BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg939752
Length=2491
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G03650.1 | Symbols: SBE2.2 | starch branching enzyme 2.2 | c... 3520 0.0
> AT5G03650.1 | Symbols: SBE2.2 | starch branching enzyme 2.2 |
chr5:931904-937641 FORWARD LENGTH=2609
Length=2609
Score = 3520 bits (1906), Expect = 0.0
Identities = 2052/2124 (97%), Gaps = 4/2124 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 370 TCAAGGAGAGAGGAGTGAGACCAAGAGTAGTTCCCCCACCTGGG-GATGGGAAGAAAATA 428
||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||
Sbjct 337 TCAAGGAGAGAGGGGTGAAACCAAGAATAGTTCCCCCACC-GGGTGATGGCAAGAAAATT 395
Query 429 TATGAGATAGACCCCATGTTACGAAGTTACAGCAATCATCTTGATTACCGTTATGGACAG 488
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 396 TATGAGATAGACCCCATGTTACGAACTTACAACAATCATCTTGATTACCGTTATGGACAG 455
Query 489 TATAAAAGATTGCGTGAGGAAATAGACAAGTATGAGGGTGGTCTGGAGGCATTTTCTCGT 548
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 456 TATAAAAGATTGCGTGAGGAAATAGACAAGTATGAGGGTGGTCTTGAGGCATTCTCTCGT 515
Query 549 GGCTATGAAAAGTTAGGATTTTCGCGCAGTGATGCCGGTATAACATATAGAGAGTGGGCG 608
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 516 GGCTATGAAAAGTTAGGATTTTCGCGCAGTGATGCCGGTATAACTTATAGAGAGTGGGCG 575
Query 609 CCTGGAGCTAAGGCTGCATCACTTATTGGAGATTTCAACAACTGGAATTCTAATGCAGAT 668
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 576 CCTGGAGCTAAGGCTGCATCACTTATCGGAGATTTCAACAACTGGAATTCTAATGCAGAT 635
Query 669 ATCATGACTCGGAATGAATTTGGTGTTTGGGAGAtttttttGCCCAACAACACTGATGGT 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 636 ATCATGACTCGGAATGAATTTGGTGTTTGGGAGATCTTTTTGCCCAACAACACTGATGGT 695
Query 729 TCGCCTGCAATTCCTCATGGCTCACGTGTAAAGATTCGTATGGATACTCCGTCTGGCATT 788
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 696 TCGCCTGCAATTCCTCATGGCTCACGTGTAAAGATTCGTATGGATACTCCATCTGGCATT 755
Query 789 AAAGACTCAATTCCTGCTTGGATCAAATTCTCCGTGCAAGCTCCAGGTGAAATCCCATTC 848
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 756 AAAGACTCAATTCCTGCTTGGATCAAGTTCTCGGTGCAAGCTCCAGGTGAAATCCCATTC 815
Query 849 AATGGCATATACTATGATCCTCCAGAAGAGGAGAAATATGTATTCAAACATCCTCAACCA 908
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 816 AATGGCATATACTATGATCCTCCAGAAGAGGAGAAGTATGTATTCAAACATCCTCAACCA 875
Query 909 AAGAGACCTAAGTCGCTGAGGATTTATGAAGCACATGTTGGCATGAGTAGCACGGAACCA 968
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 876 AAGAGACCTAAGTCGCTAAGGATTTATGAAGCACATGTTGGCATGAGTAGCACGGAACCA 935
Query 969 ATGGTCAATACTTATGCTAACTTTAGAGATGATGTTCTTCCACGCATCAAAAGGCTTGGC 1028
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 936 ATGGTCAATACGTATGCTAACTTTAGAGATGATGTTCTTCCCCGCATCAAAAAGCTTGGA 995
Query 1029 TATAATGCGGTTCAAATCATGGCTATACAAGAACATTCATATTATGCCAGCTTTGGGTAC 1088
|||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 996 TATAATGCTGTTCAAATTATGGCCATACAAGAACATTCATATTATGCCAGCTTTGGGTAC 1055
Query 1089 CATGTCACAAACTTTTTTGCCCCAAGCAGTCGTTGTGGGACCCCAGAGGAACTAAAATCT 1148
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056 CATGTCACAAACTTTTTTGCCCCAAGCAGTCGCTGTGGGACCCCAGAGGAACTAAAATCA 1115
