BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg939897
Length=3528
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G04930.1 | Symbols: ALA1 | aminophospholipid ATPase 1 | chr5... 5738 0.0
> AT5G04930.1 | Symbols: ALA1 | aminophospholipid ATPase 1 | chr5:1444870-1449817
FORWARD LENGTH=4365
Length=4365
Score = 5738 bits (3107), Expect = 0.0
Identities = 3391/3529 (96%), Gaps = 15/3529 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 CAAATCCTGGACCCGGCTAATGGATCCCAGGATATCTATTGATAAGCCGCCTCATCACGA 62
||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 CAATTCCTGGACCCGGGAAATGGATCCCAGGAAATCAATTGATAAGCCGCCTCATCACGA 680
Query 63 TCCAATTCTGGGTGTATCTTCACGATGGAGCGTTTCTTCTAAAGACAACAATTCCGTCAG 122
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 681 TCCAATTCTGGGTGTATCTTCAAGATGGAGCGTTTCTTCTAAAGACAAC-A-------A- 731
Query 123 AGAAGTTACTTTCGGTGATTTGGGTTCAAAGCGTATCCGTCATGGATCAGCTGGAGCTGA 182
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 732 AGAAGTTACTTTCGGTGATTTGGGATCTAAGCGTATCCGTCATGGTTCAGCTGGAGCTGA 791
Query 183 TTCTGAGATGCTAAGCATGTCTCAGAAAGAGATCAAAGACGAAGATGCTCGTTTGATTTA 242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 792 TTCTGAGATGCTAAGCATGTCTCAGAAAGAGATCAAAGACGAAGATGCTCGTTTGATTTA 851
Query 243 TATTAACGATCCTGACAGAACTAACGAAAGGTTTGAGTTCACAGGGAATTCTATCAAGAC 302
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 852 TATTAACGATCCTGACAGAACTAACGAACGGTTTGAGTTCACTGGGAATTCTATCAAGAC 911
Query 303 TGCTAAATACTCTGTCTTCACCTTCTTGCCTAGGAACTTGTTTGAGCAGTTCCATAGAGT 362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 912 TGCTAAATACTCTGTCTTCACCTTCTTGCCTAGGAACTTGTTTGAACAGTTCCATAGAGT 971
Query 363 TGCTTACATTTACTTCCTTGTAATAGCAGTGCTTAATCAGCTTCCTCAGCTTGCAGTTTT 422
||||||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 972 TGCTTACATTTACTTCCTTGTTATCGCTGTTCTCAATCAGCTTCCTCAGCTTGCAGTTTT 1031
Query 423 TGGCAGAGGTGCATCAATCATGCCCCTTGCCTTTGTTCTCTTGGTCTCAGCTATCAAAGA 482
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1032 TGGCAGAGGTGCATCCATCATGCCCCTTGCCTTTGTTCTCTTGGTCTCTGCTATCAAAGA 1091
Query 483 TGCTTACGAGGATTTCCGGAGACATAGATCAGACAGAGTTGAGAACAATAGGTTGGCTTT 542
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092 TGCTTACGAGGATTTCCGGAGACATAGGTCAGATAGAGTTGAGAACAATAGGTTGGCTTT 1151
Query 543 AGTGTTTGAGGATAATCAGTTTCGAGAAAAGAAGTGGAAGCATATTCGGGTTGGGGAAGT 602
||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1152 AGTCTTTGAGGATCATCAGTTTCGAGAGAAGAAGTGGAAGCATATCCGGGTTGGGGAAGT 1211
Query 603 CGTTAAAATCCAATCGAATCAGACTCTTCCTTGTGACATGGTGCTGTTGGCTACAAGTGA 662
| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1212 CATTAAAGTCCAATCCAATCAGACTCTTCCCTGTGACATGGTGCTCTTGGCTACTAGTGA 1271
Query 663 TCCTACTGGGGTTGTCTATGTGCAGACGACTAATTTGGATGGTGAGTCGAATTTGAAGAC 722
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 TCCTACTGGGGTTGTCTACGTGCAGACGACTAATTTGGATGGTGAGTCGAATTTGAAGAC 1331
Query 723 AAGGTATGCCAAGCAGGAAACTCTTCTGAAAGCTGCTGATATGGAGTCGTTTAATGGATT 782
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 CAGGTATGCCAAGCAGGAAACTCTTCTGAAAGCTGCTGATATGGAGTCGTTTAATGGATT 1391
Query 783 TATCAAGTGTGAGAAACCTAACAGGAACATTTATGGGTTTCAAGCCAACATGGAAATTGA 842
