BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg940793
Length=2297
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G13270.1 | Symbols: RARE1 | Pentatricopeptide repeat (PPR) s... 3635 0.0
> AT5G13270.1 | Symbols: RARE1 | Pentatricopeptide repeat (PPR)
superfamily protein | chr5:4246954-4249212 REVERSE LENGTH=2259
Length=2259
Score = 3635 bits (1968), Expect = 0.0
Identities = 2168/2264 (96%), Gaps = 16/2264 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 25 ATGACGATTATCACTGTACAGTCCTCGTATAGTC-CTTCTCGGGTTCCGGTTATAAAGAC 83
||||||||| ||||||||||||| |||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACGATTCTCACTGTACAGTCTTCGTTTAG-CTCTTCTCGAGTTCCGGTTATAAAGAA 59
Query 84 CGCGAATTTCAATCAAATTCCGTCGTGGGTTTCTCTGAAATCGAG---TACTTCT---TC 137
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||
Sbjct 60 CGCGAATTTCGATCAAATTCCGTCGTGGGTTTCTCTGAAGTCGAGCACTTCTTCTCCGTC 119
Query 138 TGTTAAAATCTCGCATAAGCAAGGACAAGTGGAGAATCTTCATTTGGTTTCGTTGTCGAA 197
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TGTTAAAATCTCGCATAAGCAAGGACAAGTAGAGAATCTTCATTTGGTTTCGTTGTCGAA 179
Query 198 GCATGGGAAGCTCAACGAAGCATTTGAGTTTTTCCAAGAAATGGATAAGGCTGGTGTCTC 257
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GCATAGGAAGCTCAACGAAGCATTTGAGTTTTTGCAAGAAATGGATAAGGCTGGTGTCTC 239
Query 258 CGTTAGCTCGTATTCTTACCAATGTCTCTTTGAGGCTTGCAGAGAATTGAGGTCTTTATC 317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CGTTAGCTCGTATTCTTACCAATGTCTCTTTGAGGCTTGCAGAGAATTGAGGTCTTTATC 299
Query 318 TCATGGGAGACTCTTGCACAATCGCATGCGCATGGGTATCGAGAATCCTTCTGTGCTTCT 377
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TCATGGGAGACTCTTGCACGATCGCATGCGGATGGGTATCGAGAATCCTTCTGTGCTTCT 359
Query 378 TCAGAACTGTGTGCTACAAATGTACTGTGAGTG-CGGGAGCTTGGAAGACGCAGATAAGC 436
||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 360 TCAGAACTGTGTGCTTCAAATGTACTGTGAGTGTC-GGAGCTTGGAAGATGCAGATAAGC 418
Query 437 TGTTCGATGAAATGTCTGAGTTAAATGCAGTTTCTCGCACAACGATGATATCTGCTTACG 496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TGTTCGATGAAATGTCTGAGTTAAATGCAGTTTCTCGTACAACGATGATATCTGCTTACG 478
Query 497 CCGAACAAGGTCTTTTGAATAAAGCTGTTGGTTTGTTCTCGAGG-ATGCTAGAGTCAGGC 555
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||
Sbjct 479 CCGAACAAGGAATTTTGGATAAAGCTGTTGGTTTGTTCTCG-GGAATGCTAGCGTCAGGC 537
Query 556 GACAAGCCTCCTTCTTCCATGTATACTACACTCTTGAAATCTTTGGTAAACCCTAGGGCT 615
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 538 GACAAGCCTCCTTCTTCCATGTATACGACACTCTTGAAATCTTTGGTAAACCCCAGGGCT 597
Query 616 TTAGACGTTGGTAGACAGATTCATGCTCATGTTATACGTGCTGGGTTATGTAGCAACGCA 675
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 598 TTAGACTTTGGTAGACAGATTCATGCTCATGTTATACGTGCTGGGTTATGTAGCAACACA 657
Query 676 TCTATAGAGACCGGGATCGTGAACATGTACGTTAAATGTGGTTGGTTAGTGGGTGCTATG 735