Query 1149 TTGATAGATAGAGCTCATGAGTTAGGCCTGGTCGTTCTGATGGATATCGTTCATAGCCAT 1208
|||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1116 CTGATAGATAGAGCTCACGAGTTAGGCCTGGTAGTTCTGATGGATATCGTTCATAGCCAT 1175
Query 1209 GCTTCAAAAAACACATTGGATGGGCTGAACATGTTTGATGGAACTGATGCTCACTATTTT 1268
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1176 GCTTCAAAAAACACATTGGATGGACTGAACATGTTTGATGGAACTGATGCTCACTATTTT 1235
Query 1269 CACTCTGGGCCTCGGGGTTACCATTGGATGTGGGACTCACGACTTTTCAATTATGGGAGC 1328
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1236 CACTCTGGACCTCGGGGATACCATTGGATGTGGGATTCACGACTTTTCAATTATGGGAGC 1295
Query 1329 TGGGAAGTATTACGATATCTCCTTTCAAATGCACGGTGGTGGCTAGAAGAATACAAGTTT 1388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 TGGGAAGTATTACGATATCTCCTTTCAAATGCACGGTGGTGGCTAGAAGAATACAAGTTT 1355
Query 1389 GATGGATTTAGGTTTGATGGTGTAACCTCAATGATGTATACTCATCATGGGCTCTCGGTT 1448
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1356 GATGGATTTAGATTTGATGGTGTAACCTCAATGATGTATACTCATCATGGACTCTCGGTT 1415
Query 1449 GGATTTACTGGGAATTACACCGAGTACTTTGGATTGGAAACTGATGTGGATGCTGTGAAT 1508
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 GGATTTACTGGGAACTACACCGAATACTTTGGATTGGAAACTGATGTGGATGCTGTGAAT 1475
Query 1509 TATCTCATGCTGGTAAATGATATGATTCATGGGCTATACCCTGAAGCGATTACAGTTGGT 1568
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1476 TATCTCATGCTGGTTAATGATATGATTCATGGGCTCTACCCTGAAGCGATTACCGTTGGT 1535
Query 1569 GAAGATGTTAGTGGTATGCCAACATTCTGTATTCCTGTCCAAGATGGTGGCGTTGGATTT 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536 GAAGATGTTAGTGGTATGCCAACATTCTGTATTCCTGTCCAAGATGGTGGCGTTGGATTT 1595
Query 1629 GACTACCGTCTACACATGGCCATAGCTGATAAGTGGATAGAAATTCTCAAGAAGAGAGAT 1688
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1596 GACTACCGTTTACACATGGCCATAGCTGATAAGTGGATAGAAATGCTCAAGAAGAGAGAT 1655
Query 1689 GAAGACTGGCAAATGGGTGATATCATTTACACACTTACCAACAGAAGGTGGTCAGAGAAG 1748
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 GAAGACTGGCAAATGGGCGACATCATTTACACACTTACCAACAGAAGGTGGTCAGAGAAG 1715
Query 1749 TGTAT-TGCTTATGCTGAAAGTCACGATCAAGCTCTTGTTGGTGATAAAACAATTGCCTT 1807
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1716 TGTATCT-CTTATGCTGAAAGTCACGATCAAGCTCTTGTTGGTGATAAAACAATTGCCTT 1774
Query 1808 CTGGTTAATGGACAAGGATATGTATGATTTCATGGCAGTAGACAGACCATCAACACCTCT 1867
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1775 CTGGTTAATGGACAAGGATATGTATGATTTCATGGCAGTAGACAGACCATCAACTCCTCT 1834
Query 1868 TATCGATAGAGGAATAGCTTTGCATAAAATGATTAGGCTTATAACTATGGGATTAGGCGG 1927
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835 TATCGATAGAGGAATAGCTTTGCACAAAATGATTAGGCTTATAACTATGGGATTAGGCGG 1894
Query 1928 AGAAGGATACTTAAATTTTATGGGAAACGAATTCGGACATCCAGAATGGATCGATTTTCC 1987
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1895 TGAAGGTTACTTAAATTTTATGGGAAACGAATTCGGACATCCAGAATGGATTGATTTTCC 1954
Query 1988 CAGAGGCGAGCAGCGTCTTTCTGATGGGAGCGTGATTCCTGGCAACAATTTTAGTTATGA 2047
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1955 CAGAGGCGAGCAGCGTCTTTCTGATGGTAGCGTGATTCCTGGCAACAATTTCAGTTATGA 2014
