BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg940670
Length=2698
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G11850.1 | Symbols: | Protein kinase superfamily protein | ... 4373 0.0
> AT5G11850.1 | Symbols: | Protein kinase superfamily protein
| chr5:3816346-3821072 REVERSE LENGTH=2977
Length=2977
Score = 4373 bits (2368), Expect = 0.0
Identities = 2591/2699 (96%), Gaps = 14/2699 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCAGTTCGTCGTTGACGATCGATGTCGAAGATGAAGCATCTTTTACGGAAGCTCCACATC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 28 TCAGTTCGTCGTTGACGATCGATGTCGAAGATGAAGCATCTTCTACGGAAGCTCCACATC 87
Query 61 GGCGGGAGTAGTGGCGTCGGCGGCGGATTTGCTGACCATCACAGGTTAGACGACTCTACT 120
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 88 GGCGGAAGTAGTGGCGTCGGCGGCGGATTTGCTGACCATCACAGGTTAGACGACTCGACT 147
Query 121 AGACCCATGATTGATCATAGCCCTATTCCTAGCACTAGCCCTAGCCCTGCCTCGACTTCT 180
||||| ||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 148 AGACCTATGATCGATCCTAGCCCTATTCTTAGTACTAGCCCTAGCCCTGCATCGACTTCT 207
Query 181 TCCGTCTCTTCCTCCGGTTTTGTTAACGCTTCCGCTACAATGCCGAGACTGGAAACATTT 240
|||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 208 TCCGTCTCTTCCTCTGGTTTTGGTAACGCTTCCACGACAATGCCGAGACTGGATACATTT 267
Query 241 GAGCCTGTTGGCCGTGATCTGGCGGCTGTGGACGGTGTCGATTTCAATTTGATGGAGGAG 300
||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 268 GAGCCTGTTGGCCGTGATCTGACGGCTGTTGATGGTGTTGATTTCAATTTGATGGAGGAG 327
Query 301 GAGTACCAAGTCCAGTTAGCTATGGCGATCAGCGTCTCTGATCCTGATCCGAGAGAGAAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 328 GAGTACCAAGTCCAGTTAGCTATGGCGATCAGCGTCTCTGATCCTGATCCGAGAGAGAAT 387
Query 361 GCAGATACGGCTCAGCTTGATGCCGCTAAGAGGATTAGCCTTGGTGTTTCGGCTCCGGTC 420
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 388 GCAGATACAGCTCAGCTTGATGCCGCTAAGAGGATTAGCCTTGGGGTTTCTGCTCCGGTC 447
Query 421 ACCGACGCTGATTCCGCCGTTGACTTTCTCTCGCTCCGTTATTGGGGACATAAGGTCATT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 448 ACCGACGCTGATTCCGCCGTTGACTTTCTCTCGCTTCGTTATTGGGGACATAAGGTCATT 507
Query 481 AATTATGACCAAAAAGTCAGGGATGGTTTTTACGATGTGTATGGGATTACTTCCAATTCT 540
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 508 AATTATGACCAGAAAGTCAGGGATGGATTTTACGATGTGTATGGGATTACATCTAATTCT 567
Query 541 ATTTCACAGGGGAAGATGCCACTTCTTGTGGATCTTCAAGCAATCTCTATTTCAGACAAT 600
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 568 CTTTCACAGGGGAAGATGCCACTTCTTGTTGATCTTCAAGCGATCTCTATTTCAGATAAT 627
Query 601 GTTGATTATGAGGTCATTTTGGTGAACCGATTGATTGATCCTGAACTACAAGAACTAGAG 660
|||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 628 GTTGATTATGAGGTCATTCTAGTTAACAGATTGATTGATCCTGAACTACAAGAGCTAGAG 687
Query 661 AGGAGAGCATCCGCTTTGGCTTCGGAATGTCCAGACTTTGCCCCTGGTCAGGTGTCAAGT 720
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 688 AGGAGAGTATTCGCTTTGGCTTCGGAATGTCCAGACTTTGCTCCTGGTCAGGTGTCAAGT 747
Query 721 GATTTGACTCAGAAAATTGCAAATATAGTTGTAGAGCAAATGGGTGGCCCCGTTGAAAAT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 GATTTGACTCAGAAAATTGCAAATATAGTTGTAGAGCAAATGGGTGGCCCCGTTGAAAAT 807
Query 781 GCTGATGAAGCATTGAGAAGGTGGATGCTTCGGAGCTATGAACTAAGGAATTCTTTGAAC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 808 GCTGATGAAGCATTGAGAAGGTGGATGCTTCGGAGCTATGAACTAAGAAATTCTTTGAAC 867
