BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg940789
Length=2598
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G13230.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3895 0.0
AT5G13225.1 | Symbols: | snoRNA | chr5:4222003-4222085 REVERSE... 89.8 1e-16
> AT5G13230.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:4222514-4224982 FORWARD LENGTH=2469
Length=2469
Score = 3895 bits (2109), Expect = 0.0
Identities = 2352/2472 (95%), Gaps = 6/2472 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 110 ATGATCGGGTTCTTGAGAATAATTCATGTTGCGGAGAGTCGTAGATTGATGATCCAATGC 169
||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1 ATGATCGTGTTCATGAGAATAATTCATGTTGCGCAGACTCGCAGATTGATGATCCGATGC 60
Query 170 AATCGCATTCGACAATGTGGGTTTTCTGTGCAAACAGCCGAATCGTCTGT-GCAATGGTC 228
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | || | | | | ||| |||
Sbjct 61 AATCGCATTCGACAATGTGGGTTTTCTGTGAAAACTGCGGCATTGGATTTAG-AATCGTC 119
Query 229 GGATTCGGTAGTCCCATGCTTAGACTCTCATGCTTATGGTACAATGCTCCGTCGCTGCAT 288
||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 120 GGATTCGATAATCCCAGGCTTAGACTCTCATGCTTACGGTGCAATGCTCCGTCGCTGCAT 179
Query 289 TCGGAAAAACGACTCAGTTTCAGCAAAGGCTATTCATTGCGATATCTTGAAGAAAGGAAG 348
|| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 180 TCAGAAGAACGACCCAATTTCAGCAAAGGCTATTCATTGCGACATCTTGAAGAAAGGAAG 239
Query 349 CTGCTTGGACCTTTTCGCCACAAACATTCTACTCAACGCTTATGTGAAAGCTGGGTTTGA 408
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 240 CTGCTTAGACCTTTTCGCCACAAACATTCTACTCAACGCTTATGTGAAAGCTGGCTTTGA 299
Query 409 CAAAGATGCGTTGAACCTGTTCGACGAAATGCCTGAGAGAAATAATGTCTCTTATGTTAC 468
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 300 CAAAGATGCGTTAAACCTGTTCGACGAAATGCCTGAGAGAAATAATGTCTCTTTTGTTAC 359
Query 469 TCTTACTCAAGGGTATGCGTGTCAAGATCCCGTTGGTTTGTATTCCAGGTTGCATCGAGA 528
|||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TCTTGCGCAAGGGTATGCGTGTCAAGATCCCATTGGTTTGTATTCCAGGTTGCATCGAGA 419
Query 529 GGGTCATGAGCTTAATCCACACGTCTTCACATCTTTCTTGAAGTTGTTTGTTAGTTTGGA 588
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 GGGTCATGAGCTTAATCCACACGTCTTCACTTCTTTCTTGAAGTTGTTTGTTAGTTTGGA 479
Query 589 CAAAGCTGAGATTTGTTGGTGGTTGCATTCTCCTATCGTTAAGCTTGGTTATGATTCCAA 648
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 480 CAAAGCTGAGATTTGTCCATGGTTGCATTCTCCTATCGTTAAGCTCGGTTATGATTCTAA 539
Query 649 TGCTTTTGTCGGAGCTGCGCTTATTAATGCTTACTCCGTTTGTTGTTCTGTTGATACTGC 708
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |||
Sbjct 540 TGCTTTTGTTGGAGCTGCGCTTATTAATGCTTACTCTGTCTGTGGTTCTGTTGATAGTGC 599
Query 709 AAGATCTGTTTTTGAGGGGATTTTGTGCAAAGACATTGTTGTTTGGGCAGGAATTGTGTC 768
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 600 AAGAACTGTTTTTGAAGGGATTTTGTGCAAAGACATTGTTGTTTGGGCAGGAATTGTATC 659
Query 769 TTGCTATGTAGAGAATGGATGTTTCGAAGATTCTCTTCAGCTGCTGTCTCGTATGGGGAT 828
|||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||
Sbjct 660 TTGCTATGTAGAAAATGGATATTTCGAGGATTCTCTTAAGCTGCTATCTTGTATGAGGAT 719
Query 829 GGATGGTTTCATGCCCAACAACTACACCTTTGACACAGCGCTTAAGGCTAGTATTGGGCT 888
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GGCTGGTTTCATGCCCAACAACTACACCTTTGACACGGCGCTTAAGGCTAGTATTGGGCT 779
