BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg940314
Length=3411
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G08470.1 | Symbols: PEX1 | peroxisome 1 | chr5:2735925-27430... 5524 0.0
> AT5G08470.1 | Symbols: PEX1 | peroxisome 1 | chr5:2735925-2743056
FORWARD LENGTH=3718
Length=3718
Score = 5524 bits (2991), Expect = 0.0
Identities = 3274/3410 (96%), Gaps = 21/3410 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 ATCATCCTCTCCGACGTGATGGAAACAGAAGCGGTGGTTAGTACCGTCGCCGGCGTCGAC 64
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 22 ATCATCCCCGACGACGTGATGGAAACAGAAGCGGTGGTTAATACCGTCGCCGGCGTCGAC 81
Query 65 TGTTTCGTTTCACTCCCTCGTCAATTACTCCACGCGCTTCAATCCACTAGCTCCTCTCCT 124
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 82 TGTTTCGTCTCACTCCCTCGTCAATTACTACACGCGCTTCAATCCACCAGCTCCTCTCCT 141
Query 125 CTTCCTCCGCTTCTTCCTGTCGAGTTACGCTCCGGTGACCGCCGTTGGTCAGTTGCTTGG 184
|| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 142 CTCCCTCCGCTTCTCCCTGTCGAGCTACGCTCCGGTGACCGCCGTTGGTCAGTTGCTTGG 201
Query 185 TCCGGCTCTAGCTCCTCCTCTTCTGCGATCGAGGTCGCTCGAGTGTTTGCGGAAACCATT 244
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 202 TCCGGCTCTAGCTCCTCCTCTTCTGCGATCGAGATCGCTCGAGTGTTTGCGGAAAGCATT 261
Query 245 TCGTTGCCGGATGGTACAGTTGTTCAAGTTCGTGTTCTTCCTAATGTTCCCAAGGCTACA 304
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 262 TCGTTGCCGGATGGTACAGTTGTTAAAGTTCGTGTTCTTCCTAATGTGCCCAAGGCTACT 321
Query 305 TTAGTAACAGTTGAACCAGAGACTGAAGATGACTGGGAAGTTCTTGAGCTCAATGCAGAA 364
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 322 TTAGTAACAGTCGAACCAGAGACTGAAGATGACTGGGAAGTTCTTGAGCTCAATGCTGAA 381
Query 365 CTTGCCGAGGCAGCTATACTTAGTCAGGTGAGGATACTACATGAGACCATGAAATTCCCT 424
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 CTTGCCGAGGCAGCTATACTTAGTCAGGTGAGGATACTACATGAGACCATGAAATTCCCT 441
Query 425 TTGTGGTTGCATGACCGAACTGTGATAAGCTTTGCAGTGGTTTCAACATTTCCATCAAAA 484
||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 TTGTGGTTGCATGACCGAACTGTGATAAGATTTTCTGTGGTTTCAACATTTCCATCAAAA 501
Query 485 GGGGTGGTACAACTTGTGCCAGGAACTGAAGTGGCTGTGGCTCCAAAGAGGCGTGACAGA 544
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 502 GGGGTGGTACAACTTGTGCCAGGAACTGAAGTGGCTGTGGCTCCAAAGAGACGTGACAGA 561
Query 545 AATCTCAAAGCAAAAAAGAGTCAGGAAAAAGAAAGCACCAATGTCAAGGCTCTATTACGC 604
||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||| ||||
Sbjct 562 AATCTCAAAGCAAAAAAGAGTCAGGAAAAAGAATGTAACAATGTGAAGGCTCTACTACGT 621
Query 605 GTACAAGATACTGGTAGATCAGCCTTTCGTGAAGCTGATGTCAAAGGATTTGAGCTAAGG 664
|||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 622 GTACAAGAGACTGATAGATCAGCCTTTCATGAAGCTGATGTCAAAGGATTTGAGCTAAGG 681
Query 665 GTAGCCCTCACTTCTGTTGCCTACATTCATCCAGAAACTGCCAAGAATTACTCTCTAGAA 724
||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 682 GTAGCCCTCACGTCTATTGCCTATATTCATCCAGAAACTGCCAAGAAACACTCTCTAGAA 741
Query 725 TCTCTTCAGTTGATTTCTGTATCCCCTAGAATACCTTTGAAAGGTACTGCAAAAAAGGAT 784
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 742 TCTCTTCAGTTGATTTCTGTATCCCCTAGAATACCTTTGAAAGGTAGTGCAAAGAAGGAT 801
