BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg940941
Length=2183
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G14610.1 | Symbols: | DEAD box RNA helicase family protein ... 3419 0.0
AT3G01540.2 | Symbols: DRH1, ATDRH1 | DEAD box RNA helicase 1 |... 1206 0.0
> AT5G14610.1 | Symbols: | DEAD box RNA helicase family protein
| chr5:4710563-4715069 FORWARD LENGTH=2670
Length=2670
Score = 3419 bits (1851), Expect = 0.0
Identities = 2060/2160 (95%), Gaps = 17/2160 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 34 GCTACTGCTTCTGCAATTCGTTACGCTCCTGAGGATCCGAATCTTCCTAAGCCGTGGAAA 93
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 182 GCTACTGCTTCTGCAATTCGTTACGCTCCTGAGGATCCGAATCTCCCTAAGCCATGGAAA 241
Query 94 GGTCTTGTGGATAGTAGAACTGGCTATCTCTACTTTTGGAACCCAGAGACCAATGTTACT 153
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 242 GGTCTTGTGGATAGTAGAACTGGGTACCTCTACTTTTGGAATCCAGAAACCAATGTTACT 301
Query 154 CAGTACGAGAGACCAGCTTCTTCTGCTCCTCCCAAGCTTGCTGCTATTCCCATAAGTTCT 213
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 302 CAGTACGAGAGACCGGCTTCTTCCGCTCCTCCCAAGCTTGCTGCTATTCCCGTAAGCTCT 361
Query 214 TCGGTTCAGACTACTCAGCAATCTTCTTCTGGATTTAACTCTGGCAAGGAAGAGGATAAG 273
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 362 TCGGTTCAGACTAATCAGCAATCTTCTTCTGGATTTAACTCTGGCAAGGAAGATGATAAG 421
Query 274 TATGGTAGGGGCAGTGATGGGCCTAAGTCTGACTCTGGATCAAGGTTTAATGAGGCTGGA 333
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 TATGGTAGGGGCAGTGATGGGCCTAAGTCTGACTCTGGATCAAGGTTTAATGAGGCTGGA 481
Query 334 AGAA-TGGGACCAACAAT-TTCTAATGATACTGCTAGTGGACTAGGGAATGCTGCATCTG 391
|||| | ||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 482 AGAACT-GGACCTA-TATCTTCTAATGATGCTGCTAGTGGACTAGGGAATGCTTCATCTG 539
Query 392 GTGGATCATCTGCCAGAGGGCCTCCTTCTTCAGCGGCAGGAAATGAATTGTCCCCAGAGG 451
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GTGGCTCATCTGCCAGAGGGCCTCCTTCTTCAGCCGCAGGAAATGAATTGTCCCCAGAGG 599
Query 452 CCTATTGCCGCAAACATGAAATTACTGTCAGTGGAGGCCAAGTACCACCACCTTTAATGT 511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 600 CCTATTGCCGCAAACATGAAATTACTGTCAGTGGAGGCCAAGTACCACCACCTCTAATGT 659
Query 512 CTTTTGAAGCCACTGGTCTTCCCCCA-GAGCTTCTGCGGGAGAGTCACAATTTTATGCCA 570
|||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 660 CTTTTGAAGCCACTGGTCTT-CCCAATGAGCTTCTGCGGGAGTGTCCCAATTTTATGCCA 718
Query 571 TATGCGCTCTCTTTTGTCCCAGGTGCGATATTTGCTCTTGGAGGAGCTAATGTCGTACGC 630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TATGCGCTCTCTTTTGTCCCAGGTGCGATATTTGCTCTTGGAGGAGCTAATGTCGTACGC 778
Query 631 TATGCCACTTCTTTGAGGTCCTTGCAAATTATTTGGAGTGCCCTTTTTGGTGGACCAAAT 690
| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGTGCCACTTCTTTGGGGTTCTTGCAAATTATTTGGAGTGCCCTTTTTGGTGGACCAAAT 838
Query 691 ATTTTGAGATATCCTCCTGCTGCAGGTTTTAACAGCTATCCTGTGTTGCCTGCAAACGGG 750
||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 839 TTTTTGAGGTGTCCTCCTGCTGCAGGTTTCAACAGCTATCTTGTGTTGCCTGCAAACGGG 898
Query 751 AGGAT-G-AT----TGCAGGATTCTCAGCTCCATCTCCAATTCAAGCTCAGTCTTGGCCA 804
||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 899 AGGATGGTATACAGTGCAGGATTCTCAGCTCCATCTCCAATTCAAGCTCAGTCATGGCCA 958
