BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg939221
Length=1465
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G61650.1 | Symbols: TUBG1 | gamma-tubulin | chr3:22812601-22... 2471 0.0
AT5G05620.1 | Symbols: TUBG2, ATGCP2, GCP2 | gamma-tubulin com... 2231 0.0
> AT3G61650.1 | Symbols: TUBG1 | gamma-tubulin | chr3:22812601-22815011
REVERSE LENGTH=1425
Length=1425
Score = 2471 bits (1338), Expect = 0.0
Identities = 1390/1416 (98%), Gaps = 0/1416 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 30 GAGATTATTACGCTTCAGGTTGGACAATGTGGGAATCAGATCGGTATGGAGTTCTGGAAA 89
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 10 GAGATAATTACGCTTCAGGTTGGACAATGTGGGAATCAGATCGGTATGGAGTTCTGGAAA 69
Query 90 CAGCTTTGCCTCGAGCACGGTATCAGTAAGGATGGTATTCTCGAGGACTTCGCTACTCAG 149
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 70 CAGCTTTGCCTCGAGCACGGTATCAGTAAAGATGGTATTCTCGAGGACTTCGCTACTCAG 129
Query 150 GGAGGTGATAGAAAAGATGTGtttttttACCAAGCGGATGACCAACACTATATCCCACGA 209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 130 GGAGGTGATAGAAAAGATGTGTTTTTTTACCAAGCGGATGACCAACACTATATCCCACGA 189
Query 210 GCTCTCCTCATTGATTTGGAGCCTAGAGTCATCAATGGTATCCAGAATGGTGATTACCGC 269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 190 GCTCTCCTCATTGATTTGGAGCCTAGAGTCATCAATGGTATTCAGAATGGTGATTACCGC 249
Query 270 AATCTCTATAATCATGAGAATATCTTCGTTGCTGACCATGGTGGTGGTGCTGGTAATAAC 329
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 250 AATCTCTATAATCACGAGAATATCTTCGTTGCTGACCATGGTGGTGGTGCTGGTAATAAC 309
Query 330 TGGGCCAGTGGTTATCACCAGGGGAAAGGTGTTGAAGAGGAAATCATGGACATGATTGAT 389
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 310 TGGGCCAGTGGTTATCACCAGGGGAAGGGTGTTGAAGAGGAAATCATGGACATGATTGAT 369
Query 390 CGAGAAGCTGATGGAAGTGACAGCCTTGAGGGTTTTGTTCTTTGCCACTCTATTGCTGGA 449
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 370 CGAGAAGCTGATGGAAGTGACAGTCTTGAGGGTTTTGTTCTTTGCCACTCTATTGCTGGA 429
Query 450 GGCACTGGCTCAGGTATGGGATCTTATTTATTGGAGACTTTGAATGATCGCTATAGCAAG 509
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 430 GGCACTGGCTCAGGTATGGGATCTTATTTGTTGGAGACTTTGAATGATCGCTACAGCAAG 489
Query 510 AAGTTGGTTCAGACATACAGTGTATTTCCCAATCAGATGGAAACGAGTGACGTTGTTGTC 569
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 AAGTTGGTTCAGACATACAGTGTCTTTCCCAATCAGATGGAAACGAGTGACGTTGTTGTC 549
Query 570 CAGCCATACAACTCACTGTTGACGCTTAAGCGGCTTACGTTAAATGCTGATTGTGTTGTT 629
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 550 CAGCCCTACAACTCACTTTTGACGCTTAAGCGGCTTACATTAAATGCTGATTGTGTTGTT 609
Query 630 GTCCTTGACAACACTGCTTTGGGAAGGATAGCTGTGGAGCGTCTACATCTCACCAATCCT 689
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 610 GTCCTTGACAACACTGCTTTGGGAAGGATTGCTGTGGAGCGTCTACATCTGACAAATCCT 669
Query 690 ACCTTTGCTCAAACGAATTCTCTTGTGTCTACTGTGATGTCTGCTAGCACAACAACACTG 749
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 ACCTTTGCTCAAACGAATTCTCTAGTGTCTACTGTGATGTCTGCTAGCACAACAACACTG 729
Query 750 CGTTATCCAGGATACATGAATAACGACTTGGTTGGCTTGCTTGCATCTTTGATCCCAACA 809
||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 CGTTATCCAGGATACATGAATAACGACCTCGTTGGCTTGCTTGCATCTTTGATCCCAACA 789
Query 810 CCAAGGTGTCACTTCCTCATGACAGGATATACACCATTGACTGTTGAGCGCCAGGCAAAT 869
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 790 CCAAGGTGTCACTTCCTCATGACTGGATATACACCATTGACTGTTGAGCGCCAGGCAAAT 849
Query 870 GTCATCCGTAAAACTACTGTGCTGGATGTTATGAGAAGACTTCTACAGACAAAAAATATC 929
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 850 GTCATTCGTAAAACTACTGTGCTGGATGTTATGAGAAGACTTCTACAGACAAAAAATATC 909
Query 930 ATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTACATATCAATATTG 989
