BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg940959
Length=2860
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G14770.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4499 0.0
> AT5G14770.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:4772881-4775697 REVERSE LENGTH=2817
Length=2817
Score = 4499 bits (2436), Expect = 0.0
Identities = 2696/2823 (96%), Gaps = 12/2823 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 ATGATAAGGATTTGGAATAACTATAAGGGAAAATACAGATTCTTTCTCTCAAATTGCCGC 83
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATAAGGATTTGGAATAACTATAAGGGTAAATACAGATTCTTCCTCTCAAATTGCCGC 60
Query 84 TCTTTCTCGTCAATCAAACGACCCCAAGTCCCAGAAAGCGAAGAGACTAGCCTCTCGATT 143
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCTTTCTCGTCAATCAAACGACCCCAAATCCCAGAAAGCGAAGAGACTAGCCTCTCGATC 120
Query 144 TCAAAACGAATCTTTC-ACCCAGATTTAGCT-CTCAACAAGACTCGGGTTTACGTCTCTC 201
|| |||||| ||| |||||||||||||| || | ||||||| | |||||||||||||
Sbjct 121 ACACAACGAA-GATTCGACCCAGATTTAGCTCCT-ATCAAGACTAGAGTTTACGTCTCTC 178
Query 202 TCTTCCACACTCTCTTTCGGCTCTATTTAAGCTGTGGGAGACTCTACGGAGCAGCAAGGA 261
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TCTTCCATACTCTCTTTCGGCTCTATTTAAGCTGTGAGAGACTCTACGGAGCAGCAAGGA 238
Query 262 CGCTCTCTGCGATGTGCACTTTCGGGGTTGTTCCGGATTTGTGTCTATGGAACAGTCTGA 321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 239 CGCTCTCTGCGATGTGCACTTTCGGGGTTGTTCCGGATTCGCGTCTATGGAACAGTCTGA 298
Query 322 TTCATCAATTCAATGTCAATGGTTTGGTACACGATCAGGTATCGTTGGTTTATAGCAAGA 381
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||
Sbjct 299 TTCATCAATTCAATGTCAATGGTTTGGTACACGATCAGGTATCGCTGATTTACAGCAAGA 358
Query 382 TGATAGCTTGTGGAGTTTCTCCCGATGTTTTTGCTCTCAATGTGTTGATTCATTCTTTGT 441
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 359 TGATAGCTTGTGGAGTGTCTCCCGATGTTTTTGCTCTCAATGTATTGATTCATTCTTTTT 418
Query 442 GCAAAGTGGGTCAATTGAGTTTTGCGATTAGTTTACTTAGAAATAGAGTAATCAGCGTCG 501
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 419 GCAAAGTGGGTCGTTTGAGTTTTGCAATTAGTTTACTTAGAAATAGAGTAATCAGCATCG 478
Query 502 ATACTGTTACTTATAACACTGTGATTTCGGGTTTATGTGAACATGGTTTAGCTGATGAGG 561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 ATACTGTTACTTATAACACTGTGATTTCGGGTTTATGTGAACATGGTTTAGCTGATGAGG 538
Query 562 CTTATCAGTTTCTCTCTGAGATGGTGAAGATAGGTATATTGCCTGATACGGTTAGCTACA 621
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CTTATCAGTTTCTATCTGAGATGGTGAAGATGGGTATATTGCCTGATACGGTTAGCTACA 598
Query 622 ATACTCTGATTGATGGGTTTTGTAAAGTTGGAAACTTTGCTAGAGCTAAGGCTTTAGTTG 681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 599 ATACTCTGATTGATGGGTTTTGTAAAGTTGGAAACTTTGTTAGAGCTAAGGCTTTAGTTG 658
Query 682 ACGAAATCTCGGAACTAAACCTTATCACTCATACTATACTCATAAGCTCCTACTACAACC 741
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 659 ACGAAATCTCGGAACTAAACCTTATCACTCATACTATACTCTTAAGCTCCTACTACAATC 718
Query 742 TCCATGCTATTGAAGAAGCATACAGGGATATGGTTATGAGTGGGTTTGATCCGGATGTTG 801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TCCATGCTATTGAAGAAGCATACAGGGATATGGTTATGAGTGGGTTTGATCCGGATGTTG 778
Query 802 TTACTTTTAGTTCGATTATTAACCGATTGTGCAAAGATGGAAAAGTGATGGAAGGGGGAT 861
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 779 TTACTTTTAGTTCGATTATTAACCGATTGTGCAAAGGTGGAAAAGTGCTGGAAGGGGGAT 838
Query 862 TGTTACTGAGGGAAATGGAAGAGATGGA-TGTATATCCGAACCATGTTACTTATACTACT 920