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1392 TATCAAGTGTGAGAAACCTAACAGGAACATTTATGGGTTTCAAGCCAACATGGAGATTGA 1451
Query 843 TGGTAGAAGGCTCTCCCTTGGACCTTCTAATATTATTCTTAGAGGGTGTGAGCTTAAGAA 902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1452 TGGTAGAAGGCTCTCCCTTGGACCTTCTAATATTATTCTAAGAGGGTGTGAGCTTAAGAA 1511
Query 903 CACTGCTTGGGCTTTAGGGGTTGTTGTCTATGCTGGTGGTGAGACGAAAGCTATGCTGAA 962
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1512 CACTGCTTGGGCTTTAGGGGTTGTTGTGTATGCTGGTGGTGAGACGAAAGCTATGCTCAA 1571
Query 963 CAACTCTGGAGCTCCATCAAAGAGGAGTAGGCTAGAGACTCGGATGAATTTGGAGATCAT 1022
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1572 CAACTCTGGAGCACCATCAAAGAGGAGTAGGCTAGAGACTCGAATGAATTTGGAGATCAT 1631
Query 1023 TCTACTCTCTTTGTTTCTGATCGTCTTGTGTACAATTGCAGCCGCGACCGCTGCTGTGTG 1082
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 TCTACTCTCTTTGTTTCTGATCGTCTTGTGTACAATCGCAGCCGCGACCGCTGCTGTGTG 1691
Query 1083 GTTGAGGACGCACAGGGATGACTTGGACACTATTCTCTTTTATAGGAGGAAGGACTACTC 1142
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1692 GTTGAGAACGCACAGGGATGACTTGGACACTATTCTCTTTTATAGAAGAAAGGACTACTC 1751
Query 1143 TGAGAGGCCAGGAGGAAAGAACTATAAATACTATGGTTGGGGGTGGGAGATATTTTTCAC 1202
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1752 TGAGAGGCCAGGAGGGAAGAACTATAAATACTATGGTTGGGGGTGGGAGATATTCTTCAC 1811
Query 1203 CTTCTTTATGGCAGTCATTGTGTACCAGATCATGATTCCCATTTCTCTCTACATATCGAT 1262
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812 CTTCTTTATGGCAGTCATTGTGTACCAGATCATGATACCCATTTCTCTCTACATATCGAT 1871
Query 1263 GGAGCTTGTCCGTATTGGTCAAGCATACTTCATGACCAATGATGATCAGATGTACGACGA 1322
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1872 GGAGCTCGTCCGTATTGGTCAAGCATACTTCATGACCAATGATGATCAGATGTATGACGA 1931
Query 1323 GTCTTCAGATTCAAGTTTTCAATGCAGGGCTTTGAATATAAATGAAGATTTAGGGCAGAT 1382
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1932 GTCTTCAGATTCAAGTTTTCAATGCAGGGCTTTAAATATAAATGAAGATTTAGGGCAGAT 1991
Query 1383 TAAGTATTTATTCTCTGATAAGACGGGTACACTCACCGACAACAAGATGGAGTTTCAATG 1442
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1992 TAAGTATTTATTCTCTGATAAGACGGGTACACTCACGGACAACAAGATGGAGTTTCAATG 2051
Query 1443 TGCCTGCATAGAAGGCGTAGATTACTCTG-CTAGGGAACCTACTGAGAGCGAGCATGCGG 1501
||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||||| | |
Sbjct 2052 TGCCTGCATCGAAGGCGTAGATTACTCTGAC-AGGGAACCTGCTGATAGCGAGCATCCTG 2110
Query 1502 GATACTCCATTGAAGTTGATGGGAA-TATTTTGAAGCCAAAGATGAGGGTTAGAGTTGAT 1560
|||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2111 GATACTCCATTGAAGTTGAT-GGAATTATTTTGAAGCCAAAGATGAGGGTGAGAGTTGAT 2169
Query 1561 CCTGTGCTTCTTCAGTTAACGAAAACTGGCAAGGCAACAGAAGAAGCAAAACGTGCAAAT 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2170 CCTGTGCTTCTTCAGTTAACGAAAACTGGCAAGGCAACAGAAGAAGCAAAACGTGCAAAT 2229
Query 1621 GAGTTTTTCCTCTCGCTGGCAGCTTGCAACACAATTGTGCCAATTGTTACCAGTACATCT 1680
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2230 GAGTTTTTCCTCTCACTGGCAGCTTGCAATACAATTGTGCCAATTGTTAGCAATACATCT 2289
Query 1681 GATCCCAATGTGAAGCTGGTAGATTATCAAGGGGAGTCCCCTGATGAACAAGCATTGGTT 1740
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2290 GATCCCAATGTGAAACTGGTAGATTATCAAGGGGAGTCCCCTGATGAACAAGCATTGGTC 2349