Query 785 GAAGCCTTAAATATCAAAAACAGTGAAGCTTCAAAGGTGGCCGAGAATGGTACTTCAAGT 844
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 GAAGCCTTAAATATGAAAAACAGTGAAGCTTCAAAGGTGGCCGAGAATGGTACTTCAAGC 861
Query 845 GCAAAGAAAGAGCCCCGTCAAGCAATTCTTCGTCTTGTCTTTTCGGATTTAGCTGCTAAA 904
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 862 GCCAAGAAAGAGCCTCGTCAAGCAATTCTTCGTCTTGTCTTTTCAGATTTAGCTGCTAAA 921
Query 905 GGACATCTAATGATGGTCGAGTCTCTTCGTCTCTATCTCGGAGCAGGCCTACACTCATGG 964
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 922 GGACATCTAATGATGGTCGAGTCTCTTCGTCTCTATCTAGGAGCAGGCCTACACTCATGG 981
Query 965 GTTTACTTAAGGGGATGCAATGTGAATGAAAACAAAGAAACTCCTGCTCTTTCACTTTCT 1024
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 982 GTTTACTTAAGGGGATGCAATGTGAATGAAGACAAAGAAATTCCTGCTCTTTCACTTTCT 1041
Query 1025 CCTTGCGTCTTCAAGATTTCTGAAAATGAAAAGGTGCTGGATAGGGGTACAGATATGCTT 1084
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||
Sbjct 1042 CCTTGTGTCTTCAAGATTTCTGAAAATGAAAAGGTGCTGGATAAGGGTACGGATAGGCTT 1101
Query 1085 GGTAATCATAATTCTATTAGAAATTGCAGTCATCCACCGTCTGGCTTGAGCACCTATATG 1144
|||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1102 GGTAATAACAATTCTGTTAGAAAAAGCAGTCATCCACCGTCTGGCTTGAGCACCTATGTG 1161
Query 1145 GATGTTGTCGACTGGTCTGTTCACGATAAGGTTGTTACAGCTCTTTCATCTGAGGGTTTG 1204
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 GATGTTGTCGACTGGTCTGTGCACGATAAGGTTGTTACAGCTCTTTCATCTGAGGGTTTG 1221
Query 1205 CATGACAAAGGAAATCAAGTTAATGCCTATCAAGTTAAGAATAAGAAAAAG-TTGGAATG 1263
|||||| ||||||||| ||| | |||||||||| ||| | |||||||
Sbjct 1222 CATGACGAAGGAAATC------ATG-------A--TAAGAATAAG-AAAGGATTGGAATA 1265
Query 1264 CCTTACTCGCCTGTGGTCATTGGCACAGCTTGATGCTATTGCGTCAGTCACAGGAGTTGA 1323
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 CCTTACTCGCCTGTGGTCATTGGCACAGCTTGATGCTATGGCGTCAGTCACAGGAGTTGA 1325
Query 1324 TGTTAGTTCGTTAATTGTAGGAAGAGAAACGTTTTTCCACTTCGAAGTAAGAGGGCCT-G 1382
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |
Sbjct 1326 TGTTAGTTCGTTAATTGTGGGAAGAGAAACGTTTTTCCATTTCGAAGTAAGAGGG-CTCG 1384
Query 1383 AATCGTATAAATTCAGAGACGGGCAGCCTTCTGTTAATGATCGTTGGGAAAGTGGGAAGA 1442
|||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1385 AATCTTATAAATCCATAGACGGGCAGCCTTCTGTTAATGATCGTTGGGAAAGTGGGAAGA 1444
Query 1443 AGGATAAAAACACTCCTTTAGAAATTTTGTATGTCATGACGGTCTCTGACGAGTCTTTGC 1502
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1445 AGGATAAACACACTCCTTTAGAAATTTTGTACGTCATGACGGTCTCTGATGAGTCTTTGC 1504
Query 1503 TTGGTGATAAATTCGCTGGGTATGATCTTAGCCTGGATAGAAGTGAGAAGAGCGGCAATG 1562
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1505 TTGGTGATAAATTCGCTGGGTATGATCTTAGCCTGGATAGAAGTGAGAAGAGCGACAATG 1564
Query 1563 TGGTGCATATTGAGCCAGTGCTTGAGAAGATGAATCTTGGCGACCCTATATATTTAACGT 1622
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1565 TGGTGCATATTGAGCCAGTGCTTGAGAAGATGAATCTTGGCGAGCCTATATATTTAAAGT 1624
Query 1623 CAGCTAAAGAAACACACTGCAATAAAGGTGTTTCCCCGGATATATCCTCCTTGACGTGGA 1682
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 CGGCTAAAGAGACACACTGCAATAAAGGTGTTTCCCCAGATATATCCTCCTTGACGTGGA 1684
