BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg938915
Length=1789
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G59040.2 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 2844 0.0
> AT3G59040.2 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr3:21821349-21824312 REVERSE LENGTH=2312
Length=2312
Score = 2844 bits (1540), Expect = 0.0
Identities = 1658/1715 (97%), Gaps = 7/1715 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 74 CAGCCAGAGGAAACTACAGAACAATATTATCAATGTTGGTGTTAAAATCCAAAACCGATT 133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 CAGCCAGAGGAAACTACAGAACAATATTATCAATGTTGGTGTTAAAATCCAAAACCGATT 527
Query 134 CAGAGTTGTTTGTATGGGAATGCTGGCTCCAAGGAAATTCCTGCAAAAGAGGAGGAAAAT 193
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 CAGAGTTGTTTGTATGGGAATGTTGGCTCCAAGGAAATTCCTGCAAAAGAGGAGGAAAAT 587
Query 194 GGAGGTTTTTAAGGATGCAGCTGACGAGACGGATCAGAAGAGATGGAGAGGGATAATGCT 253
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 588 GGAGGTTTTCAAGGATGCAGCTGACGAGACGGATCAGAAGAGATGGAGAGGGCTTATGCT 647
Query 254 AGAGATTGAATCGACGGGTTCTGCAGTTCCGGTGCTTAGGCAATACAGAACTGACGGTGA 313
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 648 AGAGATTGAATCGACGGGTTCTGCTGTTCCGGTGCTTAGGCAATACAAAACTGACGGTGA 707
Query 314 CCAAGGTCTTCCCAGGGATCTTGTTTTGGGTACTTTGGTTAGATTTAAGCAGCTTAAGAA 373
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 CCAAGGTCTTCCAAGGGATCTTGTTTTGGGTACTTTGGTTAGATTTAAGCAGCTTAAGAA 767
Query 374 ATGGAACCTTGTCAGTGAGATTCTTGAATGGCTTAGATACCAGAACTGGTGGAACTTCAG 433
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 768 ATGGAACCTTGTCAGTGAGATTCTTGAATGGCTTAGATACCAGAACTGGTGGAATTTCAG 827
Query 434 TGAAATGGACTTTTTGATGCTCATTACAGCTTATGGGAAACTAGGAAACTTCAACGGAGC 493
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 TGAAATAGACTTTTTGATGCTCATTACAGCTTATGGGAAACTAGGAAACTTCAACGGAGC 887
Query 494 TGAAAGGGTTTTGAGTGTATTGAGTAAGATGGGCTTGAGTCCAAACGTGATTTCTTATAC 553
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 888 TGAAAGGGTTTTGAGTGTATTGAGTAAGATGGGCTCGACTCCAAACGTGATTTCTTATAC 947
Query 554 CGCTCTCATGGAATCTTATGGGAGAGGAGGCAAGTGCAACAATGCTGAAGCGATATTTCG 613
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 CGCTCTCATGGAATCTTATGGGAGAGGAGGCAAATGCAACAATGCTGAAGCGATATTTCG 1007
Query 614 GAGGATGCAGTCTTCAGGCCCAGAGCCTTCTGCTGTAACTTATCAGATTATACTTAAGAC 673
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 AAGGATGCAGTCTTCAGGCCCAGAGCCTTCTGCTATAACTTATCAGATTATACTTAAGAC 1067
Query 674 TTTTGTAGAGGGGGACAAATTTAAAGAAGCTGAAGAGGTGTTTGAGACTCTTTTAGATGA 733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 TTTTGTAGAGGGGGACAAATTTAAAGAAGCTGAAGAGGTTTTTGAGACTCTTTTAGATGA 1127
Query 734 GAAGAAATCGCCATTGAAGCCTGATCAAAAAATGTATCACATGATGATATACATGTACAA 793
||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 GAAGAAATCTCCATTGAAGCCGGATCAAAAGATGTATCACATGATGATATACATGTACAA 1187
Query 794 GAAGGCTGGAAACTATGATAAGGCTCGAAAAGTATTTTCTTCTATGGTTGGGAAAGGAGT 853
||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1188 GAAGGCTGGCAACTATGAGAAAGCTCGAAAAGTATTTTCTTCAATGGTTGGGAAAGGAGT 1247
Query 854 TCCCCAGTCTACCGTCACTTACAATAGCCTTATGTCTTTCGAAACTAATTATAAAGAAGT 913
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1248 TCCCCAGTCTACAGTCACTTACAATAGCCTTATGTCTTTCGAAACTAGTTATAAAGAAGT 1307
Query 914 TTCTAAGATCTATGACCAGATGCAAAGATCTGGTATTCAACCCGACGTTGTAAGTTATGC 973
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 TTCTAAGATCTATGACCAGATGCAAAGATCTGATATTCAACCCGACGTTGTAAGTTATGC 1367