Query 805 ATTGCGATGCAAAACAGAGACATAGTAGCCATTGCTAAAACAGGCTCTGGAAAAACTCTG 864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 959 ATTGCGATGCAAAACAGAGACATAGTAGCCATTGCTAAAACAGGCTCGGGAAAAACTTTG 1018
Query 865 GGTTACTTGATTCCTGGTTTCATGCATCTCCAACGAATCCACAATGATTCACGAATGGGC 924
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GGTTACTTGATTCCTGGTTTCATGCATCTCCAACGGATCCACAATGATTCACGAATGGGC 1078
Query 925 CCAACAATCTTGGTATTGTCACCTACTAGGGAGTTGGCCACACAAATCCAAGTTGAAGCT 984
||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CCAACGATCTTGGTCTTGTCCCCTACTAGGGAGTTGGCCACACAAATCCAAGTTGAAGCT 1138
Query 985 CTGAAATTTGGAAAGTCATCCAAAATTTCGTGTGCGTGCTTGTATGGTGGAGCACCCAAG 1044
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CTGAAATTTGGCAAGTCATCTAAAATTTCGTGTGCGTGTTTGTATGGTGGAGCACCCAAG 1198
Query 1045 GGTCCTCAGCTGAAGGAAATAGAAAGAGGTGTAGATATTGTTGTTGCAACTCCCGGGCGA 1104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GGTCCTCAGCTGAAGGAAATAGAAAGAGGTGTAGATATTGTTGTTGCAACTCCCGGGCGA 1258
Query 1105 CTGAATGATATCCTTGAAATGAGGAGAATCAGTCTGCATCAAGTATCTTATCTTGTGCTG 1164
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1259 CTGAATGATATCCTTGAAATGAAGAGAATCAGTCTGCATCAAGTATCTTACCTTGTGCTG 1318
Query 1165 GACGAGGCTGATAGAATGCTGGACATGGGGTTTGAACCTCAGATCAGAAAAATTGTGAAC 1224
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GACGAGGCAGATAGAATGCTGGACATGGGGTTCGAACCTCAGATCAGAAAAATTGTGAAT 1378
Query 1225 GAGGTTCCCACTAAGCGCCAAACTCTTATGTACACAGCAACATGGCCAAAGGAGGTCAGG 1284
||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1379 GAGGTTCCCACTAAGCGTCAAACCCTCATGTACACTGCAACATGGCCAAAGGAGGTGAGG 1438
Query 1285 AAAATCGCAGCTGATCTACTTGTTAACCCTGCCCAAGTCAACATTGGTAATGTTGATGAG 1344
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1439 AAAATCGCAGCTGATCTTCTTGTTAACCCTGCCCAGGTCAATATTGGTAATGTTGATGAG 1498
Query 1345 CTTGTGGCAAATAAGTCCATTACTCAGACTATTGAAGTCTTAGCACCGATGGAGAAACAT 1404
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CTTGTGGCGAACAAGTCCATTACTCAGACTATTGAAGTCTTAGCACCGATGGAGAAACAT 1558
Query 1405 AGCAGGTTAGAGCAGATATTGCGGTCTCAGGAACCGGGTTCCAAGATCATAATTTTCTGT 1464
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1559 AGTAGGTTAGAGCAGATATTGCGCTCTCAGGAACCGGGTTCCAAGATTATAATTTTCTGT 1618
Query 1465 TCAACCAAAAGGATGTGTGATCAACTGGCAAGGAACCTGACCCGTACGTTTGGAGCCGCT 1524
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1619 TCAACCAAAAGGATGTGTGATCAACTGGCAAGGAACCTGACCCGTACGTTTGGAGCTGCT 1678
Query 1525 GCTATACATGGAGACAAGTCTCAGGCTGAGAGAGACGACGTACTGAACCAATTTAGAAGT 1584
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1679 GCTATACATGGAGACAAGTCGCAGGCTGAGAGAGACGACGTACTGAATCAATTTAGAAGT 1738
Query 1585 GGTAGGACTCCTGTTCTTGTTGCAACCGATGTAGCTGCTCGTGGACTTGACGTTAAGGAC 1644
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 GGTAGGACTCCTGTTCTTGTTGCAACTGATGTAGCTGCTCGTGGACTTGACGTTAAGGAC 1798
Query 1645 ATAAGGGTGGTGGTCAACTATGATTTTCCAAATGGAGTAGAGGATTATGTCCATAGAATC 1704
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 ATAAGGGTGGTGGTCAACTATGATTTTCCAAATGGAGTAGAGGATTATGTCCATAGAATT 1858
Query 1705 GGAAGAACTGGAAGAGCTGGAGCTACCGGTCTAGCTTACACCTTTTTTGGAGACCAAGAT 1764