|||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 839 TGTTACTGCGGGAAATGGAGGAGAT-GAGTGTATATCCGAACCATGTAACTTATACTACT 897
Query 921 CTTGTTGATTCGTTATTTAAAGCAAAAGA-TTACCGCCATGCTTTGGCTCTTTACAGTCA 979
||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 CTTGTTGATTCGTTATTTAAAGC-AAATATTTACCGCCATGCTTTGGCTCTTTACAGTCA 956
Query 980 GATGGTTGTGCGTGGCATACCTGTGGATTTAGTTGTATATACTGTTTTGATGGATGGTCT 1039
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 GATGGTTGTGCGTGGGATACCTGTAGATTTAGTTGTATATACTGTTTTGATGGATGGTCT 1016
Query 1040 GTTTAAGGCTGGGGACCTTAGGGAGGCTGGGAAAACGTTTAAGATGCTTTTGGAAGATAA 1099
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GTTTAAGGCTGGGGACCTTAGGGAGGCTGAGAAAACATTTAAGATGCTTTTGGAAGATAA 1076
Query 1100 CCAAGTTCCAAATGTGGTTACATATACGGCTTTGGTAGATGGGTTGTGCAAAGCGAGGGA 1159
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1077 CCAAGTTCCAAATGTGGTTACATATACGGCTTTGGTTGATGGGTTGTGCAAAGCGGGGGA 1136
Query 1160 TTTAAGCAGTGCAGAATTTATCATTACGCAGATGTTGGAGAAAAGTGTTTTTCCGAATGT 1219
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1137 TTTAAGCAGTGCAGAATTTATCATAACGCAGATGTTAGAGAAAAGTGTTATTCCGAATGT 1196
Query 1220 TGTAACCTACTCTAGTATGATAAACGGCTATGTGAAGAAAGGGATGCTCGAAGAAGCTGT 1279
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 TGTAACATACTCTAGTATGATAAACGGCTATGTGAAGAAAGGGATGCTCGAAGAAGCTGT 1256
Query 1280 TAGTCTTATGAGAAAAATGGAGGACCAAAATGTTGTGCCGAATGGTTTTACTTATGGTAC 1339
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TAGTCTTTTGAGAAAAATGGAGGACCAAAATGTTGTGCCGAATGGTTTTACTTATGGTAC 1316
Query 1340 AGTAATTGATGGCTTGTTTAAGGCAGGGAAACAAGAAGTGGC-TTCTGAAATGAGTAAGG 1398
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||| |||||||||
Sbjct 1317 AGTAATTGATGGCTTGTTTAAGGCAGGGAAAGAAGAAATGGCAAT-TGAACTGAGTAAGG 1375
Query 1399 AGATGAGGTTGATTGGGGTGGAGGAAAACAACTACATACTTGATGCTCTGGTGAACCACT 1458
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 AAATGAGGCTGATTGGGGTGGAGGAAAACAACTACATACTTGATGCTCTGGTGAACCACT 1435
Query 1459 TGAAGAGAATTGGTAGGATTAAGGAAGTTAAAGGATTAGTCAAAGACATGGTATCTAAAG 1518
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 TGAAGAGAATTGGTAGGATTAAGGAAGTTAAGGGATTAGTCAAAGACATGGTATCTAAAG 1495
Query 1519 GAGTGACGCTGGATCATATTAACTACACTTCTTTAATTGATGTGTTCTTCAAAGGAGGAG 1578
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1496 GAGTGACGCTGGATCAGATTAACTACACATCTTTAATTGATGTATTCTTCAAAGGAGGAG 1555
Query 1579 ACGAAGAAGCTGCTCTTGCTTGGGCTGAAGAAATGCAAGAGAAAGAGATGCCCTGGGATG 1638
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||
Sbjct 1556 ACGAAGAAGCTGCTCTTGCTTGGGCTGAAGAAATGCAAGAGAGAGGGATGCCGTGGGATG 1615
Query 1639 TTGTTTCATATAATGTCTTAATTAGTGGGCTGTTAAAGTTTGGCAAAGTCGGAGCAGACT 1698
||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TTGTTTCTTATAATGTCTTAATCAGTGGGATGTTAAAGTTTGGCAAAGTCGGAGCAGACT 1675
Query 1699 GGGCCTACAGAGGAATGAGAGAGAAGGGTATAGAACCAGATATCGCTACATTTAACATAA 1758
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1676 GGGCCTACAAAGGAATGAGAGAGAAGGGTATAGAACCAGATATTGCTACATTTAACATAA 1735
Query 1759 TGATGAATTCACAACGAAAACAAGGGGATTTC-GAAGGTATCCTTAAGCTTTGGGATAAG 1817
|||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 TGATGAATTCACAAAGAAAGCAAGGGGA-TTCGGAAGGTATCCTTAAGCTTTGGGATAAG 1794
Query 1818 ATGAAGAGTTGTGGAATCAAACCGAGTCTGATGATTTGCAATATTGTGGTTGGAATGCTA 1877
||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 ATGAAGAGTTGTGGAATAAAACCGAGTCTGATGAGTTGCAATATTGTGGTTGGAATGCTA 1854
Query 1878 TGCGAAAAGGGTAAAATGAAGGAAGCTATTGACATATTGGATCAAATGATGTTTATGGAG 1937
