BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg941015
Length=1689
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G15300.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 2691 0.0
> AT5G15300.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr5:4968163-4970034 REVERSE LENGTH=1872
Length=1872
Score = 2691 bits (1457), Expect = 0.0
Identities = 1602/1674 (96%), Gaps = 2/1674 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 17 CGCGATGATCAGGAGACAAACGAACGACCGAACCACCAATCGCCGCCGTTCAAAACTATG 76
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||
Sbjct 1 CGCGATGATCAGGAGACAAACAAACGACCGAACCACCAATCGCCGTCGTCCGAAACTATG 60
Query 77 GCAGAACTGCAAAAATTTCCGAACGTTGATGCAAATTCACGCTTTTATGGTGGTTAATGG 136
||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||
Sbjct 61 GCAAAACTGCAAAAATATCCGAACTTTGAAGCAAATTCATGCTTCTATGGTTGTTAATGG 120
Query 137 TCTCATGTCTAATCTTTCTGTTGTTGGTGAGCTAATTTACTCAGCTTCTTTGTCGGTTCC 196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACTCATGTCTAATCTTTCTGTTGTTGGTGAGCTAATTTACTCAGCTTCTTTGTCGGTTCC 180
Query 197 GGGTGCGCTTAAGTATGCCCACAAGTTGTTCGAAGAAATTCCTAAACCAGACGTATCTAT 256
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGGTGCGCTTAAGTATGCACACAAGTTGTTCGACGAAATTCCTAAACCAGACGTATCTAT 240
Query 257 TTGTAACCATGTGTTGCGCGGCTCTGCTCAGAGCTTGAAACCTGAAAAAACGGTTTCTTT 316
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTGTAACCATGTTTTGCGTGGCTCTGCTCAGAGCATGAAACCTGAAAAAACGGTTTCTTT 300
Query 317 GTATACTGAGATGGAGAAACGAGGTGTGTCGCCTGATAGGTATACGTTTACGTTTGTTCT 376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTATACTGAGATGGAGAAACGAGGTGTGTCGCCTGATAGGTATACGTTTACGTTTGTTCT 360
Query 377 CAAGGCGTGTTCAAAGCTTGAGTGGAGAAGTAATGGTTTTGCGATTCATGGGAAAGTTGT 436
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 361 CAAGGCGTGTTCGAAGCTTGAGTGGAGAAGTAATGGTTTTGCGTTTCATGGGAAAGTGGT 420
Query 437 GAGACATGGGTTTGTGTTGAATGAGTATGTTAAGAATGCTTTGATCCTTTTTCATGCTAA 496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GAGACATGGGTTTGTGTTGAATGAGTATGTTAAGAATGCTTTGATCCTTTTTCATGCTAA 480
Query 497 TTGTGGAGATTTGGGAATTGCAAGTGAGCTTTTTGATGATTCTGCGAAAGCTCATAAGGT 556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTGTGGAGATTTGGGAATTGCAAGTGAGCTTTTTGATGATTCTGCGAAAGCTCATAAGGT 540
Query 557 TGCTTGGTCTTCTATGACTTCTGGGTATGCTAAGAGAGGGAAGATAGATGAGGCGATGAG 616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 541 TGCTTGGTCTTCTATGACTTCTGGGTATGCTAAGAGAGGGAAGATTGATGAGGCGATGAG 600
Query 617 GCTTTTCGATGAAATGCCTGACAAAGATCAGGTAGCTTGGAATGTGATGATTACTGGTTG 676
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCTTTTTGATGAAATGCCTTACAAAGATCAGGTAGCTTGGAATGTGATGATTACTGGTTG 660
Query 677 TTTGAAATGTAGGGAGATGGATTCAGCAAGAGAGCTCTTTGATAGATTTACAGAGAAAGA 736
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 661 TTTGAAATGTAAGGAGATGGATTCAGCAAGAGAGCTCTTTGATAGGTTTACAGAGAAAGA 720
Query 737 TGTTGTCACTTGGAATGCAATGATCTCTGGATATGTAAATTGCGGGTACCCTAAAGAGGC 796
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 721 TGTTGTTACTTGGAATGCGATGATCTCTGGATATGTAAATTGCGGGTACCCTAAAGAAGC 780
Query 797 GCTAAGTATATTTAAGGAGATGAGGGATGCTGGTGAACACCCAGATGTTGTGACGATACT 856
