BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg940612
Length=2146
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G11380.1 | Symbols: DXPS3 | 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate s... 3463 0.0
> AT5G11380.1 | Symbols: DXPS3 | 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate
synthase 3 | chr5:3629998-3633441 FORWARD LENGTH=2468
Length=2468
Score = 3463 bits (1875), Expect = 0.0
Identities = 2053/2140 (96%), Gaps = 8/2140 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTCGAGGC---TTTTCTCTTCATGGGTTCGGCTTCGATTGGTTACCAAATCGGAATCT 57
|||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 152 TTTTCGAGGCTTTTTTTCTCTTAATGGGTTCGGCTTCGATTGGTTACCAATTCGGAATAT 211
Query 58 CAGCTCGATTTTACGGGAATTTTAATTTGAGCTCAGATGTTACTGTTTCCTCGCTTCCAT 117
|||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 212 CAGCTCGATTTTACGGCAATTTTAATCTGAGCTCAGATATTACTGTCTCCTCGCTTCCAT 271
Query 118 GTAAAGTTGATGTTTCCATAAAGAGCCTATTCTCAGCTCCAAGCTCCACTCACAAGGAAT 177
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 272 GTAAACTTGATGTTTCCATAAAAAGCCTATTCTCAGCTCCAAGCTCCACTCACAAGGAAT 331
Query 178 GTTCAAATCGAGCTCGGGTATGTTGTTCTTTGCCAAATACTGAT-GAGTACTGCGATGAG 236
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||
Sbjct 332 ATTCAAATCGAGCTCGGGTA---TGTTCTTTGCCAAACACTGATGGA-TACTGCGATGAG 387
Query 237 AAATTTGAGACGCCAATACTAGACAGCATTGAGACTCCATTGCAGTTGAAGAATTTGAGT 296
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 388 AAATTTGAGACGCCAATACTAGACAGCATTGAAACTCCATTGCAGTTGAAGAATTTGAGT 447
Query 297 GTTAAGGAGTTGAAGCTATTAGCTGATGAAATCCGTACAGAGCTTCATTCTGTATTATGG 356
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 448 GTTAAGGAGTTGAAGTTATTAGCTGATGAAATCCGTACGGAGCTTCATTCTGTATTATGG 507
Query 357 AAGAAGACCCAAAAGTCTATGAACCCTAGCTTTGCTGCTATAGAGCTTACCCTTGCTCTG 416
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 508 AAGAAGACCCAAAAGTCTATGAATCCTAGCTTTGCTGCAATAGAGCTTACCCTTGCTCTG 567
Query 417 CATTATGTTTTTCGTACCCCGGTTGACAATATATTGTGGGATGCTGTGGAACAAACATAT 476
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 568 CATTATGTTTTTCGTGCCCCGGTTGACAATATATTGTGGGATGCTGTGGAACAAACATAT 627
Query 477 GCACATAAAGTCTTGACACGACGCTGGTCTGCAATACCATCGAGACAAAAGAACGGTACT 536
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| |
Sbjct 628 GCACATAAGGTCTTGACACGACGTTGGTCTGCAATACCATCGAGACAAAACAGTGGTATT 687
Query 537 TCTGGGGTCACTTCTCAATTGGAGAGTGAATATGATTCTTTTGGGACCGGTCATGGCTGC 596
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||
Sbjct 688 TCTGGGGTCACTTCTCGTTTGGAGAGTGAATATGATTCCTTTGGAACCGGGCATGGCTGC 747
Query 597 AACAGTATTTCTGCTGGGCTCGGATTAGCGGTTGCTCGAGATGTAAAAGGAAAGAGGGAC 656
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 748 AACAGTATTTCTGCTGGGCTCGGATTAGCGGTTGCTCGAGATATGAAAGGAAAGAGGGAC 807
Query 657 AGAGTTGTTGCTGTGATAGACAATGCGACAATAACTGCTGGTCAAGCATATGAGGCAATG 716
| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 808 CGGGTTGTTGCTGTGATCGACAATGTGACAATAACTGCTGGTCAAGCATATGAGGCAATG 867
Query 717 AGCAATGCTGGTTACTTAGATTCTAATATGATTGTTATACTAAATGATAGCCGTCACTCT 776
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 868 AGCAATGCTGGTTACTTGGATTCTAATATGATTGTTATACTGAATGATAGCCGTCACTCT 927
Query 777 TTACATCCAAATATGGAGGAGGGATCCAAGGCATCCATCAGCGCACTTTCTAGCATCATG 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 928 TTACATCCAAATATGGAGGAGGGATCCAAGGCATCCATCAGCGCACTTTCTAGCATCATG 987
Query 837 AGCAAAATCCAATCTAGCAAAATTTTCCGGAAATTTAGAGAACTGGCAAAAGCTATGACG 896
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||||||||
Sbjct 988 AGCAAAATCCAATCTAGCAAAGTTTTCCGGAAATTTAGAGAATTAGCCAAAGCTATGACG 1047
Query 897 AAAAGAATTGGAAAGGGCATGTATGAATGGGCAGCAAAAGTCGATGAGTATGCACGAGGT 956
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1048 AAAAGAATTGGAAAGGGAATGTATGAATGGGCAGCCAAAGTCGATGAGTATGCTCGCGGT 1107
Query 957 ATGGTTGGACCAACAGGATCAACTCTCTTTGAAGAACTTGGTTTGTACTACATTGGTCCT 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1108 ATGGTTGGACCAACAGGATCAACTCTCTTTGAAGAACTTGGTTTGTACTACATTGGTCCT 1167