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 658 TCTATAGAGACCGGGATCGTGAACATGTACGTGAAATGTGGTTGGTTAGTGGGTGCTAAG 717
Query 736 AGAGTGTTCGATCAGATGGCAGTGAAGAAACCAGTGGCTTGGACGGGTTTGATGGTAGGT 795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 718 CGAGTGTTCGATCAGATGGCAGTGAAGAAACCAGTGGCTTGTACGGGATTGATGGTAGGT 777
Query 796 TACACTCAAGCTGGTAGAGCAAGAGAGGCTTTGAAACTATTTGTGGATTTGGTCACGGAA 855
|| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 778 TATACTCAAGCTGGAAGAGCAAGAGATGCTTTGAAACTATTTGTGGATTTGGTAACGGAA 837
Query 856 GGTGTCGAATGGGACAGTTTTGTGTTTTCAGTTGTTCTTAAAGCGTGTGCTTCTCTTGAG 915
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GGTGTTGAATGGGACAGTTTTGTGTTTTCAGTTGTTCTTAAAGCGTGTGCTTCTCTTGAA 897
Query 916 GAGCTTAGAT-TTGGCAAGCAAATTCATGCCTGTGTCGCTAAGCTTGGACTGGAATCTGA 974
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 898 GAGCTTA-ATCTTGGCAAGCAAATTCATGCCTGTGTCGCTAAGCTTGGATTGGAATCTGA 956
Query 975 AGTCTCGGTTGGAACTCCACTCGTTGATTTTTACATCAAATGTTCCAGCTTCGAGTCTGC 1034
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 AGTCTCGGTTGGAACTCCACTTGTTGATTTTTACATCAAATGTTCCAGCTTCGAGTCTGC 1016
Query 1035 TTGTCGTGCATTTCAAGAAATCCGAGAGCCAAACGATGTTTCCTGGAGCGCAATCATTTC 1094
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1017 TTGTCGTGCATTTCAAGAAATCCGTGAGCCAAACGATGTTTCCTGGAGCGCAATCATCTC 1076
Query 1095 CGGTTACTGTCAAATGAGCCAATTTGAGGAGGCTGTTAAAACCTTCAAGTCTTTGAGAAG 1154
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CGGATACTGTCAAATGAGTCAATTTGAGGAGGCTGTTAAAACCTTCAAGTCTTTGAGAAG 1136
Query 1155 CAAAAATGCGGT-GGTTCTAAATTCATTCACATATACTAGCATATTTCAAGCATGTTCAG 1213
|||||| || | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
Sbjct 1137 CAAAAACGC-ATCGATTCTAAATTCATTCACATATACTAGCATATTCCAAGCATGCTCGG 1195
Query 1214 TACTTGCAGATTGCAACATCGGTGGCCAAGTCCATGCAGATGCTATAAAAAGAAGTCTGA 1273
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 TACTTGCAGATTGCAACATTGGTGGCCAAGTCCATGCAGATGCTATAAAAAGAAGTCTGA 1255
Query 1274 TTGGATCTCAGTATGGAGAAAGCGCTCTGATTACGATGTATTCAAAATGTGGATGCTTAA 1333
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TTGGATCTCAGTATGGAGAAAGCGCTCTTATTACGATGTATTCAAAATGTGGATGCTTAG 1315
Query 1334 ATGATGCACATGAAGTCTTTGAGTCAATGGACAACCCCGACATTGTTGCATGGACGGCTT 1393
|||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1316 ATGATGCAAATGAAGTCTTTGAGTCCATGGACAACCCCGATATTGTTGCATGGACTGCTT 1375
Query 1394 TTATATCAGGTCATGCTTACTATGGAAATGCCTCTGAAGCTTTGAGATTGTTTGAGAAAA 1453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 TTATATCAGGTCATGCTTACTATGGAAATGCCTCTGAAGCTTTGAGATTGTTTGAGAAAA 1435
Query 1454 TGGTGAGTTGTGGTATGAAGCCAAACTCCGTTACATTTATTGCGGTTTTAACCGCCTGCA 1513
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1436 TGGTGAGTTGTGGTATGAAGCCAAACTCAGTTACATTTATTGCGGTTTTAACCGCGTGCA 1495