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 910 ATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTATATATCAATATTG 969
Query 990 AATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCCACTCAGGTGCATGAGAGTTTGCAGAGGATACGA 1049
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 970 AATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCCACTCAGGTGCATGAGAGTTTGCAGAGGATACGA 1029
Query 1050 GAAAGAAAGCTTGTTAATTTCATTGAGTGGGGACCTGCAAGCATACAGGTTGCTCTTTCC 1109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 GAAAGAAAGCTTGTTAATTTCATTGAGTGGGGACCTGCAAGCATACAGGTTGCTCTTTCC 1089
Query 1110 AAGAAGTCCCCATATGTTCAAACTGCCCATAGGGTCAGTGGTCTTATGTTAGCAAGCCAC 1169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090 AAGAAGTCCCCATATGTTCAAACTGCCCATAGGGTCAGTGGTCTTATGTTAGCAAGCCAC 1149
Query 1170 ACTAGTATCAGGCACCTATTCAGCAAATGTTTGAGCCAATATGATAAGTTGAGGAAGAAG 1229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 ACTAGTATCAGGCACCTATTCAGCAAATGTTTGAGCCAATATGATAAGTTGAGGAAGAAG 1209
Query 1230 CAAGCTTTTCTTGACAATTACCGGAAGTTTCCCATGTTTGCTGACAATGATCTTTCAGAG 1289
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1210 CAAGCTTTTCTAGACAATTACCGGAAGTTTCCCATGTTTGCTGACAATGATCTTTCAGAG 1269
Query 1290 TTTGATGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTGGTAGATGAATATAAGGCCTGTGAGTCA 1349
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1270 TTTGACGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTGGTAGATGAATACAAGGCCTGTGAGTCT 1329
Query 1350 CCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCTGAACAGCTTATGACTGGTGAAGGCAAT 1409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 CCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCTGAACAGCTTATGACTGGTGAAGGCAAT 1389
Query 1410 GCTTCAGGAGTTGTTGATCCAAAGTTGGCGTTCTGA 1445
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1390 GCTTCAGGAGTTGTTGATCCGAAGTTGGCGTTCTGA 1425
> AT5G05620.1 | Symbols: TUBG2, ATGCP2, GCP2 | gamma-tubulin complex
protein 2 | chr5:1679244-1681719 FORWARD LENGTH=1521
Length=1521
Score = 2231 bits (1208), Expect = 0.0
Identities = 1366/1443 (95%), Gaps = 7/1443 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 ACAAAGGAAGCAAGATATGCCGAGAGAGATTATTACGCTTCAGGTTGGACAATGTGGGAA 64
||| |||||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 84 ACAGAGGAAG-AAG--ATGCCGAGGGAGATAATTACGCTTCAGGTTGGACAATGTGGGAA 140
Query 65 TCAGATCGGTATGGAGTTCTGGAAACAGCTTTGCCTCGAGCACGGTATCAGTAAGGATGG 124
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||
Sbjct 141 CCAGATCGGTATGGAGTTCTGGAAACAGCTTTGCCTTGAGCACGGCATCAGCAAAGATGG 200
Query 125 TATTCTCGAGGACTTCGCTACTCAGGGAGGTGATAGAAAAGATGTGtttttttACCAAGC 184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 201 TATTCTCGAGGACTTCGCTACTCAGGGAGGTGATAGAAAAGATGTGTTTTTTTACCAAGC 260
Query 185 GGATGACCAACACTATATCCCACGAGCTCTCCTCATTGATTTGGAGCCTAGAGTCATCAA 244
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 261 GGATGACCAACACTATATACCAAGAGCTCTCCTCATTGATTTGGAGCCTAGAGTTATCAA 320
Query 245 TGGTATCCAGAATGGTGATTACCGCAATCTCTATAATCATGAGAATATCTTCGTTGCTGA 304
|||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| || ||||
Sbjct 321 TGGTATTCAGAATGGTGAATACCGGAATCTCTACAATCATGAAAATATCTTCCTTTCTGA 380
Query 305 CCATGGTGGTGGTGCTGGTAATAACTGGGCCAGTGGTTATCACCAGGGGAAAGGTGTTGA 364
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 381 CCATGGCGGTGGTGCTGGTAATAACTGGGCCAGTGGATATCACCAAGGGAAAGGTGTTGA 440
Query 365 AGAGGAAATCATGGACATGATTGATCGAGAAGCTGATGGAAGTGACAGCCTTGAGGGTTT 424
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 441 AGAGGAAATCATGGACATGATTGATCGTGAAGCTGATGGAAGTGACAGTCTGGAGGGTTT 500
Query 425 TGTTCTTTGCCACTCTATTGCTGGAGGCACTGGCTCAGGTATGGGATCTTATTTATTGGA 484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 501 TGTTCTTTGCCACTCTATTGCTGGAGGCACTGGCTCAGGAATGGGATCTTATTTGTTGGA 560
