BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg939656
Length=2247
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G02810.1 | Symbols: PRR7, APRR7 | pseudo-response regulator ... 3482 0.0
> AT5G02810.1 | Symbols: PRR7, APRR7 | pseudo-response regulator
7 | chr5:637897-641977 REVERSE LENGTH=2831
Length=2831
Score = 3482 bits (1885), Expect = 0.0
Identities = 2131/2247 (95%), Gaps = 28/2247 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 CGAAGCAGAGTTGGTGTGATGAATGTTAACGAGGAGGGGGAGGAGGGTTCACGTTACCCA 65
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 244 CGAAGCAGAGTTGGTGTGATGAATGCTAATGAGGA--GGG-GGAGGGTTCACGTTACCCA 300
Query 66 ATCGCTGATCGAAAAACCGGAGACACGAAATTCGATAGGGTTGAGAGTCGGACAGAGAAG 125
||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ATCACTGATCGAAAGACCGGAGAGACGAAATTCGATAGGGTTGAGAGTCGGACAGAGAAG 360
Query 126 CATAGTGAAGAAGAG-AAAGTCAATGGAATCACTATGGATGTGAGAAATGGGAGTTCAGG 184
||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 361 CATAGTGAAGAAGAGAAAACT-AATGGAATTACTATGGATGTGAGAAATGGGAGTTCA-G 418
Query 185 AGCTGGACAAGGCTCAGGTGGACCTCAAATTCCGTTGTCGCAACAAACAGCGGCAACTGT 244
| ||| | | | | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 -G-TGG---A----C---T-G----CAAATTCCATTGTCGCAACAAACAGCGGCAACTGT 461
Query 245 CTGTTGGGAAAGGTTTCTTCATGTGCGTACAATTAGAGTTCTGCTTGTGGAAAATGATGA 304
||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 462 CTGTTGGGAAAGGTTTCTTCATGTGAGAACCATTAGAGTTCTGCTTGTCGAAAATGACGA 521
Query 305 CTGCACTCGTTATATTGTTACTGCACTTCTTCGCAATTGTAGCTATGAAGTTGTTGAGGC 364
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 CTGCACTCGTTATATCGTTACTGCACTTCTTCGCAATTGTAGCTATGAAGTTGTTGAGGC 581
Query 365 TTCAAATGGGATACAAGCTTGGAAGGTGTTAGAAGATCTAAACAATCATATTGATATTGT 424
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 582 GTCAAATGGGATACAAGCTTGGAAGGTGTTAGAAGATCTAAACAATCATATTGATATTGT 641
Query 425 GCTAACAGAGGTGATCATGCCTTACTTATCTGGTATCGGTCTCTTGAGCAAGATTTTGAG 484
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 642 GCTAACAGAGGTGATCATGCCTTACTTATCTGGTATCGGTCTCTTGTGCAAGATTTTGAA 701
Query 485 CCACAAATCTCGTCGGAACATCCCTGTCATCATGATGTCATCTCATGACTCAATGGGGCT 544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 702 CCACAAATCTCGTCGGAACATCCCTGTCATCATGATGTCATCTCATGACTCAATGGGGCT 761
Query 545 GGTCTTTAAGTGCTTATCGAAAGGAGCAGTTGACTTTCTTGTTAAGCCAATAAGAAAAAA 604
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 GGTCTTTAAGTGCTTATCGAAAGGAGCTGTTGACTTTCTTGTTAAGCCAATAAGAAAAAA 821
Query 605 CGAGCTTAAGATCCTTTGGCAGCATGTTTGGAGAAGATGCCAAAGTTCTAGCGGTAGTGG 664
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 822 TGAGCTTAAGATCCTTTGGCAGCATGTTTGGAGAAGATGCCAAAGTTCTAGTGGTAGTGG 881
Query 665 AAGCGAGAGCGGAACGCATCAAACTCAAAAGTCTGTGAAATC-AAAGAGTATTAGAAAAT 723