Query 974 TTTACTTATCAAAGCATATGGAAGAGCCAGAAGAGAGGAAGAAGCTCTATCTGTTTTTGA 1033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368 TTTACTTATCAAAGCATATGGAAGAGCCAGAAGAGAGGAAGAAGCTCTATCTGTTTTTGA 1427
Query 1034 AGAGATGCTTGATGCTGGTGTAAGGCCGACACATAAAGCTTATAACATTTTGCTTGATGC 1093
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1428 AGAGATGCTTGATGCTGGTGTAAGGCCAACACATAAAGCTTATAACATTTTGCTGGATGC 1487
Query 1094 ATTTGCTATTTCTGGGATGGTGGAGCAAGCAAAGACTGTCTTTAAGAGCATGCGGCGGGA 1153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 ATTTGCTATTTCTGGGATGGTGGAGCAAGCAAAGACTGTCTTTAAGAGCATGCGGCGGGA 1547
Query 1154 CAGAATTTTCCCGGATCTCTGGTCTTACACAACTATGTTATCAGCATATGTGAATGCCTC 1213
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1548 CAGAATTTTCCCGGACCTCTGGTCGTACACAACTATGTTATCAGCATATGTGAATGCATC 1607
Query 1214 TGACATGGAGGGTGCTGAGAAATTCTTCAAGAGGATAAAAGTAGACGGATTTGAACCGAA 1273
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1608 TGACATGGAGGGTGCTGAGAAATTCTTCAAGAGGATAAAAGTAGACGGTTTTGAACCGAA 1667
Query 1274 TATAGTCACCTACGGGACAATGATAAAAGGGTATGCGAAAGCGAACGATATTGAGAAGAT 1333
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1668 TATAGTCACCTACGGGACACTGATAAAAGGGTATGCGAAAGCGAACGATGTTGAGAAGAT 1727
Query 1334 GATGGAGGTATATGAGAAAATGAGGTTAAGTGGCATCAAAGCGAATCAAACCATCTTAAC 1393
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1728 GATGGAGGTATATGAGAAAATGAGGTTAAGTGGAATCAAAGCTAATCAAACCATCTTAAC 1787
Query 1394 AACTATCATGGATGCGTCTGGGAGGTGCAAGGATTTTGGGAGCGCTCTTGGTTGGTATAA 1453
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || || |||||||||||||||||
Sbjct 1788 AACTATCATGGATGCGTCTGGGAGGTGCAAGAATTTCGGAAGTGCTCTTGGTTGGTATAA 1847
Query 1454 AGAGATGGAGAGTTGTGGGGTACCACCTGATCAGAAAGCTAAGAATGTGCTATTATCATT 1513
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1848 AGAGATGGAGAGCTGTGGGGTACCACCTGATCAGAAAGCTAAGAATGTGCTTTTATCATT 1907
Query 1514 GGCTTCAACTCAAGATGAGCTAGACGAAGCTAAGGAACTTACTGGTCTCAGAAATGAGAC 1573
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1908 GGCTTCAACTCAAGATGAGCTAGAGGAAGCTAAGGAACTTACTGGTATCAGAAATGAAAC 1967
Query 1574 AGCAACCATTATTGCTAGAGTTTATGGATCtgatgatgatgaagaggagg-a-a-gatat 1630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||
Sbjct 1968 AGCAACCATTATTGCTAGAGTTTATGGATCTGATGATGATGAAGAGGGGGTAGAAGATAT 2027
Query 1631 aagtagtgaatctagtgatgatgaggatga-ggatgaagga-gatgatgatgatgCAAGA 1688
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || | | ||||||||||||||||||
Sbjct 2028 AAGTAGTGAATCTAGTGACGATGAGGATGAAGGA-GATG-ACGATGATGATGATGCAAGA 2085
Query 1689 GAAACTGTGTTGTATGATAAACCACAAGAAGGGTCTTTGGGTTATGGTAGCTTACCGACG 1748
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2086 GAAACTGTGTTGTATGATAAACCACAAGAAGGGTCTTTGGGTTATGGTAGCTTACAGACG 2145
Query 1749 GAAGAACTTGTGGGGTTATGAAAACTGCGGAAAGT 1783
|||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2146 GAAGAACTTGTGGGGTTATGAAAATTGCGAAAAGT 2180
Score = 135 bits (73), Expect = 1e-30
Identities = 75/76 (99%), Gaps = 0/76 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAAGAAGCTGCGAACTTTAGATGTCACAGGCTGTAATTTTCAAGCCGTTTGTTTCAGTTC 60
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 GAAGAAGCTGCGAACTTTAAATGTCACAGGCTGTAATTTTCAAGCCGTTTGTTTCAGTTC 119
Query 61 CATCAAGTAATCACAG 76
||||||||||||||||
Sbjct 120 CATCAAGTAATCACAG 135
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88503560835
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5