BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg939340
Length=1927
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G62470.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 2784 0.0
AT3G62540.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 2724 0.0
AT5G14820.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 2706 0.0
AT3G62529.1 | Symbols: | pseudogene of pentatricopeptide (PPR)... 492 6e-138
AT3G62528.1 | Symbols: | unknown protein; Has 30201 Blast hits... 148 1e-34
AT3G62530.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr3... 115 2e-24
> AT3G62470.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr3:23106437-23108511 REVERSE LENGTH=2075
Length=2075
Score = 2784 bits (1507), Expect = 0.0
Identities = 1747/1855 (94%), Gaps = 47/1855 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTAATCGCCGTCGAGCTTCCATGGCTGCTGCTCCATGGCTCTATCTCTCTATGAGAAGAA 60
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 93 CTAACCGCCGTCGAGCTTCCATGGCTGCTGCTCCATGGCTCCATCTCTCTAGGAGAAGAA 152
Query 61 GCTCCA-TTAGAACTACTCACAGCTTTCAACGGCTTCATTGCCTCATCATTTGCTCTTCT 119
|||||| | || ||| | || || || | | || || ||||||||||||||
Sbjct 153 GCTCCACTCAG-ACT--T--CA---TT-AA--G----A-AGCTTCCTCATTTGCTCTTCT 196
Query 120 TCGTTCAATTCGGATGAATTCATTTCCGGTCAAAGTCGCGTAATCGGCGGGAGAGGAGAA 179
|| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 197 TCATTCGATTCGGATGAATTCATTTCCAGTCAAAGCCGCGTAATCGGCGGGAGAGGAGAA 256
Query 180 GGGGAAGTACGATTTTCCGCTGCTAGCTCTTTGCCATTCTCTCGTATGATTCAATCTTCT 239
| ||||||||||||||||| | | |||| | | ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 257 GAGGAAGTACGATTTTCCG--G-T-GCTC--T--C-TTCTCTCGTATGATTCATTCTTCT 307
Query 240 ACTTATCATCCTCACCGTCAAGTTTCGTTGCCACACTCCTCTGTACAACTGCTTGATGCG 299
|||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 308 ACTTATCATCCTTACCGTCAAATTCCATTGCCACACTCCTCTGTACAACTGCTTGATGCG 367
Query 300 AGTCTTGGGTGTAGAGGTTTCTCTAGTGGTAGTTC---TG--A-TG-T-TA-GTGATGAA 350
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | || | | ||||||||
Sbjct 368 AGTCTTGGGTGTAGAGGTTTCTCTAGTGGTAGTTCTAATGTTAGTGATGGATGTGATGAA 427
Query 351 GAAGTTGAATCTGAATGCGATAATGATGATGATGTTGGTATTGAAATTGGGGTCAGTTGT 410
||||||||||||||||||||| | ||||||| | |||| |||||||||||||
Sbjct 428 GAAGTTGAATCTGAATGCGAT-A--ATGATGA-------A--GAAACTGGGGTCAGTTGT 475
Query 411 GTTGATTCAAGTACTAATCCCGAGGAAGTAGAGAGAGTCTGCAAAGTGATTGATGAATTG 470
||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 GTTGAATCAAGTACTAATCCGGAAGAAGTAGAGAGAGTCTGCAAAGTGATTGATGAATTG 535
Query 471 TTTGCGTTAGATAGAAACATGGAAGCTGTTCTTAATGAAATGAAACTAGAATTATCACAT 530
||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 536 TTTGCGTTAGATAGAAATATGGAAGCTGTTCTTGATGAAATGAAACTAGATTTATCACAT 595
Query 531 GATCTGATCGTAAAGGTTTTAGAACGGTTTCGACATGCTAGGAAGCCTGCGTTTAGGTTC 590
||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 596 GATCTCATCGTTGAGGTTTTAGAACGTTTTCGACATGCTAGGAAGCCTGCATTTAGGTTC 655