Query 1683 TGGGCCCAATCGTGTCGGATGTTATCAAGAGAATGACCGTGTTGTTGTCTCCTGCAGCTG 1742
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 TGGGCCCAATCGTGTCGGATGTTATCAAGAGAATGACCGTGTTGTTGTCTCCTGCAGCTG 1744
Query 1743 GAATGTGGTTTAGCAAGTTCAAGATTCCATCACCTGGACATATTCTGATATATGGGCCTC 1802
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1745 GAATGTGGTTTAGCAAGTTCAAGATTCCATCACCTGGACATATTCTCATATATGGGCCTC 1804
Query 1803 CTGGTTCAGGAAAGACAATATTGGCAAGAGCTGCTGCAAAGTACTTCGAAGAACAGAAAG 1862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1805 CTGGTTCAGGAAAGACAATATTGGCAAGAGCTGCTGCAAAGTATTTCGAAGAACAGAAAG 1864
Query 1863 ACTTGTTGGCACATGTGATTTTAGTATCCTGTTCTACACTTGCCTTGGAGAAGGTTCAAC 1922
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 ACTTGTTGGCACATGTGATTTTAGTATCCTGTTCTACACTTGCCTTGGAGAAGGTTCAAC 1924
Query 1923 ACATCCATCAAGTCCTTTCTAGTGTAATAGCTGAGGGCTTGGAACATGCACCATCCGTCA 1982
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1925 ACATCCATCATGTCCTTTCTAGTGTAATAGCTGAGGGGTTGGAACATGCACCATCTGTCA 1984
Query 1983 TCATTTTGGATGATCTCGATAGCATTATCTCATCGTCTTCAGATACTGAAGGAACACAAG 2042
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1985 TCATTTTGGATGATCTTGATAGCATTATCTCATCGTCTTCTGATACTGAAGGAACACAAG 2044
Query 2043 CTTCGGTTGGGGTTACGATGCTTACAAAATTCGTAACAGATGTTATAGATGATTATGGGG 2102
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2045 CTTCGGTTGGGGTTACAATGCTTACAAAATTCCTAACAGATGTTATAGATGATTATGGGG 2104
Query 2103 AATACAGGAATTTCTCTTGTGGAATTGGCCCACTTGCATTCGTTGCTTCTGTCCAGTCTC 2162
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2105 AATACAGGAATTCCTCTTGTGGAATTGGCCCACTTGCATTCGTTGCTTCTGTCCAGTCTC 2164
Query 2163 TAGAGCAAATTCCACAGACATTGAGCTCATCAGGACGGTTTGATTTCCATGTACAACTGG 2222
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2165 TAGAGCAAATTCCACAGACATTGAGCTCATCAGGAAGGTTTGACTTCCATGTGCAACTGG 2224
Query 2223 CTGCTCCTGCTACCTCGGAACGTGGGGCCATACTGAAGCATGAGATACAGAAACGCCTTT 2282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2225 CTGCTCCTGCTACCTCGGAACGTGGGGCCATACTGAAGCATGAGATACAGAAACGCCTTT 2284
Query 2283 TAGACTGTTCAGAAGACATATTGCTTGACTTAGCTGCTAAATGTGAAGGATATGATGCAT 2342
||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2285 TAGACTGTTCAGAAGACATTTTACTTAACTTAGCTGCTAAATGTGAAGGATATGATGCAT 2344
Query 2343 ATGACCTGGAAATATTGGTTGATAGAGCTGTTCATGCTGCCATTGGCCGGCATCTACCTT 2402
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2345 ATGACCTGGAAATATTGGTTGATAGAGCTGTTCATGCTGCCATTGGCCGGCATCTACCTT 2404
Query 2403 GT-GAATCAAATATATCCAAATATAATTTGGTTAAAGAAGACTTTACTCGAGCTATGCAT 2461
| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2405 -TAGAATCAAATATATCCAAATATAATTTGGTCAAAGAAGACTTTACTCGAGCTATGCAT 2463
Query 2462 GATTTTGTGCCTGTTGCCATGCGTGACATCACAAAATCCGCCTCTGAAGGTGGTCGTTTG 2521
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2464 GATTTTGTGCCTGTTGCCATGCGTGACATCACAAAATCTGCCTCTGAAGGTGGTCGTTTG 2523
Query 2522 GGGTGGGAAGATGTGGGAGGTGTGACTGATATTAAAAATGCTATAAAAGAGATGATTGAG 2581