Query 1514 GCCACGCAGGCCTAGTTGAACAGGGAAAGCATTACTTGGACATGATGCTTCGAAAATATA 1573
|||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1496 GCCATGCAGGCCTAGTTGAACAGGGAAAGCATTGCTTGGACACGATGCTTCGAAAATATA 1555
Query 1574 ACGTGGCTCCAACAATTGATCATTATGATTGTATGATCGACATTTATGCCCGTTCAGGAC 1633
| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1556 ATGTGGCTCCGACTATTGATCATTATGATTGTATGATCGACATTTATGCCCGTTCGGGAC 1615
Query 1634 TATTAGAAGAAGCTCTCAGATTTATGAAGAATATGCCTTTTGAACCTGATGCAATGAGCT 1693
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TATTAGACGAAGCTCTCAAATTTATGAAGAATATGCCTTTTGAACCTGATGCAATGAGCT 1675
Query 1694 GGAAATGCTTTCTAAGTGGCTGTTGGACTCATAAGAATCTTGAACTGGGAAAAATTGCTG 1753
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1676 GGAAATGCTTTCTAAGTGGATGTTGGACTCATAAGAATCTTGAACTGGGCGAAATTGCTG 1735
Query 1754 GTGAAGAACTTCGCCAACTCGATCCAGAAGATACAGCTGGATATGTGCTACCCTTTAATC 1813
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1736 GTGAGGAACTTCGCCAACTCGATCCAGAAGATACAGCTGGATATGTGCTACCGTTTAATC 1795
Query 1814 TGTATACCTGGGCTGGAAAATGGGAAGAGGCTGCTGAGGTGATGAAACTAATGAATGAGA 1873
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TGTACACCTGGGCTGGAAAATGGGAAGAAGCTGCTGAAATGATGAAACTAATGAATGAGA 1855
Query 1874 GGATGTTAAAGAAGGAACTGAGCTGCAGCTGGATCCAAGAAAAGGGTAAGATTCATCGGT 1933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 GGATGTTAAAGAAGGAACTGAGCTGCAGCTGGATCCAAGAAAAGGGTAAGATTCATCGGT 1915
Query 1934 TTATAGTGGGTGATAAACACCATCCACAAACTCAGGAGATCTATGAGAAGCTTAAGGAGT 1993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TTATAGTGGGTGATAAACACCATCCACAAACTCAGGAGATCTATGAGAAGCTTAAGGAGT 1975
Query 1994 TTGATGGTTTCATGGAAGGTGATATGTTTCAGTGTAGTATGACAGAGAGAAGAGAACAGC 2053
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 TTGATGGTTTCATGGAAGGTGATATGTTTCAGTGTAATATGACAGAGAGAAGAGAACAGC 2035
Query 2054 TTCTTGATCATAGTGAGAGACTTGCCATTGCATTTGGGCTGATATCTGTGAATGGCAATG 2113
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2036 TTCTTGATCATAGTGAGAGACTTGCCATTGCATTTGGGCTGATATCGGTGCATGGCAATG 2095
Query 2114 CCCGTGCACCTATTAAGGTGTTCAAGAATCTTCGGGCATGCCCAGATTGTCATGAGTTTG 2173
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 CCCCTGCACCTATTAAGGTGTTCAAGAATCTTCGGGCATGCCCAGATTGTCATGAGTTTG 2155
Query 2174 CAAAGCATGTATCTTTGGTTACAGGACATGAAATCGTCATCCGAGATTCTAGAAGGTTTC 2233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2156 CAAAGCATGTATCTTTGGTTACAGGACATGAAATCGTCATCCGAGATTCCAGGAGGTTTC 2215
Query 2234 ACCATTTCAAGGAGGGAAAGTGTTCTTGCAACGATTACTGGTGA 2277
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 ACCATTTCAAGGAGGGAAAGTGTTCTTGCAACGATTACTGGTGA 2259
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114005437695
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5