Query 591 TTCTGTTGGGCTGCAGAGAAACAAGGGTTTGCTCATGATTCAAGAACGTATAACTCCATG 650
||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 656 TTCTGTTGGGCTGCAGAGAGACAAGGATTTGCTCATGACTCAAGAACATATAACTCCATG 715
Query 651 ATGAGTATTTTAGCAAAGACTAGACAGTTTGAGACGATGGTTTCGGTTCTTGAAGAGATG 710
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 716 ATGAGTATTTTAGCAAAGACTAGACAGTTCGAGACGATGGTTTCGGTTCTCGAAGAGATG 775
Query 711 GGTACGAAAGGGCTATTGACGATGGAGACATTCACTATCGCGATGAAAGCTTTCGCTGCT 770
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 GGTACGAAAGGTCTATTGACGATGGAGACATTCACTATCGCGATGAAAGCTTTCGCTGCT 835
Query 771 GCGAAAGAGAGGAAGAAAGCTGTTGGTATTTTTGAGTTGATGAAGAAGTACAAGTTTAAA 830
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 GCGAAAGAGAGGAAGAAAGCTGTTGGTATCTTTGAGTTGATGAAGAAGTACAAGTTTAAG 895
Query 831 ATTGGTGTTGAAACCATTAATTGCTTGCTTGATAGTCTTGGCAGGGCTAAGCTTGGAAAA 890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 ATTGGTGTTGAAACCATTAATTGCTTGCTTGATAGTCTTGGCAGGGCTAAGCTTGGAAAA 955
Query 891 GAAGCTCAGGTTCTGTTTGATAAGCTGAAGGAGAGGTTTACGCCTAATATGATGACTTAC 950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 956 GAAGCTCAGGTTCTGTTTGATAAGCTGAAGGAGAGGTTTACACCTAATATGATGACTTAC 1015
Query 951 ACTGTTCTACTCAATGGTTGGTGCAGGGTGAGGAACTTGATAGAAGCAGCTAGAATCTGG 1010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 ACTGTTCTACTCAATGGTTGGTGCAGGGTGAGGAACTTGATAGAAGCAGCTAGAATCTGG 1075
Query 1011 AATGATATGATTGATCAGGGCTTGAAACCTGACATTGTAGCTCATAACGTTATGCTTGAA 1070
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1076 AATGATATGATTGATCAGGGATTGAAACCTGACATTGTAGCTCACAACGTAATGCTTGAA 1135
Query 1071 GGGTTGTTGAGGAGTAGGAAAAAATCAGATGCGATCAAATTGTTCCATGTTATGAAATCT 1130
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 GGGTTGTTGAGGAGTAGGAAAAAATCAGATGCGATCAAATTGTTCCATGTTATGAAATCC 1195
Query 1131 AAGGGACCTTGCCCTAATGTCCGTAGCTATACCATCATGATCCGTGACTTCTGCAAACAG 1190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 AAGGGACCTTGCCCTAATGTCCGTAGCTATACCATCATGATCCGTGACTTCTGCAAACAG 1255
Query 1191 TCGAGCATGGAAACTGCCATTGAGTACTTTGATGACATGGTTGATTCCGGGTTGCAACCT 1250
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TCGAGCATGGAAACTGCCATTGAATACTTTGATGACATGGTTGATTCCGGGTTGCAACCT 1315
Query 1251 GATGCTGCGGTTTACACGTGTCTGATCACGGGATTTGGGACTCAGAGGAAGCTGGATACG 1310
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1316 GATGCAGCGGTTTACACGTGTCTGATCACGGGGTTTGGGACTCAGAAGAAGCTGGATACT 1375
Query 1311 GTTTACGAACTGCTCAAGGAGATGCAAGAAAAGGGACATCCTCCGGATGGCAAAACGTAT 1370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 GTTTACGAACTGCTCAAGGAGATGCAAGAAAAGGGACATCCTCCGGATGGCAAAACGTAT 1435
Query 1371 AATGCGCTGATCAAACTGATGGCGAACCAGAAAATGCCGGAACATGCCACAAGGATCTAC 1430
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 AATGCGTTGATCAAACTGATGGCGAACCAGAAAATGCCGGAACATGCCACAAGGATCTAC 1495