Query 841 ACTACTATTCTTCCACTTGGTCGAGTTAATGTTGGTCTTGCACGACACAGGGCTTTGCTT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 868 ACTACTATTCTTCCACTTGGTCGAGTTAATGTTGGTCTTGCACGACACAGGGCTTTGCTT 927
Query 901 TTCAAGGTCCTTGCTGATAGGATTAATCTCCCATGTATGCTGGTAAAAGGCAGTTACTAC 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 928 TTCAAGGTCCTTGCTGATAGGATTAATCTCCCATGTATGCTGGTAAAAGGCAGTTACTAC 987
Query 961 ACTGGAACTGATGATGGGGCTGTTAACTTGATTAAACTAGATGACAAAAGTGAATACATT 1020
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 988 ACTGGAACTGATGATGGGGCTGTGAACTTGATTAAACTAGATGACAAAAGTGAATACATT 1047
Query 1021 ATTGATTTAATGGGTGCTCCGGGTGCTCTGATCCCTTCTGAGGTTCCAAGCAGTTTTCTT 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1048 ATTGATTTAATGGGTGCTCCGGGTGCTCTGATCCCTTCTGAGGTTCCAAGCAGTTTTCTT 1107
Query 1081 CCAGTTTCTTGCACAGATACAAGAGTATTTCCTGAGGATTTGGACTCGTTGCAACATTCA 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1108 CCAGTTTCTTGCACAGATACAAGAGTATTTCCTGAGAATTTGGACTCTTTGCAACATTCA 1167
Query 1141 TCCCCCGTACTTGAGAAAGAAATTGAAAAGCCAGCATTTTCAGTTTTGGGGGAAGCAGAT 1200
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1168 TCCCCCGTACTTGAGAAAGAAATTGAAACGCCAGCATTTTCAGTTTCGAAGGAAGCAGAT 1227
Query 1201 TCTAGATCTGGTGTGGGGGCAAACTTCTTCACTGGAAACCATGAAGAAAACAGTGACAGA 1260
|||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1228 TCTAGATCTGGTATGGTAGCAAACTTCTTCACTGGAAACCAGGAAGAAAACAGTGACAGA 1287
Query 1261 TATGCTGTTGAAAAACATCAAACAGAGAGATTTGAACATGATTTTGGGAAGTTAATGCAA 1320
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1288 TGTGCTGTTGAAAAACATCAAACAGAGAGATTTGAGCATGATTTTGGGAAGTTAATGCAC 1347
Query 1321 TCACAGCAGATATCTGGTGAAAATTTGCCGCCATTTTCTGGGAAACCGACTTGTGCACAG 1380
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1348 TCACAGCAGATATCTGGTGAAAATATGCCACCATTTTCTGGGAAACCGACTTGTGCACAG 1407
Query 1381 AAAGTTAAAGTTAAGAATGTCTCAAAGTATGTCATAAGTGCAGCAAAGAACCCTGAATTT 1440
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1408 AAAGTTAAAGTTAAAAATGTCTCAAAGTATGTCATAAGTGCAGCAAAGAACCCTGAATTT 1467
Query 1441 GCCCAAAAATTACATGCTGTGTTGTTAGAAAGTGGTGCATCACCTCCCCCAGATTTGTTT 1500
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468 GCGCAGAAATTACATGCTGTGTTGTTAGAAAGTGGTGCATCACCTCCCCCAGATTTGTTT 1527
Query 1501 ATGGATATCAATCCACATAACTTGAGGGGGAAGAATTTGCTTCAAGAACTCCGACAAGAA 1560
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1528 ATGGATATTAACCCACATAACTTGAGGGGGAAGAATTTGCTTCAAGAGCTCCGCCAAGAA 1587
Query 1561 AGTAGCAATTCTATGGTTTCTGGTATTCCTTGCTACCCAGAAAAGGTCGCAGACCCGTTA 1620
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |
Sbjct 1588 AGTAGCAATTCTATGGTTTCTGGTATTCCATGCTACCCAGAAAAGGTAGCTGA------A 1641
Query 1621 GGTGCGCAACTGAGAGAATCTGAAAGGAACCCCATAGCTGAGAGCTACCAACAATCAGTG 1680
| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1642 ----C--AACTGAGAGAATCTGAAAGGAACCCCACAGCCGAGAGTTACCAACAATCAGTG 1695
Query 1681 GAGGTCGATTTGTCAATGAAGAG-AACCTTTGATGTGGATAATACTGGTAAAGCTTCTCC 1739
||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1696 GAGGTCGATTTGTCAATGAAGAGGAAC-TTTGATTTGGATAATACTGGTAAAGCTTCTTC 1754
Query 1740 ATCCGAAAATATGGAGGTTGGCACTGCTGATGGGGAGCCTGCTGCTTGTGATAGCCATGA 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1755 ATCCGAAAATATGGAGGTTGGCACTGCTGATGGGGAGTCTGCTGTTTGTGATAGTCATGA 1814