Query 1017 GTTGATGGACACAACATTGAAGATCTAGTTTGTGTTCTCCGAGAAGTATCTTCTCTAGAT 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1168 GTTGATGGACACAACATTGAAGATCTAGTTTGTGTTCTCCGAGAAGTATCTTCTCTAGAT 1227
Query 1077 TCAATGGGTCCTGTGTTGGTCCACGTGATCACTGAGGAAAATCGAGATGCAGAAACCGGA 1136
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1228 TCAATGGGTCCTGTGTTGGTCCACGTGATCACAGAGGGAAACCGAGATGCAGAAACCGTA 1287
Query 1137 AAGAACATCGTGGTCAAAGACAGACGCTCTTACAGTGATTGCTTTGTTGAGGCTTTGGTG 1196
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1288 AAGAACATCATGGTCAAAGACAGACGCACTTACAGTGATTGCTTTGTTGAGGCTTTGGTG 1347
Query 1197 ATGGAGGCAGAAAAGGATAGAGATATTGTTGTTGTTCATGCAGGAATGGAGATGGATCCA 1256
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1348 ATGGAGGCAGAAAAGGATAGAGATATTGTTGTAGTTCATGCAGGAATGGAGATGGATCCG 1407
Query 1257 TCACTTCTTACATTTCAGGAGAGATTTCCAGACAGGTTTTTCAATGTCGGAATGGCTGAA 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1408 TCACTTCTTACATTTCAGGAGAGATTTCCAGACAGATTTTTCAATGTCGGAATGGCTGAA 1467
Query 1317 CAGCATGCTGTCACATTCTCTGCTGGTCTTTCTTCTGGAGGCCTCAAGCCCTTTTGTATT 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1468 CAGCATGCTGTCACATTCTCTGCTGGTCTTTCTTCTGGAGGTCTCAAGCCATTTTGTATT 1527
Query 1377 ATTCCCTCTGCTTTTCTACAAAGAGCTTATGACCAGGTGGTCCATGATGTAGATCGGCAG 1436
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1528 ATTCCCTCTGCTTTTTTACAAAGAGCTTATGACCAGGTGGTCCATGATGTAGATCGGCAG 1587
Query 1437 AGAAAGGCGGTGCGATTTGTTATTACAAGCGCAGGGCTTGTTGGATCTGATGGTCCAGTG 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1588 AGAAAGGCGGTGCGATTTGTTATTACAAGCGCAGGGCTTGTTGGATCCGATGGTCCAGTG 1647
Query 1497 CAATGTGGAGCTTTTGATATAGCTTTCATGTCATCCTTACCAAACATGATAGCCATGGCT 1556
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648 CAGTGTGGAGCTTTTGACATAGCTTTCATGTCATCCTTACCAAACATGATAGCCATGGCT 1707
Query 1557 CCAGCCGATGAGGATGAGCTTGTAAATATGGTTGCAACTGCAGCTTATGTCACTGACCGC 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1708 CCAGCCGATGAGGATGAGCTTGTAAATATGGTTGCAACTGCTGCTTATGTCACTGACCGC 1767
Query 1617 CCAGTTTGTTTCCGGTTCCCTAGAGGCTCCATCGTCAACAGGAATTATCTTGTCCCCACT 1676
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1768 CCAGTATGTTTCCGGTTCCCTAGAGGCTCCATCGTCAACATGAATTATCTTGTCCCCACT 1827
Query 1677 GGATTACCAATTGAAATCGGAAGAGGAAGAGTTCTCGTAGAAGGTCAAGATGTGGCTTTG 1736
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1828 GGATTACCAATTGAAATCGGAAGAGGAAGAGTTCTCGTAGAAGGTCAAGATGTGGCTTTA 1887
Query 1737 CTTGGGTATGGAGCCATGGTTCAGAATTGTCTTCATGCTCACTCGCTTCTCTCAAAACTG 1796
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1888 CTTGGTTATGGAGCGATGGTTCAGAATTGTCTTCATGCTCACTCGCTTCTCTCGAAACTC 1947
Query 1797 GGTTTGAACGTGACTGTAGCTGATGCAAGATTTTGCAAACCGCTAGACATCAAGCTTGTG 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1948 GGTTTGAACGTGACTGTAGCTGATGCAAGATTTTGCAAACCCCTAGACATCAAGCTTGTG 2007
Query 1857 CGTGATCTTTGTCAGAACCACAAAATCCTCATCACGGTTGAAGAAGGCTGTGTTGGAGGG 1916
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2008 CGTGATCTTTGTCAGAACCACAAATTCCTTATCACTGTCGAAGAAGGCTGTGTTGGAGGG 2067
Query 1917 TTTGGTTCTCATGTGGCGCAGTTCATAGCCCTCGATGGCCAGCTCGATGGGAATATCAAG 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2068 TTTGGTTCTCATGTGGCGCAGTTCATAGCCCTCGATGGCCAGCTCGATGGGAATATCAAG 2127
Query 1977 TGGAGACCGATTGTGTTACCAGATGGCTACATCGAAGAAGCATCGCCTAGGGAGCAGCTT 2036
|||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2128 TGGAGACCCATTGTGTTACCGGATGGCTACATAGAAGAAGCATCGCCTAGGGAGCAGCTT 2187
Query 2037 GCTCTTGCCGGGCTAACTGGACATCACATAGCAGCAACCGCTCTGAGTCTTTTGGGACGA 2096
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 2188 GCTCTTGCAGGGCTAACTGGACATCACATAGCAGCAACCGCTTTGAGTCTTTTGGGCCGA 2247
Query 2097 ACTCGGGAAGCATTGCTTCTCATGAGCTAGCTTAACCTTC 2136
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2248 ACTCGTGAAGCATTGCTTCTCATGAGCTAGCTTAACCTTC 2287
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106425155400
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5