BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg940097
Length=1919
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G06540.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 2898 0.0
> AT5G06540.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr5:1999181-2001049 REVERSE LENGTH=1869
Length=1869
Score = 2898 bits (1569), Expect = 0.0
Identities = 1776/1877 (95%), Gaps = 10/1877 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 ATGAGTAACATTGTGCTCAACACACTTCGTTTCAAACACCCGAAGCTTGCATTGCTCCAA 83
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGAGTAACATTGTGCTCAACACACTTCGATTCAAACACCCGAAGCTTGCCTTGCTCCAA 60
Query 84 TCCTGCTCTTCCTTCTCCGACCTCAAGATCATCCATGGCTTTCTCTTACGAACCCATCTC 143
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCCTGCTCTTCCTTTTCCGACCTCAAGATCATACATGGCTTTCTCTTACGAACCCATCTC 120
Query 144 ATCTCCGACGTCTTTGTTGCCAGTCGTCTCCTCGCTCTCGCTCTCTGCGTTGACGACTCC 203
|||||||||||||| ||||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ATCTCCGACGTCTTCGTTGCCAGTCG--T-CT--C-CTCGCTCTCTGCGTTGACGACTCC 174
Query 204 ACCTTCCACAAACCCACCAATCTCTTGGGATATGCATACGGAATCTTCTCTCAGATTCAA 263
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 ACCTTCAACAAACCAACCAATCTCTTGGGATATGCATACGGAATCTTCTCTCAGATTCAA 234
Query 264 AACCCTAATCTTTTCGTCTTCAA-CGTACTCATTCGCTGCTTCTCCACTGGCGCAGAACC 322
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 235 AACCCTAATCTTTTCGTCTTCAATC-TACTCATTCGCTGCTTCTCCACTGGTGCAGAGCC 293
Query 323 TAGTAAGGCTTTTGGGTTCTATACCCAGATGTTGAAATCTCGAATTTGGCCAGATAACAT 382
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 294 TAGTAAGGCTTTTGGGTTCTATACCCAGATGTTGAAATCTCGGATTTGGCCAGATAACAT 353
Query 383 CACGTTTCCGTTTCTGATTAAGGCGTCTACTGAGATGGAGTGTGTGGTGGTGGGAGAGCA 442
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 354 CACGTTTCCGTTTCTGATTAAGGCGTCTAGTGAGATGGAGTGTGTTCTAGTGGGAGAGCA 413
Query 443 AACGCATTCACAGATTGTTAGATTCGGATTTCAGAATGATGTTTATGTAGAGAATTCTCT 502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 414 AACGCATTCACAGATTGTTAGATTCGGATTTCAGAATGATGTTTATGTAGAGAATTCGCT 473
Query 503 TGTTCATATGTACGCTAATTGTGGGTTGATCGCTGCTGCTGGTAGAATCTTTGGGCAAAT 562
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 474 TGTTCATATGTACGCTAATTGTGGGTTCATCGCTGCTGCTGGTAGAATCTTTGGGCAAAT 533
Query 563 GCCGTTTCGAGATGTGGTTTCATGGACTTCTATGGTGGCTGGGTATTGCAAATGCGGGAT 622
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 534 GGGGTTTCGAGATGTTGTTTCATGGACTTCTATGGTGGCTGGGTATTGTAAATGCGGGAT 593
Query 623 GGTTGAGGATGCACGAGAGATGTTCGATGAAATGCCCCACAGAAATTTGTTTACTTGGAG 682
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 GGTTGAGAATGCACGAGAGATGTTCGATGAAATGCCTCACAGAAATTTGTTTACTTGGAG 653
Query 683 TATCATGATAAATGGGTATGCGAAGAACAACTGTTTTGAGAAAGCCATTGACTTGTTCGA 742
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 654 TATTATGATTAATGGGTATGCGAAGAACAACTGTTTTGAGAAAGCCATTGACTTGTTTGA 713
Query 743 ACTCATGAAAAGGGAAGGAGTTGTTGCGAATGAGACGGTTATGGTGAGTGTGATTTCTTC 802
| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 714 ATTCATGAAAAGGGAAGGAGTTGTCGCGAATGAGACGGTTATGGTGAGTGTGATTTCGTC 773
Query 803 TTGTGCTCATTTGGGTGCGCTTGAGTTTGGAGAAAGAGCACATGAGTATGTGGTTAAGAG 862
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 774 TTGTGCTCATTTGGGTGCACTTGAGTTTGGAGAAAGAGCATATGAGTATGTGGTTAAGAG 833
Query 863 TCACATGACTGTGAATCTTATTCTTGGGACAGCTCTTGTGGATATGTATTGGAGGTGTGG 922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 834 TCACATGACTGTGAATCTTATTCTTGGGACAGCTCTTGTGGATATGTTTTGGAGGTGTGG 893
