CAACAGGTGACGTCATCATCGTAAACGGAGCCGGAGCTGGTACGGCCGGTTGGGAGAAAG 1098
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Sbjct 1019 CAACAGGTGACGTCATCATCGTAAACGGAGCCGGAGCTGGCACGGCCGGTTGGGAGAAAG 1078
Query 1099 CACGTGACCCGGTTATCCAACCCGTGATTTATCAACCGTTTGATCATCTCTTCTCTGTTA 1158
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Sbjct 1079 CACGTGACCCGATTATCCAACCTGTGATATATCAACCGTTTGATCATCTCTTCACCGTTA 1138
Query 1159 TGTCAACATCATCACGTCCTAGGATGTACCATTCCTCAGCGGTTTTATTACCAGACGGTC 1218
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Sbjct 1139 TGTCCACACCATCACGTCCTAGGATGTACCATTCCTCAGCGATTTTATTACCAGACGGTC 1198
Query 1219 GGGTTTTAGTTGGTGGAAGTAATCCTCACGTTTATTACAA-TTTCACAAACGTCGAATAT 1277
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Sbjct 1199 GGGTTTTAGTTGGTGGAAGTAATCCTCACGTTTATTACAACTTT-ACCAACGTCGAGTAT 1257
Query 1278 CCAACGGATTTAAGCCTCGAGGCTTATTCTCCACCATATCTATCTTTCACATCTGACCCA 1337
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Sbjct 1258 CCAACGGATTTAAGCCTCGAGGCTTATTCTCCACCATATCTATTTTTCACATCCGACCCA 1317
Query 1338 ATACGTCCCAAGATATTATTGACAAACGACAAAGTATTGAGTTACAAGAGATTGTTTAAC 1397
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Sbjct 1318 ATACGTCCCAAGATATTATTGACAAGCGACAAAGTATTGAGTTACAAGAGATTGTTTAAC 1377
Query 1398 GTCGATTTCTCTATAGCTCAGTTTCTGACCGTCGATCTTCTCTCTGTGAGGATAGTTGCA 1457
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Sbjct 1378 GTGGATTTCTCCATAGCTCAGTTTCTGACCGTTGATCTTCTCTCTGTGAGGATAGTTGCA 1437
Query 1458 CCTTCCTTCACTACACACTCTTTTGCGATGAATCAGAGGATGGTAATCTTAAAGCTACTA 1517
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Sbjct 1438 CCATCTTTCACTACACACTCCTTTGCGATGAATCAGAGGATGGTAATCTTGAAGCTACTC 1497
Query 1518 TCTGTGACGCGTGACCAGCTAACAAATTCTTATAGAATCAGTGCATTGGGTCCATCAACG 1577
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Sbjct 1498 TCTGTGACGCGTGACCAGCTAACAAATTCTTATAGAGTCAGTGCATTGGGTCCATCAACG 1557
Query 1578 GCTGAGATTGCTCCTCCGGGATACTATATGATGTTTCTGGTGCATGCAGGTATTCCCAGC 1637
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Sbjct 1558 GCTGAGATTGCTCCTCCGGGATACTATATGATATTTCTGGTGCATGCAGGTATACCAAGC 1617
Query 1638 TCAGCTGCTTGGGTGCAAATTGAGTGAACCTTAAATGGAA-GATTA 1682
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Sbjct 1618 TCAGCCGCTTGGGTGCAGATTGAGTGAAGCTTAAATAGATCGATTA 1663
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83232503610
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5