Query 1431 AACAAGATGATCCAGAACGAAATTGAGCCATCGATACACACATTCAACATGATAATGAAG 1490
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 AACAAGATGATCCAGAACGAAATTGAGCCATCGATACACACATTCAACATGATAATGAAA 1555
Query 1491 TCATACTTCATGGCGAGAAACTATGAGATGGGGAGTGCAGTTTGGGACGAGATGATCAAG 1550
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1556 TCATACTTCATGGCGAGAAACTATGAGATGGGGAGAGCAGTTTGGGAAGAGATGATCAAG 1615
Query 1551 AAAGGGATTTGTCCTGACGATAACTCCTACACGGTTTTGATCAGAGGGCTTATAGGTGAA 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 AAAGGGATTTGTCCTGACGATAACTCCTACACGGTTTTGATCAGAGGGCTTATAGGTGAA 1675
Query 1611 GGGAAGTCCAGAGAGGCATGCAGATACTTAGAGGAGATGCTTGACAAAGGAATGAAAACC 1670
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 GGCAAGTCGAGAGAGGCATGCAGATACTTAGAGGAGATGCTTGACAAAGGAATGAAAACC 1735
Query 1671 CCTTTGATTGATTATAACAAGTTTGCAGCTGATTTTCACAAAGGGGGACAACCGGAGATA 1730
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1736 CCTTTGATTGATTATAACAAGTTTGCAGCTGATTTCCACAGAGGGGGGCAACCGGAGATA 1795
Query 1731 TTTGAGGAATTGGCACAGAGAGCTAAGTTCTCCGGTAAGTTTGCTGCAGCAGAGATCTTT 1790
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TTTGAGGAATTGGCACAGAGAGCTAAGTTCTCAGGTAAGTTTGCTGCAGCAGAGATCTTT 1855
Query 1791 GCGAGATGGGCTCAGATGACTAGAAGGAGATGCAAACAGAGATTCATGGAAGATT 1845
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1856 GCGAGATGGGCTCAGATGACTAGAAGGAGATTCAAACAGAGGTTCATGGAAGATT 1910
> AT3G62540.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr3:23133340-23135313 REVERSE LENGTH=1974
Length=1974
Score = 2724 bits (1475), Expect = 0.0
Identities = 1723/1835 (94%), Gaps = 47/1835 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGGCTGCTGCTCCATGGCTCTATCTCTCTATGAGAAGAAGCTCCA-TTAGAACTACTCA 79
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||| |
Sbjct 1 ATGGCTGCTGCTCCATGGCTCTATCTCTCTAGGAGAAGAAGCTCCACTCAG-ACT--T-- 55
Query 80 CAGCTTTCAACGGCTTCATTGCCTCATCATTTGCTCTTCTTCGTTCAATTCGGATGAATT 139
|| || || | ||| | | |||||||||||||||| ||| || | ||||||||
Sbjct 56 CA---TT-AA--G-AAGATT--C-C-TCATTTGCTCTTCTTCATTCGATGCCGATGAATT 104
Query 140 CATTTCCGGTCAAAGTCGCGTAATCGGCGGGAGAGGAGAAGGGGAAGTACGATTTTCCGC 199
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 105 CATTTCCAGTCAAAGCCGCGTAATCGGCGGGAGAGGAGAAGAGGAAGTACGATTTTCCG- 163
Query 200 TGCTAGCTCTTTGCCATTCTCTCGTATGATTCAATCTTCTACTTATCATCCTCACCGTCA 259
| | |||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 164 -G-T-GCTC--T--C-TTCTCTCGTATGATTCATTCTTCTACTTATCATCCTTACCGTCA 215
Query 260 AGTTTCGTTGCCACACTCCTCTGTACAACTGCTTGATGCGAGTCTTGGGTGTAGAGGTTT 319
| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 216 AATTCCATTGCCACACTCCTCTGTACAACTGCTTGATGCGAGTCTTGGGTGTAGAGGTTT 275
Query 320 CTCTAGTGGTAGTTC---TG--A-TG-T-TA-GTGATGAAGAAGTTGAATCTGAATGCGA 370
||||||||||||||| || | || | | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 276 CTCTAGTGGTAGTTCTAATGTTAGTGATGGATGTGATGAAGAAGTTGAATCTGAATGCGA 335