Query 1741 TATGCAGCAGCTGCATATGGTTTCTTGCTCATAGAGAGAACCTCTGGTCATATAGTTATT 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2350 TATGCAGCAGCTGCATATGGTTTCTTGCTCATAGAGAGAACCTCTGGTCATATAGTTATT 2409
Query 1801 AATGTGCGAGGAGAAATGCAAAGGTTTAATGTTTTGGGATTGCATGAGTTCGATAGTGAC 1860
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2410 AATGTGCGAGGAGAAACGCAAAGATTTAATGTTTTGGGATTGCATGAGTTCGATAGTGAC 2469
Query 1861 CGAAAAAGAATGTCAGTGATACTGGGATGCCCCGACATGTCGGTAAAACTCTTTGTAAAA 1920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2470 CGAAAAAGAATGTCAGTGATACTGGGATGCCCCGACATGTCGGTGAAACTCTTTGTAAAA 2529
Query 1921 GGTGCAGACTCATCTATGTTTAGTGTCATGGATGAATCCTACGGTGGCGTCATACAGGAG 1980
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2530 GGTGCAGACTCATCCATGTTTGGTGTCATGGATGAATCCTACGGTGGCGTCATACATGAG 2589
Query 1981 ACCAAGATACAACTTCATGCTTACTCATCTGATGGTTTGAGAACTCTTGTTGTTGGGATG 2040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2590 ACCAAGATACAACTTCATGCTTACTCATCTGATGGTTTGAGAACACTTGTTGTTGGGATG 2649
Query 2041 AGAGAGCTGAACGATTCAGAGTTTGAGCAATGGCATTCTTCATTTGAGGCGGCAAGCACC 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2650 AGAGAGCTGAACGATTCAGAGTTTGAGCAATGGCATTCTTCATTTGAGGCGGCAAGCACC 2709
Query 2101 GCCTTGATTGGTAGGGCTGGGTTGCTAAGAAAGGTTGCTGGAAACATCGAGACTAACCTT 2160
|||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2710 GCCTTGATTGGTCGGGCTGGATTGCTAAGAAAAGTTGCTGGAAACATTGAGACTAACCTT 2769
Query 2161 AGGATAGTAGGAGCCACTGCAATTGAAGACAAATTGCAGCGTGGTGTCCCGGAAGCAATC 2220
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2770 AGGATAGTAGGAGCCACCGCAATTGAAGACAAATTGCAGCGTGGTGTCCCTGAAGCAATA 2829
Query 2221 GAGTCTCTCAGGATTGCAGGGATAAAAGTATGGGTCTTAACTGGTGACAAGCAAGAAACT 2280
|| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2830 GAATCTTTGAGGATTGCAGGGATAAAAGTCTGGGTCTTGACTGGTGACAAGCAAGAAACT 2889
Query 2281 GCCATATCCATTGGCTTTTCTTCGAGGCTTCTAACAAGAAACATGAGGCAAATAGTAATA 2340
||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2890 GCCATATCCATTGGCTTCTCATCGAGGCTTCTGACAAGAAACATGAGGCAAATTGTAATA 2949
Query 2341 AATAGTAATTCATTGGATTCATGTCGGAGGAGTTTAGAAGAAGCAAATGCCAGTATTGCA 2400
||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2950 AATAGCAACTCGTTGGATTCATGTCGGAGGAGCTTAGAAGAAGCAAATGCCAGTATTGCA 3009
Query 2401 AGTAATGATGAAAGCGATAACGTGGCCTTGATTATTGACGGTACCAGTCTCATATATGTA 2460
|||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3010 AGTAATGACGAAAGTGATAATGTGGCCTTGATTATTGACGGTACCAGCCTCATATATGTA 3069
Query 2461 CTCGACAATGATCTTGAAGATGTGCTGTTCCAGGTGGCATGTAAATGCGCTGCGATACTC 2520
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 3070 CTCGACAATGATCTTGAAGATGTGCTGTTCCAGGTGGCATGTAAGTGCTCTGCGATACTC 3129
Query 2521 TGCTGCCGGGTTGCTCCTTTCCAGAAAGCTGGAATCGTTGCACTTGTAAAGAACCGGACT 2580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3130 TGCTGCCGGGTTGCTCCTTTCCAGAAAGCTGGAATCGTTGCACTTGTAAAGAACCGGACT 3189
Query 2581 TCCGACATGACGCTTGCCATTGGTGATGGTGCCAATGATGTCTCCATGATTCAAATGGCT 2640
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3190 TCTGACATGACTCTTGCCATTGGTGATGGTGCCAATGATGTCTCCATGATTCAAATGGCT 3249