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2524 GGGTGGGAAGATGTGGGAGGTGTGACTGATATTAAAAATGCTATCAAAGAGATGATTGAG 2583
Query 2582 CTGCCATCAAAATTTCCAAAAATCTTTGCAAAATCTCCTCTGCGTTTGAGATCGAATGTT 2641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2584 CTGCCATCAAAATTTCCAAAAATCTTTGCAAAATCTCCTCTGCGTTTGAGATCGAATGTT 2643
Query 2642 CTCTTGTATGGCCCACCCGGTTGTGGGAAGACTCACATTGTTGGTGCAGCTGCTGCAGCG 2701
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2644 CTCTTGTATGGCCCACCCGGTTGTGGGAAGACTCACATTGTTGGTGCAGCTGCTGCAGCG 2703
Query 2702 TGTTCCCTACGGTTTATATCGGTAAAGGGGCCTGAGCTGTTAAACAAATACATTGGTGCA 2761
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2704 TGTTCCCTACGGTTTATATCGGTGAAGGGGCCTGAGCTGTTAAACAAATACATTGGTGCA 2763
Query 2762 TCTGAACAAGCGGTCCGTGATATATTTTCAAAAGCAGCAGCTGCAGCACCATGCATACTC 2821
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2764 TCTGAACAAGCGGTCCGTGATATATTTTCGAAAGCAGCAGCTGCAGCTCCATGCATACTC 2823
Query 2822 TTTTTCGATGAATTCGATTCAATTGCTCCCAAGAGAGGACATGATAATACTGGTGTAACT 2881
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2824 TTTTTCGATGAATTCGATTCAATTGCTCCCAAAAGAGGACATGATAATACTGGTGTAACT 2883
Query 2882 GATCGAGTTGTTAATCAATTTTTGACAGAACTGGATGGAGTTGAAGTTCTAACCGGTGTC 2941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2884 GATCGAGTTGTTAATCAATTTTTGACAGAACTGGATGGAGTTGAAGTTCTAACAGGGGTC 2943
Query 2942 TTTGTATTTGCTGCAACCAGTAGACCAGATCTACTTGATCCTGCACTCCTAAGGCCTGGC 3001
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2944 TTTGTATTTGCTGCAACCAGTAGACCAGATTTACTTGATCCTGCCCTCCTAAGGCCTGGC 3003
Query 3002 CGGCTTGATCGTCTTCTTATGTGCGACTTTCCTTCCCCACCAGAACGATTAGATATTCTT 3061
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3004 CGGCTTGATCGTCTTCTTTTGTGCGACTTTCCTTCCCCACCAGAACGATTAGAGATTCTT 3063
Query 3062 ACTGTTCTTTCTAGAAAGCTTCCAATGGCTGATGATATTGACTTAGAGCCTATAGCTTTG 3121
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3064 ACAGTTCTTTCTAGAAAGCTTCTGATGGCTGATGATATTGACCTAGAGCCTATAGCTTTG 3123
Query 3122 ATGACTGAAGGCTTCAGTGGAGCTGATCTTCAAGCTCTTCTCTCAGATGCGCAACTTGCA 3181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3124 ATGACTGAAGGCTTCAGTGGAGCTGATCTTCAAGCTCTTCTCTCAGATGCGCAACTTGCA 3183
Query 3182 GCTGTACACGAGTATCTGAACAGAGAAGATAAACCTGAGACCGGAACTACGCCAATAATA 3241
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3184 GCTGTACACGAGTATCTGAACAGAGAAGATAAACCCGAGACCGGAACTACACCAATAATA 3243
Query 3242 ACCGATCCTCTTTTGAAGTCGATCGCTTCTAAAACTAAACCATCAGTTTCCGAAACCGAG 3301
|| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3244 ACTGATCCTCTTCTGAAGTCGATTGCTTCTAAAACTAAACCATCGGTTTCCGAAACCGAG 3303
Query 3302 AAACAAAAGCTCTATGACATATATAGCCAGTTTCTGGATTCAAGAAAATCGACAAGAGAA 3361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3304 AAACAAAAGCTCTATGACATATATAGCCAGTTTCTGGATTCAAGAAAATCGTCAAGAGAA 3363
Query 3362 GCAAAGGGCAAAAGGGCAACCTTAGCATAATCAAAGGTATTACAAAGACA 3411
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3364 GCAAAGGGCAAAAGAGCAACCTTAGCATAATCAAAGGTATTACAAAGACA 3413
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 169764935112
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5