Query 371 TAATGATGATGATGTTGGTATTGAAATTGGGGTCAGTTGTGTTGATTCAAGTACTAATCC 430
| | ||||||| | |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 336 T-A--ATGATGA-------A--GAAACTGGGGTCAGTTGTGTTGAATCAAGTACTAATCC 383
Query 431 CGAGGAAGTAGAGAGAGTCTGCAAAGTGATTGATGAATTGTTTGCGTTAGATAGAAACAT 490
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 384 GGAAGAAGTAGAGAGAGTCTGCAAAGTGATTGATGAATTGTTTGCGTTAGATAGAAATAT 443
Query 491 GGAAGCTGTTCTTAATGAAATGAAACTAGAATTATCACATGATCTGATCGTAAAGGTTTT 550
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 444 GGAAGCTGTTCTTGATGAAATGAAACTAGATTTATCACATGATCTCATCGTTGAGGTTTT 503
Query 551 AGAACGGTTTCGACATGCTAGGAAGCCTGCGTTTAGGTTCTTCTGTTGGGCTGCAGAGAA 610
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 504 AGAACGTTTTCGACATGCTAGGAAGCCTGCATTTAGGTTCTTCTGTTGGGCTGCAGAGAG 563
Query 611 ACAAGGGTTTGCTCATGATTCAAGAACGTATAACTCCATGATGAGTATTTTAGCAAAGAC 670
|||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 564 ACAAGGATTTGCTCATGCTTCAAGAACATATAACTCCATGATGAGTATTTTAGCAAAGAC 623
Query 671 TAGACAGTTTGAGACGATGGTTTCGGTTCTTGAAGAGATGGGTACGAAAGGGCTATTGAC 730
||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 624 TAGACAGTTCGAGACGATGGTTTCGGTACTCGAAGAGATGGGTACGAAAGGTCTATTGAC 683
Query 731 GATGGAGACATTCACTATCGCGATGAAAGCTTTCGCTGCTGCGAAAGAGAGGAAGAAAGC 790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 684 GATGGAGACATTCACTATCGCGATGAAAGCTTTCGCTGCTGCGAAAGAGAGGAAGAAAGC 743
Query 791 TGTTGGTATTTTTGAGTTGATGAAGAAGTACAAGTTTAAAATTGGTGTTGAAACCATTAA 850
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 744 TGTTGGTATCTTTGAGTTGATGAAGAAGTACAAGTTTAAGATTGGTGTTGAAACCATTAA 803
Query 851 TTGCTTGCTTGATAGTCTTGGCAGGGCTAAGCTTGGAAAAGAAGCTCAGGTTCTGTTTGA 910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 804 TTGCTTGCTTGATAGTCTTGGCAGGGCTAAGCTTGGAAAAGAAGCTCAGGTTCTGTTTGA 863
Query 911 TAAGCTGAAGGAGAGGTTTACGCCTAATATGATGACTTACACTGTTCTACTCAATGGTTG 970
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 864 TAAGCTGAAGGAGAGGTTTACACCTAATATGATGACTTACACTGTTCTACTCAATGGTTG 923
Query 971 GTGCAGGGTGAGGAACTTGATAGAAGCAGCTAGAATCTGGAATGATATGATTGATCAGGG 1030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 924 GTGCAGGGTGAGGAACTTGATAGAAGCAGCTAGAATCTGGAATGATATGATTGATCACGG 983
Query 1031 CTTGAAACCTGACATTGTAGCTCATAACGTTATGCTTGAAGGGTTGTTGAGGAGTAGGAA 1090
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 984 ATTGAAACCTGACATTGTAGCTCACAACGTAATGCTTGAAGGGTTGTTGAGGAGTATGAA 1043
Query 1091 AAAATCAGATGCGATCAAATTGTTCCATGTTATGAAATCTAAGGGACCTTGCCCTAATGT 1150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1044 AAAATCAGATGCGATCAAATTGTTCCATGTTATGAAATCCAAGGGACCTTGCCCTAATGT 1103
Query 1151 CCGTAGCTATACCATCATGATCCGTGACTTCTGCAAACAGTCGAGCATGGAAACTGCCAT 1210
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104 CCGTAGCTATACCATCATGATCCGGGACTTCTGCAAACAGTCGAGCATGGAAACTGCCAT 1163