Query 889 AGGTGCATTTCATTTCGC-CAAGAGTGTTCATGGCCAAATCTTAAAAACATGTTATGAGT 947
||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 780 AGGCGCATTTGATTTCGCGAAAG-GTGTTCATGGCCAAATCTTAAAAACATGTTATGTGT 838
Query 948 TGGATCCTCGTGTGGGTGTTGGTTTGCTTCAGTTGTATACACAACTCGGAGATATGTCTG 1007
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 839 TGGATCCTCGTGTGGGTGTTGGTTTGCTTCAGTTGTATACACAACTCGGAGACATGTCTG 898
Query 1008 ATGCTTTCAAAGTGTTTAATGAGATGCCAAAGAATGATGTGGTACCTTGGAGTTTTATGA 1067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 ATGCTTTCAAAGTGTTTAATGAGATGCCAAAGAATGATGTGGTACCTTGGAGTTTTATGA 958
Query 1068 TTGCTCGTTTTTGTCAAAACGGTTTCTGCAACGAGGCGGTTGATATTTTTATTCGCATGA 1127
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 959 TTGCTCGTTTTTGTCAAAACGGTTTCTGCAACGAGGCGGTTGATCTTTTTATTCGAATGA 1018
Query 1128 GAGAAGGTTTTGTTGTCCCTAACGAGTTTACTTTAAGCAGTATTTTGAATGGCTGTGCCA 1187
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GGGAAGCTTTTGTTGTCCCTAACGAGTTTACTTTAAGCAGTATTTTGAATGGCTGTGCCA 1078
Query 1188 TCGGAAAGTGTTCTGGCTTAGGTGAGCAACTCCATGGCCTTGTGGTCAAGGTTGGCTTTG 1247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1079 TCGGAAAGTGTTCTGGCTTAGGTGAGCAACTCCATGGTCTTGTAGTCAAAGTTGGCTTTG 1138
Query 1248 ATTTGGATGTCTATGTCTCAAATGCTCTTATTGATGTATATGCCAAATGTGAGAAAATGG 1307
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 ATTTGGATATCTATGTCTCAAATGCTCTTATTGATGTATATGCCAAATGTGAGAAAATGG 1198
Query 1308 ATACCGCTGTGAAGTTATTTGCTGAGTTATCAAGTAAAAATGTGGTAAGCTGGAACACAG 1367
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1199 ATACCGCTGTGAAGTTATTTGCTGAGTTATCAAGTAAAAATGAGGTAAGCTGGAACACAG 1258
Query 1368 TCATTGTCGGGTATGAGAATCTAGGCGAAGGAGGAAAAGCGTTAAGCATGTTTCGTGAAG 1427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1259 TCATTGTCGGGTATGAGAATCTAGGCGAAGGAGGAAAAGCGTTCAGCATGTTTCGTGAAG 1318
Query 1428 CGCTCAGAAATCAGGTGTCAGTAACTGAGGTAACTTTCTCAAGTGCTCTTGGAGCTTGTG 1487
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 CGCTCAGAAATCAGGTGTCGGTAACTGAAGTAACTTTCTCAAGTGCTCTTGGAGCTTGTG 1378
Query 1488 CTTCTTTGGCGAGCATGGAGCTCGGTGTCCAAGTTCATGGACTGGCGATAAAAACCAATA 1547
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CTTCATTGGCGAGCATGGACCTCGGTGTCCAAGTTCATGGACTGGCGATAAAAACCAATA 1438
Query 1548 ATGCCAAAAGGGTTGCAGTGAGTAACTCATTGATAGATATGTATGCAAAATGTGGTGATA 1607
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 ATGCCAAAAAAGTTGCAGTGAGTAACTCATTGATAGATATGTATGCAAAATGTGGTGATA 1498
Query 1608 TCAAAGTCGCACAATCGGTGTTCAACGAGATGGAAACGATAGATGTAGCTTCATGGAATG 1667
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1499 TCAAATTCGCACAATCGGTGTTCAACGAGATGGAAACGATAGATGTCGCTTCATGGAATG 1558
Query 1668 CGTTGATCTCAGGCTATTCCACACATGGACTGGGTAGACAGGCATTGAGAATCTTTGACA 1727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1559 CGTTGATCTCAGGCTATTCCACACATGGACTGGGTAGACAGGCATTGAGAATCCTCGACA 1618
Query 1728 TTATGAAGGATAGCGATTGCAAGCCAAATGGTTTAACATTTCTTGGTGTTCTGTCTGGAT 1787
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1619 TTATGAAGGATAGAGATTGCAAGCCAAATGGTTTAACATTTCTTGGTGTTCTTTCTGGAT 1678
Query 1788 GCAGCAATGCAGGATTAATAGATCAAGGTCAAGATTGTTTTGAGTCGATGATTTGTGATC 1847