|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 781 GCTAGGTATATTCAAGGAGATGAGGGATGCTGGTGAACACCCAGATGTTGTGACAATACT 840
Query 857 GAGTTTGTTATCTGCTTGTGCAGTTTTGGGAGATTTGGAAACTGGGAAGAGACTTCATAT 916
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GAGTTTGTTATCTGCTTGTGCAGTCTTAGGAGATTTGGAAACTGGGAAGAGACTTCATAT 900
Query 917 CTACATCTTGGAAACGGCTTCGGTTTCGAGCTCCATATATGTGGGCACTCCTATTTGGAA 976
||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CTATATCTTGGAAACGGCTTCTGTTTCGAGTTCCATATATGTGGGCACTCCTATTTGGAA 960
Query 977 TGCTCTAATTGACATGTATGCAAAGTGTGGAAGCATAGATAGAGCAATTGAAGTGTTTAG 1036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 961 TGCTCTAATTGACATGTATGCAAAGTGTGGAAGCATAGATAGAGCAATTGAAGTGTTCAG 1020
Query 1037 AGGAATGAAAGATCGGGACTTGTCAACTTGGAATACTTTGATAGTTGGTTTGGCTTTGCA 1096
|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AGGAGTGAAAGATCGGGACTTGTCAACATGGAATACTTTGATAGTTGGTTTGGCTTTGCA 1080
Query 1097 TCATGCGGAGGGATCAGTTGAAATGTTTGAAGAAATGCAAAGGTTGAAAGTCTGGCCAAA 1156
|||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1081 TCATGCAGAGGGATCAATTGAAATGTTCGAAGAAATGCAAAGATTGAAAGTCTGGCCAAA 1140
Query 1157 TGAGGTGACTTTCATTGGAGTTATATTAGCTTGCAGCCACTCGGGGAGAGTTGATGAAGG 1216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TGAGGTGACTTTCATTGGAGTTATATTAGCTTGCAGCCATTCGGGGAGAGTTGATGAAGG 1200
Query 1217 GCGTAAATATTTTAGCCTTATGAGGGATATGTATAATATTGAACCAAACATAAAGCATTA 1276
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GCGTAAGTATTTCAGCCTTATGAGGGATATGTATAATATTGAACCAAACATAAAGCATTA 1260
Query 1277 TGGTTGTATGGTAGACATGTTGGGACGAGCAGGGCTATTAGAGGAAGCATTCATGTTTGT 1336
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TGGTTGTATGGTAGACATGTTGGGACGAGCAGGGCAATTAGAGGAAGCATTCATGTTTGT 1320
Query 1337 GGAGTCGATGAAGATCAAGCCTAACGCTATTGTATGGCGAACCCTTTTAGGTGCTTGTAA 1396
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 1321 GGAGTCTATGAAGATTGAGCCTAACGCTATTGTATGGCGAACGCTATTAGGTGCATGTAA 1380
Query 1397 GATTTATGGGAATGTCGAGTTAGGGAAATATGCAAATGAGAAACTGCTTAGTATGAGAAA 1456
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1381 GATTTATGGGAATGTCGAGTTAGGGAAGTATGCAAATGAGAAACTGCTCAGTATGAGAAA 1440
Query 1457 GGACGAGAGTGGCGATTATGTGTTGCTATCCAACATATATGCTTCCACAGGTCAGTGGGA 1516
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GGACGAGAGTGGTGATTATGTGTTGCTATCCAACATATATGCTTCCACAGGTCAGTGGGA 1500
Query 1517 CAGTGTGCAGAAAGTAAGGAAGATGTTTGATGATACAAGAGTGAAAAAACCGACTGGAAT 1576
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1501 CGGGGTGCAGAAAGTAAGGAAGATGTTTGATGATACAAGAGTGAAAAAACCGACTGGCGT 1560
Query 1577 TAGCTTGATCGAGGAAGATGATGACAAATTGATGATGAGATATTTACTCTCGTCCGAACC 1636
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1561 TAGCTTGATCGAGGAAGATGACGACAAATTGATGATGAGATATTTACTTTCGTCAGAACC 1620
Query 1637 TGAGTCAAAATCAAGAAAACGAATTAGTTAAGGT-AAAAACCCAACGCTTCATT 1689
|||||||| ||||||| || |||| ||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 1621 TGAGTCAAGATCAAGAGGTCGGATTAATTAAGGTGAAAAACC-AACGCTTCATT 1673
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83483506335
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5