Query 1211 TGAGTACTTTGATGACATGGTTGATTCCGGGTTGCAACCTGATGCTGCGGTTTACACGTG 1270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1164 TGAGTACTTTGATGACATGGTTGATTCCGGGTTGCAACCTGATGCTGCGGTTTACACGTG 1223
Query 1271 TCTGATCACGGGATTTGGGACTCAGAGGAAGCTGGATACGGTTTACGAACTGCTCAAGGA 1330
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1224 TCTGATCACGGGGTTTGGGACTCAGAAGAAGCTGGATACTGTTTACGAACTGCTCAAGGA 1283
Query 1331 GATGCAAGAAAAGGGACATCCTCCGGATGGCAAAACGTATAATGCGCTGATCAAACTGAT 1390
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1284 GATGCAAGAAAAGGGACACCCTCCGGATGGCAAAACGTATAATGCGTTGATCAAACTGAT 1343
Query 1391 GGCGAACCAGAAAATGCCGGAACATGCCACAAGGATCTACAACAAGATGATCCAGAACGA 1450
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344 GGCGAACCAGAAAATGCCGGAACATGGCACAAGGATCTACAACAAGATGATCCAGAACGA 1403
Query 1451 AATTGAGCCATCGATACACACATTCAACATGATAATGAAGTCATACTTCATGGCGAGAAA 1510
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||
Sbjct 1404 AATTGAGCCATCGATACACACGTTCAACATGATAATGAAATCTTACTTCGTGGCGAGAAA 1463
Query 1511 CTATGAGATGGGGAGTGCAGTTTGGGACGAGATGATCAAGAAAGGGATTTGTCCTGACGA 1570
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1464 CTATGAGATGGGGAGAGCAGTTTGGGACGAGATGATCAAGAAAGGGATTTGTCCTGACGA 1523
Query 1571 TAACTCCTACACGGTTTTGATCAGAGGGCTTATAGGTGAAGGGAAGTCCAGAGAGGCATG 1630
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1524 TAACTCCTACACGGTTTTGATCAGAGGGCTTATAAGTGAAGGGAAGTCGAGAGAGGCATG 1583
Query 1631 CAGATACTTAGAGGAGATGCTTGACAAAGGAATGAAAACCCCTTTGATTGATTATAACAA 1690
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1584 CAGATACTTGGAGGAGATGCTTGACAAAGGAATGAAAACCCCTTTGATTGATTATAACAA 1643
Query 1691 GTTTGCAGCTGATTTTCACAAAGGGGGACAACCGGAGATATTTGAGGAATTGGCACAGAG 1750
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1644 GTTTGCAGCTGATTTCCACAGAGGGGGACAACCGGAGATATTTGAGGAATTGGCACAGAG 1703
Query 1751 AGCTAAGTTCTCCGGTAAGTTTGCTGCAGCAGAGATCTTTGCGAGATGGGCTCAGATGAC 1810
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1704 AGCTAAGTTCTCAGGTAAGTTTGCTGCAGCAGAGATCTTTGCGAGATGGGCTCAGATGAC 1763
Query 1811 TAGAAGGAGATGCAAACAGAGATTCATGGAAGATT 1845
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1764 TAGAAGGAGATGCAAACAGAGATTCATGGAAGATT 1798
> AT5G14820.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr5:4792072-4793868 REVERSE LENGTH=1797
Length=1797
Score = 2706 bits (1465), Expect = 0.0
Identities = 1720/1835 (94%), Gaps = 50/1835 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGGCTGCTGCTCCATGGCTCTATCTCTCTATGAGAAGAAGCTCCA-TTAGAACTACTCA 79
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||| |
Sbjct 1 ATGGCTGCTGCTCCATGGCTCTATCTCTCTAGGAGAAGAAGCTCCACTCAG-ACT--T-- 55
Query 80 CAGCTTTCAACGGCTTCATTGCCTCATCATTTGCTCTTCTTCGTTCAATTCGGATGAATT 139
|| || || | ||| | | |||||||||||||||| ||| || | ||||||||
Sbjct 56 CA---TT-AA--G-AAGATT--C-C-TCATTTGCTCTTCTTCATTCGATGCCGATGAATT 104