Query 1800 CCAAGGGATTAATCCATTGCTCGGAGAAGCTGCAAAGTGGGAAATTATGTGGGAAGATCT 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1815 CCAAGGGATTAATCCATTGCTCGGAGAAGCTGCAAAGTGGGAAATTATGTGGGAAGATCT 1874
Query 1860 TCAGATTGGCGAGCGCATTGGTATTGGTTCATATGGAGAAGTTTATCGTGCAGAGTGGAA 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1875 TCAGATTGGCGAGCGCATTGGTATTGGTTCATATGGAGAAGTTTATCGTGCAGAGTGGAA 1934
Query 1920 TGGAACTGAAGTAGCTGTTAAGAAGTTTCTGGACCAAGATTTCTCTGGTGATGCATTGAC 1979
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1935 TGGAACTGAAGTGGCTGTTAAGAAGTTTCTGGACCAAGATTTCTCTGGTGATGCATTGAC 1994
Query 1980 ACAGTTCAAATCTGAAATTGAAATAATGTTGAGGTTACGGCATCCAAACGTTGTTCTTTT 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995 ACAGTTCAAATCTGAAATTGAAATAATGTTGAGGTTACGGCATCCAAACGTTGTTCTTTT 2054
Query 2040 CATGGGAGCAGTTACTCGGCCGCCAAATTTCTCCATCCTGACAGAGTTCCTACCCAGGGG 2099
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2055 CATGGGAGCAGTTACTCGTCCCCCAAATTTCTCCATCCTGACAGAGTTCCTACCCAGGGG 2114
Query 2100 AAGTTTGTATAGATTACTCCATCGGCCAAACCATCAGCTTGATGAGAAAAGGAGAATGCG 2159
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2115 AAGTTTGTATAGATTACTCCATCGGCCGAACCATCAGCTTGATGAGAAGAGGAGAATGCG 2174
Query 2160 GATGGCTCTTGATGTGGCAAAGGGAATGAACTACTTACACACCAGCCACCCGACTGTTGT 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2175 GATGGCTCTTGATGTGGCAAAGGGAATGAACTACTTACACACCAGCCACCCGACTGTTGT 2234
Query 2220 ACATAGGGATTTAAAATCTCCAAACCTTCTTGTTGATAAAAATTGGGTTGTGAAGGTTTG 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2235 ACATAGGGATTTAAAATCTCCAAACCTTCTTGTTGATAAAAATTGGGTTGTGAAGGTTTG 2294
Query 2280 TGATTTTGGATTGTCCCGCATGAAACACCACACTTATTTGTCCTCAAAATCAACGGCAGG 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2295 TGATTTTGGATTGTCCCGCATGAAACACCACACATATTTGTCCTCGAAATCAACTGCAGG 2354
Query 2340 AACGCCTGAGTGGATGGCTCCAGAAGTGTTGAGGAATGAACCGGCTAATGAGAAATGTGA 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2355 AACGCCTGAGTGGATGGCTCCAGAAGTGTTGAGGAATGAACCGGCTAATGAGAAATGTGA 2414
Query 2400 CGTGTACAGCTTTGGTGTTATATTGTGGGAATTAGCTACTTCACGCATCCCCTGGAAGGG 2459
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 2415 CGTGTACAGCTTTGGTGTCATATTGTGGGAATTAGCTACTTCACGCGTCCCCTGGAAAGG 2474
Query 2460 TTTGAACCCAATGCAAGTCGTTGGAGCAGTGGGATTCCAGAATCGACGCCTTGAAATCCC 2519
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2475 TTTGAACCCGATGCAAGTCGTTGGAGCTGTGGGATTCCAGAATCGACGCCTTGAAATCCC 2534
Query 2520 AGATGATATCGATCCAACCGTTGCACAGATAATCCGTGAATGTTGGCAAACGGAACCGCA 2579
|||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2535 AGATGATATCGATCTAACTGTGGCACAGATAATCCGTGAATGTTGGCAAACGGAACCGCA 2594
Query 2580 TTTACGGCCATCGTTTACACAACTGATGCGAAGTTTGAAGCGGCTTCAGGGTCTAAACAT 2639
||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2595 TTTACGGCCATCGTTTACACAGCTGATGCAAAGTTTGAAGCGGCTTCAGGGTCTAAACAT 2654
Query 2640 AAGCAACAGATCGAACACGAGTGAAAGTTTGATGTAAGATAAGTTAGACAGAAGATGTT 2698
|||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2655 AAGCAACAGAGCGAATACGAGTGAAAGTTTGATGTAAGATACGTTAGACAGAAGATGTT 2713
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133995904753
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5