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||
Sbjct 882 AAGTGAGAGCGGAACGCATCAAACTCAAAAGTCTGTGAAATCGAAA-AGTATTAAAAAAT 940
Query 724 CTGATCACGATTCGGGAAGCAGTGGTGAGAATGAAAATGGGAGCATTGGCCTGAATGCTA 783
||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 941 CTGATCAAGATTCAGGAAGCAGTGATGAGAATGAAAATGGGAGCATTGGCCTGAATGCTA 1000
Query 784 GTGATGGAAGTAGTGATGGGAGTGGCGCTCAGAGCTCTTGGACGAAAAAAGCTGGGGAGG 843
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1001 GTGATGGAAGTAGTGATGGGAGTGGCGCTCAGAGCTCTTGGACGAAAAAAGCTGTGGATG 1060
Query 844 TTGATGACAGTCCACGAGCGGTATCTCTATGGGATCGAGTCGATAGTACTTGCGCCCAAG 903
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1061 TTGATGACAGTCCACGAGCGGTATCTCTATGGGACCGAGTTGATAGCACTTGCGCCCAAG 1120
Query 904 TGGTACATTCTAACCCTGAGTTCCCAAGTAATCAGTTGGTTGCACCACCTGCTGAGAAGG 963
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1121 TGGTACATTCTAACCCTGAGTTTCCAAGTAATCAGTTGGTTGCACCACCTGCTGAGAAGG 1180
Query 964 AGACTCAAGAACAGGATGATAAATTTGAAGATGTCACAATGGGTAGAGACTTGGAGATTA 1023
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 AGACTCAAGAACATGATGATAAATTTGAAGATGTCACAATGGGTAGAGACTTGGAGATTA 1240
Query 1024 GCATTCGTAGAAATTGTGATCTGGCACTGGAGCCAAAAGATGAACCCCTATCTAAAACTA 1083
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241 GCATTCGTAGAAACTGTGATCTGGCCCTGGAGCCAAAAGATGAACCCCTATCTAAAACTA 1300
Query 1084 CTGGCATTATGAGACAGGATAATTCATTTGAAAAGAGCTCTAGTAAATGGAAAATGAAAG 1143
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1301 CTGGCATTATGAGACAGGATAATTCGTTTGAAAAGAGCTCTAGTAAATGGAAAATGAAAG 1360
Query 1144 TTGGAAAAGGACCAGTGGACCTCAGCAGCGAAAGTCCTTCAAGTAAACAAATGCATGAAG 1203
|||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1361 TTGGAAAAGGACCATTGGACCTCAGTAGCGAAAGTCCTTCAAGTAAACAAATGCATGAAG 1420
Query 1204 ATGGAGGCTCGGGTTTTAAAGCCATGTCTAGCCACCTTCAAGATAACAGAGAACCCGAAT 1263
||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1421 ATGGAGGCTCGAGTTTCAAAGCTATGTCTAGCCACCTTCAAGATAACAGAGAACCTGAGG 1480
Query 1264 CGCTTAACACTCACTTGAAAACTTTAGATTCAAATGAAACTTCTGTCAAAAATTCCGAAG 1323
||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||| ||||
Sbjct 1481 CGCCTAACACTCACTTGAAAACTTTAGATACAAATGAAGCTTCTGTTAAAATTTCTGAAG 1540
Query 1324 AGCTAATTCACATGGAACATAGTTCAAAGAGGCATAGAGGAACTAAAGATGATGGGACAC 1383
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1541 AGCTAATGCACGTGGAACATAGTTCAAAGAGGCATAGAGGAACTAAAGATGATGGGACAC 1600
Query 1384 TAGTTAGGGATGACCGGAATGTGCTGAGGCGTTCAGAGGGCTCAGCTTTCTCAAGGTATA 1443
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1601 TAGTTAGGGATGATCGGAATGTGCTGAGGCGTTCAGAGGGCTCAGCTTTCTCAAGGTATA 1660
Query 1444 ATCCAGCCTCAAATGCCAATAAGCTTTCTGGCGGGAACTTAGGAAGCAATTCGCTTCATG 1503
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 1661 ATCCAGCCTCAAATGCCAATAAGATTTCTGGTGGGAACTTAGGAAGCACTTCGCTTCAGG 1720