Query 923 GGAAATCGAGAAAGCAATTCGCGTGTTTGAGGAATTGCCTGACAAGGATAGCTTGAGCTG 982
||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 894 GGATATCGAGAAAGCAATTCATGTATTTGAGGGATTGCCTGAGACGGATAGCTTGAGCTG 953
Query 983 GAGTTCGATAATCAAAGGTCTTGCGGTGCATGGGCATGCTCACAAGGCAATTCATTACTT 1042
|||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 954 GAGTTCAATAATCAAAGGTCTTGCAGTGCATGGGCATGCTCACAAGGCAATGCATTACTT 1013
Query 1043 CTCCCAAATGGTTAGATTAGGGTTTATCCCAAGGGATATTACACTCACAGCGGTTCTTTC 1102
|||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1014 CTCCCAAATGATTAGTTTAGGGTTTATTCCAAGGGATGTTACATTCACAGCGGTTCTTTC 1073
Query 1103 AGCTTGCAGCCATGGTGGGTTAGTTGAGAAAGGTTTAGAAATATATGAGAACATGAAAAG 1162
|||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1074 AGCTTGCAGCCACGGTGGATTAGTTGAAAAAGGGTTAGAGATATATGAGAACATGAAAAA 1133
Query 1163 GGATTATGGGATCGAGCCTAGACTCGAGCATTATGGTTGCATTGTTGACATGCTTGGCCG 1222
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1134 GGATCATGGGATCGAGCCTAGACTCGAGCATTATGGTTGCATTGTTGATATGCTTGGTCG 1193
Query 1223 TGCTGGGAAATTGGCCGAAGCTGAAAACTTTATCCTTAAAATGCCGGTGAAGCCAAATGC 1282
|||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1194 TGCTGGGAAATTAGCCGAAGCGGAGAACTTTATCCTTAAAATGCATGTGAAGCCAAACGC 1253
Query 1283 TCCTATATTGGGAGCATTGCTTGGAGCATGTAAGATTTATAAGAACACCGAGGTCGCAGA 1342
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1254 TCCTATATTGGGAGCATTGCTTGGAGCATGTAAGATTTATAAGAACACCGAGGTTGCAGA 1313
Query 1343 GAGAGTAGGAAACATGTTGATAGAGGTGAAACCAGAACATAGCGGTTACTATGTCTTGCT 1402
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1314 GAGAGTAGGAAACATGTTGATAAAGGTGAAACCAGAACATAGCGGTTACTATGTCTTACT 1373
Query 1403 CTCTAATATATACGCCTGTGCAGGACAATGGGAGAA-ACTCGAGAGCTTGAGAGACATTA 1461
|| ||||||||||| ||||||||||||||||| || | | ||||||||||||||||| |
Sbjct 1374 GTCAAATATATACGCGTGTGCAGGACAATGGGATAAGA-TAGAGAGCTTGAGAGACATGA 1432
Query 1462 TGAAGGAGAAGCTTGTTAAGAAACCACCAGGGTGGAGCTTAATAGAGATTGATGGGAAAA 1521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 TGAAGGAGAAGCTTGTTAAGAAACCACCAGGGTGGAGCTTAATAGAGATTGATGGGAAAA 1492
Query 1522 TAAACAAGTTCTCCATGGGAGATGATCAGAAGCATCCTGAAATGGGTAAGATCAAAAGGT 1581
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1493 TAAACAAGTTCACAATGGGAGATGATCAGAAGCATCCTGAAATGGGTAAGATCAGAAGGA 1552
Query 1582 TGTGGGAAGAGATCTTGGGGAAAATAAGATTGATAGGGTATAAAGGAAACACAGGTGATG 1641
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1553 AGTGGGAAGAGATCTTGGGGAAGATAAGATTGATAGGGTATAAAGGGAACACAGGTGATG 1612
Query 1642 CGTTTTTCGATGTAGACGAAGAAGAGAAGGAGACTGCGATTCATATGCATAGCGAGAAAC 1701
||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1613 CGTTTTTCGATGTAGACGAGGAGGAGAAGGAGAGTTCGATTCATATGCATAGTGAGAAAC 1672
Query 1702 TTGCAATTGCATATGGTATGATGAAGACTAAGACTGGTACAACCATTAGGATAGTGAAGA 1761
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 TTGCAATTGCATATGGTATGATGAAGACTAAGCCTGGTACAACCATTAGGATAGTGAAGA 1732
Query 1762 ACTTAAGGGTATGTGAGGATTGTCACACTGCAACAAAGCTTATCTCTGAGGTTTATGGTA 1821
|||| ||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 ACTTGAGGGTATGTGAAGATTGTCATACAGTAACAAAGCTTATCTCTGAGGTTTATGGTA 1792
Query 1822 GAGAGTTTATTGTAAGAGACCGCAACAGGTTTCATCATTTTAGAAATGGATTATGTTCCT 1881
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1793 GAGAGTTAATTGTAAGAGACCGCAACAGATTTCATCATTTTAGAAATGGAGTATGTTCCT 1852
Query 1882 GCAGAGATTATTGGTGA 1898
|||||||||||||||||
Sbjct 1853 GCAGAGATTATTGGTGA 1869
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95029631685
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5