Query 2641 GATGTTGGGGTAGGGATAAGCGGCCAAGAAGGTCGCCAAGCTGTGATGGCATCTGATTTC 2700
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3250 GATGTTGGGGTAGGGATAAGCGGACAAGAAGGTCGCCAAGCTGTGATGGCATCTGATTTC 3309
Query 2701 GCAATGGGACAGTTCAGATTCTTAGTTCCGCTATTGCTCGTCCATGGACACTGGAATTAC 2760
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3310 GCAATGGGACAGTTCAGATTTTTAGTTCCGTTATTGCTCGTCCATGGACACTGGAATTAC 3369
Query 2761 CAAAGGATGGGTTACATGATACTATATAATTTCTATAGAAATGCAGTTTTTGTTCTAATT 2820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3370 CAAAGGATGGGTTACATGATACTATATAATTTCTATAGAAATGCAGTTTTTGTTCTAATT 3429
Query 2821 TTATTTTGGTACGTTTTGTTTACTTGCTACACCTTGACAACCGCCATCACAGAATGGAGC 2880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3430 TTATTTTGGTACGTTTTGTTTACTTGCTACACCTTGACAACTGCCATCACAGAATGGAGC 3489
Query 2881 AGTGTTTTGTACTCAGTCATATACACAGCAGTCCCTACAATAATTATCGGTATTCTTGAC 2940
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3490 AGTGTTTTGTACTCAGTCATATACACAGCAATCCCTACAATAATTATCGGTATTCTTGAC 3549
Query 2941 AAAGACCTTGGAAGG-AGGACTCTTCTAGATCATCCTCAGCTCTACGGTGTTGGCCAGAG 2999
||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3550 AAAGACCTTGGAAGGCAG-ACTCTTCTTGATCATCCTCAGCTCTACGGTGTTGGCCAGAG 3608
Query 3000 GGCAGAGGGATATTCCACTACGCTCTTTTGGTATACAATGATTGACACAATCTGGCAAAG 3059
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3609 GGCAGAGGGATATTCCACTACGCTCTTCTGGTATACAATGATTGACACAATCTGGCAAAG 3668
Query 3060 TGCAGCAATCTTCTTCATTCCTATGTTTGCTTATTGGGGCAGTACAATTGACACGTCGAG 3119
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3669 TGCAGCCATCTTCTTCATTCCTATGTTTGCTTATTGGGGCAGTACAATTGACACGTCGAG 3728
Query 3120 CCTAGGAGACCTATGGACCATTGCTGCAGTTGTGGTGGTTAATCTTCACTTGGCCATGGA 3179
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3729 CCTAGGAGACCTATGGACGATAGCTGCAGTTGTGGTGGTTAATCTTCACTTGGCCATGGA 3788
Query 3180 TGTAATTAGATGGAACTGGATCACACACGCCGCCATATGGGGATCCATTGTTGCAGCTTG 3239
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3789 TGTGATCAGATGGAACTGGATCACACACGCCGCCATATGGGGATCCATTGTTGCAGCTTG 3848
Query 3240 TATATGTGTCATTGTGATCGATGTTATACCCACACTCCCTGGTTACTGGGCAATTTTCCA 3299
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3849 TATATGTGTCATTGTGATTGATGTTATACCCACACTCCCTGGTTACTGGGCAATTTTCCA 3908
Query 3300 AGTGGCCAAGACGTGGATGTTCTGGTTCTGCTTGCTTGCCATTGTTGTGACAGCATTGCT 3359
||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||
Sbjct 3909 AGTGGGCAAGACATGGATGTTCTGGTTCTGCTTGCTAGCAATAGTTGTGACATCATTGCT 3968
Query 3360 TCCTAGATTCGCCATCAAGTTTCTTGTCGAGTATTACAGACCTTCCGATGTTCGGATTGC 3419
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3969 TCCTAGATTCGCCATCAAGTTTCTAGTGGAGTATTACAGACCTTCCGATGTTCGGATAGC 4028
Query 3420 TAGGGAGGCTGAAAAGCTTGGAACTTTCAGAGAATCCCAACCCCTGGGAGTTGAAATGAA 3479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4029 TAGGGAGGCTGAAAAGCTTGGAACTTTCAGAGAATCCCAACCCGTGGGAGTTGAAATGAA 4088
Query 3480 CCTGATTCAGGATCCTCCAAGGAGATGATAGGAAACAACAACACATTCT 3528
||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 4089 CCTGATTCAGGATCCTCCACGGAGATGATATGAAGCAACAACACATTCT 4137
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 175634467443
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5