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||
Sbjct 1679 GCAGCAATGCAGGATTAATAGATCAAGGTCAAGAATGTTTTGAATCAATGATTCGTGATC 1738
Query 1848 ATGGTATTGAACCATGTTTGGAACATTATACGTGTATGGTCAGGCTTTTTGGAAGATCAG 1907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1739 ATGGTATTGAACCATGTTTGGAACATTATACGTGTATGGTCAGGCTTTTGGGAAGATCAG 1798
Query 1908 GGCAGCTTGACAAAGCAATGAATCTGATTGAAGGGATTCCATATGAGCCTAGCGTTATGA 1967
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GGCAGCTTGACAAAGCAATGAAGCTGATTGAAGGGATTCCATATGAGCCTAGCGTTATGA 1858
Query 1968 TCTGGAGGGCAATGCTTAGTGCCTCAATGAACCAGTACAATGAAGAGTTTGCAAGGAGAT 2027
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TCTGGAGGGCAATGCTTAGTGCCTCTATGAATCAGAACAATGAAGAGTTTGCAAGGAGAT 1918
Query 2028 CGGCAGAGGAAATACTAAAGATCAATCCAAAGGACGAGGCAACATATGTTCTACTATCAA 2087
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1919 CGGCAGAGGAAATACTAAAGATCAATCCAAAGGACGAGGCGACATATGTTCTGGTATCAA 1978
Query 2088 ACATGTACGCAGGTGCAAAACAATGGGCAAACGTTGCTTCCATTAGGAAAAGCATGAAGG 2147
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 ACATGTACGCAGGTGCAAAACAATGGGCAAACGTAGCTTCCATTAGGAAAAGCATGAAGG 2038
Query 2148 AAAAGGGTGTCAAGAAGGAACCTGGTTTAAGTTGGATAGAACATCAAGGTGATGTGCATT 2207
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 AAATGGGTGTCAAGAAGGAACCTGGTTTAAGTTGGATAGAACATCAAGGTGATGTGCATT 2098
Query 2208 TCTTCAGTGTGGG-TTCATCAGATCATCCGGATATGAAGCTCATAAATGGAATGCTGGAA 2266
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2099 ACTTCAGTGTGGGGTT-ATCAGATCATCCGGATATGAAGCTCATAAATGGAATGTTGGAA 2157
Query 2267 TGGCTTAACATGAAAGCAACACGAGCCGGTTATGTTCCTGATCGGAATGCGGTCCTGCTC 2326
|||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TGGCTTAACATGAAAGCAACTCGAGCTGGTTACGTTCCTGATCGGAATGCGGTCCTGCTC 2217
Query 2327 GATATGGATGATGAAGAAAAGGATAAGAGATTGTGGGTTCACAGCGAGAGATTGGCTTTG 2386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2218 GATATGGATGATGAAGAAAAGGATAAGAGATTGTGGGTTCATAGCGAGAGGTTGGCTTTG 2277
Query 2387 GCGTATGGGCTTGTTCGAATGCCATCATCAAGAAATCGCATACTGATAATGAAAAATCTA 2446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2278 GCGTATGGGCTTGTTCGAATGCCATCATCAAGAAATCGCATACTGATCATGAAGAATCTA 2337
Query 2447 CGGATATGTTCGGATTGCCATAGTGCTATGAAAGTGATATCAAGTATCGTGCAGCGAGAT 2506
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2338 CGGATATGTTCAGATTGCCACAGTGCTATGAAAGTGATTTCAAGTATCGTACAGCGAGAT 2397
Query 2507 CTTGTTATCCGAGATATGAACCGGTTCCATCATTTTCATGCAGGAGTCTGCTCTTGCGAT 2566
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 CTGGTTATAAGAGATATGAACCGGTTCCATCATTTTCATGCAGGAGTCTGCTCTTGCGGC 2457
Query 2567 GACCACTGGTGA 2578
||||||||||||
Sbjct 2458 GACCACTGGTGA 2469
> AT5G13225.1 | Symbols: | snoRNA | chr5:4222003-4222085 REVERSE
LENGTH=83
Length=83
Score = 89.8 bits (48), Expect = 1e-16
Identities = 52/54 (96%), Gaps = 0/54 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1 TAATCCGCATGATTTATAGGAGAGCACCGTTGTAGTGCAAAATATTCATCATCT 54
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 56 TAATCCGCATGAGTTATAGGAAAGCACCGTTGTAGTGCAAAATATTCATCATCT 3
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128979210453
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5