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1859 GGAAGAACTGGAAGAGCTGGAGCAACCGGTCTAGCTTACACCTTCTTTGGAGACCAAGAT 1918
Query 1765 GCAAAACATGCTTCAGATCTGATCAAGATCTTGGAAGGAGCAAACCAGAAAGTTCCTCCA 1824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 GCAAAACATGCTTCAGATCTGATCAAGATCTTGGAAGGAGCAAACCAGAAAGTTCCTCCA 1978
Query 1825 CAGGTCCGCGAAATGGCTACACGTGGTGGTGGTGGAATGAACAAATTTCGCCGCTGGGG- 1883
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1979 CAGGTCCGCGAAATGGCTACACGTGGTGGTGGTGGAATGAACAAATTTCGTCGCTGGGGT 2038
Query 1884 ACCACCTTCCAgtggtggtggtggtggaggccgtggtggctatggtgattctggttacag 1943
|| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2039 AC-ACCTTCCAGTGGTGGTGGTGGCGG---CCGTGGTGGCTATGGTGATTCTGGTTATGG 2094
Query 1944 tggtcgtggtgagtctggctatggtggtcgtggtgattctggttatggtggtcgtggtga 2003
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 TGGTCGTGGTGAGTCTGGCTATGGTAGTCGTGGTGATTCTGGTTATGGTGGTCGTGGTGA 2154
Query 2004 ttctggCGGTAGAGGAAGCTGGGCTCCTTCACGTGACAGTAGCAGCTCGGGATGGGGAAG 2063
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 2155 TTCTGGTGGTAGAGGAAGCTGGGCTCCTTCACGTGACAGTGGCAGCTCAGGATGGGGAAG 2214
Query 2064 AGAGAGAAGCCGTAGTCCTGAGAGATTCAAAGGAGGTCCACCGTCCACTTCTTCTCCACC 2123
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2215 AGAGAGAAGCCGTAGTCCTGAGAGATTCAGAGGAGGTCCACCGTCCACTTCATCTCCGCC 2274
Query 2124 TCGCAGCTTTCATGAGGCGATGATGATGAGAAATAGGTAACTCATCAGAATTTTAACCAG 2183
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||| | ||||||
Sbjct 2275 TCGCAGCTTTCATGAGGCGATGATGATGAAAAATAGATAAGTCATTGGAATCTAAACCAG 2334
> AT3G01540.2 | Symbols: DRH1, ATDRH1 | DEAD box RNA helicase 1
| chr3:212751-216671 REVERSE LENGTH=2395
Length=2395
Score = 1206 bits (653), Expect = 0.0
Identities = 1009/1181 (85%), Gaps = 24/1181 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 747 CGGGAGG-A-TGATTGCAGGATTCTCAGCTCCATCTCCAATTCAAGCTCAGTCTTGGCCA 804
||||||| | | | |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 720 CGGGAGGTACTCAGTGCAGGTTTCTCTGCTCCAACTCCAATTCAAGCTCAGTCATGGCCC 779
Query 805 ATTGCGATGCAAAACAGAGACATAGTAGCCATTGCTAAAACAGGCTCTGGAAAAACTCTG 864
||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||
Sbjct 780 ATTGCTATGCAAGGTAGGGACATAGTAGCCATTGCTAAAACTGGCTCGGGAAAAACTTTG 839
Query 865 GGTTACTTGATTCCTGG-TTTCATGCATCTCCAACGAATCC-ACAATGATTCACGAATGG 922
||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||| | |||||||| |||||||
Sbjct 840 GGTTACTTGATTCCTGGATTT-TTGCATCTTCAACGTATCCGA-AATGATTCGCGAATGG 897
Query 923 GCCCAACAATCTTGGTATTGTCACCTACTAGGGAGTTGGCCACACAAATCCAAGTTGAAG 982
|||||||||||||||||||||| || || || ||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 898 GCCCAACAATCTTGGTATTGTCTCCAACGAGAGAGCTGGCCACACAAATCCAAGAAGAAG 957
Query 983 CTCTGAAATTTGGAAAGTCATCCAA-AATTTCGTGTGCGTGCTTGTATGGTGGAGCACCC 1041
|| | |||||||| | |||||| || |||||||||| |||| ||||||||||| |||||
Sbjct 958 CTGTTAAATTTGGGAGGTCATC-AAGAATTTCGTGTACGTGTTTGTATGGTGGTGCACCA 1016
Query 1042 AAGGGTCCTCAGCTGAAGGAAATAGAAAGAGGTGTAGATATTGTTGTTGCAACTCCCGGG 1101
||||| |||||| ||| ||| |||||||||| | |||||| || ||||||||||| |||
Sbjct 1017 AAGGGCCCTCAGTTGAGGGATTTAGAAAGAGGAGCAGATATCGTGGTTGCAACTCCTGGG 1076