|||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1855 TGCGAAAACGGTAAAATGGAGGAAGCAATTCACATATTGAATCAAATGATGCTTATGGAG 1914
Query 1938 ATCCATCCTAACTTAATGACCTACCGAATTTTTCTCGACACGTCTTCAAAGCATAAAAGA 1997
|||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1915 ATCCATCCTAACTTAACGACATACCGGATTTTTCTTGACACGTCTTCGAAGCATAAAAGA 1974
Query 1998 GCTGATGCTATATTCAAAACACATGAGACACTATTGAGTTATGGGATTAAACTCAGTAGG 2057
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1975 GCTGATGCTATATTCAAAACGCATGAGACGCTATTGAGTTATGGGATTAAACTCAGTCGG 2034
Query 2058 CAAGTTTATAACACTCTTATTGCAACTCTGTGCAAACTAGGTATGACGAGAAAGGCAGCT 2117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2035 CAAGTTTATAACACTCTTATTGCAACTCTGTGCAAACTAGGTATGACGAAAAAGGCAGCT 2094
Query 2118 ATGGTTATGGAGGATATGGAAGCGAGAGGCTTTGTTCCTGATACTGTGACGTTCAATGCC 2177
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2095 ATGGTTATGGGGGATATGGAAGCGAGAGGCTTTATTCCTGATACTGTGACGTTCAATTCC 2154
Query 2178 CTTATGCACGGGTACTTCGTGGGCAGTCATGTAGGAAAAGCTCTTTCGACATATTCCATG 2237
||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2155 CTTATGCACGGGTACTTTGTAGGCAGTCATGTAAGAAAAGCTCTTTCGACATATTCTGTG 2214
Query 2238 ATGATGGAAGCAGGAATATCTCCAAATGTTGCAACCTATAATACTATAATAAGAGGTCTT 2297
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 ATGATGGAAGCAGGAATATCCCCAAATGTTGCAACCTATAATACTATAATAAGAGGTCTT 2274
Query 2298 TCTGATGCGGGGCTAATAAAAGAAGTGGAAAAATGGCTGAGTGAGATGAAGAATAGAGGT 2357
|||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2275 TCTGATGCTGGGCTAATAAAGGAAGTGGACAAATGGCTGAGTGAGATGAAGAGTAGAGGT 2334
Query 2358 ATGCGTCCTGACGATTTTACATACAATGCTTTAATTTCTGGTCAAGCGAAGATAGGGAAT 2417
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2335 ATGCGCCCTGACGATTTTACATACAATGCTTTAATCTCTGGTCAAGCTAAGATAGGGAAT 2394
Query 2418 AAGAAAGAAAGTATGACGATATATTGTGAGATGATTGCGGATGGGTTGGTACCGAAAACC 2477
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 ATGAAAGGAAGTATGACGATATATTGTGAGATGATTGCGGATGGGTTGGTACCGAAAACC 2454
Query 2478 AGCACTTATAATGTGCTTATCAGTGAATTTGCTAAAGTTGGGAAGATGCTTCAGGCGAGA 2537
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 AGCACTTATAATGTGCTTATTAGTGAATTTGCTAACGTTGGGAAGATGCTTCAGGCGAGA 2514
Query 2538 GAGCTAATGAAGGAGATGGGTAAGAGAAGAGTGAGCCCCAATACTTCGACTTATTGTACT 2597
|||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 GAGCTATTGAAAGAGATGGGTAAGAGAGGAGTGAGCCCCAATACTTCGACTTATTGTACC 2574
Query 2598 ATGATATCTGGTCTGTGCAAACTTTGCACTCATCCGGAAGTTGAGTGGAATAAAAAAGCA 2657
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 ATGATATCTGGTTTGTGCAAACTTTGCACTCATCCAGACGTTGAGTGGAATAAAAAAGCA 2634
Query 2658 ATGTACTTGGCAGAGGCAAAAGGGTTGCTAAAAGAGATGATTGAAGAGAAGGGATATATT 2717
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 2635 ATGTACTTAGCAGAGGCAAAAGGGTTGCTAAAAGAGATGGTTGAAGAAAAGGGATATATT 2694
Query 2718 CCGTATAATCAAACTATTTACTGGATAAGTGCTGCCTTTTCTAAACCTGGAATGAAGGTT 2777
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 CCGTGTAATCAAACTATTTACTGGATAAGTGCTGCCTTTTCTAAACCTGGAATGAAGGTT 2754
Query 2778 GATGCTGAAAGATTCTTAAAGGAGTGTTACAAGAAAAAGAATGCTCGTTCCTCAAATTCG 2837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2755 GATGCTGAAAGATTCTTAAAGGAGTGTTACAAGAAAAAGAATGCTCGTTCCTCAAATTCG 2814
Query 2838 TGA 2840
|||
Sbjct 2815 TGA 2817
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142122949519
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5