Query 2048 CAAATGCAGACGAAGATTTGATCTTGGGGATGCAGACTATCTCAGATACCGCGGACTGCA 2107
||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2015 CAAATGCCGCCGCAGATTTGATCTTGGGGATGCAGATTATCTCAGATACCGCGGACTACA 2074
Query 2108 AGAATTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAAGAGAATTACGGTTTTATGACTTCTGAGCA 2167
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2075 AGAATTTGATCAGGCAATGCAACATCTTGAAGAGAATTACGGTTTTATGACTTCGGAGCA 2134
Query 2168 CCAATTCATATCACGAAAAGACGAAGCAGATAGAGTAATCGTATTCGAAAGAGATGATCT 2227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2135 CCAATTCATATCACGAAAAGACGAAGCAGATAGAGTAATCGTATTCGAAAGAGGTGATCT 2194
Query 2228 CGTCTTTGTCTTTAACTTCCACTGGACCAGCAGCTACTTCGATTACCGCATTGGTTGCTC 2287
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2195 CGTCTTTGTCTTTAACTTTCACTGGACCAGCAGCTACTTTGATTACCGCATTGGTTGCTC 2254
Query 2288 CAAGCCTGGGAAATATAAGATCGTATTGGACTCAGACGATCCTCTGTTTGGTGGATTCAA 2347
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2255 CAAGCCTGGAAAATATAAGATCGTATTGGACTCGGACGATCCTCTCTTTGGTGGATTCAA 2314
Query 2348 TAGGCTCGATCGCAAGGCAGAGTATTTCACATATGATGGCTTATACGACGGACGACCCAG 2407
|||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2315 TAGGCTCGATCGCAAGGCAGAGTACTTCACTTATGATGGCTTATACGACGAACGACCCTG 2374
Query 2408 CTCCTTCATGGTCTATGCACCGTGTAGAACCGCCGTGGTTTATGCTTTAGCAAACCACGA 2467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2375 CTCCTTCATGGTCTATGCACCGTGTAGAACCGCCGTGGTTTATGCTTTAGCAAACCACGA 2434
Query 2468 TTAGGACTTTCAGACTTTGGATCC 2491
|||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2435 TTAGAACTTTCAGACTTTGGATCC 2458
Score = 444 bits (240), Expect = 2e-123
Identities = 304/332 (92%), Gaps = 15/332 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TCACCGGCGGCGAG-GGATATGGTGGTGATTCACGGAGTGTCTGTTACTCCACGCTTCAC 61
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2 TCACCGGCGGCGAGAGGATATGGTGGTGATTCACGGAGTGTCTCTTACTCCACGCTTCAC 61
Query 62 TCTTCCTTGTCGACCTCTCAACACTAGCTTTAAT---GGCAATTCCAGCCTCTCCTTCTT 118
|||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||
Sbjct 62 TCTTCCTTCTCGACCTCTCAACACTGGCTTTAATGCCGGCAATTCCACCCTCTCTTTCTT 121
Query 119 CCTCAAAAAGCACCCTCTCTCTCGGAAGATCTTTGCTGGGAAACAATCTGCGGAGTTTGA 178
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 CTTCAAAAAGCACCCTCTCTCTCGGAAGATCTTTGCTGGGAAACAATCTGCGGAGTTTGA 181
Query 179 TTCTTCTTCACAAGCTATCGCTGCGTCTGAGAAAGTCTTAGTACCTGATAATCTTGATGA 238
|||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 TTCTTCGTCACAAGCTATCTCTGCTTCTGAGAAAGTCTTAGTACCTGATAATCTTGATGA 241
Query 239 TGATCCCAGCAG-TTTTTCACAAGAACCACAGATATTTAATCTAGAAAGTCAAACAATGG 297
||||||||| || ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 242 TGATCCCAG-AGGTTTTTCACA-GA--------TATTTGATCTAGAAAGTCAAACAATGG 291
Query 298 AAGAGACTGAGGCATTAAGAACAGAAGACCAA 329
|| | ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 292 AATATACTGAGGCAGTAAGAACAGAAGACCAA 323
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123611347552
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5