Query 140 CATTTCCGGTCAAAGTCGCGTAATCGGCGGGAGAGGAGAAGGGGAAGTACGATTTTCCGC 199
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 105 CATTTCCAGTCAAAGCCGCGTAATCGGCGGGAGAGGAGAAGAGGAAGTACGATTTTCCG- 163
Query 200 TGCTAGCTCTTTGCCATTCTCTCGTATGATTCAATCTTCTACTTATCATCCTCACCGTCA 259
| | |||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 164 -G-T-GCTC--T--C-TTCTCTCGTATGATTCATTCTTCTACTTATCATCCTTACCGTCA 215
Query 260 AGTTTCGTTGCCACACTCCTCTGTACAACTGCTTGATGCGAGTCTTGGGTGTAGAGGTTT 319
| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 216 AATTCCATTGCCACA---CTCTGTACAACTGCTTGATGCGAGTCTTGGGTGTAGAGGTTT 272
Query 320 CTCTAGTGGTAGTTC---TG--A-TG-T-TA-GTGATGAAGAAGTTGAATCTGAATGCGA 370
||||||||||||||| || | || | | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 273 CTCTAGTGGTAGTTCTAATGTTAGTGATGGATGTGATGAAGAAGTTGAATCTGAATGCGA 332
Query 371 TAATGATGATGATGTTGGTATTGAAATTGGGGTCAGTTGTGTTGATTCAAGTACTAATCC 430
| | ||||||| | |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 333 T-A--ATGATGA-------A--GAAACTGGGGTCAGTTGTGTTGAATCAAGTACTAATCC 380
Query 431 CGAGGAAGTAGAGAGAGTCTGCAAAGTGATTGATGAATTGTTTGCGTTAGATAGAAACAT 490
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 381 GGAAGAAGTAGAGAGAGTCTGCAAAGTGATTGATGAATTGTTTGCGTTAGATAGAAATAT 440
Query 491 GGAAGCTGTTCTTAATGAAATGAAACTAGAATTATCACATGATCTGATCGTAAAGGTTTT 550
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 441 GGAAGCTGTTCTTGATGAAATGAAACTAGATTTATCACATGATCTCATCGTTGAGGTTTT 500
Query 551 AGAACGGTTTCGACATGCTAGGAAGCCTGCGTTTAGGTTCTTCTGTTGGGCTGCAGAGAA 610
|||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 AGAACGTTTTCGACATGCTAGGAAGCCTGCATTTAGGTTCTTCTGTTGGGCTGCAGAGAG 560
Query 611 ACAAGGGTTTGCTCATGATTCAAGAACGTATAACTCCATGATGAGTATTTTAGCAAAGAC 670
|||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 ACAAGGATTTGCTCATGACTCAAGAACATATAACTCCATGATGAGTATTTTAGCAAAGAC 620
Query 671 TAGACAGTTTGAGACGATGGTTTCGGTTCTTGAAGAGATGGGTACGAAAGGGCTATTGAC 730
||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 621 TAGACAGTTCGAGACGATGGTTTCGGTACTCGAAGAGATGGGTACGAAAGGTCTATTGAC 680
Query 731 GATGGAGACATTCACTATCGCGATGAAAGCTTTCGCTGCTGCGAAAGAGAGGAAGAAAGC 790
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 GATGGAGACATTCACTATCGCGATGAAAGCTTTCGCTGCTGCGAAAGAGAGGAAGAAAGC 740
Query 791 TGTTGGTATTTTTGAGTTGATGAAGAAGTACAAGTTTAAAATTGGTGTTGAAACCATTAA 850
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TGTTGGTATCTTTGAGTTGATGAAGAAGTACAAGTTTAAGATTGGTGTTGAAACCATTAA 800
Query 851 TTGCTTGCTTGATAGTCTTGGCAGGGCTAAGCTTGGAAAAGAAGCTCAGGTTCTGTTTGA 910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 TTGCTTGCTTGATAGTCTTGGCAGGGCTAAGCTTGGAAAAGAAGCTCAGGTTCTGTTTGA 860
Query 911 TAAGCTGAAGGAGAGGTTTACGCCTAATATGATGACTTACACTGTTCTACTCAATGGTTG 970
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 TAAGCTGAAGGAGAGGTTTACACCTAATATGATGACTTACACTGTTCTACTCAATGGTTG 920
