BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg940592
Length=1327
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G11170.1 | Symbols: | DEAD/DEAH box RNA helicase family pro... 1964 0.0
AT5G11200.2 | Symbols: | DEAD/DEAH box RNA helicase family pro... 1175 0.0
> AT5G11170.1 | Symbols: | DEAD/DEAH box RNA helicase family protein
| chr5:3553117-3556977 FORWARD LENGTH=1715
Length=1715
Score = 1964 bits (1063), Expect = 0.0
Identities = 1218/1295 (94%), Gaps = 2/1295 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 TTGTGAAGTATGGGAGATGCTAGAGACAACGAAGCCTATGAGGAGGAGCTTTTGGACTAC 74
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 92 TTGCGAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAAGCCTACGAGGAGGAGCTCTTGGACTAT 151
Query 75 GAGGAAGAGGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAGTAAAGTTAATGGCGAAGCCGTGAAA 134
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||
Sbjct 152 GAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAACAAAGTTAACGGTGAAGCCGTGAAA 211
Query 135 AAAGGCTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTTTTGAAACCGGAGCTT 194
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 212 AAAGGGTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTTTTAAAACCGGAGCTT 271
Query 195 CTCAGAGCCATTGTTGACTCAGGATTTGAACATCCATCTGAAGTGCAACATGAATGTATC 254
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 272 CTCAGAGCTATTGTTGACTCTGGATTTGAACATCCATCTGAAGTGCAACATGAATGTATC 331
Query 255 CCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTTATCTGCCAAGCAAAATCTGGTATGGGAAAGACT 314
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 332 CCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTCATCTGCCAAGCAAAGTCTGGTATGGGGAAGACT 391
Query 315 GCTGTGTTTGTGCTTTCGACTCTACAACAGATCGAGCCATCTCCTGGCCAGGTTTCTGCT 374
||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 392 GCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTACAACAGATTGAACCATCTCCTGGCCAGGTTTCTGCA 451
Query 375 CTTGTCTTGTGTCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGCAATGAGTTCGTGCGATTC 434
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 452 CTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGCAATGAGTTTGTGCGATTC 511
Query 435 AGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGAGTCAACATTAAAATT 494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 512 AGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGAGTCAACATTAAAATT 571
Query 495 CACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGTACACCTGGTCGGGTG 554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 572 CACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGTACCCCTGGTCGGGTG 631
Query 555 CTTGCACTCGCCAGGGACAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGGCATTTTATTCTTGAC 614
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 632 CTTGCACTTGCCAGGGAGAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGGCATTTTATTCTTGAT 691
Query 615 GAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGGAGGGATGTGCAGGAGATTTTTAAG 674
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 692 GAATGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGAAGGGATGTGCAGGAGATTTTCAAG 751
Query 675 ATGACTCCTCATGACAAGCAAGTAATGATGTTCTCAGCTACGCTCAGCAAAGAGATACGT 734
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 752 ATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTCTCAGCAACGCTCAGCAAAGAGATACGC 811
Query 735 CCAGTCTGCAAGAAATTTATGCAAGATCCAATGGAAATATATGTTGATGATGAAGCCAAG 794
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 812 CCAGTCTGCAAAAAATTTATGCAAGATCCAATGGAAATATATGTCGATGATGAAGCCAAG 871