Query 1102 CGACTGAATGATATCCTTGAAATGAGGAGAATCAGTCTGCATCA-AGTATCTTATCTTGT 1160
|| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| | |||||||||||||
Sbjct 1077 AGATTGAATGATATCCTTGAAATGAGGAGGATTAGTCTGCGTCAGA-TATCTTATCTTGT 1135
Query 1161 GCTGGACGAGGCTGATAGAATGCTGGACATGGGGTTTGAACCTCAGATCAGAAAAATTGT 1220
||| || ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || || |||||
Sbjct 1136 GCTAGATGAGGCAGATAGAATGTTGGACATGGGTTTTGAACCTCAGATAAGGAAGATTGT 1195
Query 1221 GAACGAGGTTCCCACTAAGCGCCAAACTCTTATGTACACAGCAACATGGCCAAAGG-AGG 1279
||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 1196 GAAAGAAATTCCCACTAAGCGTCAAACCCTTATGTACACAGCTACATGGCCAAAGGGAGT 1255
Query 1280 TCAGGAAAATCGCAGCTGATCTA-CTTGTTAACCCTGCCCAAGTCAACATTGGTAATGTT 1338
| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1256 T-AGGAAAATTGCAGCTGA-CTTGCTTGTTAACCCTGCTCAAGTCAACATTGGCAATGTT 1313
Query 1339 GATGAGCTTGTGGCAAATAAGTCCATTACTCAG-ACTATTGAAGTCTTAGCACCGATGGA 1397
|| ||||||||||| || ||||| || || ||| | ||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1314 GACGAGCTTGTGGCTAACAAGTCAATCACACAGCA-TATTGAAGTGGTAGCACCAATGGA 1372
Query 1398 GAAACATAGCAGGTTAGAGCAGATATTGCGGTCTCAGGAACCGGGTTCCAAGATCATAAT 1457
|||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||| | |||||
Sbjct 1373 GAAACAGAGGAGGTTAGAGCAGATCTTGCGGTCTCAGGAACCAGGCTCAAAGGTGATAAT 1432
Query 1458 TTTCTGTTCAACCAAAAGGATGTGTGATCAACTGGCAAGGAACCTGACCCGT-ACGTTTG 1516
||||| |||||||||||||||||||||||||| || | || || ||||| | ||||
Sbjct 1433 ATTCTGCTCAACCAAAAGGATGTGTGATCAACTAACACGCAATCTAACCCGCCAA-TTTG 1491
Query 1517 GAGCCGCTGCTATACATGGAGACAAGTCTCAGGCTGAGAGAGACGACGTACTGAACCAAT 1576
|||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | || || || ||||
Sbjct 1492 GAGCTGCTGCTATACATGGAGACAAGTCCCAGCCTGAGAGAGACAATGTTCTTAATCAAT 1551
Query 1577 TTAGAAGTGGTAGGACTCCTGTTCTTGTTGCAACCGATGTAGCTGCTCGTGGACTTGACG 1636
| | ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||
Sbjct 1552 TCCGCAGTGGCAGAACTCCGGTTCTTGTAGCAACCGATGTTGCTGCTCGTGGTCTGGACG 1611
Query 1637 TTAAGGACATAAGGGTGGTGGTCAACTATGATTTTCCAAATGGAGTAGAGGATTATGTCC 1696
|||||||||| |||| ||| || ||||||||||| || |||||||| || || ||||| |
Sbjct 1612 TTAAGGACATCAGGGCGGTCGTAAACTATGATTTCCCCAATGGAGTGGAAGACTATGTTC 1671
Query 1697 ATAGAATCGGAAGAACTGGAAGAGCTGGAGCTACCGGTCTAG-C-TTACACCTTTTTTGG 1754
|||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| || | || ||| || |||||
Sbjct 1672 ATAGAATCGGAAGAACAGGAAGAGCTGGAGCGACTGGTC-AGGCATT-CACATTCTTTGG 1729
Query 1755 AGACCAAGATGCAAAACATGCTTCAGATCTGATCAAGATCTTGGAAGGAGCAAACCAGAA 1814
|| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1730 TGATCAAGATTCGAAACATGCTTCGGATCTGATCAAGATTTTGGAAGGAGCAAACCAGCG 1789
Query 1815 AGTTCCTCCACAGGTCCGCGAAATGGCTACACGTGGTGGTGGTGGAATGAACAAATTTC- 1873
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1790 AGTTCCTCCTCAGATCCGCGAAATGGCTACACGTGGTGGTGGGGGAATGAACAAATT-CA 1848
Query 1874 GCCGCTGGGGACCACCTTCCAgtggtggtggtggtggaggc 1914
| || |||||||| |||||| | || ||||| |||| |||
Sbjct 1849 GTCGTTGGGGACCTCCTTCCGGCGGCCGTGGTCGTGGTGGC 1889
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108282575565
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5