Query 1504 ATAATAATAGCCAGGATCTTATAAAAAAGACTGAAGCTGCATGTGATTGTCACTCAAACA 1563
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1721 ATAATAATAGTCAGGATCTTATAAAAAAGACTGAAGCAGCATATGATTGTCACTCGAACA 1780
Query 1564 TGAATGAGAGTCTCCCCAATAATCACCGCTCACATGTCGGTAGCAATAACTTTGATATGA 1623
||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1781 TGAATGAGAGTCTCCCCCATAATCATCGCTCACATGTCGGTAGCAATAACTTTGATATGA 1840
Query 1624 GTTCCACGACTGAGAACAACGCTTTCACAAAACCAGGAGCTCCAAAAGTAAGCTCAGCAG 1683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1841 GTTCCACGACTGAGAACAACGCTTTCACAAAACCAGGAGCTCCAAAAGTAAGCTCAGCAG 1900
Query 1684 GATCTTCATCAGTCAAGCATTCATCGTTTCAGCCTTTACCATGTGATCATCATAATAATC 1743
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1901 GATCTTCATCAGTGAAGCATTCATCGTTTCAGCCTTTACCCTGTGATCATCATAATAATC 1960
Query 1744 ATGCCTCCTATAATCTTGTCCATGTCGCTGAGAGGAAG---CTACCGCCACAATGTGGAT 1800
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1961 ATGCCTCCTATAACCTTGTCCATGTCGCTGAGAGGAAGAAGCTACCGCCACAATGTGGAT 2020
Query 1801 CCTCAAATGTGTACAACGAAACGATTGAAGGTAACAACAACACAGTGAATTACAGTGTGA 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2021 CCTCAAATGTGTACAACGAAACGATTGAAGGTAACAACAACACAGTGAATTACAGTGTGA 2080
Query 1861 ATGGTAGTGTATCAGGTAGTGGTCATGGGAGCAATGGGCCATATGGAAGCAGCAATGGTA 1920
|||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2081 ATGGAAGTGTATCAGGTAGTGGTCATGGAAGTAATGGGCCATATGGAAGCAGTAACGGTA 2140
Query 1921 TGAATACTGGAGGAATGAATATGGGAAGTGATAACGGTGCTGGCAAAAATGGAAATGGTG 1980
||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2141 TGAATGCTGGAGGAATGAATATGGGAAGTGATAATGGTGCTGGCAAAAATGGAAATGGCG 2200
Query 1981 ATGGTAGTGGAAGCGGAAGCGGAAGTGGTAGCGGAAACTTGGCGGATGAAAATAAGATCT 2040
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2201 ATGGTAGTGGAAGCGGAAGTGGAAGTGGTAGCGGAAACTTGGCGGATGAAAATAAGATCT 2260
Query 2041 CTCAAAGGGAAGCTGCTTTGACAAAGTTCCGTCAGAAGAGAAAAGAAAGGTGCTTCAGAA 2100
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2261 CTCAAAGGGAAGCTGCTTTGACAAAGTTCCGTCAGAAGAGAAAAGAGAGGTGCTTCCGAA 2320
Query 2101 AGAAGGTACGATACCAAAGCCGGAAAAAACTAGCGGAACAACGACCTCGTGTCCGTGGCC 2160
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || ||||
Sbjct 2321 AGAAGGTACGATACCAAAGCCGGAAAAAACTAGCAGAACAACGCCCTCGAGTGCGAGGCC 2380
Query 2161 AATTCGTCCGTAAAATAGCCGCTGCAACGGATGATAACGACATAAAAAACATTGAGGAAA 2220
|||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2381 AATTTGTGCGTAAAACAGCCGCTGCAACTGATGATAACGACATAAAAAACATTGAGGATA 2440
Query 2221 GCTAACGGAAAATCTACAAAACCAACT 2247
|||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 2441 GCTAACGGAAAATCAACAAAACCCACT 2467
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111495410445
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5