Query 485 GACTTTGAATGATCGCTATAGCAAGAAGTTGGTTCAGACATACAGTGTATTTCCCAATCA 544
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 GACTTTGAATGATCGTTATAGCAAGAAGTTGGTTCAGACATACAGTGTATTTCCCAATCA 620
Query 545 GATGGAAACGAGTGACGTTGTTGTCCAGCCATACAACTCACTGTTGACGCTTAAGCGGCT 604
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 621 GATGGAAACGAGTGACGTTGTTGTCCAGCCCTACAACTCACTGTTGACGCTGAAGCGGCT 680
Query 605 TACGTTAAATGCTGATTGTGTTGTTGTCCTTGACAACACTGCTTTGGGA-AGGATAGCTG 663
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | | || || ||||
Sbjct 681 TACGTTAAATGCTGATTGTGTTGTTGTTCTTGACAACACTGCATT-GAACAGAATTGCTG 739
Query 664 TGGAGCGTCTACATCTCACCAATCCTACCTTTGCTCAAACGAATTCTCTT-GTGTCTACT 722
|||||||||||||| | || |||||||| |||||||| || |||||| || ||||| |||
Sbjct 740 TGGAGCGTCTACATTTGACTAATCCTACTTTTGCTCAGACCAATTCT-TTGGTGTCAACT 798
Query 723 GTGATGTCTGCTAGCACAACAACACTGCGTTATCCAGGATACATGAATAACGACTTGGTT 782
||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 799 GTGATGTCTGCTAGCACAACAACGTTGCGTTATCCTGGATACATGAATAATGACTTGGTT 858
Query 783 GGCTTGCTTGCATCTTTGATCCCAACACCAAGGTGTCACTTCCTCATGACAGGATATACA 842
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 859 GGCTTGCTTGCATCTTTGATCCCAACTCCAAGGTGTCACTTCCTCATGACTGGATATACA 918
Query 843 CCATTGACTGTTGAGCGCCAGGCAAATGTCATCCGTAAAACTACTGTGCTGGATGTTATG 902
|| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 CCGTTGACTGTTGAGCGCCAGGCAAATGTTATTCGTAAAACTACTGTGCTGGATGTTATG 978
Query 903 AGAAGACTTCTACAGACAAAAAATATCATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCT 962
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 AGGAGACTTCTACAGACAAAAAATATCATGGTTTCGTCTTATGCTAGAAACAAAGAAGCT 1038
Query 963 AGTCAGGCAAAGTACATATCAATATTGAATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCCACTCAG 1022
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 AGTCAGGCAAAGTACATATCAATATTGAATATAATTCAAGGAGAAGTCGATCCCACTCAG 1098
Query 1023 GTGCATGAGAGTTTGCAGAGGATACGAGAAAGAAAGCTTGTTAATTTCATTGAGTGGGGA 1082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||
Sbjct 1099 GTGCATGAGAGTTTGCAGAGGATACGAGAAAGAAAGCTTGTCAATTTCATAGACTGGGGA 1158
Query 1083 CCTGCAAGCATACAGGTTGCTCTTTCCAAGAAGTCCCCATATGTTCAAACTGCCCATAGG 1142
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1159 CCAGCAAGCATACAGGTTGCTCTTTCCAAGAAGTCCCCGTATGTTCAAACTTCCCATAGG 1218
Query 1143 GTCAGTGGTCTTATGTTAGCAAGCCACACTAGTATCAGGCACCTATTCAGCAAATGTTTG 1202
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 1219 GTCAGTGGTCTTATGTTAGCAAGCCACACTAGTATCAGGCACCTTTTCAGCAGATGTTTG 1278
Query 1203 AGCCAATATGATAAGTTGAGGAAGAAGCAAGCTTTTCTTGACAATTACCGGAAGTTTCCC 1262
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1279 AGCCAATATGACAAATTGAGGAAGAAGCAAGCTTTTCTTGACAATTACCGAAAGTTTCCA 1338
Query 1263 ATGTTTGCTGACAATGATCTTTCAGAGTTTGATGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTG 1322
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 ATGTTTGCTGACAATGATCTTTCAGAGTTTGATGAATCAAGGGACATAATTGAGAGTTTG 1398
Query 1323 GTAGATGAATATAAGGCCTGTGAGTCACCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCT 1382
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 GTAGACGAATATAAGGCCTGTGAGTCTCCAGATTACATCAAATGGGGAATGGAGGACCCT 1458
Query 1383 GAACAGCTTATGACTGGTGAAGGCAATGCTTCAGGAGTTGTTGATCCAAAGTTGGCGTTC 1442
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 1459 GGACAGCTTATGACTGGTGAAGGCAATGCTTCAGGAGTTGCGGATCCTAAGTTAGCGTTC 1518
Query 1443 TGA 1445
|||
Sbjct 1519 TGA 1521
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72238584255
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5