Query 971 GTGCAGGGTGAGGAACTTGATAGAAGCAGCTAGAATCTGGAATGATATGATTGATCAGGG 1030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 921 GTGCAGGGTGAGGAACTTGATAGAAGCAGCTAGAATCTGGAATGATATGATTGATCACGG 980
Query 1031 CTTGAAACCTGACATTGTAGCTCATAACGTTATGCTTGAAGGGTTGTTGAGGAGTAGGAA 1090
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 981 ATTGAAACCTGACATTGTAGCTCACAACGTAATGCTTGAAGGGTTGTTGAGGAGTATGAA 1040
Query 1091 AAAATCAGATGCGATCAAATTGTTCCATGTTATGAAATCTAAGGGACCTTGCCCTAATGT 1150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 AAAATCAGATGCGATCAAATTGTTCCATGTTATGAAATCCAAGGGACCTTGCCCTAATGT 1100
Query 1151 CCGTAGCTATACCATCATGATCCGTGACTTCTGCAAACAGTCGAGCATGGAAACTGCCAT 1210
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 CCGTAGCTATACCATCATGATCCGGGACTTCTGCAAACAGTCGAGCATGGAAACTGCCAT 1160
Query 1211 TGAGTACTTTGATGACATGGTTGATTCCGGGTTGCAACCTGATGCTGCGGTTTACACGTG 1270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1161 TGAGTACTTTGATGACATGGTTGATTCCGGGTTGCAACCTGATGCTGCGGTTTACACGTG 1220
Query 1271 TCTGATCACGGGATTTGGGACTCAGAGGAAGCTGGATACGGTTTACGAACTGCTCAAGGA 1330
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1221 TCTGATCACGGGGTTTGGGACTCAGAAGAAGCTGGATACTGTTTACGAACTGCTCAAGGA 1280
Query 1331 GATGCAAGAAAAGGGACATCCTCCGGATGGCAAAACGTATAATGCGCTGATCAAACTGAT 1390
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1281 GATGCAAGAAAAGGGACACCCTCCGGATGGCAAAACGTATAATGCGTTGATCAAACTGAT 1340
Query 1391 GGCGAACCAGAAAATGCCGGAACATGCCACAAGGATCTACAACAAGATGATCCAGAACGA 1450
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 GGCGAACCAGAAAATGCCGGAACATGGCACAAGGATCTACAACAAGATGATCCAGAACGA 1400
Query 1451 AATTGAGCCATCGATACACACATTCAACATGATAATGAAGTCATACTTCATGGCGAGAAA 1510
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||
Sbjct 1401 AATTGAGCCATCGATACACACGTTCAACATGATAATGAAATCTTACTTCGTGGCGAGAAA 1460
Query 1511 CTATGAGATGGGGAGTGCAGTTTGGGACGAGATGATCAAGAAAGGGATTTGTCCTGACGA 1570
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1461 CTATGAGATGGGGAGAGCAGTTTGGGACGAGATGATCAAGAAAGGGATTTGTCCTGACGA 1520
Query 1571 TAACTCCTACACGGTTTTGATCAGAGGGCTTATAGGTGAAGGGAAGTCCAGAGAGGCATG 1630
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1521 TAACTCCTACACGGTTTTGATCAGAGGGCTTATAAGTGAAGGGAAGTCGAGAGAGGCATG 1580
Query 1631 CAGATACTTAGAGGAGATGCTTGACAAAGGAATGAAAACCCCTTTGATTGATTATAACAA 1690
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581 CAGATACTTGGAGGAGATGCTTGACAAAGGAATGAAAACCCCTTTGATTGATTATAACAA 1640
Query 1691 GTTTGCAGCTGATTTTCACAAAGGGGGACAACCGGAGATATTTGAGGAATTGGCACAGAG 1750
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1641 GTTTGCAGCTGATTTCCACAGAGGGGGACAACCGGAGATATTTGAGGAATTGGCACAGAG 1700
Query 1751 AGCTAAGTTCTCCGGTAAGTTTGCTGCAGCAGAGATCTTTGCGAGATGGGCTCAGATGAC 1810
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701 AGCTAAGTTCTCAGGTAAGTTTGCTGCAGCAGAGATCTTTGCGAGATGGGCTCAGATGAC 1760