Query 795 TTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCACTACATCAAACTGAACGAGATGGAGAAAAACCGC 854
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 872 TTGACTCTTCATGGGCTTGTCCAGCACTATATCAAACTGAGCGAGATGGAGAAAAACCGG 931
Query 855 AAGTTGAATGACCTTCTGGATGCATTGGACTTCAATCAAGTTGTCATATTTGTGAAGAGC 914
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 932 AAGTTGAATGACCTTCTTGATGCGTTGGACTTCAATCAAGTTGTCATTTTTGTGAAGAGC 991
Query 915 GTGAGCAGAGCTGCGGAGCTGAACAAGTTGCTGGTGGAATGCAATTTCCCCTCAATATGT 974
|||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 992 GTGAGCAGGGCTGCTGAGCTGAACAAGTTACTGGTGGAATGCAATTTCCCCTCAATATGC 1051
Query 975 ATCCACTCTGGCATGTCTCAAGAAGAGAGGTTGACTCGCTACAAGAGTTTCAAGGAAGGG 1034
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1052 ATCCACTCTGGAATGTCTCAAGAAGAGAGGTTGACTCGATACAAAAGTTTCAAGGAAGGG 1111
Query 1035 CACAAGAGAATACTCGTGGCGACTGATTTGGTTGGAAGAGGCATTGACATTGAGCGTGTC 1094
||||| || || || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1112 CACAAAAGGATCCTTGTGGCGACTGACTTGGTAGGAAGAGGGATTGACATTGAGCGTGTC 1171
Query 1095 AACATTGTTATCAACTATGACATGCCAGATTCTGCAGATACATATCTTCACAGGGTTGGG 1154
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1172 AACATTGTCATCAACTATGACATGCCAGATTCTGCTGATACCTATCTTCACAGGGTTGGC 1231
Query 1155 AGAGCTGGTAGATTTGGAACAAAGGGTCTAGCAATCACATTTGTTGCATCAGCCTCAGAT 1214
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1232 AGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGTCTTGCAATCACATTTGTTGCATCTGCTTCAGAT 1291
Query 1215 TCTACTG-TTCTTAATCAGGTACAAGAGAGGTTTGAGGTTGATATAAAGGAACTTCCTGA 1273
|| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1292 TC-AGAGGTTCTTAACCAGGTACAAGAGAGGTTTGAGGTTGATATAAAGGAACTTCCGGA 1350
Query 1274 GCAGATTGATACATCTACTTACATGCCGTCTTAAA 1308
|||||||||||| || || |||||||| |||||||
Sbjct 1351 GCAGATTGATACTTCAACCTACATGCCTTCTTAAA 1385
> AT5G11200.2 | Symbols: | DEAD/DEAH box RNA helicase family protein
| chr5:3567175-3571015 FORWARD LENGTH=1887
Length=1887
Score = 1175 bits (636), Expect = 0.0
Identities = 710/747 (95%), Gaps = 0/747 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 TTGTGAAGTATGGGAGATGCTAGAGACAACGAAGCCTATGAGGAGGAGCTTTTGGACTAC 74
||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 89 TTGCGAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAAGCCTACGAGGAGGAGCTCTTGGACTAT 148
Query 75 GAGGAAGAGGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAGTAAAGTTAATGGCGAAGCCGTGAAA 134
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 149 GAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAACAAAGTTAACGGCGAAGCTGTGAAA 208
Query 135 AAAGGCTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTTTTGAAACCGGAGCTT 194
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 209 AAAGGGTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTTTTGAAACCGGAGCTT 268
Query 195 CTCAGAGCCATTGTTGACTCAGGATTTGAACATCCATCTGAAGTGCAACATGAATGTATC 254
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 269 CTCAGAGCTATTGTTGACTCAGGATTTGAACATCCATCTGAAGTGCAACACGAATGTATC 328
Query 255 CCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTTATCTGCCAAGCAAAATCTGGTATGGGAAAGACT 314
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 329 CCTCAAGCTATCTTGGGTATGGATGTTATCTGCCAAGCAAAGTCTGGTATGGGGAAGACT 388
Query 315 GCTGTGTTTGTGCTTTCGACTCTACAACAGATCGAGCCATCTCCTGGCCAGGTTTCTGCT 374
||||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 389 GCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTACAACAGATTGAACCATCTCCTGGCCAGGTTTCTGCA 448
Query 375 CTTGTCTTGTGTCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGCAATGAGTTCGTGCGATTC 434
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 449 CTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGCAATGAGTTTGTGCGATTC 508
Query 435 AGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGAGTCAACATTAAAATT 494
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 509 AGTACCTATCTGCCTGATACAAAAGTTTCGGTGTTCTATGGTGGAGTCAACATTAAAATT 568
Query 495 CACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGTACACCTGGTCGGGTG 554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 569 CACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGTACCCCTGGTCGAGTG 628
Query 555 CTTGCACTCGCCAGGGACAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGGCATTTTATTCTTGAC 614
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 629 CTTGCACTTGCCAGGGAGAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGGCATTTTATTCTTGAT 688
Query 615 GAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGGAGGGATGTGCAGGAGATTTTTAAG 674
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 689 GAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGAAGGGATGTGCAGGAGATTTTCAAG 748
Query 675 ATGACTCCTCATGACAAGCAAGTAATGATGTTCTCAGCTACGCTCAGCAAAGAGATACGT 734
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 749 ATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTCTCAGCAACGCTCAGCAAAGAGATACGC 808
Query 735 CCAGTCTGCAAGAAATTTATGCAAGAT 761
|||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 809 CCAGTCTGCAAGAAGTTTATGCAAGAT 835
Score = 822 bits (445), Expect = 0.0
Identities = 514/548 (94%), Gaps = 2/548 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 762 CCAATGGAAATATATGTTGATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCAC 821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 CCAATGGAAATATATGTTGATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCAC 1072
Query 822 TACATCAAACTGAACGAGATGGAGAAAAACCGCAAGTTGAATGACCTTCTGGATGCATTG 881
||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1073 TACATCAAACTGAGCGAGATGGAGAAAAATCGCAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCGTTG 1132
Query 882 GACTTCAATCAAGTTGTCATATTTGTGAAGAGCGTGAGCAGAGCTGCGGAGCTGAACAAG 941
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1133 GACTTCAATCAAGTTGTCATTTTTGTGAAGAGCGTGAGCAGGGCTGCGGAGCTGAACAAG 1192
Query 942 TTGCTGGTGGAATGCAATTTCCCCTCAATATGTATCCACTCTGGCATGTCTCAAGAAGAG 1001
|| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 TTACTGGTGGAATGCAATTTCCCCTCAATATGCATACACTCTGGCATGTCTCAAGAAGAG 1252
Query 1002 AGGTTGACTCGCTACAAGAGTTTCAAGGAAGGGCACAAGAGAATACTCGTGGCGACTGAT 1061
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||
Sbjct 1253 AGGTTGACTCGATACAAAAGTTTCAAGGAAGGGCACAAGAGGATCCTTGTGGCGACTGAC 1312
Query 1062 TTGGTTGGAAGAGGCATTGACATTGAGCGTGTCAACATTGTTATCAACTATGACATGCCA 1121
||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 TTGGTAGGAAGAGGGATTGACATAGAGCGTGTCAACATTGTTATCAACTATGACATGCCA 1372
Query 1122 GATTCTGCAGATACATATCTTCACAGGGTTGGGAGAGCTGGTAGATTTGGAACAAAGGGT 1181
|||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1373 GATTCTGCGGATACCTATCTTCATAGGGTTGGGAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGT 1432
Query 1182 CTAGCAATCACATTTGTTGCATCAGCCTCAGATTCTACTGTTC-TTAATCAGGTACAAGA 1240
|| |||||||||||||||||||| || |||||||| | | || |||||||||| |||||
Sbjct 1433 CTTGCAATCACATTTGTTGCATCTGCTTCAGATTC-AGAGGTCCTTAATCAGGTTCAAGA 1491
Query 1241 GAGGTTTGAGGTTGATATAAAGGAACTTCCTGAGCAGATTGATACATCTACTTACATGCC 1300
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1492 GAGGTTTGAGGTCGATATAAAGGAGCTTCCTGAGCAGATTGATACATCGACTTACATGCC 1551
Query 1301 GTCTTAAA 1308
||||||||
Sbjct 1552 GTCTTAAA 1559
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 65310909045
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5