Query 1811 TAGAAGGAGATGCAAACAGAGATTCATGGAAGATT 1845
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761 TAGAAGGAGATGCAAACAGAGATTCATGGAAGATT 1795
> AT3G62529.1 | Symbols: | pseudogene of pentatricopeptide (PPR)
repeat-containing protein | chr3:23131646-23131975 FORWARD
LENGTH=330
Length=330
Score = 492 bits (266), Expect = 6e-138
Identities = 291/303 (96%), Gaps = 2/303 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1248 CCTGATGCTGCGGTTTACACGTGTCTGATCACGGGATTTGGGACTCAGAGGAAGCTGGAT 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 25 CCTGATGCTGCGGTTTACACGTGTCTGATCACGGGGTTTGGGACTCAGAAGAAGCTGGTT 84
Query 1308 ACGGTTTACGAACTGCTCAAGGAGATGCAAGAAAAGGGACATCCTCCGGATGGCAAAACG 1367
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 85 ACTGTTTACGAACTGCTCAAGGAGATGCAAGAAAAGGGACATCCTCCGGATGGCAAAACG 144
Query 1368 TATAATGCGCTGATCAAACTGATGGCGAACCAGAAAATGCCGGAACATGCCACAAGGATC 1427
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 145 TATAATGCGCTGATCAAACTGATGGCGAACCAGAAAATTTCGGAACATGCCACAAGGATC 204
Query 1428 TACAACAAGATGATCCAGAACGAA-ATTGAGCCATCGATACACACATTCAACATGATAAT 1486
||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 205 TACAACAAGCTGATCCAGAAC-AATATTGAGCCATCGATACACACATTCAACATGATAAT 263
Query 1487 GAAGTCATACTTCATGGCGAGAAACTATGAGATGGGGAGTGCAGTTTGGGACGAGATGAT 1546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 264 GAAGTCATACTTCATGGCGAGAAACTATGAGATGGGGAGAGCAGTTTGGGACGATATGAA 323
Query 1547 CAA 1549
|||
Sbjct 324 CAA 326
> AT3G62528.1 | Symbols: | unknown protein; Has 30201 Blast hits
to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria -
1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses
- 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | chr3:23131482-23131655
REVERSE LENGTH=174
Length=174
Score = 148 bits (80), Expect = 1e-34
Identities = 92/98 (94%), Gaps = 0/98 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1 CTAATCGCCGTCGAGCTTCCATGGCTGCTGCTCCATGGCTCTATCTCTCTATGAGAAGAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |
Sbjct 98 CTAATCGCCGTCGAGCTTCCATGGCTGCTGCTCCATGGCTCTATCGCTCTTTGAGAAGGA 39
Query 61 GCTCCATTAGAACTACTCACAGCTTTCAACGGCTTCAT 98
||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 38 GCTCCATTAGAGTTACTCACAGCTTTCAATGGCTTCAT 1
> AT3G62530.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr3:23132138-23133298
FORWARD LENGTH=924
Length=924
Score = 115 bits (62), Expect = 2e-24
Identities = 69/72 (96%), Gaps = 1/72 (1%)
Strand=Plus/Minus
Query 1857 AATG-AAAAAATTAAGCATTCTTTCACTGAGAAAGTGAAGAAATGCAAGTAGGCCGAGAG 1915
|||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 924 AATGAAAAAAATTAATCATTCTTTCACTGAGAAAGTGAAGAAATGCAAGTAGGCCGAGAT 865
Query 1916 AATAGCTTAAAA 1927
||||||||||||
Sbjct 864 AATAGCTTAAAA 853
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95431236045
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5